BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg311800
Length=2331
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G07380.1 | Symbols: | Neutral/alkaline non-lysosomal cerami... 3747 0.0
> AT1G07380.1 | Symbols: | Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase
| chr1:2264829-2268306 REVERSE LENGTH=2340
Length=2340
Score = 3747 bits (2029), Expect = 0.0
Identities = 2241/2343 (96%), Gaps = 15/2343 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGCTATCTCTAGTCAGATTATGGAGCAC------T--T-GTTTCTTCTACATATCG 51
|||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGAGCTATCTCTAGTCAGATTATGGAACACTTGTTTTCCTAGTTTCTTCTACATTTCG 60
Query 52 ACACTGCTTTTTCTGCTCATCGGTGGAGGAGTTTACTCTCACTCTGAATATTTGATTGGA 111
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACTGTGCTTTTTCTGCTCACCGGTGGAGGAGTTTACTCTCACTCTGAATATTTGATTGGA 120
Query 112 CTGGGAAGCTATGACATTACTGGCCCGGCAGCTGATGTAAATATGATGGGTTATGCTAAC 171
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTGGGAAGCTATGACATTACTGGCCCGGCTGCTGATGTTAATATGATGGGTTATGCTAAC 180
Query 172 ATGGAGCAAGTGGCATCTGGTATTCACTTCAGGCTCCGGGCTCGGACTTTCATCGTCTCT 231
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||
Sbjct 181 ATGGAGCAAGTAGCATCTGGTATTCACTTCAGGCTCCGTGCTAGGACTTTCATTGTCTCT 240
Query 232 CAGCCTGAAGGGAAGCGGGTTGTGTTTGTTAACCTCGACGCTTGCATGGCTTCACAAATT 291
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAGCCCCAAGGGAAGCGGGTTGTGTTTGTTAACCTCGATGCTTGCATGGCTTCACAAATT 300
Query 292 GTTACACTAAAAGTGATCGAGAGACTCAAGGCAAGATATGGGGATC-TGTATACTGAAAA 350
|| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| |
Sbjct 301 GTAAAACTAAAAGTGATCGAGAGACTCAAGGCACGATATGGGGA-CTTATATACTGAACA 359
Query 351 GAATGTTGGTATCAGTGGTATTCATACCCATGCCGGTCCAGGGGGGTATCTTCAGTATGT 410
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GAATGTTGGCATCAGTGGTATTCATACCCATGCTGGTCCAGGGGGGTATCTTCAGTATGT 419
Query 411 GATTTATATTGTAACATCACTTGGATTTGTTCGTCAGTCGTTTGATGCCCTTGTGGATGG 470
| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 420 GGTGTATATCGTAACATCACTTGGATTTGTTCGTCAGTCGTTTGATGCCCTTGTCGATGG 479
Query 471 AATTGAGAACAGTATCATACAAGCTCACCAAAATCTTCGACCTGGATCAATTTTTATCAA 530
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 480 AATTGAGAACAGTATCATACAAGCTCACGAAAATCTTCGTCCTGGATCAATTTTTCTCAA 539
Query 531 TAATGGTGAACTCTTGGATGCTGGTGTAAACCGCAGTCCAAGTGCATATCTTAATAATCC 590
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TAATGGGGAACTCTTGGATGCTGGTGTAAACCGCAGTCCAAGTGCATATCTTAATAATCC 599
Query 591 TTCAGGAGAAAGGAGTAAACACAAGTACGACGTTGATAAGGAAATGACTCTCTTAAAGTT 650
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTCAAAAGAAAGGAGTAAACACAAGTACAACGTTGATAAGGAAATGACTCTCTTAAAGTT 659
Query 651 TGTGGATGATCAGTGGGGTCCAGTGGGTAGTTTCAATTGGTTTGCTACCCATGGAACTTC 710
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TGTGGATGATCAATGGGGTCCAGTAGGTAGTTTCAATTGGTTTGCTACCCATGGAACTTC 719
Query 711 CATGAGTCGGT-CAAACTCTTTGATCAGTGGGGACAACAAGGGTGCTGCATCACGATTTA 769
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 720 CATGAGTC-GTACAAACTCTTTGATCAGTGGGGACAACAAGGGCGCTGCATCACGATTTA 778
Query 770 TGGAGGATTGGTTTGAACAGAATACTGTTGAAAGATCCTACTCTGAAGAGTTTATTTCAG 829
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGGAGGATTGGTATGAACAGAATACTGCTGAAAGATCTTACTCTGAAGAGTTTATTTCAG 838
Query 830 ATGAGATACCTAGAAGAGTTTCAAGCATAATCGAGAATCATCAGGACAACCATCAAGAGT 889
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 839 ATGAGATACCTAGAAGAGTTTCAAGCCTAATCGAGAATCATCAGGACAGTCATCACGAGT 898
Query 890 TGCTAGAGCTTGCATCTTACTTTGAGTCACAACCTGGTAAGCCTGCAACTAGAATTTCAA 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 899 TGCTAGAGCTTGCATCTTACTTTGAGTCACAACCTGGTAAGCCTGTAACTAGAATTTCAA 958
Query 950 GTTCTGCAAGGCGAGTGAGGAGTGCTCTGAGGAAGGCAGATATGCCTGGCTTTGTTTCTG 1009
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||
Sbjct 959 GTTCTGCAAGGCGGGTGAGGAGTGCTCTGAGGAAGGCGGATAAGCCTGGCTTCGTTTCTG 1018
Query 1010 CTTTCTGTCAAACGAACTGTGGAGATGTTAGCCCAAATGTGCTTGGAGCCTTTTGCCTAG 1069
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1019 CTTTCTGTCAAACGAACTGTGGAGATGTTAGCCCAAATGTGCTTGGAGCCTTTTGCCTGG 1078
Query 1070 ACACTGGTCTTCCTTGTGATTTCAATCACAGTACATGTGGTGGGAAAAATGAGATGTGCT 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 ACACTGGTCTTCCTTGTGATTTCAATCACAGTACATGTGGTGGGAAAAATGAGATGTGCT 1138
Query 1130 ATGGGCGTGGACCAGGCTATCCTGATGAATTTGAGAGTACACGTATAATTGGTGAGAGAC 1189
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 ATGGGCGTGGACCAGGCTATCCTGATGAATTTGAAAGTACACGTATAATTGGTGAGAGAC 1198
Query 1190 AATTCAAGATGGCTTTGGAACTTTTCAACAAAGCATCTGAACAGCTACAAGGGAAGGTTG 1249
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AATTCAAGATGGCTTTGGAACTTTTCAACAAAGCATCTGAACAGCTACAAGGGAAGGTTG 1258
Query 1250 ATTACCGCCATGTTTATGTTGACTTTTCACAGCTCAATGTGACACTTCCTAAAAAAGATG 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ATTACCGCCATGTTTATGTTGACTTTTCACAGCTCAATGTGACACTTCCTAAAAAAGATG 1318
Query 1310 GGAAATCAGAAGTTGTAAAAACATGTCCTGCGGCAATGGGCTTTGCTTTCGCTGCTGGAA 1369
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1319 GGAAATCAGAAGTTGTAAAAACATGTCCTGCGGCAATGGGCTTTGCTTTCGCTGCTGGGA 1378
Query 1370 CCACAGATGGACCAGGAGCATTTGATTTTACACAAGGAGATGATAAGGGGAACCCTTTCT 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CCACAGATGGACCAGGAGCATTTGATTTTACACAAGGAGATGATAAGGGGAACCCTTTCT 1438
Query 1430 GGAGATTGGTGAGAAACGTTCTTAAAACACCGAACAAGAAACAAATCGATTGTCACTATC 1489
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 GGAGATTGGTGAGAAATGTTCTTAAAACACCGGACAAGAAACAAATCGATTGTCACTATC 1498
Query 1490 CAAAACCCATCTTGCTTGACACTGGAGAAATGACAAAGCCATATGACTGGGCTCCGTCAA 1549
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 CAAAACCTATCTTGCTTGACACTGGAGAAATGACAAAGCCATATGACTGGGCTCCGTCAA 1558
Query 1550 TTCTTTCATTGCAAATTCTACGTATTGGACAACTTTTCATTCTTAGCGTTCCTGGAGAAT 1609
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTCTTTCATTGCAAGTTCTACGTATTGGACAACTTTTCATTCTCAGCGTTCCTGGAGAAT 1618
Query 1610 TTACAACCATGGCTGGAAGGCGTCTCCGCGATGCAGTGAAGACACAACTTAAAAACAGTG 1669
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTACAACTATGGCTGGAAGGCGTCTCCGCTATGCAGTGAAAACACAACTTAAAAACAGTG 1678
Query 1670 GTAATAAAGATTTGAGCGGTGAGATTCACGTCGTGATAGCTGGATTAGCTAATGGTTACT 1729
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1679 GTAATAAAGATTTGAGCGGTGAGATTCACGTTGTGATAGCTGGATTGGCTAATGGTTACT 1738
Query 1730 CACAGTATGTGACTACCTTTGAGGAGTATCAAGTGCAGAGATATGAGGGTGCATCTACGT 1789
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1739 CACAGTATGTGACTACTTTTGAGGAGTATCAAGTGCAGAGATACGAGGGTGCATCTACGT 1798
Query 1790 TATATGGCCCACACACCCTCAGTGGCTACATTCAAGAGTTCAAGAAACTCTCCAAATCTC 1849
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TATATGGGCCACACACCCTCAGTGGCTACATTCAAGAGTTCAAGAAACTCTCCAAATCTC 1858
Query 1850 TCGTCCTTGATATGCCTGTTCAACCGGGGCCTCAACCGCCGGATCTTCTTGACAAGCAAC 1909
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1859 TCGTCCTTGATATGCCTGTTCAACCGGGGCCTCAACCGCCGGATCTCCTTGACAAGCAAC 1918
Query 1910 TTAGCTTCCTCACACCAGTCATGATGGACACAACTCCT-GACGGAGACAGTTTCGGGGAT 1968
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1919 TAAGCTTCCTCACACCAGTCATGATGGACACAACTCCTAG-CGGAGACAGTTTCGGGGAT 1977
Query 1969 GTGATTTCGGATGTTCCTAAAAACTTTTCTGTGAAGAGGGGAAACGACCAGGTGACTGTT 2028
|| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||
Sbjct 1978 GTTATTTCGGATGTTCCTAAAAACTTGTCTTTGAAGAGAGGAAACGGCCAGGTGACCGTT 2037
Query 2029 GTATTCCGGTCAGCTTGTCCTAGAAACGATCTACTGACAGAAGGGACGTTTGCTCTGGTG 2088
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2038 GTATTCCGGTCAGCCTGCCCTAGAAACGATCTACTGACAGAAGGGACGTTTACACTGGTG 2097
Query 2089 GAGAAACTAGAACAGAAGGACAAGACTTGGACCCCAGTTTATGACGACGATGATCTATGT 2148
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GAGAGACTAGAGCAGAAGGACAAGACTTGGACCCCGGTTTATGACGACGATGATCTATGT 2157
Query 2149 CTGAGGTTCAAGTGGTCGAGGCCTAAAAAGCTGAGCTCCCGAAGTCAGGCCACTGTGGAA 2208
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2158 CTGAGGTTCAAGTGGTCGAGGCATAAAAAGCTGAGCTCCCGGAGTCAGGCCACTGTGGAA 2217
Query 2209 TGGAGAATTCCCGAGTCTGCATCACCAGGGGTTTACAGGATCACCCATTTTGGTGCTGCA 2268
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 TGGAGAATTCCCGAGTCTGCATCACCAGGGGTTTATAGGATCACCCATTTTGGTGCTGCA 2277
Query 2269 AAGAAGCTCTTTGGGTCAGTCCACCATTTCACAGGCTCTTCTGGTGCTTTTGTTGTAACA 2328
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2278 AAGAAGCTTTTTGGGTCAGTCCATCATTTCACAGGCTCTTCTAGTGCTTTCGTTGTAACA 2337
Query 2329 TAA 2331
|||
Sbjct 2338 TAA 2340
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115712256225
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5