BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg312200
Length=3063
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G11720.2 | Symbols: SS3 | starch synthase 3 | chr1:3951553-3... 4530 0.0
> AT1G11720.2 | Symbols: SS3 | starch synthase 3 | chr1:3951553-3957044
FORWARD LENGTH=3533
Length=3533
Score = 4530 bits (2453), Expect = 0.0
Identities = 2709/2829 (96%), Gaps = 31/2829 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 238 GATGATGCTTTGTTAGAA-AGAAAGTTAAAACTTGAAAGAGAGAATCTTCGTAGGAAGGA 296
||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 GATGATGATTTGTTAGAACA-AAAGTTAAAACTTGAAAGAGAGAATCTTCGTAGGAAGGA 583
Query 297 AATAGAAGCGCTTGCAGTAGAACATTTGGCGAGAGGTGATAGAATGTTTGTGTATCCCGT 356
||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 AATAGAAACGCTTGCAGCGGAAAATTTGGCGAGAGGTGATAGAATGTTTGTGTATCCCGT 643
Query 357 TATTGTGAAACCCGATGAAGACATAGAAGTGTTTCTCAACAGGAATCTGTCAACTCTGAA 416
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 644 TATTGTGAAACCTGATGAAGACATAGAAGTGTTTCTCAACAGGAATCTGTCGACTCTGAA 703
Query 417 GAACGAACCAGATGTTTTGATCATGGGGGCGTTTAACGAATGGAGATGGAAGTCTTTCAC 476
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 TAACGAACCCGATGTTTTGATCATGGGGGCGTTTAACGAATGGAGATGGAAGTCTTTCAC 763
Query 477 GAGGAGATTGGAAAAGACATGGATCCATGGAGATTGGTTGTCATGTCTCCTTCATATCCC 536
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 AAGGAGATTGGAAAAGACCTGGATCCATGAAGATTGGTTGTCATGTCTCCTTCATATCCC 823
Query 537 CAAAGAAGCTTATAAGATGGACTTTGTGTTTTTCAATGGGCAAAGTGTATATGACAACAA 596
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 CAAAGAAGCGTATAAGATGGACTTCGTGTTTTTCAATGGGCAAAGTGTATATGACAACAA 883
Query 597 TGACTCAAAAGATTTCTGTGTAGAGATAAAAGGTGGGATGGATAAAGTTGACTTTGAGAA 656
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 TGACTCAAAAGATTTTTGTGTAGAGATAAAAGGTGGGATGGATAAAGTTGACTTTGAGAA 943
Query 657 TTTTCTTCTAAAAGAGAAATTGCgagagcaagagaagttagccaaggaagaagctgagag 716
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 TTTTCTTCTAGAAGAGAAACTGCGAGAGCAAGAGAAGTTAGCCAAGGAAGAAGCTGAGAG 1003
Query 717 ggagaggcaaaaagaagagaagaggagaattgaagctcaaaaggCTGCAATTGAAGCTGA 776
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 GGAGAGGCAAAAAGAAGAGAAGAGAAGAATCGAAGCTCAAAAGGCTGCAATTGAAGCTGA 1063
Query 777 TAGAGCACAAGCTAAGGCGGAGACTCAGAAGAGACGTGAATTGCTTCAACCGGCTATTAA 836
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 TAGAGCACAAGCAAAGGCGGAGACTCAGAAGAGACGTGAATTGCTTCAACCGGCTATTAA 1123
Query 837 GAAGGCTGTAATCTCGGCTGAGAATGTTTGGTACATTGAGCCGAGTGATTTCAAGGCTGA 896
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 GAAAGCTGTAGTCTCGGCTGAGAATGTTTGGTACATTGAGCCGAGTGATTTCAAGGCTGA 1183
Query 897 AGATACAGTGAAGCTATATTACAATAAAACGTCAGGTCCTCTGGCTAATTCCAAAGAACT 956
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1184 AGATACAGTGAAGCTATATTACAATAAAAGGTCAGGTCCTCTGACTAATTCCAAAGAACT 1243
Query 957 CTGGTTACATGGAGGGTTTAATAATTGGGTTGATGGATTATCTATCGTTGTAAAGCTTGT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 GTGGTTACATGGAGGGTTTAATAATTGGGTTGATGGATTATCTATCGTTGTAAAGCTTGT 1303
Query 1017 TGATGCTGAGTTAAAGGATGATGATCCAAAGAGTGGAAATGATGATTCAAAGAGCGGAAA 1076
| |||||||||| | | | | || | | | |||| |||||||||||||
Sbjct 1304 TAATGCTGAGTT--A--A--A-G-------GA-T-G---T--TGATCCAAAGAGCGGAAA 1342
Query 1077 TTGGTGGTTCGCTGAAGTTGTAGTGCCTGCCAGTGCTCTAGTCATTGACTGGGTCTTTGC 1136
||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 TTGGTGGTTCGCTGAAGTTGTAGTGCCTGGCGGTGCACTAGTCATTGACTGGGTCTTTGC 1402
Query 1137 TGATGGACCGCCTAAAGGAGCGGTTCTGTATGACAATAATTTTTACCAAGACTTCCACGC 1196
||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1403 TGATGGACCACCTAAAGGAGCGTTTCTGTATGACAATAATGGTTACCAAGACTTCCACGC 1462
Query 1197 ACTTGTTCCTCGAAAAAC-TCCTGAAGAACTTTACTGGTTAGAGGAAGAAAATATGATTT 1255
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 ACTTGTTCCTC-AAAAACTTCCTGAAGAACTTTACTGGTTAGAGGAAGAAAATATGATTT 1521
Query 1256 TTAGAAAACTTCAGGAGGAGAGGCGGTTAAAAGAGGAAGTTATGCGTGCCAAGATGGAAA 1315
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 TTAGAAAACTTCAGGAGGATAGGCGGTTAAAAGAGGAAGTTATGCGTGCCAAGATGGAAA 1581
Query 1316 AGACAGCTCGCTTGAAAGCCGAAACTAAGGAAAGAACACTTAAAAAGTTTCTGCTATCCC 1375
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1582 AAACAGCTCGCTTGAAAGCTGAAACTAAGGAAAGAACACTGAAAAAGTTTCTGCTATCCC 1641
Query 1376 AGAAAGACGTGGTTTACACTGAGCCTGTAGAGATTCAAGCAGGAAACCCTGTGACTGTTT 1435
||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1642 AGAAAGACGTGGTTTACACCGAGCCTCTAGAGATTCAAGCAGGAAACCCTGTGACTGTAT 1701
Query 1436 TATACAATCCTGCAAACACGGTTTTGAATGGAAAGCCTGAAGTTTGGTTTAGAGGCTCTT 1495
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 TGTACAATCCTGCAAACACGGTTTTGAATGGAAAACCTGAAGTTTGGTTTAGAGGCTCTT 1761
Query 1496 TTAATCGTTGGACTCACCGCTTGGGCCCTTTGCCACCTCAGAAAATGGAAGCAGCAGATG 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1762 TTAATCGTTGGACTCACCGCTTGGGCCCTTTGCCACCTCAGAAAATGGAAGCAACAGATG 1821
Query 1556 ATGGAAGCTCACACATGAAGACTACGGCTAAGGTCCCATTGGATGCTTACATGATGGACT 1615
||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1822 ATGAAAGCTCACATGTGAAGACTACGGCTAAGGTCCCATTGGATGCTTACATGATGGACT 1881
Query 1616 TTGTGTTCTCTGAGAAAGAGGATGGCGGAATATTCGATAACAAAAATGGTCTGGATTACC 1675
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882 TTGTGTTCTCTGAGAAAGAGGATGGCGGAATATTTGATAACAAAAATGGTCTGGATTACC 1941
Query 1676 ATTTACCGGTTGTGGGAGGTATTTCAAAGGAACCACCATTGCACATTGTTCATATTGCTG 1735
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1942 ATTTACCAGTCGTGGGAGGTATTTCAAAGGAACCACCATTGCACATTGTTCATATTGCTG 2001
Query 1736 TTGAAATGGCACCCATCGCAAAGGTTGGAGGTCTAGGTGATGTCGTCACTAGTCTATCTC 1795
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2002 TTGAAATGGCACCCATCGCAAAGGTTGGTGGCCTAGGTGATGTTGTCACTAGTCTATCTC 2061
Query 1796 GCGCTGTTCAAGAATTAAACCATAATGTGGACATCA-TTTTTCCAAAGTATGATTGCTTA 1854
||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2062 GCGCTGTTCAAGAATTAAACCATAATGTGGATAT-AGTTTTTCCAAAGTATGATTGCATA 2120
Query 1855 AAGCACAACTTTGTGAAGGACTTGCAATTCAACAGAAGCTATCACTGGGGAGGAACCGAA 1914
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2121 AAGCACAATTTTGTGAAGGACTTGCAATTTAACAGAAGCTATCACTGGGGAGGAACTGAA 2180
Query 1915 ATAAAAGTTTGGCATGGAAAAGTAGAAGGCCTTTCTGTTTACTTCTTAGATCCACAAAAT 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 ATAAAAGTTTGGCATGGAAAAGTAGAAGGCCTTTCGGTTTACTTCTTAGATCCACAAAAT 2240
Query 1975 GGATTGTTTCAGCGAGGATGTGTTTACGGTTGTGCAGATGATGCAGGAAGATTCGGTTTC 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2241 GGATTGTTTCAGCGAGGATGTGTTTACGGTTGTGCAGATGATGCAGGAAGATTCGGTTTC 2300
Query 2035 TTCTGTCATGCGGCTCTTGAATTTCTTCTCCAAGGAGGTTTCCATCCAGACATCCTTCAC 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2301 TTCTGTCATGCGGCTCTTGAATTTCTTCTCCAAGGAGGTTTCCATCCAGACATTCTTCAC 2360
Query 2095 TGTCACGACTGGTCTAGTGCTCCGGTTTCATGGTTATTCAAGGATCAATACACGA-ATTA 2153
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||
Sbjct 2361 TGTCATGACTGGTCTAGTGCTCCGGTTTCATGGTTATTCAAGGATCATTACAC-ACAGTA 2419
Query 2154 CGGTTTAATTAAAACCCGTGTTGTCTTCACAATTCATAATTTGGAATTTGGAGCAAATGC 2213
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2420 CGGTTTAATTAAAACCCGTATTGTCTTCACAATTCATAATTTGGAATTTGGAGCGAATGC 2479
Query 2214 CATTGGTAAAGCAATGAAATTTGCAGACAAAGCTACAACGGTTTCGCCAACCTATGCTAA 2273
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2480 CATTGGTAAAGCAATGACATTTGCAGACAAAGCCACAACGGTTTCACCAACTTATGCTAA 2539
Query 2274 GGAAGTTGCTGGAAACTC-GCTAATCTCTCCTCATTTATACAAGTTTCACGGAATCATAA 2332
|||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2540 GGAAGTTGCTGGAAACTCTG-TAATCTCTGCACATTTATACAAATTTCACGGAATTATAA 2598
Query 2333 ACGGGATCGACCCAGATATATGGGATCCATATAACGATAACTTTATTCCCGTACCTTATA 2392
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 ACGGGATTGACCCAGATATATGGGATCCATATAACGATAACTTTATTCCCGTACCTTATA 2658
Query 2393 CTTCAGAGAACGTTGTAGAAGGCAAAAGAGCAGCCAAGGAAGAATTGCAAAACAGGCTTG 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2659 CTTCAGAGAACGTTGTAGAAGGCAAAAGAGCAGCCAAGGAAGAATTGCAAAACAGGCTTG 2718
Query 2453 GACTAAAGAGTGCCGATCTTCCAGTAGTAGGAATTATTACGCGCTTAACACACCAGAAGG 2512
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2719 GACTAAAGAGTGCCGATTTTCCAGTAGTAGGAATTATTACGCGCTTAACACACCAGAAGG 2778
Query 2513 GAATACATTTGATCAAGCACGCTATTTGGCGTACCTTGGAACGGAATGGACAGGTTGTCT 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2779 GAATACATTTGATCAAGCACGCTATTTGGCGTACCTTGGAACGGAATGGACAGGTTGTCT 2838
Query 2573 TGTTAGGTTCAGCTCCAGATCCTCGGATCCAAAATGATTTTGTAAACTTGGCAAACCAAT 2632
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2839 TATTAGGTTCAGCTCCAGATCCTCGGATCCAAAATGATTTTGTAAACTTGGCAAACCAAT 2898
Query 2633 TGCATTCTTCTCATGGTGACCGAGCTCGGCTTGTTCTAACCTACGATGAACCTCTTTCCC 2692
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2899 TACATTCTTCTCATGGTGACCGGGCTCGGCTTGTTCTAACCTACGATGAACCTCTTTCCC 2958
Query 2693 ATTTGATTTACGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGTACCGTCAATATTTGAGCCGTGTGGAC 2752
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2959 ATTTGATTTATGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGTACCGTCGATATTTGAGCCATGTGGAC 3018
Query 2753 TGACACAGCTCATAGCCATGAGATACGGTGCTGTTCCTGTTGTTAGAAAAACTGGAGGAC 2812
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3019 TGACACAGCTCATAGCCATGAGATACGGCGCTGTTCCTGTTGTTAGAAAAACTGGAGGAC 3078
Query 2813 TCTTTGACACAGTATTTGATGTTGACCACGATAAAGAAAGGGCACAAGCTCAAGTTCTAG 2872
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3079 TCTTTGATACGGTTTTTGATGTTGACCACGATAAAGAAAGGGCACAAGCTCAAGTTCTAG 3138
Query 2873 AACCTAATGGCTTCAGCTTCGACGGGGCTGATGCTCCTGGTGTTGATTATGCTCTCAATA 2932
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3139 AACCTAATGGTTTCAGCTTCGACGGAGCTGATGCTCCTGGTGTTGATTATGCTCTCAATA 3198
Query 2933 GGGCGATATCGGCGTGGTACGATGGTAGAGAGTGGTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGA 2992
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3199 GGGCGATATCGGCGTGGTACGATGGTAGAGAGTGGTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGA 3258
Query 2993 TGGAGCAAGACTGGTCATGGAACCGTCCTGCACTTGAATATCTTGAGCTTTATCACTCTG 3052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3259 TGGAGCAAGACTGGTCATGGAACCGTCCTGCACTTGAGTATCTTGAGCTCTATCACTCTG 3318
Query 3053 CACGCAAGT 3061
|||||||||
Sbjct 3319 CACGCAAGT 3327
Score = 379 bits (205), Expect = 8e-104
Identities = 230/242 (95%), Gaps = 2/242 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTGCTTCAGGACCAAAAAGCTCAGGTCCCAGAGGTTTTGGACGAC-AACCAACAGT 59
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||
Sbjct 252 ATGGCTGCTTCAGGACCAAAAAGCTCAGGTCCCAGAGGTTTTGGGCGACGAA-CAACAGT 310
Query 60 AGGAAGTGCTCAGAAAAGAACTCAGAAGAAGAATGGTGAAAAAGATAGTAATGCCACTTC 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 AGGAAGTGCTCAGAAAAGAACTCAGAAGAAGAATGGTGAAAAAGATAGTAATGCCACTTC 370
Query 120 TACAGCAACAAACGAGGTTTCAGGGGTTACTAAGTTGCCCGAAGCTAAAGCGGATGTACA 179
||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 371 TACAGCAACAAACGAGGTTTCAGGGATTAGTAAGTTGCCCGCAGCTAAAGTGGATGTACA 430
Query 180 GAAACAAGGCTCTGTTGTTTTTAATGAGAGGAATGTGTTAGATAAGTCGGATATTGAGGA 239
||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 431 GAAGCAAAGCTCTGTTGTTTTGAATGAGAGAAATGTGTTAGATAGGTCGGATATTGAGGA 490
Query 240 TG 241
||
Sbjct 491 TG 492
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152306838948
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5