BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg319240
Length=1482
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G25757.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor PA... 2311 0.0
AT5G25754.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor PA... 2311 0.0
> AT5G25757.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor
PAF67 | chr5:8965245-8967504 REVERSE LENGTH=1859
Length=1859
Score = 2311 bits (1251), Expect = 0.0
Identities = 1410/1487 (95%), Gaps = 10/1487 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTTGTGGT-ACACATGTACAGACACATAAGGGATAA 59
|||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 108 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAGTCGTTCGT-GTCACACATGTACAGACACATAAGGGATAA 166
Query 60 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAACGTCT 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 167 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAGCGTCT 226
Query 120 GTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCCATAGCTCCATACGTAGACAACGACCA 179
||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 227 GTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATTGCTCCTTACGTAGACAACGACCA 286
Query 180 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGCTATCTCC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 287 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGTTGTCTCC 346
Query 240 TACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGATAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTT 299
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 347 GACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTT 406
Query 300 GCATGGGGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 359
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 407 GCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 466
Query 360 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 419
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 526
Query 420 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 479
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 527 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 586
Query 480 CTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAAATTCTTGAGCAGGACAAGCATGG 539
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||
Sbjct 587 CTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAGATCCTTGAGCATGACAAGGATGG 646
Query 540 ACTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTACAGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAA 599
|||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||
Sbjct 647 CCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTCAGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAA 703
Query 600 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 763
Query 660 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCAAGGTGTTTACACCAG 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 764 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCCAGGTGTTTACACCAG 823
Query 720 TGTCATTGGATGCCATATCGCTACCATCTATCACTATGGATTTGCCAACCTTATGTTGCG 779
||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 824 TGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTATGGATTTGCCACCCTTATGTTGCG 883
Query 780 -ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 838
| | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 GAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 942
Query 839 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 1002
Query 899 ATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAACCTAATCTCGTTGACGACTCTG 958
| || || |||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1003 ACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAACTCGTTGACGAGTCTG 1062
Query 959 TCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTATGACG 1018
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1063 TCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTCTGACG 1122
Query 1019 ATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTATGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1078
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 ACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1182
Query 1079 CTTCC-C-C-ACCATGTTTAGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1135
||||| | | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 CTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1242
Query 1136 TTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1195
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 TTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1302
Query 1196 CATTCCTAAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1255
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 CTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1362
Query 1256 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATGCAGTTGATT 1315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1363 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATTCAGTTGATT 1422
Query 1316 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTACATCAACAATGACATGATCT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1423 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTTCATCAACAACGACATGATCT 1482
Query 1376 ACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGACAGATTGCCA 1435
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1483 ACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCA 1542
Query 1436 AGCTTGAAGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAAACTGGAATGA 1482
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1543 AGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAAGCTGGAATGA 1589
> AT5G25754.1 | Symbols: | RNA polymerase I-associated factor
PAF67 | chr5:8953451-8955790 FORWARD LENGTH=1937
Length=1937
Score = 2311 bits (1251), Expect = 0.0
Identities = 1410/1487 (95%), Gaps = 10/1487 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTTGTGGT-ACACATGTACAGACACATAAGGGATAA 59
|||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 177 ATGGTGCCGGATTCGGTGAAATCGTTCGT-GTCACACATGTACAGACACATAAGGGACAA 235
Query 60 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAACGTCT 119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 236 GAACGTGTACGAGATCCACCAGATGTGTGAGACATCGTTCCAGAGCATATCGGAGCGTCT 295
Query 120 GTTCAAGGAGACGCCATGGCCAAGTGTGGAAGCCATAGCTCCATACGTAGACAACGACCA 179
||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 296 GTTCAAGGACACGCCGTGGCCAAGTGTGGAAGCGATTGCTCCTTACGTAGACAACGACCA 355
Query 180 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGCTATCTCC 239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 356 TGTGTTCTGTCTTCTGTACCGTGAGATGTGGTTTCGACATTTGTATGCGAGGTTGTCTCC 415
Query 240 TACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGATAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTGGTGTT 299
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 416 GACGTTGAAGCAGAGGATTGATTCTTATGACAACTATTGCAGCCTCTTTCAGGTTGTGTT 475
Query 300 GCATGGGGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 359
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 476 GCACGGCGTAGTGAATATGCAGTTGCCGAACCAGTGGTTGTGGGATATGGTGGATGAGTT 535
Query 360 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAGTTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 419
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 536 TGTCTACCAGTTCCAAAGTTTCTGTCAATTCAGAGCAAAGCTCAAGAACAAAACAGAGGA 595
Query 420 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCATGATAAGGCATGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 479
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GGAGATTGCATTGCTCAGACAGCACGATAAGGCCTGGAATGTCTATGGCGTGCTCAACTT 655
Query 480 CTTGCAAGCACTTGTGGAAAAGTCTTGTATCATCCAAATTCTTGAGCAGGACAAGCATGG 539
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||
Sbjct 656 CTTGCAAGCACTTGTGGAGAAGTCTTGTATCATCCAGATCCTTGAGCATGACAAGGATGG 715
Query 540 ACTTGAACAGTTCACTGCCACTGATGGCTACGATTACAGCGGTGGAAGTAACGTCTTGAA 599
|||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||
Sbjct 716 CCTTG---AGTTCACTGAGACTGATGGCTACGATTTCAGCGGTGGCAGCAACGTCTTGAA 772
Query 600 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 GGTCCTCGGTTACTTCAGCATGGTCGGTCTCTTGCGTGTTCACTGCCTCCTCGGTGACTA 832
Query 660 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCAAGGTGTTTACACCAG 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 833 CCACACTGCTCTCAAATGGTTGCAGCCCATTGACATCACTCAGCCAGGTGTTTACACCAG 892
Query 720 TGTCATTGGATGCCATATCGCTACCATCTATCACTATGGATTTGCCAACCTTATGTTGCG 779
||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 893 TGTCATTGGTTGCCATATCGCTACTATCTACCACTATGGATTTGCCACCCTTATGTTGCG 952
Query 780 -ACGCTATCTAGATTCTGTTCGTGAATTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 838
| | ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 GAGG-TATGTCGATGCTGTTCGTGAGTTCAACAAGATTCTCCTCTACATTTTCAAGACTA 1011
Query 839 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 AGCAGTACCATCAAAAGTCACCTCAGTACGAGCAATTACTCAAGAAGAATGAGCAGATGT 1071
Query 899 ATGCATTACTTGCTCTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAACCTAATCTCGTTGACGACTCTG 958
| || || |||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1072 ACGCTTTGCTTGCTCTCTCCCTCTCCCTCTGCCCTCAAACTAAACTCGTTGACGAGTCTG 1131
Query 959 TCAGCTCTCAGTTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTATGACG 1018
||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1132 TCAACTCTCAGCTGCGAGACAAGTATGGTGAAAAGATGATGAGGATGCTGAGGTCTGACG 1191
Query 1019 ATGAGGCCTTTGGTATTTACGATGAGCTCTTCTCTTATGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1078
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 ACGAGGCCTTTGGTATTTATGATGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTTATCACCC 1251
Query 1079 CTTCC-C-C-ACCATGTTTAGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1135
||||| | | |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 CTTCCGCACCACCAACTTTCGAGGAACCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCATACAGGC 1311
Query 1136 TTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1195
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 TTCAGCTGAAGATGTTCCTTTACGAGGTAAAGCAGCAGCAGCTCTTGTCGGGAGTGCGGA 1371
Query 1196 CATTCCTAAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1255
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 CTTTCCTGAAAGTCTACTCCTCCATTTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTG 1431
Query 1256 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATGCAGTTGATT 1315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1432 ATGAGCCCACTCTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACCCATTCAGTTGATT 1491
Query 1316 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTACATCAACAATGACATGATCT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1492 CCGATGGTAGGATCATCTCCAATGCAGACATTGATTTCTTCATCAACAACGACATGATCT 1551
Query 1376 ACGTTGTGGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGACAGATTGCCA 1435
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1552 ACGTTGTCGAATCAAAACCCGCAAAACGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGGCAGATTGCCA 1611
Query 1436 AGCTTGAAGGTGTGATAAACGACATGGATCGTGTCAAACTGGAATGA 1482
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1612 AGCTTGAAGGTGTGATCAACGACATGGATCGTGTCAAGCTGGAATGA 1658
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 73091993520
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5