BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg327775 Length=1503 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G38130.1 | Symbols: HD1, ATHD1, HDA1, RPD3A, HDA19, ATHDA19 ... 2560 0.0 > AT4G38130.1 | Symbols: HD1, ATHD1, HDA1, RPD3A, HDA19, ATHDA19 | histone deacetylase 1 | chr4:17896292-17899491 REVERSE LENGTH=1900 Length=1900 Score = 2560 bits (1386), Expect = 0.0 Identities = 1458/1494 (98%), Gaps = 0/1494 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGATACTGGCGGCAATTCGCTGGCGTCCGGACCTGATGGTGTGAAGAGGAAAGTTTGT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 194 ATGGATACTGGCGGCAATTCGCTGGCGTCCGGACCTGATGGTGTGAAGAGGAAAGTTTGT 253 Query 61 TATTTCTATGACCCTGAGGTCGGCAATTACTACTATGGCCAAGGTCACCCCATGAAGCCC 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 254 TATTTCTATGACCCTGAGGTCGGCAATTACTACTATGGCCAAGGTCATCCCATGAAGCCC 313 Query 121 CATCGCATCCGCATGACCCATGCCCTTCTCGCTCACTACGGTCTCCTTCAGCATATGCAG 180 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 314 CATCGCATCCGCATGACCCATGCCCTCCTCGCTCACTACGGTCTCCTTCAGCATATGCAG 373 Query 181 GTTCTCAAGCCCTTCCCTGCCCGCGACCGTGATCTATGCCGCTTCCACGCCGACGACTAC 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 374 GTTCTCAAGCCCTTCCCTGCCCGCGACCGTGATCTCTGCCGCTTCCACGCCGACGACTAT 433 Query 241 GTCTCCTTTCTCCGCAGCATTACCCCTGAAACCCAGCAAGATCAGATTCGCCAACTCAAG 300 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 434 GTCTCTTTTCTCCGCAGCATTACCCCTGAAACCCAGCAAGATCAGATTCGCCAACTTAAG 493 Query 301 CGCTTCAATGTTGGTGAAGACTGTCCCGTCTTTGACGGCCTTTATTCCTTTTGCCAGACC 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 494 CGCTTCAATGTTGGTGAAGACTGTCCCGTCTTTGACGGCCTTTATTCCTTTTGCCAGACC 553 Query 361 TATGCTGGGGGCTCTGTTGGTGGCTCTGTCAAGCTAAACCACGGCCTCTGCGATATTGCC 420 |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 554 TATGCTGGAGGATCTGTTGGTGGCTCTGTCAAGCTTAACCACGGCCTCTGCGATATTGCC 613 Query 421 ATCAACTGGGCTGGTGGTCTCCATCACGCTAAGAAGTGCGAGGCCTCTGGCTTCTGTTAC 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 614 ATCAACTGGGCTGGTGGTCTCCATCACGCTAAGAAGTGCGAGGCCTCTGGCTTCTGTTAC 673 Query 481 GTCAATGATATCGTCTTAGCTATCCTAGAGCTCCTTAAGCAGCACGAGCGTGTTCTTTAT 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 674 GTCAATGATATCGTCTTAGCTATCCTAGAGCTCCTTAAGCAGCATGAGCGTGTTCTTTAT 733 Query 541 GTCGATATTGATATCCACCACGGGGATGGAGTGGAGGAGGCATTTTATGCTACTGACAGG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 734 GTCGATATTGATATCCACCACGGGGATGGAGTGGAGGAGGCATTTTATGCTACTGACAGG 793 Query 601 GTTATGACTGTCTCGTTCCATAAATTTGGTGATTACTTTCCCGGTACAGGTCACATACAG 660 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 794 GTTATGACTGTCTCGTTTCATAAATTTGGTGATTACTTTCCCGGTACAGGTCACATTCAG 853 Query 661 GATATAGGTTATGGTAACGGAAAGTACTATTCTCTCAATGTACCACTGGATGATGGAATT 720 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 854 GATATAGGTTATGGTAGCGGAAAGTACTATTCTCTCAATGTACCACTGGATGATGGAATC 913 Query 721 GATGATGAGAGCTATCATCTGTTATTCAAGCCCATCATGGGGAAAGTTATGGAAGTTTTC 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 914 GATGATGAGAGCTATCATCTGTTATTCAAGCCCATCATGGGGAAAGTTATGGAAATTTTC 973 Query 781 CGACCAGGGGCTGTGGTATTGCAGTGCGGTGCTGATTCATTGTCTGGTGATAGGTTGGGG 840 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 974 CGACCAGGGGCTGTGGTATTGCAATGTGGTGCTGATTCATTGTCTGGTGATAGGTTGGGG 1033 Query 841 TGCTTTAATCTTTCAATCAAAGGTCATGCTGAGTGCGTCAAATTTATGAGATCGTTCAAT 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1034 TGCTTTAATCTTTCAATCAAAGGTCATGCTGAGTGCGTCAAATTTATGAGATCGTTCAAT 1093 Query 901 GTTCCCCTACTGCTCTTGGGTGGTGGTGGTTACACCATCCGCAATGTTGCCCGTTGCTGG 960 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1094 GTTCCCCTACTGCTCTTGGGTGGTGGTGGTTACACTATCCGCAATGTTGCCCGTTGCTGG 1153 Query 961 TGCTACGAGACTGGAGTTGCACTTGGTGTTGAAGTTGAAGATAAGATGCCGGAGCATGAA 1020 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1154 TGCTACGAGACTGGAGTTGCACTTGGAGTTGAAGTTGAAGACAAGATGCCGGAGCATGAA 1213 Query 1021 TATTATGAATATTTTGGTCCAGACTATACACTTCACGTTGCTCCAAGTAACATGGAAAAT 1080 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1214 TATTATGAATACTTTGGTCCAGACTATACACTTCACGTTGCTCCAAGTAACATGGAAAAT 1273 Query 1081 AAGAATTCTCGTCAGATGCTTGAAGAGATTCGCAATGACCTTCTCCACAATCTCTCTAAG 1140 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1274 AAGAATTCTCGTCAGATGCTTGAAGAGATTCGCAATGACCTTCTCCACAATCTCTCTAAG 1333 Query 1141 CTTCAGCATGCTCCAAGTGTGCCATTCCAGGAAAGACCACCAGATACAGAGGCTCCCGAG 1200 |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 1334 CTTCAGCATGCTCCAAGTGTACCATTTCAGGAAAGACCACCTGATACAGAGACTCCCGAG 1393 Query 1201 GTTGATGAAGACCAAGAAGATGGAGATAAAAGATGGGATCCGGATTCAGATATGGATGTA 1260 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1394 GTTGATGAAGACCAAGAAGATGGGGATAAAAGATGGGATCCGGATTCAGACATGGATGTT 1453 Query 1261 GATGATGACCGTAAACCTATACCAAGCAGAGTAAAAAGAGAAGCTGTTGAACCAGATACA 1320 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1454 GATGATGACCGTAAACCTATACCAAGCAGAGTAAAAAGAGAAGCTGTTGAACCAGATACA 1513 Query 1321 AAGGACAAGGATGGACTGAAAGGAGTTATGGAGCGTGGCAAAGGTTGTGAGGTGGGGGTG 1380 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| Sbjct 1514 AAGGACAAGGATGGACTGAAAGGAATTATGGAGCGTGGAAAAGGTTGTGAGGTGGAGGTG 1573 Query 1381 GATGAGAGTGGAAGCAGTAAGGTTACAGGAGTAAACCCAGTGGGAATGGAGGAAGCAAGT 1440 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1574 GATGAGAGTGGAAGCACTAAGGTTACAGGAGTAAACCCAGTGGGAGTGGAGGAAGCAAGT 1633 Query 1441 GTGAAAATGGAAGAGGAAGGAACAAGCAAGGGTGGGGCGGACCAGGTGTTTCCT 1494 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| Sbjct 1634 GTGAAAATGGAAGAGGAAGGAACAAACAAGGGTGGGGCGGAGCAGGCGTTTCCT 1687 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 74146204965 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5