BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg329750
Length=2589
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G17770.1 | Symbols: ATTPS5, TPS5 | trehalose phosphatase/syn... 4366 0.0
> AT4G17770.1 | Symbols: ATTPS5, TPS5 | trehalose phosphatase/synthase
5 | chr4:9876238-9880254 FORWARD LENGTH=3052
Length=3052
Score = 4366 bits (2364), Expect = 0.0
Identities = 2515/2590 (97%), Gaps = 2/2590 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTATCAAGATCTTATTCAAACCTCTTGGATCTTGCTTCTGGCAATTTCCATTCGTTT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 294 ATGGTATCAAGATCTTATTCAAACCTCTTGGATCTTGCTTCTGGTAACTTCCATTCGTTT 353
Query 61 TCTCGGGAAAAGAAGAGGTTTCCAAGAGTAGCAACTGTCACAGGTGTCTTATCTGAGCTA 120
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 354 TCTCGAGAAAAGAAGAGGTTTCCAAGAGTAGCAACTGTCACTGGTGTCTTATCTGAGCTA 413
Query 121 GATGATGATAACAACAGCAACAGTGTCTGCTCTGATGCTCCTTCTTCAGTCACACAAGAT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 414 GATGATGATAACAACAGCAACAGTGTCTGCTCTGATGCTCCTTCTTCCGTCACACAAGAT 473
Query 181 CGAATCATCATCGTTGGAAATCAGCTTCCTATTAAGTCACATCGAAACTCGGCCGGTAAA 240
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 474 CGAATCATCATCGTTGGAAACCAGCTTCCTATTAAATCACATCGGAACTCTGCTGGTAAA 533
Query 241 TTGAGTTTTAGTTGGGACAATGACTCGCTTCTCTTGCAGCTTAAAGACGGTATGCGTGAA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 534 TTGAGTTTTAGTTGGGACAATGACTCGCTTCTCTTGCAGCTTAAAGATGGTATGCGTGAA 593
Query 301 GATATGGAAGTTGTCTACATTGGTTGTCTTAAGGAACAAATCGATATAGTTGAGCAAGAT 360
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||
Sbjct 594 GATATGGAAGTTGTCTACATTGGTTGCCTTAAGGAACAGATTGATACAGTTGAGCAAGAT 653
Query 361 GATGTTTCTCAAAGGTTGCTTGAGAATTTCAAATGTGTTCCTGCTTATATCCCACCTGAG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 GATGTTTCTCAAAGGTTGCTTGAGAATTTCAAATGTGTTCCTGCTTATATCCCACCTGAG 713
Query 421 CTATTCACTAAGTACTATCATGGATTCTGTAAGCAACATCTATGGCCTTTGTTTCACTAC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 CTATTCACTAAGTACTATCATGGATTCTGTAAGCAACATCTATGGCCTTTGTTTCACTAC 773
Query 481 ATGCTTCCTTTAACGCCTGATCTTGGAGGTAGATTTGATCGTTCTTTATGGCAAGCTTAT 540
|||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 ATGCTTCCCTTAACTCCTGATCTTGGTGGTAGATTTGATCGTTCTTTATGGCAAGCTTAT 833
Query 541 CTTTCGGTTAACAAGATCTTTGCGGATAAAGTGATGGAAGTGATTAGTCCTGATGATGAT 600
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 CTTTCGGTTAACAAGATCTTTGCTGATAAAGTGATGGAAGTGATTAGTCCTGATGATGAT 893
Query 601 TTTGTTTGGGTTCATGACTATCACTTAATGGTTTTGCCTACA-TTCTTAAGGAAGAGGTT 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 894 TTTGTTTGGGTTCATGACTATCACTTAATGGTTTTGCCTACATTTC-TAAGGAAGAGGTT 952
Query 660 TAATAGAGTAAAGCTTGGTTTTTTCCTTCATAGCCCGTTCCCTTCCTCTGAGATATACCG 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 953 TAATAGAGTAAAGCTTGGTTTTTTCCTTCATAGCCCGTTCCCTTCCTCTGAGATTTACCG 1012
Query 720 TACTCTTCCAGTGCGAAACGAGCTCTTACGTGCACTCCTTAACGCGGATTTGATTGGGTT 779
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1013 TACTCTTCCAGTGAGAAATGAGCTCTTACGTGCACTCCTCAACGCTGATTTGATTGGCTT 1072
Query 780 TCATACCTTTGACTATGCAAGACACTTCCTTTCTTGCTGTAGCAGGATGCTTGGTTTATC 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TCATACCTTTGACTATGCAAGACACTTCCTTTCTTGTTGTAGCAGGATGCTTGGTTTATC 1132
Query 840 CTATCAGTCCAAACGTGGAACTATAGGGCTTGAGTATTATGGTCGAACGGTTAGTATCAA 899
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 CTATCAGTCCAAACGTGGAACCATAGGGCTTGAGTATTATGGTCGAACGGTTAGTATCAA 1192
Query 900 GATTCTTCCTGTGGGGATTCATATCAGCCAGCTTCAGTCAATTTTAAACCTCCCAGAGAC 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 GATTCTTCCTGTGGGGATTCATATCAGCCAGCTTCAGTCAATTTTAAACCTCCCAGAGAC 1252
Query 960 TCAGACCAAAGTTGCTGAGCTAAGAGATCAGTTCTTGGATCAGAAAGTTCTTCTCGGTGT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 TCAGACCAAAGTTGCTGAGCTAAGAGATCAGTTCTTGGATCAGAAAGTTCTTCTCGGTGT 1312
Query 1020 CGATGACATGGACATCTTCAAAGGAATCAGCCTCAAACTCTTGGCAATGGAACAACTTCT 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TGATGACATGGACATCTTCAAAGGAATCAGCCTCAAACTCTTGGCAATGGAACAACTTCT 1372
Query 1080 CACACAACATCCAGAGAAGAGAGGTCGAGTTGTACTTGTCCAGATTGCAAACCCTGCAAG 1139
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 CACACAGCATCCCGAGAAGAGAGGTCGAGTTGTACTTGTCCAGATTGCAAACCCTGCAAG 1432
Query 1140 AGGTCGTGGGAAAGACGTTCAGGAGGTTCAGTCTGAAACTGAAGCCACGGTTAAAAGGAT 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 AGGTCGTGGGAAAGACGTTCAGGAGGTTCAGTCTGAAACTGAAGCCACGGTTAAAAGGAT 1492
Query 1200 CAATGAAATGTTTGGAAGGCCGGGCTACCAACCCGTGGTTCTGATTGATACACCGCTTCA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CAATGAAATGTTTGGAAGGCCGGGCTACCAACCCGTGGTTCTGATTGATACACCGCTTCA 1552
Query 1260 GTTCTTTGAGAGGATTGCTTACTATGTGATTGCAGAGTGTTGTCTTGTTACAGCGGTAAG 1319
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 ATTCTTTGAGAGGATTGCTTACTATGTCATTGCAGAGTGTTGTCTTGTTACAGCGGTAAG 1612
Query 1320 AGATGGTATGAATCTTATACCTTATGAGTACATTATCTGCAGGCAAGGCAATCCGAAACT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1613 AGATGGTATGAATCTTATACCTTATGAGTACATTATCTGCAGGCAAGGTAATCCGAAACT 1672
Query 1380 CAACGAGACTATAGGCCTTGACCCTTCTGCTGCAAAGAAGAGTATGCTTGTTGTCTCTGA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CAACGAGACTATAGGCCTTGACCCTTCTGCTGCAAAGAAGAGTATGCTTGTTGTCTCTGA 1732
Query 1440 GTTTATTGGATGTTCTCCTTCTTTAAGCGGCGCCATTAGAGTGAATCCGTGGAACATTGA 1499
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1733 GTTTATTGGTTGTTCTCCTTCTTTAAGCGGCGCCATTAGAGTAAATCCGTGGAACATTGA 1792
Query 1500 TGCTGTGACTGAAGCAATGGACTATGCATTGATAGTTTCAGAAGCAGAGAAGCAGATGCG 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1793 TGCTGTGACTGAAGCAATGGACTATGCATTGATAGTTTCAGAAGCAGAGAAGCAAATGCG 1852
Query 1560 TCATGAGAAGCATCACAAATATGTGAGCACACACGATGTTGCGTATTGGGCGCGCAGCTT 1619
||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1853 TCACGAGAAGCATCACAAATATGTTAGCACACATGATGTTGCTTATTGGGCGCGTAGCTT 1912
Query 1620 TATACAAGATCTTGAAAGGGCTTGTGGGGATCATGTGAGGAAGAGGTGCTGGGGGATAGG 1679
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1913 TATACAAGATCTTGAAAGGGCTTGCGGGGATCATGTGAGGAAGAGGTGTTGGGGGATTGG 1972
Query 1680 TTTCGGGTTAGGCTTTCGAGTTGTGGCGCTTGATCCGAGTTTTAAAAAGCTTTCGATTGA 1739
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973 ATTCGGGTTAGGCTTTAGAGTTGTGGCGCTTGATCCGAGTTTTAAAAAGCTTTCGATTGA 2032
Query 1740 GCACATTGTCTCAGCGTATAAGAGAACCAAGAACCGAGCCATTTTGTTGGATTATGATGG 1799
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 GCACATTGTCTCAGCTTATAAGAGAACCAAGAACCGAGCCATTTTGTTGGATTATGATGG 2092
Query 1800 CACAATGGTGCAGCCAGGGTCCATTAGGACAACACCAAGCCGTGAAACAATCAAAATCTT 1859
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||
Sbjct 2093 CACAATGGTGCAGCCAGGTTCCATTAGGACAACACCAACCCGCGAAACAATCGAAATCTT 2152
Query 1860 GAACAACTTGTCTAGTGATCCCAAGAATATCGTGTACCTCGTCAGCGGGAAAGACAGAAA 1919
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2153 GAACAACCTGTCTAGTGATCCCAAGAATATCGTGTACCTCGTCAGTGGGAAAGACAGAAG 2212
Query 1920 GACACTAACCGAATGGTTTTCTTCATGTGATGATCTCGGTTTGGGTGCAGAGCACGGGTA 1979
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 GACACTAACTGAATGGTTTTCTTCATGTGACGATCTCGGTTTGGGTGCAGAGCACGGGTA 2272
Query 1980 CTTTATAAGGCCAAATGATGGAACAGACTGGGAAACGTCGAGTTTGGTATCGGGTTTTGA 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2273 TTTTATAAGGCCAAATGATGGAACAGACTGGGAAACGTCGAGTTTGGTATCAGGTTTTGA 2332
Query 2040 GTGGAAACAAATAGCAGAGCCAGTGATGAGACTGTACACAGAGACTACAGATGGATCAAC 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2333 GTGGAAACAAATAGCAGAGCCAGTGATGAGACTTTACACTGAGACTACAGATGGATCAAC 2392
Query 2100 AATAGAGACTAAAGAGACTGCTCTCGTTTGGAATTACCAATTCGCAGATCCTGATTTTGG 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 AATAGAGACTAAAGAGACTGCTCTCGTTTGGAATTACCAATTCGCAGATCCTGATTTTGG 2452
Query 2160 ATCTTGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACCTCGAAAGCGTGCTTACCAATGATCCAGT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 ATCTTGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACCTCGAAAGCGTGCTTACCAATGATCCAGT 2512
Query 2220 CTCTGTCAAGACTGGACAACAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAAGGTCT 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 CTCTGTCAAGACTGGACAACAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAAGGTCT 2572
Query 2280 TGTGGCGGAGAGGCTTCTAACAACGATGCAAGAAAAAGGGAAACTTTTAGATTTCATTCT 2339
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2573 TGTGGCAGAGAGGCTTCTAACAACGATGCAAGAAAAAGGGAAACTTTTGGATTTCATTCT 2632
Query 2340 CTGCGTCGGCGATGATCGGTCCGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGAGTGCAAAAGA 2399
||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2633 CTGCGTCGGTGATGATCGGTCTGATGAGGATATGTTTGAGGTGATAATGAGTGCTAAAGA 2692
Query 2400 TGGTCCAGCTTTGTCTCCTGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAG 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2693 TGGTCCAGCTTTGTCTCCTGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAG 2752
Query 2460 CAAAGCAAAATACTATTTAGACGATACGGCGGAGATAATCAGAATGCTTGATGGTCTAGC 2519
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2753 CAAAGCAAAATACTATTTAGACGATACTGCGGAGATAATCAGAATGCTGGACGGTCTAGC 2812
Query 2520 CGCCACGAACACAACTACCTCTGATCAAACCGGTTCAACCGCCACTGTTCCAACTAAAGA 2579
||| || |||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 CGCTACCAACACAACTATCTCTGATCAAACTGATTCAACCGCCACTGTTCCAACTAAAGA 2872
Query 2580 TCTGTTTTAA 2589
||||||||||
Sbjct 2873 TCTGTTTTAA 2882
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128527707966
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5