BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg333071 Length=1086 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein... 1941 0.0 > ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein | chrC:119847-122009 REVERSE LENGTH=1083 Length=1083 Score = 1941 bits (1051), Expect = 0.0 Identities = 1075/1086 (99%), Gaps = 3/1086 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60 Query 61 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120 Query 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180 Query 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240 Query 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300 Query 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360 Query 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420 Query 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480 Query 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540 Query 541 TCAATATCTCTAGGATTATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 600 |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TCAATATCTCTAC--T-ATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 597 Query 601 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 657 Query 661 ATTTCTTCTCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 720 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 ATTTCTTCCCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 717 Query 721 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATCAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 780 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATAAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 777 Query 781 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 840 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 837 Query 841 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 897 Query 901 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATC 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| Sbjct 898 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTTTTGTTCGTTTCTATC 957 Query 961 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1017 Query 1021 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACCACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1077 Query 1081 CTCTAA 1086 |||||| Sbjct 1078 CTCTAA 1083 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 53212577700 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5