BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg333664
Length=2877
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G03380.1 | Symbols: ATATG18G, ATG18G | homolog of yeast auto... 4700 0.0
> AT1G03380.1 | Symbols: ATATG18G, ATG18G | homolog of yeast autophagy
18 (ATG18) G | chr1:835785-840940 FORWARD LENGTH=3732
Length=3732
Score = 4700 bits (2545), Expect = 0.0
Identities = 2775/2886 (96%), Gaps = 15/2886 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATGAAGAAGGGGAAAGGGAAGAACAGTGGCTTGTTACCGAATTCCTTTAAGATTATA 60
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ATGATGAAGAAGGGGAAAGGAAAGAACAGTGGCTTGTTACCGAATTCCTTTAAGATTATA 430
Query 61 TCTTCTTGCCTCAAAACTGTATCGGCTAACGCCACCAACGTTGCGTCGTCGGTTCGTTCC 120
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 431 TCTTCTTGCCTTAAAACTGTATCGGCTAACGCCACCAACGTTGCGTCGTCTGTTCGTTCC 490
Query 121 GCTGGAGCCTCCGTCGCTGCTTCAATTTCCGCTGCTGAAGATGATAAAGATCAGGTGACA 180
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 491 GCTGGTGCCTCCGTTGCTGCTTCAATTTCCGCTGCTGAAGATGATAAGGATCAGGTGACC 550
Query 181 TGGGCTGGCTTTGGCATTCTTGAACTGAGTCAACATGTCACCAGACATGTTCTCTTACTC 240
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 TGGGCTGGATTTGGCATTCTTGAACTGGGTCAACATGTCACCAGACATGTTCTCTTACTC 610
Query 241 GGTTATCAGAATGGCTTTCAAGTCTTTGATGTTGAGGATGCCTCTAATTTTAATGAACTG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 611 GGTTATCAGAATGGCTTTCAAGTCTTTGATGTTGAGGATGCCTCTAATTTTAATGAACTG 670
Query 301 GTCTCTAAACGAGGTGGCCCAGTTTCATTCTTACAGATGCAGCCATTACCTGCAAGGTCT 360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 671 GTCTCTAAACGAGGTGGTCCAGTTTCATTCTTACAGATGCAGCCATTACCTGCAAGGTCT 730
Query 361 GGTGATCATGAGGGTTTTGGGAACTCACATCCTCTTTTGCTGGTTGTTGCTGGGGATGAC 420
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 GGTGATCATGAGGGTTTTTGGAACTCACATCCTCTTTTGCTGGTTGTTGCTGGGGATGAA 790
Query 421 ACAAGCGGCACTGGTTTGGGTCACAGTTTTTCCCAGAATGGTTCATTAGCAAGAGATGGT 480
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 791 ACAAATGGCACTGGTTTGGGTCACAGTTTTTCCCAGAATGGTTCATTAGCAAGAGATGGT 850
Query 481 AAATCAGACTTTAAAGCCGGGGATGCCATCAATTATCCTACCACTGTTCGCTTTTACTCC 540
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 851 AGTTCAGACTCTAAAGCCGGGGATGCCATCAATTATCCTACCACTGTTCGCTTCTACTCC 910
Query 541 CTTAGGTCCCACAGTTATGTATATGTCCTGAGATTTCGGTCATCTGTTTGCATGATTAGA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 CTTAGGTCCCACAGTTATGTATATGTCCTGAGATTTCGGTCATCTGTTTGCATGATTAGA 970
Query 601 TGCAGCTCCCGAGTAGTCGCTGTTGGCCTTGCGAATCAAATATATTGCTG-TGACGCACT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 971 TGCAGCTCCCGAGTAGTCGCTGTTGGCCTTGCGAATCAAATATATTG-TGTTGACGCACT 1029
Query 660 TACTCTGGAAAATAAGTTCAGTGTTCTAACTTATCCTGTTCCCCAGCCAGTGAGACAAGG 719
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 TACTCTGGAAAATAAGTTCAGTGTTCTCACTTATCCTGTCCCCCAGCCAGTGAGACAAGG 1089
Query 720 GACAACCAGGGTTAATGTTGGCTATGGTCCGATGGCTGTAGGTCCAAGGTGGCTTGCATA 779
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 GACAACCAGAGTTAATGTTGGCTATGGTCCGATGGCTGTAGGTCCAAGGTGGCTTGCATA 1149
Query 780 TGCGTCCAAAAGTTCCATGACCATGAAAACAGGGCGCCTAAGCCCACAGACTTTTACTTC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1150 TGCGTCCAAAAGTTCCATGACCATGAAAACAGGGCGCCTAAGCCCACAGACGTTTACTTC 1209
Query 840 TTCACCCAGTCTCAGCCCAAGTTCATCATCAGGTGGAAGTAGTTTTATGGCCCGTTATGC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 TTCACCCAGTCTCAGCCCAAGTTCATCATCAGGTGGAAGCAGTTTTATGGCCCGTTATGC 1269
Query 900 CATGGAGTCCAGCAAGCAGTTAGCCAATGGATTAATCAACCTGGGGGACATGGGATACAA 959
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 CATGGAGTCTAGCAAGCAGTTAGCCAATGGATTAATCAACCTGGGGGACATGGGATACAA 1329
Query 960 AACATTGTCAAAATACTGTCAAGATATGCTCCCTGATGGATCTACTTCTCCAGCATCACC 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 AACATTGTCAAAATACTGTCAAGATATGCTCCCTGATGGATCTACTTCTCCAGCATCACC 1389
Query 1020 AAATTCAATCTGGAAAGTTGGTGGGGTTACTGGATCAGATGCAGAGAATGCTGGAATGGT 1079
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1390 AAATGCAATCTGGAAAGTTGGTGGGGTTTCTGGATCAGATGCAGAGAATGCCGGAATGGT 1449
Query 1080 TGCTGTTAAAGATCTTGTTTCTGGAGCTTTAGTATCACAGTTCAAGGCTCATACGAGTCC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 TGCTGTTAAAGATCTTGTTTCTGGAGCTTTAGTATCACAGTTCAAGGCTCATACGAGTCC 1509
Query 1140 TATCTCAGCACTTTGTTTTGATCCTAGTGGAACTCTATTGGTTACTGCTTCAGTGTGTGG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1510 TATCTCAGCACTTTGTTTTGATCCTAGTGGAACTCTATTGGTTACTGCTTCAGTATGTGG 1569
Query 1200 GAACAATATCAATGTCTTTCAGATCATGCCATCTCGTTCACATAGTGCACCTGGTGACCT 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1570 GAACAATATCAATGTCTTTCAGATCATGCCATCTCGTTCACATAATGCACCTGGTGACCT 1629
Query 1260 AAGTTATGAGTGGGAATCTTCTCATATGCATCTTTTCAAACTGCATAGAGGAATCACTTC 1319
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1630 AAGTTATGAGTGGGAATCTTCTCATGTGCATCTCTTCAAACTGCATAGAGGGATCACTTC 1689
Query 1320 AGCTATTGTCCAGGACATTTGCTTTAGTCAGCAGAGTCAGTGGGTGGCTATTATTTCATC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1690 AGCTATTGTCCAGGACATTTGCTTTAGTCAGCAGAGTCAGTGGGTTGCTATTATTTCATC 1749
Query 1380 CAAGGGTACTTGCCATAT-TTTCGTTTTAAACTCGTCTGGTAGCGACGCTGCGATTCAAC 1438
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1750 CAAGGGTACTTGCCATATATTT-GTTTTAAACTCTTCTGGTAGCGACGCTGCGTTTCAAC 1808
Query 1439 CTTGTGAGGGTGAGGAGCCTACCCGACTTCCAGCTTCATCCTTGCCATGGTTGTTTACTC 1498
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1809 CTTGCGAGGGTGAGGAGCCTACCCGACTACCAGCTTCATCCTTGCCATGGTGGTTTACTC 1868
Query 1499 AATCGTTGTCAAATAATCAGCAGTCTTTATCGCCACCACCAGCTGTTGCCCTTTCTGTTG 1558
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1869 AATCGTTGTCAAGTAATCAGCAGTCTTTATCGCCACCAACAGCTGTTGCCCTTTCTGTTG 1928
Query 1559 TAAGCAGAATAAAGTATAGCAGTTTTGGGTGGCTTAACACAGTAAGCAATGCTGCTACTG 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1929 TAAGCAGAATAAAGTATAGCAGTTTTGGGTGGCTTAACACAGTAAGCAATGCTACTACTG 1988
Query 1619 CTGCAACTGGAAAAGTTTTTGTACCATCGGGTGCCGTGGCTGCTGTTTTTCATAAATCCG 1678
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1989 CTGCTACTGGAAAAGTTTTTGTACCATCAGGTGCCGTGGCTGCTGTTTTTCATAAATCTG 2048
Query 1679 TCACTCATGACCATCAGCTGAACTCCCGGACTAACGCGTTGGAGCATATCTTAGTCTATA 1738
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2049 TCACTCATGACCTTCAGCTGAACTCCCGGACTAACGCGTTGGAGCATATCTTAGTCTATA 2108
Query 1739 CTCCATCAGGCCATGTGGTGCAGCATGAACTTCTGCCATCAGTTTGCACAGAATCACCTG 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2109 CTCCATCAGGCCATGTGGTGCAGCATGAACTTCTGCCATCAGTTTGCACAGAATCACCTG 2168
Query 1799 AAAATGGTTCGACAGTGCAAAGAACATCACATGTTCAAGTTCAGGAGGATGACTTGAGGG 1858
||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2169 AAAATGGTTTGAGAGTGCAAAAAACATCACATGTTCAAGTTCAGGAGGATGATTTGAGGG 2228
Query 1859 TCAAAGTTGAGCCTATTCAGTGGTGGGATGTATGTAGAAGGTCTGACTGGTTGGAGACTG 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2229 TCAAAGTTGAGCCTATTCAGTGGTGGGATGTATGTAGAAGGTCTGACTGGCTAGAGACTG 2288
Query 1919 AGGAACGACTTCCCAAAAATATCACTGAAAAGCAATATGAATTAGAGACAGTGTCAAATA 1978
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 2289 AGGAACGACTTCCCAAAAGTATCACTGAAAAGCAATATGATTTAGAGACAGTGTCGAATC 2348
Query 1979 ACTTGACAAGCCATGAGGTTTCATGTCTTTCCCTTGACATCAACAGCCATTTTGGTGAAG 2038
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 2349 ACTTGACAAGCCATGAGGATGCATGTCTTTCCCTTGACATGAACAGCCATTTTAGTGAAG 2408
Query 2039 ATAAGTATTTGAAAAGTTGTTCTGAGAAGCCCCCTGAAAGATCACATTGCTATCTTTCTA 2098
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2409 ATAAGTATTTGAAAAGCTGTTCTGAGAAGCCCCCTGAAAGATCACATTGCTATCTTTCTA 2468
Query 2099 ACTTTGAGGTAAAGATAACCTCGGGGATGCTACCAGTGTGGCAAAATTCAAAGATTTCTT 2158
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2469 ACTTTGAGGTAAAGGTTACCTCGGGGATGCTACCAGTGTGGCAAAATTCAAAGATTTCTT 2528
Query 2159 TTCATGTTATGGATTCTCCAAGAGATAGTAGTTCAACTGGTGGAGAGTTTGAGATAGAAA 2218
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2529 TTCATGTTATGGATTCTCCAAGAGATAGTAGTTCCACTGGTGGAGAGTTTGAGATAGAAA 2588
Query 2219 AGGTTCCGGCTCATGAACTTGAAATAAAACAGAAAAAGCTGCTGCCAGTTTTTGACCATT 2278
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2589 AGGTTCCGGCCCATGAACTTGAAATAAAACAGAAAAAGCTGCTGCCAGTTTTTGACCATT 2648
Query 2279 TCCACAGCACCAAAGCAACATTGGAAGACAGGTTTTCCATGAAATGTTATCACACCTCCG 2338
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2649 TCCACAGCACCAAAGCAACGTTGGAAGACAGGTTTTCAATGAAATGCTATCACACATCCG 2708
Query 2339 CATCGGGATCTCATCACGTTAATGGAAAAATATGCCAAGATATTATCAATTGTCACTCTA 2398
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2709 CAACGGGATCTCATCAAGTTAATGGAAAAATATGCCAAGATATTATCAACTGTCACTCTA 2768
Query 2399 AGCCAGGATCAGTCGAGTCCGCCGAAAGTTCTGAAGAGGGTTCAACGAAACAGATGGAGA 2458
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2769 AGCCAGGATCAATTGAGTCCGCCGAAAGTTCTGAAGAGGGTTCAACAAAACAGATGGAGA 2828
Query 2459 ATCTCTGTGATTCGGATCATATGAACAACTCTTTCAAGTCTTCTTTAGCCCTTTACCCAA 2518
||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2829 ATCTCCATGATTCGGATCATATGAGCAACTCAATCAAGTCTTCTTTACCCCTTTACCCAA 2888
Query 2519 CAGTAAATGGGATCTACAAGGAAATAGAGAAGAACAACACAAATGGGTGGATTGAGAAAC 2578
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2889 CAGTAAATGGGATCTACAAGGAAATAGAGAAGAACAACGCAAATGGGTGGATGGAGAAAC 2948
Query 2579 CCGTAACAGCCAAACTCTCTACACTCAAAGAAACCAGGATCACAAATGGCTTTACCACAC 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2949 CCGTAACAGCCAAACTCTCTACACTCAAAGAAACCCGGATCACAAATGGTTTTACCACAC 3008
Query 2639 CACCGATTCACACCGATAGTACTGTCAACGAGCAGATGCTCTCTACAGGAAAACCTCCTA 2698
|||| || | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3009 CACCTATACTCACCGATAG---TGTCAACGAACAGATGCTCTCTACAGGAAAACCTCCTA 3065
Query 2699 TGGGCTTTGGTTTTGCTTTGCATGAGGAGCACTGTAAAGCAGTAGCAGATCCAAAAGAAG 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3066 TGGGCTTTGGTTTTGCTTTGCATGAGGAGCACTGTAAAGCAGTAGCAGATCCAAAAGAAG 3125
Query 2759 AACACCTGAAAAAGAAGTTAGATGAAGTTACTAATGGTCATCATCT-AAACGTCAATAAC 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||
Sbjct 3126 AACACCTGAAAAAGAAGTTAGATGAAGTTACTAATGTTCATCA-CTTAAACGTCAACAAC 3184
Query 2818 AT-A-----GAGAAACTACAAGGAGATGAAATGGTATATGGTATGGTCTCCTTTGTAGGA 2871
| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 3185 AACAACACAGAGAAACTACAAGGAGACAAAATGGTACATGGTATGGTTTCCTTTGTAGGT 3244
Query 2872 GATTAA 2877
||||||
Sbjct 3245 GATTAA 3250
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142975787550
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5