BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg334537
Length=3021
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G12470.1 | Symbols: | zinc ion binding | chr1:4251032-42573... 3766 0.0
> AT1G12470.1 | Symbols: | zinc ion binding | chr1:4251032-4257392
FORWARD LENGTH=3236
Length=3236
Score = 3766 bits (2039), Expect = 0.0
Identities = 2209/2292 (96%), Gaps = 7/2292 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 732 TGAGCTACATTTCTATATAAAGCAACGAAGAGCGGTGCATTTTGCATGGCTT-TCAGGAA 790
||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 759 TGAACTACATTTCTTTATAAAGCAACGAAGAGCGGTGCATTTTGCATGG-TTATCAGGGA 817
Query 791 CAGGAATTTATCATGGTGGCCTAAATTTTGGAGCTCAGCACAGTTATCCAAATGGTGATG 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 818 CAGGAATTTATCATGGTGGCCTAAATTTTGGAGCTCAGCACAGTTATCCAAATGGCGATG 877
Query 851 AGAACTTTGTGGAGAACAAAGCACTCTTGGACTACTCAAAACTGAGTGATGGCACTGAAG 910
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 878 AGAACTTTGTGGAGAACAAAGCACTCTTGGACTACTCAAAACTGAGTGATGGAACTGAAG 937
Query 911 CAGTCAAGCCTGGTTCGATGGCACTCTCTGAATATCATTTCTTGCTTCTTATTGGGAATA 970
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 938 CAGTCAAGCCTGGTTCGATGGCACTCTCTGAGTATCATTTCTTGCTTCTTATTGGGAATA 997
Query 971 AGGTTAAGGTTGTGAATCGCATAAGTGAACAAATCATTGAAGAGCTCCAGTTTGATATAA 1030
||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 998 AGGTTAAGGTTGTCAATCGGATAAGTGAACAAATCATTGAAGAGCTCCAGTTTGATATCA 1057
Query 1031 CGTCAGATTCAGTTAT-GAGGGGCATAATTGGACTTTGCAGTGATGCCTCTGCTGGCGTT 1089
| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1058 CCTCAGATTCAGTT-TCAAGGGGCATAATTGGACTTTGCAGTGATGCCTCTGCTAACGTT 1116
Query 1090 TTCTATGCATATGATCAAAATTCGATATTCCAGGTTTCTGTGATTGACGAAGGCCGAGAT 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1117 TTCTATGCATATGATCAAAATTCGATATTCCAGGTTTCTGTGATTGACGAAGGACGAGAT 1176
Query 1150 ATGTGGAAGGTTTACCTGGACTTGAAAGTCTATGCTGCAGCTTTAGCAAACTGTCGTGAC 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1177 ATGTGGAAGGTTTACCTGGACTTGAAAGTCTATGCTGCAGCTTTAGCAAACTGTCGTGAC 1236
Query 1210 CCTCTCCAGAGAGACCAAGTTTATTTAGTTCAGGCAGAAGCTGCATTCACCAATAAGGAA 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||
Sbjct 1237 CCTCTCCAGAGAGACCAAGTTTATTTAGTTCAGGCAGAATCTGCATTCACCGACAAGGAA 1296
Query 1270 TATCTGCGAGCAGCATCATTCTACGCGAAAGTCAATTATGTAATATCTTTTGAGGAGGTC 1329
|||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 TATCTGCGAGCAGCATCATTCTACGCCAAAATCAATTATGTAATATCTTTTGAGGAGGTC 1356
Query 1330 ACTTTGAAGTTTATTAGTATAAACGAACCAGAAGCTTTAAGAACATTCTTGTTGCATAAG 1389
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 1357 ACTTTGAAGTTTATTAGTATCAACGAACCGGAAGCTTTGAGGACGTTCTTGTTGCATAAG 1416
Query 1390 CTTGATAATCTTTCAAAGGAGGATAAATGCCAAATTACCATGATATCAACATGGGCAACT 1449
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1417 CTTGATAATCTTTCAAAGGATGATAAATGCCAAATAACGATGATATCAACATGGGCAACT 1476
Query 1450 GAGCTGTATCTGGACAAGATAAATCGGCTGCTTTTGGAAGATGACACTGCTATAGAAAAT 1509
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1477 GAGCTATATCTGGACAAGATAAATCGGCTGCTTTTGGAAGATGACACTGCTATAGAAAAT 1536
Query 1510 CGCGACTCGGAGTATCACTCAGTCATTCAAGAATTCCGTGCTTTCATGAGCGATTGCAAG 1569
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1537 CGTGACTCGGAGTATCACTCAGTCATTCAAGAATTCCGTGCTTTCATGAGCGATTGCAAG 1596
Query 1570 GATGTATTGGATGAGGCAACCACAATGAAACTTCTGGAAAGTTATGGTCGGGTTGAGGAA 1629
|||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1597 GATGAATTGGACGAGGCAACCACAGTGAAAATTCTGGAGAGTTATGGTCGGGTTGAGGAA 1656
Query 1630 TTGGTATATTTTGCAAACTTGAAGGAGCAGTATGAAATTGTAGTTCACCATTATATTCAG 1689
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1657 TTGGTATATTTTGCAAACTTGAAGGAGCAGTATGAAATTGTAGTTCTCCATTATATTCAG 1716
Query 1690 CAAGGTGAAGCAAAGAAAGCATTGGAAGTGCTCCAAAAATCTTCAGTTTCAGTTGAACTT 1749
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 CAAGGGGAAGCAAAGAAAGCATTGGAAGTGCTCCAAAAATCTTCAGTTTCAGTTGAACTC 1776
Query 1750 CAGTATAAATTTGCTCCAGAACTTATTATGCTTGACGCATATGAAACCGTGGAAGCATGG 1809
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1777 CAGTATCAATTTGCGCCAGAACTTATTATGCTTGACGCATATGAAACCGTGGAATCATGG 1836
Query 1810 ATGGCCAACAAAAATCTTAATCCAAGGAGATTAATTACTGCAATGATGCGTTACTCTAGC 1869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1837 ATGGCCAACAAAAATCTTAATCCAAGGAGATTAATTACTGCAATGATGCGTTACTCGAGC 1896
Query 1870 GAACCTCATGCAAAGAACGAGACACATGAAGTCATCAAATATCTTGAGTTTTGCGTCCAC 1929
| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1897 GGACCTCATGCAAAGAACGAGACACATGAGGTCATCAAATATCTTGAGTTTTGCGTCCAC 1956
Query 1930 CGTCTGCATAACGAGGATCCAGGGATTCACAATCTGCTTCTCTCATTATATGCCAAGCAG 1989
||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1957 CGTCTGCATAACGAGGATCCAGGGATTCACAGTTTACTTCTCTCATTATATGCCAAGCAG 2016
Query 1990 GAAGATGACAGTGCCCTCCTCCGTTTTCTGCAATGCAAATTTGGGAAAGGACGGGAGAAC 2049
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2017 GAAGATGACGGTGCCCTCCTCCGTTTTCTGCAATGCAAATTTGGGAAAGGACGAGAGAAT 2076
Query 2050 GGTCCCGAATTTTTCTACGATCCCAAATATGCGTTGCGCCTATGTCTCAAGGAAAAGAGA 2109
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2077 GGTCCCGAATTTTTCTATGATCCCAAATATGCATTGCGCCTATGTCTCAAGGAAAGGAGA 2136
Query 2110 ACCCGTGCCTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGAGGCAGTAGCCCTT 2169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2137 ACCCGTGCCTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGAGGCAGTAGCCCTT 2196
Query 2170 GCTCTTCAGATTGATCCAGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGTTGAAGATGATGAA 2229
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2197 GCTCTTCAGATTGATCCGGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGTCGAAGATGATGAA 2256
Query 2230 GACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCAAAGCATGTTGTCAAGCAGGAAAAGGGA 2289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2257 GACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCAAAGCATGTCGTCAAGCAGGAAAAGGGA 2316
Query 2290 GCTAAAAGGGAAAACATAAGGAAAGCTATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGCCTTCTA 2349
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2317 GCTAAAAGGGAAAACATACGAAAAGCTATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGCCTTCTA 2376
Query 2350 AAGATTGAAGATATTTTGCCTTTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGACTTCAAGGAA 2409
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2377 AAGATTGAAGATATTTTGCCTTTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGACTTCAAGGAA 2436
Query 2410 GCGATTTGCTCATCTCTCGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAGATG 2469
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2437 GCGATTTGCTCATCTCTCGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAACTGAAAGAGGAGATG 2496
Query 2470 AATGATGCCACACGTGGTGCAGATAACATTAGAAATGATATTAGTGCGCTAACTCAAAGA 2529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2497 AATGATGCCACACGTGGTGCAGATAACATTAGAAATGATATTAGTGCGCTAACTCAAAGA 2556
Query 2530 TATGCTGTAATTGACCGCGACGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGATGATG 2589
||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2557 TATGCCGTTATTGACCGCGACGAGGAATGTGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGATGATG 2616
Query 2590 ACCGGGGATTTCAGAATGGCCCAGGGACATTCTTCAGCGGGACCATTGGCTCCTTTTTAT 2649
| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617 AGCGGTGATTTCAGAATGGCCCAGGGATATTCTTCAGCGGGACCATTGGCTCCTTTTTAT 2676
Query 2650 GTCTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCACAGTGCCTGATCACACACGTCACAAGCTGT 2709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2677 GTCTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCACAGTGCCTGATCACACACGTCACAAGCTGT 2736
Query 2710 GCACATGAAGAACAAGCCGAGCACATACTCGATCTGCAGAAGCAGCTCACATTGCTTGGT 2769
||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2737 GCACACGAAGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAGAAGCAACTGACATTGCTTGGA 2796
Query 2770 AGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCCATAACTAGCACAACT 2829
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2797 AGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAACCGATCTGATGAACCCATAACAAGCACAACA 2856
Query 2830 ACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATTGCCAGCGAATGCCCGTTCTGT 2889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2857 ACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATTGCCAGCGAATGCCCGTTCTGT 2916
Query 2890 GGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATTAAACCAGAGGATTCACAGCAT 2949
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2917 GGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATTAAACCTGAGGATTCACAGTAT 2976
Query 2950 TCTACTTCATGGGACCTCCGACCAGCACAGACCAACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCT 3009
||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2977 TCTACTTCATGGGACCTCCGATCAG-A--GACCAACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCT 3033
Query 3010 TTGCCTGTTTGA 3021
||||||||||||
Sbjct 3034 TTGCCTGTTTGA 3045
Score = 1112 bits (602), Expect = 0.0
Identities = 652/677 (96%), Gaps = 0/677 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATCAAGGAAGGCAAGCGTTTTCAGTTGATCTTCTCGAGAGATATGCCACAAAGAAT 60
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 79 ATGGATCAAGGAAGGCAAGTGTTTTCAGTAGATCTTCTCGAGAGATATGCGACAAAGAAT 138
Query 61 CGTGGCATGATTACATGTATGGCTGCTGGGAATGATGTAATTGTTCTTGGAACAAGTAAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 139 CGTGGCATGATTACATGTATGGCTGCTGGGAATGATGTAATTGTTCTTGGAACAAGTAAA 198
Query 121 GGATGGATTATCCGCCATGATTTCGGAGTTGGGGGTTCTTCTGATATTGATCTCGCTGTT 180
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 199 GGATGGATTATCCGGTATGATTTCGGAGTTGGGAGTTCTAATGATATTGATCTCGCTGTT 258
Query 181 GGTCGGACTGGGGAGCAATCGATTCACAAGGTTTTTGTTGATCCTGGTGGTAGTCATTGC 240
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 259 GGTCGAACTGGGGAGCAATCAATTCACAAGGTTTTTGTTGATCCTGGTGGTAGTCATTGC 318
Query 241 ATTGCTACAGTGACTGGTGTTGGAGGAGCTGAAACTTTTTATACTCATGCAAAGTGGCCT 300
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 319 ATTGCTACAGTCACTGGTGTTGGAGGAGCTGAAACTTTTTATACTCATGCAAAGTGGCTT 378
Query 301 AAGCCGCGTGTGTTGAGCCGTTTGAAAGGTTTGGTGGTTAACGCTGTGGCTTGGAATAGA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 379 AAGCCGCGTGTGTTGAGCCGTTTGAAAGGTTTGCTCGTTAATGCCGTGGCTTGGAATAGA 438
Query 361 CAACAGATAACAGAAGTTTCTACTAAGGAGATCATTGTGGGCACTCAGGATGGGCAGCTG 420
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 439 CAGCAGATAACTGAAGTTTCTACTAAGGAGATCATTCTGGGCACTCAGGATGGGCAGCTG 498
Query 421 TTTGAGATGGCCGTGGATGAGAAGGACAAGAGAGAGAAGTACATCAAGTTTTTGTTTGAA 480
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 499 TTTGAGATGGCCGTGGATGAGAAGGATAAGAGAGAGAAGTACATCAAGTTTTTGTTTGAA 558
Query 481 CTAGAAGAACTTCCCGAAGCCTTCAAGGCTTTGCAGATGGAAACGGCCAACATAAGCAGT 540
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 559 TTAGAAGAACTTCCTGAAGCCTTCAAGGCTTTGCAGATGGAAACGGCCAACATAAGCAGT 618
Query 541 GGGATGAGGTACTATGTGATGGCTGTAACACCTACTCGACTCTACTCGTTTACAGGGATT 600
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 619 GGGATGAGGTACTATGTGATGGCTGTAACCCCTACTCGACTCTACTCGTTTACAGGGATT 678
Query 601 GGAACATTAGAATCTGTTTTTGCTAGTTATAAAGAACGTGCAGTCCATTTTATGGAACTT 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 679 GGAACATTAGAATCTGTTTTTGCTAGTTATAAAGAACGAGCAGTTCATTTTATGGAACTT 738
Query 661 CCTGGTGAAATACCAAA 677
|||||||||||||||||
Sbjct 739 CCTGGTGAAATACCAAA 755
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 150199827342
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5