BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg342637
Length=2025
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G24660.1 | Symbols: TMKL1 | transmembrane kinase-like 1 | ch... 3302 0.0
> AT3G24660.1 | Symbols: TMKL1 | transmembrane kinase-like 1 |
chr3:9003576-9005943 FORWARD LENGTH=2282
Length=2282
Score = 3302 bits (1788), Expect = 0.0
Identities = 1948/2027 (96%), Gaps = 4/2027 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGGCATGGAAGATTTGAGATTTCTTCATGTTATCTTCTTCTTTGTGTTGATTCTTCAC 60
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 66 ATGGGCATGGAAGCTTTGAGATTTCTTCATGTTATCTTCTTCTTTGTGCTAATTCTTCAC 125
Query 61 TGTCATTATGGAACATCTCTCTCTGGTTCTTCTGATGTGAAGCTTCTTTTAGGAAAGATC 120
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 126 TGTCATTGTGGAACATCTCTCTCTGGTTCTTCTGATGTGAAGCTTCTTTTAGGAAAAATC 185
Query 121 AAGTCTTCACTACAAGGAAACAGTGAGAGCTTACT-TCTATCTTCTTGGAACTCTTCTGT 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||
Sbjct 186 AAGTCTTCACTACAAGGAAACAGTGAGAGCTTACTGT-TGTCTTCTTGGAACTCCTCTGT 244
Query 180 TCCTGTTTGTCAATGGAGAGGGGTAAAATGGGTATTTTCAAATGGGTCTCCTCTTCAATG 239
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 TCCTGTTTGTCAATGGAGAGGTGTAAAATGGGTATTTTCAAATGGGTCTCCTCTTCAATG 304
Query 240 TAGTGACCTCTCTTCACCACAATGGACTAACAACTCTCTGTACAACGACTCTTCTCTTCA 299
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 305 TAGTGACCTCTCTTCACCACAATGGACTAATACCTCTCTGTTCAACGACTCTTCTCTTCA 364
Query 300 CCTTCTCTCTCTTCAGCTGCCTTCTGCTAATCTCACTGGTTCACTACCTAGAGAGATTGG 359
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 365 CCTTCTCTCTCTTCAGCTTCCTTCTGCTAATCTCACTGGTTCACTCCCTAGAGAGATTGG 424
Query 360 TGAGTTTTCTATGCTTCAAAGTGTGTTTCTCAACATCAATTCTTTAAGTGGGTCAATCCC 419
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 425 TGAGTTCTCTATGCTTCAAAGTGTGTTCCTCAACATCAATTCATTAAGTGGGTCAATCCC 484
Query 420 TCTTGAGCTTGGTTACACTTCTTCTCTCTCTGATGTTGATTTGAGTGCTAATGCCTTAGC 479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 485 TCTTGAGCTTGGTTACACTTCTTCTCTCTCTGATGTTGATTTGAGTGGTAATGCCTTAGC 544
Query 480 TGGGGTTTTACCTCCATCGATTTGGAACCTCTGTGATAAGCTTGTCTCTTTCAAGATTCA 539
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 TGGGGTTTTGCCTCCATCGATTTGGAACCTCTGTGATAAGCTTGTCTCTTTCAAGATTCA 604
Query 540 TGGTAATAATTTGTCTGGGGTTTTGCCTGAGCCTGCTTTACCAAATTCCACTTGTAGTAA 599
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||
Sbjct 605 TGGTAATAACTTGTCTGGGGTTTTGCCTGAGCCTGCTTTGCCAAATTCGACTTGTGGTAA 664
Query 600 TCTCCAAGTTCTTGATTTGGGTGGTAATAAGTTCTCTGGTGAGTTTCCTGAGTTTATAAC 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 665 TCTCCAAGTTCTTGATTTGGGTGGTAATAAGTTCTCAGGTGAGTTTCCTGAGTTTATAAC 724
Query 660 TAGGTTTAAAGGTCTGAAATCACTTGATCTTTCAAGTAATGTCTTTGAAGGTCTTGTTCC 719
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 725 TAGGTTTAAAGGTGTGAAGTCACTTGATCTTTCAAGTAATGTCTTTGAAGGTCTTGTTCC 784
Query 720 TGAGGGTTTGGGTGTATTACAACTAGAAAGTCTCAATCTTTCTCATAATAACTTCAGTGG 779
||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 785 TGAGGGTTTAGGTGTATTAGAGCTAGAAAGTCTCAATCTTTCTCATAATAACTTCAGTGG 844
Query 780 GATGTTGCCAGATTTTGGTGAGTCAAAGTTTGGCGCAGAATCTTTTGAAGGGAACAGTCC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 845 GATGTTGCCAGATTTTGGTGAGTCAAAGTTTGGAGCAGAATCTTTCGAAGGGAACAGTCC 904
Query 840 TAGCCTTTGTGGTTTGCCTTTGAAACCTTGTTTAGGATCCTCTAGGTTGAGTCCAGGTGC 899
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 905 TAGCCTTTGTGGTTTGCCTTTGAAGCCTTGTCTAGGCTCCTCTAGGTTAAGTCCAGGTGC 964
Query 900 TGTTGCTGGTCTGGTGATTGGTTTAATGTCCGGGGCTGTTGTTCTGGCCTCGTTGTTAAT 959
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 965 TGTTGCTGGTCTGGTGATTGGTTTAATGTCTGGAGCTGTTGTTGTGGCCTCGTTGTTAAT 1024
Query 960 AGGGTATTTGCagaacaagaaaagaaagagtagtatagagagtgaagatgatttggaaga 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 AGGGTATTTGCAGAACAAGAAAAGAAAGAGTAGTATAGAGAGTGAAGATGATTTGGAAGA 1084
Query 1020 aggtgatgaagaagatgaaatcggtgaaaaagaaggcggtgaagGGAAGTTAATTGTGTT 1079
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1085 AGGTGATGAAGAAGATGAAATCGGTGAGAAAGAAGGCGGTGAAGGAAAGTTAGTTGTGTT 1144
Query 1080 CCAAGGTGGTGAGAATCTGACATTGGACGATGTTTTGAATGCGAC-GGGCCAAGTTATGG 1138
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 1145 TCAAGGTGGTGAGAATCTGACGTTGGATGATGTTTTGAATGCTACTGGG-CAAGTTATGG 1203
Query 1139 AGAAGACTAGTTATGGTACTGTCTATAAGGCTAAGCTTAGTGATGGTGGGAATATTGCAT 1198
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1204 AGAAGACTAGCTATGGTACTGTCTATAAAGCTAAGCTTAGTGATGGAGGGAATATTGCAT 1263
Query 1199 TGAGGCTATTGAGAGAAGGTACTTGCAAGGATAGAAGTTCTTGTTTGCCTGTTATAAGGC 1258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1264 TGAGGCTATTGAGAGAAGGTACTTGCAAGGATAGAAGTTCTTGTCTGCCTGTTATAAGGC 1323
Query 1259 AGTTGGGACGCATTCGGCATGAGAATTTGGTTCCGTTGAGAGCTTTCTATCAGGGGAAAA 1318
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1324 AGTTAGGACGCATTCGGCATGAGAATTTGGTTCCCTTGAGAGCTTTCTATCAAGGGAAGA 1383
Query 1319 GAGGAGAAAAGCTTCTCATCTATGACTATCTTCCCAACATAAGCTTACATGATTTGTTGC 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 GAGGAGAAAAGCTTCTCATCTATGACTATCTTCCCAACATAAGCTTACATGATTTGTTGC 1443
Query 1379 ACGAGAGTAAACCTGGAAAGCCAGCTCTGAATTGGGCCAGGAGACACAAGATTGCACTTG 1438
| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 ATGAAAGTAAACCTCGAAAGCCAGCTTTGAATTGGGCTAGGAGACACAAGATTGCACTTG 1503
Query 1439 GAATAGCGAGGGGACTTGCTTATCTTCATACTGGTCAAGAAGTTCCTATCATCCATGGCA 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1504 GAATAGCGAGGGGACTTGCTTATCTTCATACTGGACAAGAAGTTCCTATCATCCATGGAA 1563
Query 1499 ATATTAGATCAAAGAACGTGCTTGTGGACGACTTTTTCTATGCAAGGCTTACTGAGTTTG 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1564 ATATTAGATCAAAGAACGTGCTTGTGGACGACTTTTTCTTTGCAAGGCTAACTGAGTTTG 1623
Query 1559 GGCTTGACAAGATAATGGTTCAGGCAGTAGCAGATGAGATTGTCTCGCAGGCGAAATCCG 1618
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 GGCTTGACAAGATAATGGTACAGGCAGTAGCAGATGAGATTGTCTCGCAGGCGAAATCCG 1683
Query 1619 ACGGGTACAAAGCACCTGAACTCCACAAGATGAAGAAATGCAATCCAAGGAGTGATGTTT 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 ACGGGTACAAAGCACCTGAACTCCACAAGATGAAGAAATGCAATCCAAGGAGTGATGTTT 1743
Query 1679 ACGCCTTTGGAATCCTTCTCTTGGAGATACTGATGGGTAAGAAACCGGGAAAGAGTGGAA 1738
|||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1744 ACGCCTTTGGGATCCTTCTCTTGGAGATATTGATGGGTAAGAAACCAGGAAAGAGTGGAA 1803
Query 1739 GGAACGGTAATGAGTTTGTGGACTTGCCTTCTTTGGTTAAAGCTGCAGTGTTGGAAGAGA 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1804 GGAACGGTAATGAGTTTGTGGACTTGCCTTCTTTGGTTAAAGCTGCGGTGTTGGAAGAGA 1863
Query 1799 CAACAATGGAGGTTTTCGATTTGGAGGCAATGAAAGGAATTAGAAGCCCAATGGAAGAAG 1858
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1864 CGACAATGGAGGTTTTCGACTTGGAGGCAATGAAAGGGATTAGGAGCCCAATGGAAGAAG 1923
Query 1859 GTTTGGTTCATGCATTGAAGCTGGCAATGGGATGTTGTGCTCCTGTTACAACAGTTAGAC 1918
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 GTTTGGTTCATGCATTGAAGCTAGCGATGGGATGTTGTGCTCCTGTTACAACAGTTAGAC 1983
Query 1919 CCACCATGGAAGAGGTTGTGAAGCAGTTGGAGGAGAACAGACCGAGGAATAGATCCGCAT 1978
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 CCAGCATGGAAGAGGTTGTGAAGCAGTTGGAAGAGAACAGACCGAGGAATAGATCCGCAT 2043
Query 1979 TGTACAGCCCAACAGAAACCAGGAGCGACGCCGAAACTCCATTTTGA 2025
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 TGTACAGCCCAACCGAAACCAGGAGCGACGCCGAAACTCCATTTTGA 2090
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100350889455
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5