BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg349401
Length=3510
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G63500.2 | Symbols: | Protein of unknown function (DUF1423)... 5493 0.0
> AT3G63500.2 | Symbols: | Protein of unknown function (DUF1423)
| chr3:23446236-23450198 REVERSE LENGTH=3699
Length=3699
Score = 5493 bits (2974), Expect = 0.0
Identities = 3339/3514 (95%), Gaps = 29/3514 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAGAGACTAAGATCCAGCGACGACCTTGATTTCTGTAATGATAAGAATGTTGACGGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 116 ATGAAGAGACTAAGATCCAGCGACGACCTTGATTTCTGTAATGATAAGAATGTTGACGGA 175
Query 61 GAACCTCCCAACTCGGACCGCCCGGCCTCTTCCTCCCACCGGGGTTTCTTCCACAAGTCC 120
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 176 GAACCTCCCAACTCGGACCGTCCGGCCTCTTCCTCCCACCGGGG---C-T-------T-C 223
Query 121 TTCTCGGGCAACAACAACCGTGACCGCGGGGAAGATGCTGCCGGCTTCTCCAGGGCTTTT 180
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 224 TTCTCGGG---CAACAACCGTGACCGCGGGGAAGATGCTGCCGGCTTCTCCAGGGCTTTT 280
Query 181 TCCCGCAGGCGATCCAATCGTGACTTCGATAATCATCGGCCGGATGCCCGGTACCATCGA 240
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 281 TCCCGTAGGCGATCCAATCGTGACTTGGATAATCATCGGCCAGATGCCCGGTACCATCGA 340
Query 241 TCTGAGAGCGCTTGTTTCCCAAGGAGGGCTTTTCCAAAGGGATTTCGTTCTGAGAGGGAG 300
||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 TCTGAGAGCGCCTGTTTCTCAAGGAGGGCTTTTCCAAAGGGATTTCGTTCTGAGAGGGAG 400
Query 301 AGGCCCAACAGGGAAGCTAGTGTCTCTTCCTGGAGGAGGTTTGGTGGTCCTGGTAATGAC 360
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 AGGCCCAATAGGGATGCTAGTGTCTCTTCCTGGAGGAGGTTTGGTGGTCCTGGTAATGAC 460
Query 361 TTTGGCGTTGAAGACCTGAAAGATAGGAGATTAAGGGACGCTGAAAGGGAAAGGACTCTC 420
||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||
Sbjct 461 TTTGGCGTTGATGACC-G--AGATAGGAGATTAAGGGACGCTGAGAGGGATAGGAGTCTC 517
Query 421 AAATCCCCTTCTTGGTCCAGAGACTCGGCTAACGACCTTTCCAAATTCAAACTTCTCGAT 480
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 518 AAATCCCCTTCTTGGTCCAGAGACTCGCCTAACGAGCTTTCCAAATTCAAACCACTCGAT 577
Query 481 TCCAGAAATTCCCGCTCCAGATCCAAATCTCTAGCTTCTCCAACATGGTCCAAAGATTCC 540
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 578 TCCAGAAATTCTCGCTCCAGATCCAAATCTCTAGCTTCTCCGACATGGTCCAAAGATTCC 637
Query 541 GGGAGTGAGCAATCCAAAAGTGTTGGAAATGTTGTCAAGAAAACCGAGGAGGAAGTGCAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 638 GGGAGTGAGCAATCCAAAAGTGTTGGAAATGTTGTCAAGAAAAGCGAGGAGGAAGTGCAG 697
Query 601 GGTAAGAGCAGTACAAGCAGTAGCGAGATGGAGGAAGGAGAGCTGGAGCCAGAGCCCCAA 660
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 698 GGTAAGAGCAGTACAACCAGTAGCGAGATGGAGGAAGGAGAGCTGGAGCCAGAGCCCCAA 757
Query 661 CCGGAGACTGCCTCAGGGCTTGCTCATCAAATCAAACATCACAGTACACTACCTCCCTGC 720
|| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||| ||| ||| |||||
Sbjct 758 CCAGAGACTGCCTCAGGCCTTGCTCATCAAACCAAACATGACTGTAAACTGCCTTCCTGC 817
Query 721 GCTGCTGATGAGCATAAGAACGCAAGGATTGATAGTAGCTTCCAGGAGATTGGAAAAAAC 780
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 818 TCTGCTGATGATCATAAGAACGCAAGGATTGATAGAAGCTTCCAGGAAATTGGAAAAAGC 877
Query 781 GCTCAACGTGATACCAACACTGAGAGTAACAGGGAACTCAGTCATGTGGGTGGTGATAGG 840
||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 878 GCTCAACTTGATGCCAACACTGAGAGTAACAGGGAACTCAGTCATGTGGGTGGTAATAGG 937
Query 841 GAAATGGAAACGGCTGGGAGCATGACGGATAAGAAAAGTGTAGCAGACGCGGAAATTGTG 900
|||||||||||| | | |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||
Sbjct 938 GAAATGGAAACGACAGATAGCATGACCGATAAGAAAAGTGTTGAAGACGCGGAAAATGTG 997
Query 901 CCTGAGCTTGCAACTGAGTCCATGCATGTTTCTCAAAACAACGTGAACGATACTTCTACA 960
||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 998 CCTGAGCATGCGACTGAGTCCATGCATGTTTCTCAAAACAACGTGAATGATACTTCTACA 1057
Query 961 GCTTTGGCTATTGAACACGAGCGTAGAGATGACACAACCACTGCTAGTGTCAATGAGATT 1020
|||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1058 GCTTTGGCTATTGAACACGATCATAGAGATGGCACAATCACTGCTAGTGCCAATAAGATT 1117
Query 1021 ACAGATACGGTTGATGATAAAGGTGACAAAGATGGGGAATATAAGGAGAACCATCATGGA 1080
|||||||||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1118 ACAGATACGGTTGACGAGAAAGGTGACAAAGATGAGGATTATAAGGAGAACCTTCATGGA 1177
Query 1081 GTGAAGTTGGAAGAAACTCTTTATCCAGATGTTCCTGAACGGTTTCAGGTAGAAGAACTT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| |||
Sbjct 1178 GTGAAGTTGGAAGAAACTCTTTATCCAGATGTTCCTGAACGG-TT---G--GAAGAGCTT 1231
Query 1141 AAGGGAGTGAAGGGTAATGATGGTGATGCCAACAAAGTGGACGATGAAGGCCCGGAATGT 1200
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1232 AAGGAAGTGAAGGGTAATGATGGTGATGCCAACAAAGCGGAAGTTGAAGGCCCGGAATGT 1291
Query 1201 GTTCAGGAAAATGCTCTAGGTAATAGAACGCCTGCACAATACATAAGCAGTGTATCCGAT 1260
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1292 GTTGAGGAAAATGCTCTAGCTAATAGAACGCCTGCAGAATACATTAGCAGTGTATCGGAT 1351
Query 1261 AGCTCCATCCACAAATGCGAGGATAAAGGCAAAAATTCTGATGTCCCACTTACTCATTTA 1320
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1352 AGCTCCGTCCACAAATGCAAGGATAAAGGCAAAAATTCTGATGTCCCTCTTACACATTTA 1411
Query 1321 CTTGGAAATGCTCTCTTTTCTGAAAGCAAGTCTGAGGGTCTTAC-TGACAAGGATAAAGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||||
Sbjct 1412 GTTGGAAATGCTCTCTTTTCTGAAAGCAAGACTGAGGATCTT-CATGACAAGGATAAAGA 1470
Query 1380 TGAAAAAGATGACAACTTCGGAGGACCGAGTATCAGGGGGTTTGAACTGTTCTCTAGTTC 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 TGAAAAAGATGACAACTTCGGAGGACCGAGTATCAGAGGGTTTGAACTGTTCTCTAGTTC 1530
Query 1440 TCCGGTTAGGAGAACAACGAAAACGGAGCAGTCAGGTGTCAATAAGCCCAAGGATGAGAA 1499
||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1531 TCCGGTTAGGAGAGCAAAAAAAACTGAGCAGTCAGGTGTCAATAAGCACAAGGATGAGAA 1590
Query 1500 GTTGTTGTTGGAGCCACTGGATCTGTCACTTAGCCTACCAGATGTATTGTTGCCGATTGG 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 GTTGTTGTTGGAGCCACTGGATCTGTCACTTAGCCTACCAGATGTATTGTTGCCGATTGG 1650
Query 1560 TGGCGAGGATACTAATCA---GGGGTCACCAGTCCGTTCTGGAAGTGTTCGGTCTTTGAC 1616
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 TGGCCAGGATACTAATCAGCTGGGGTCACCAGTCCGTTCTGGAAGTGTTCGGTCTTTGAC 1710
Query 1617 AGACACGTTTTGTACCAATTCTGATGGCTTCACCATGTCTATGTCCTTTTCAGGTTCCCG 1676
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 AGACACGTTTTGTACCAATTCTGATGGCTTTACAATGTCTATGTCCTTTTCAGGTTCCCG 1770
Query 1677 TTCGTTTAATCATAATCCAAGCTGTTCGTTGAATCACAATATTGGAGACAATGAGCAGTC 1736
|||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 TTCGTTCAATCATAATCCAAGCTGTTCGCTGAGTCACAATATTGGAGACAATGAGCAGTC 1830
Query 1737 AGTTCATAGCCGACCTATATTTCAGGGTATAGATTGGCAGGCACTGTCTCATAATGATTC 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1831 AGTTCATAGCCGACCTATATTTCAGGGTATAGATTGGCAGGCACTGTCTCATAATGATTC 1890
Query 1797 AAAGTACAACGAGAATACAGTCTATCAAAAACTAATGGAAAATGGAAATGGTTCAGTTCA 1856
||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 AAAGTACAATGAGAATACAGTCTATCAAAGACTGATGGAAAATGGAAATGGTTCAGTTCA 1950
Query 1857 ACCTCGAGCAATGAAAGGCAATTTAATTTCAGGTCAAGCTGATGAAGAGCATCTTAGATT 1916
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951 ACCTCGAGCAATGAAAGGCAATTTAATTTCGGGTCAAGCTGATGAAGAGCATCTTAGATT 2010
Query 1917 GCCCGATGGGAGCTCTAAGGCAGCAAATATACTTGAGAAACAATTGAGTTTCCAGAAAAG 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2011 GCCCGATGGGAGCTCTAAGGCAGCAAATATACTTGAGAAACAATTGAGTTTCCAGAAAAG 2070
Query 1977 TGTTGATGTTAGATCAGCATGTCCAAGAACGAGCTCTCTTGAAAATGGTTCAAAGTTTAC 2036
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 TGTTGATGTTAGATCAGCATGTCCAAGAACGGGCTCTCTTGAAAATGGTTCAAAGTTTAC 2130
Query 2037 TGTTGAGAAGAAAAAAGCCAAGGACTTTTTTAGTGGTAGTAATTCCTGGATAACTGGGCT 2096
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2131 TGTTGAGAAGAAAACGGCCAAGGACTTTTACAGTGGTAGTAATTCGTGGATAACTGGGCT 2190
Query 2097 GGAAGCTGGTGGGCATGATTTTGTTGAGACGGTCATCAGATACATTCTCTCCGATTCAAT 2156
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2191 GGAAGCCGGTGGGCATGATTTTGTTGAGACCGTCATCAGATACATTCTCTCCGATTCGAT 2250
Query 2157 GCCTGTAATGACCAAGAGATTTCATGAAATGCCCACTGGATACATAACTAGCCTGAAGGA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||
Sbjct 2251 GCCTGTAATGACCAAGAGATTTCATGAAATGCCCACTCGAAACATCACTAGCCTGAAGGA 2310
Query 2217 AAACATCCGGCAGATGATGCTGAACATGGATAAGAATGTACAACTTGGTGCTTTTCAAGA 2276
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311 AAACATTCGGCAGATGATGCTGAACATGGATAAGAATGTACAACTTGGTGCTTTTCAAGA 2370
Query 2277 TGCTCTGCAGAACAGGACTGATATAACACTGGAATTGCTTACAAAATCTCATCGCGCTCA 2336
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2371 TGCTTTGCAGAACAGGACTGATATAACACTGGAATTGCTTACAAAATCTCATCGCGCTCA 2430
Query 2337 GTTGGAGATCTTGGTCGCACTGAAAGCTGGGCGTTCTGATTTCCTTCTGATGGACAACAG 2396
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2431 GTTGGAGATCTTGGTCGCACTGAAATCTGGGCGTTCTGATTTCCTTCTTTTGGACAACAG 2490
Query 2397 CATCTCGTCTTCCCATTTAGCTGAGATTTACATGAACATGAGATGCAAAAATCTTTCTTG 2456
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2491 CATCTCGTCTTCCCATTTAGCTGAGATTTTCATGAACATGAGATGCAAAAATCTTTCTTG 2550
Query 2457 TAGGGTTCTGTTACCTGTGGATGAATGTGATTGCAGGGTTTGTTCAAGGAAGGATGGATT 2516
|||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2551 TAGGGTTCTGTTGCCTGTGGACGAATGCGATTGCAGGGTTTGTTCAAGGAAGGATGGATT 2610
Query 2517 TTGTAGTGCTTGCATGTGTCTTGTGTGCTCAAATTTTGATATGGCATCCAACACCTGTAG 2576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2611 TTGTAGTGCTTGCATGTGTCTTGTGTGCTCAAATTTTGATATGGCATCCAACACCTGTAG 2670
Query 2577 CTGGGTTGGGTGTGATGTGTGCCTACACTGGTGCCATACAGATTGTGGGATAAGAGAGTC 2636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2671 CTGGGTTGGGTGTGATGTGTGCCTACACTGGTGCCACACAGATTGTGGGATAAAAGAGTC 2730
Query 2637 TTACATCCGGAATGGGGTCAATGCTTCTGGTGCTCCAGGGATGACCGAGATGCAATTCCA 2696
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2731 TTACATCCGGAATGGGATCAATGCTTCTGGTGCTCCAGGAATGACCGAGATGCAATTTCA 2790
Query 2697 CTGTGTTGCCTGTAACCATCCCTCAGAAATGTTTGGCTTTGTCAAAGAAGTGTTTCTGAA 2756
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2791 CTGTGTTGCCTGTAACCATCCCTCAGAGATGTTTGGCTTTGTCAAAGAAGTGTTTCTGAA 2850
Query 2757 TTTTGCCAGGGAATGGAAATTTGAGCGCTTTTGCAAGGAACTTGAGTATGTCAATAAGAT 2816
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2851 TTTTGCAAGGGAATGGAAATTTGAGCGCTTTTGCAAGGAACTGGAGTATGTCAATAAAAT 2910
Query 2817 ATTTTCATCAAGCAAAGACTCTAGAGGGAAACAGCTGAGACAAGCTGCTGATGCGATGCT 2876
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2911 ATTTTCATCAAGCAAAGACTCTAGAGGGAAACAGCTGAGACAAGCTGCTGATGCGATGCT 2970
Query 2877 GGCAAGTTTGAAAAGTAAATTGATAGGCCTTCCTGAAGCTTGCAATCGCATATTGGGTTT 2936
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2971 GGCAAGTTTGAAAAGTAAATTGATAGGCCTTCCTGAAGCTTGCAATCGCATATTGGGTTT 3030
Query 2937 CGTTTCAGACTGTGATTCGTCCACTCCTGCTGAAACTTGTGCACCGTTCAGATACGAACA 2996
| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 3031 CATTTCAGACTGTGATTCCTCCACTCCTGCTGAAACTAGTGCACCGTTCATATACGAACA 3090
Query 2997 GCCAAAACCCAGGCATGAGAGGGGAAGCCCTAGTCAGGACACGGCGTGGCTGAGATCGGT 3056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3091 GCCAAAACCCAGGCATGAGAGGGGAAGCCCTAGTCAGGACACGGCGTGGCTGAGATCGGT 3150
Query 3057 GTGCTCAGATAAACCGCACCATCAGCTGAAAAGGTCAGCGAGCGTAGTTGATGCGTTCCA 3116
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 3151 GTGCTCAGATAACCCGCATAATCAGCTGAAAAGGTCAGCGAGCGTAGCTGATGCATTCCA 3210
Query 3117 CAGAGAGAGACAAGTTGAAATATGTGGAGTGGAGATGGAGTTGAAAAGGGAATCACCAAA 3176
||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 3211 CAGAGAGAGGCAAGTTGAAATATGTGCAGTGGAGATGGAGTTGGAAAGGGGTTCACCAAA 3270
Query 3177 GGAACCTCGTTTCGAAGAGCTAGAGAGCATTGTGAGAATGAAGCAAGCAGAGGCAGAGAT 3236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3271 GGAACCTCGTTTCGAAGAGCTAGAGAGCATTGTGAGAATGAAGCAAGCAGAGGCAGAAAT 3330
Query 3237 GTTCCAAGGACGGGCAGATGATGCACGAAGAGAAGCAGAGGGGCTGAAACGAATAGCAAT 3296
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3331 GTTCCAAGGGCGGGCCGATGATGCACGAAGAGAAGCAGAGGGACTGAAACGAATAGCAAT 3390
Query 3297 AGCGAAGAAGGAGAAGATAGAGGAAGAGTACAAGCGGAGAATGGGGAAGTTgagtatgga 3356
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3391 AGCGAAGAAGGAGAAGATAGAAGAAGAGTACAATCGGAGAATGGGGAAGTTGAGTATGGA 3450
Query 3357 ggaggcagaggagagaaggaggaggaggtacgaggagttggaggcaatggagagagggca 3416
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 3451 GGATGCACAGGAGAGAAGGAGGAGGAGGTACGAGGAGTTAGAGGCAATGCAGAGAGGGCA 3510
Query 3417 gagagagttttatgaaatgaagatgagaatggaggaagagatgagagGGCTTCTCACCAA 3476
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3511 GAGAGAGTTTTATGAAATGAAGATGAGAATGGAGGAAGAGATGAGAGGGCTTCTCACCAA 3570
Query 3477 AATGGAAGTGACGAAGCAGAGTCTGGCCTTGTAA 3510
||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3571 AATGGAAATGACGAAGCAGAGTCTGGCCTTGTAA 3604
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 174731462469
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5