BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470079
Length=2900
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G01950.3 | Symbols: ARK2 | armadillo repeat kinesin 2 | chr1... 3048 0.0
> AT1G01950.3 | Symbols: ARK2 | armadillo repeat kinesin 2 | chr1:325379-330619
FORWARD LENGTH=3058
Length=3058
Score = 3048 bits (1650), Expect = 0.0
Identities = 1736/1778 (98%), Gaps = 3/1778 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAATGGCTTCTTCGAGAAATGGTGCGGTTAGAGGATCCATGAGACCAATCTCTGGA 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 95 ATGGCTATGGCTTCTTCGAGAAATGGTGCGGTTAGAGGATCCATGAGACCAGTCTCTGGA 154
Query 61 GCTAATTCTTCCAATCTCAGATCGTCTTCTTTCAAATCCAGGATTCCTTCCTCCGCGCCT 120
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 155 GCTAATTCATCCAATCTCAGATCGTCTTCTTTCAAATCCAGGATTCCTTCCTCGGCGCCT 214
Query 121 GCTCCCCGTCGGAACTCCACCTCTGCTGCTCTCGGAGCCGCTGACAATGGAGTTCCTGGG 180
||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 215 GCTCCCCGTCGGAGCT---CCTCTGCTTCTATCGGAGCCGCAGACAATGGAGTGCCTGGG 271
Query 181 AGAGTTCGAGTGGCTGTAAGATTACGACCTCGAAATGCAGATGAGTCTGTCGCAGATGCT 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 272 AGAGTTCGAGTGGCTGTAAGATTACGACCTCGCAATGCAGATGAGTCAGTCGCAGATGCT 331
Query 241 GATTTTGCTGATTGTGTTGAGTTGCAACCTGAGCTTAAAAGGTTGAAACTCAGGAAAAAC 300
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 GATTTTGCTGATTGTGTCGAGTTGCAACCTGAGCTTAAAAGGTTGAAACTCAGGAAAAAC 391
Query 301 TATTGGGATACTGAGACCTACGAGTTTGATGAGGTGCTTACTGAAGCTGCTTCACAGAAG 360
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 AATTGGGATACTGAGACCTATGAGTTTGATGAGGTGCTTACTGAAGCTGCTTCACAGAAG 451
Query 361 CGAGTCTACCAAGTGGTTGCCAAGCCTGTTGTTGAGAGTGTTCTTGAGGGTTACAATGGA 420
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 CGAGTCTACGAAGTGGTTGCCAAGCCTGTTGTTGAGAGTGTTCTTGAGGGTTACAATGGA 511
Query 421 ACTGTGATGGCTTATGGTCAGACGGGTACTGGCAAGACTTTTACCCTTGGAAGATTAGGA 480
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 ACTGTGATGGCTTATGGTCAGACTGGTACTGGCAAGACTTTTACCCTTGGAAGATTAGGA 571
Query 481 GATGAAGATACTGCTGCTCGTGGTATCATGGTTCGATCAATGGAAGATATCATTGGAGGC 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 GATGAAGATACTGCTGCTCGTGGTATCATGGTTCGATCAATGGAAGATATCATTGGAGGC 631
Query 541 ACTTCCCTAGACACTGATTCTATCTCTGTCTCATATTTACAGCTTTATATGGAGACCATT 600
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 632 ACTTCTCTAGACACTGATTCTATCTCTGTCTCATATTTGCAGCTTTATATGGAGACCATC 691
Query 601 CAAGATCTCCTAGATCCAACTAATGACAATATCGCTATTGTCGAAGACCCCAGAACTGGA 660
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 CAAGATCTCTTAGATCCAACTAATGACAATATCGCTATTGTCGAAGACCCCAGAACTGGA 751
Query 661 GATGTCTCCTTGCCAGGGGCCACCCATGTAGAGATCAGGAACCAGCAAAATTTCCTTGAG 720
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 752 GATGTCTCCTTGCCTGGGGCCACGCATGTAGAGATCAGGAACCAGCAAAATTTTCTTGAG 811
Query 721 CTCCTTCAGCTTGGGGAAACACATAGAGTTGCAGCCAATACAAAATTGAATACTGAATCT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 812 CTCCTTCAGCTTGGGGAAACACATAGAGTTGCAGCCAATACAAAATTGAATACTGAATCT 871
Query 781 TCTCGAAGTCATGCAATTCTCATGGTACATGTCAAGAGGTCGGTGGTGGAGAACGAGGAT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 872 TCTCGAAGTCATGCAATTCTCATGGTACATGTCAAGAGGTCGGTGGTGGAGAACGAGTTT 931
Query 841 CCAGTCTCAAATGAAATGGAGAACTCATCTCACTTTGTCAGACCATCCAAGCCATTGGTT 900
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 CCAGTCTCAAATGAAATGGAGAGCTCATCCCACTTTGTCAGACCATCCAAGCCATTGGTT 991
Query 901 AGGAGAAGCAAGCTAGTTCTAGTAGATCTTGCTGGTTCTGAACGTGTTCACAAGTCGGGC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 AGGAGAAGCAAGCTAGTTCTAGTAGATCTTGCTGGTTCTGAACGTGTTCACAAGTCGGGC 1051
Query 961 AGCGAAGGACACATGCTGGAGGAAGCTAAATCCATTAATCTCTCACTTAGTGCTCTAGGG 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1052 AGCGAAGGACACATGCTGGAGGAAGCTAAATCCATTAATCTCTCACTTAGTGCTTTAGGG 1111
Query 1021 AAATGCATAAATGCAATAGCTGAGAATAGCCCTCATGTTCCACTTCGTGATTCAAAACTT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 AAATGCATAAATGCAATAGCTGAGAATAGCCCTCATGTTCCACTTCGTGATTCAAAACTT 1171
Query 1081 ACTCGCTTGTTGAGAGATTCATTTGGTGGCACAGCAAGAACATCCCTAATTGTGACCATT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 ACTCGCTTGTTGAGAGATTCATTTGGTGGCACAGCAAGAACATCCCTAATTGTGACCATT 1231
Query 1141 GGTCCCTCTCCGCGTCATAGAGGAGAGACAACCAGTACTATATTATTTGGTCAAAGGGCG 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 GGTCCCTCTCCGCGTCATAGAGGAGAGACAACCAGTACTATATTATTTGGTCAAAGGGCC 1291
Query 1201 ATGAAGGTAGAGAATATGTTAAAGATAAAGGAAGAATTTGATTACAAGAGTTTATCCAAG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 ATGAAGGTAGAGAATATGTTAAAGATAAAGGAAGAATTTGATTACAAGAGTTTATCCAAG 1351
Query 1261 AAACTTGAGGTCCAACTGGATAAGGTGATTGCTGAAAACGAAAGGCAGCTCAAAGCATTT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352 AAACTTGAGGTCCAACTGGATAAGGTGATTGCTGAAAACGAAAGGCAGCTCAAAGCATTT 1411
Query 1321 GATGATGATGTGGAGAGAATAAATCGACAAGCACAAAATCGTATATCAGAAGTTGAAAAG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1412 GATGATGATGTGGAGAGAATAAATCGACAAGCACAAAATCGTATATCAGAAGTTGAAAAG 1471
Query 1381 AACTTTGCAGAGGCCTTGGAGAAGGAGAAACTAAAGTGTCAAATGGAATATATGGAGTCA 1440
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1472 AACTTTGCAGAGGCCTTAGAGAAGGAGAAACTAAAGTGTCAAATGGAATATATGGAGTCA 1531
Query 1441 GTTAAAAAGCTTGAAGAAAAGCTGATATCGAACCAGCGGAACCATGAGAATGATAAACGT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1532 GTTAAAAAGCTTGAAGAAAAGCTGATATCGAACCAACGGAACCATGAGAATGGTAAACGT 1591
Query 1501 AACGGAGAGGTCAATGGAGTTGTTACAGCTAGTGAATTCACTAGGCTCAAAGAATCACTT 1560
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592 AATGGAGAGGTCAATGGAGTTGTTACAGCTAGTGAATTCACTAGGCTCAAAGAATCACTT 1651
Query 1561 GAGAATGAAATGAAATTAAGGAAGGCGGCTGAAGAAGAAGTCAGCAAAGTAAAAAGCCAG 1620
|||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1652 GAGAATGAAATGAAGTTAAGGAAGTCAGCTGAAGAGGAAGTCAGCAAAGTAAAAAGCCAG 1711
Query 1621 TCAACACTGAAGACAAGATCAGGGGAAGGCGAAGATGCTGGAATATCAAGACTACAGAAA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1712 TCAACACTGAAGACAAGATCAGGGGAAGGCGAAGATGCTGGAATAACAAGACTACAAAAA 1771
Query 1681 CTGCTGGAGGATGAGGCTCTTCAGAAAAAGAAACTTGAAGAAGAGGTCACCATATTACGA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1772 CTGCTGGAGGATGAGGCTCTTCAGAAAAAGAAACTTGAAGAAGAGGTCACCATATTACGA 1831
Query 1741 AGTCAACTTGTGCAGCTTACTTTTGAAGCTGATCAGAT 1778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 AGTCAACTTGTGCAGCTTACTTTTGAAGCTGATCAGAT 1869
Score = 1777 bits (962), Expect = 0.0
Identities = 1064/1110 (96%), Gaps = 19/1110 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1774 CAGATGAGAAGATGCTTGGACAGAGGTGCCCCAGGGAATTCGTACTCTGGCACAGACTCA 1833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1928 CAGATGAGAAGATGCTTGGACAGAGGTGCCCCAGGGAATTCGTACTCTGGCACAGACTCA 1987
Query 1834 TTACCATCACGACATTCCCAAGCAAGAGAATCTGTGAACGGTCAGAAGGCACCATTTGCT 1893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1988 TTACCATCACGACATTCCCAAGCAAGAGAATCTGTGAACGGACAGAAGGCACCGTTTGCT 2047
Query 1894 ACACTATGTGAGCAAGTGGGACTTCAAAAGATCTTGCAATTGCTTGAATCAGATGATGCA 1953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2048 ACACTATGTGAGCAAGTGGGACTTCAAAAGATCTTGCAATTGCTTGAGTCAGATGATGCA 2107
Query 1954 AACATAAGAATTCATGCTGTGAAAGTTGTGGCCAATCTTGCAGCTGAAGAGGCAAATCAA 2013
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2108 AACATCAGAATTCATGCTGTGAAAGTTGTGGCCAATCTTGCAGCTGAAGAGGCAAATCAA 2167
Query 2014 GAAAAGATCGTTGAAGCTGGAGGCCTGACATCGTTGCTAATGCTTCTCAGAAGCTACGAA 2073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2168 GAAAAGATCGTTGAAGCTGGAGGCCTGACATCGTTGCTAATGCTTCTCAGAAGCTACGAA 2227
Query 2074 GATGAAACTGTGCGAAGAGTTGCCGCTGGTGCGATCGCCAATCTCGCAATGAATGAAGTG 2133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2228 GATGAAACTGTGCGAAGAGTTGCCGCTGGTGCGATCGCCAATCTCGCAATGAACGAAGTG 2287
Query 2134 AGTCAACAACTGATAGTGGACCAAGGTGGAATCAGCTTGCTATCTCTAACAGCTGCAGAT 2193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2288 AGTCAACAACTGATAGTGGACCAAGGTGGAATCAGCTTGCTATCTCTAACAGCTGCAGAT 2347
Query 2194 GCAGAAGATCCACAGACTTTACGCATGGTTGCTGGAGCTATTGCTAATCTCTGTGGCAAC 2253
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348 GCAGAAGATCCACAGACTTTACGCATGGTTGCTGGGGCTATTGCTAATCTCTGTGGCAAC 2407
Query 2254 GACAAACTGCAAGCAAGACTATGGTCGGATGGTGGAATAAAAGCGTTGTTAGGAATGGTT 2313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2408 GACAAACTGCAAGCAAGACTATGGTCGGATGGTGGAATAAAAGCGTTGTTAGGAATGGTT 2467
Query 2314 AGATGCGGACATCCGGATGTTCTTGCTCAGGTGGCTCGCGGAATTGCGAACTTTGCCAAG 2373
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2468 AGATGCGGACATCCAGATGTTCTTGCTCAGGTGGCTCGCGGAATTGCAAACTTTGCCAAG 2527
Query 2374 TGCGAGTCACGAGCAACCACTCAAGGTGTGAAGAGTGGAAGATCACTACTAATAGAAGAC 2433
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2528 TGCGAGTCCCGAGCAACCACTCAAGGTGTGAAGAGTGGAAGATCACTACTAATAGAAGAC 2587
Query 2434 GGAGCTCTTCCATGGATTGTACAACATGCTAACGATGAAGCTGCGCCAATCAGGCGCCAC 2493
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2588 GGAGCTCTTCCGTGGATTGTACAACATGCGAACGATGAAGCTGCGCCAATCAGGCGACAC 2647
Query 2494 ATAGAGCTGGCTTTATGCCATTTGGCCCAGCATGAGGTGAATGCAAAGGAGATGATAAGC 2553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2648 ATAGAGCTGGCTTTATGCCATTTGGCCCAGCATGAGGTGAATGCAAAGGAGATGATAAGC 2707
Query 2554 GGGGGAGCATTGTGGGAGTTGGTGAGAATATCAAAGGAGTGTTCAAGAGAAGACATTCGA 2613
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2708 GGAGGAGCATTGTGGGAGTTGGTGAGAATATCAAAGGAATGTTCAAGAGAAGACATTCGA 2767
Query 2614 AGTTTGGCTCATCGTACTCTCTCTTCCAGTCCCGTTTTCCGTTCTGAGATCCGTCGTCTC 2673
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2768 AGTTTGGCTCATCGTACTCTCTCTTCAAGTCCCGTCTTCCGTTCTGAGATCCGTCGCCTC 2827
Query 2674 GGCATCCAGTTTTGACTTGTTCTTAATGTTT-GTATCATATAATTATCATCTCTCTTAAC 2732
||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 2828 GGCATCCAGTTTTGACTTGTT-TTA-TGTTTTGTATCATATAATCATCATCTCTCTCAAC 2885
Query 2733 GAGATTCACACATCATCATCATCTGTATTCTTTCTATTTTATTCATTTTATAAATGTTGT 2792
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2886 GAGATTCACACATCATCACCATCTGTATTCT----ATTTTATTCATTTTATA---GT--- 2935
Query 2793 ACTAACTATTTCATTTCGCTTTGCTTTT-CATTTACTTTTGATTGTAAAAACGCCTTACT 2851
| | ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||| | |||||
Sbjct 2936 A--A-CTATTTCATTTTTCTTTGCTTTTTCATTTACTCTTGATTATAAAAA-GAATTACT 2991
Query 2852 AAAATCACGTTGTGTGATTCATTCAACCTC 2881
| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2992 AGA-TCACGTTGTGTGATTCATTCAACCTC 3020
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144129627239
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5