BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470277
Length=2952
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G03000.1 | Symbols: PEX6 | peroxin 6 | chr1:687890-692560 RE... 4608 0.0
> AT1G03000.1 | Symbols: PEX6 | peroxin 6 | chr1:687890-692560
REVERSE LENGTH=3100
Length=3100
Score = 4608 bits (2495), Expect = 0.0
Identities = 2789/2928 (95%), Gaps = 32/2928 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAATTCGATTTGATTCCGTTGCAATGGTGGAGAGACGGAATCCTTTGGTTCTATCATCCA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 85 GAATTCGATTTGATTCCGTTGCAATGGTGGAGAGACGGAATCCTCTGGTTCTATCATCCA 144
Query 61 CCAGAAGCACACTCCGTTCAGTGCTCGGTTCGTTACAACCCAGCTCTGCCGATGGTGACC 120
| ||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 145 CAAGAAGTACTCTCCGTTCAGTGCTCAATTCGTCACAACCCAGCTCTGCCGACGGCGACC 204
Query 121 GAGTTCTGAATCACGACGGGATTGTTTTGGGCGGATCCGACTTGTCACGAGGGAACGTTA 180
||||||||||| | | | | ||| | ||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 205 GAGTTCTGAAT-A--A----A--------GACGG-T--GACTTGTTACGAGGGAACGCTA 246
Query 181 ATTTGTCTGCGGGAATTCTCCGGTGGCGGAGGGACGGAGAAAATGTTTCCGATGCAAAAT 240
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 247 GGTTGTCTGCGGGCATTCTCCGGTGGCGGAAGGACGGAGAAAATGTTTCCGATGCAAAAT 306
Query 241 TGGATTCTTTAGATGACTCTGCATTGGTTGGGCTCTCCACTCAATTGCTTAAGAGACTAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 307 TGGATTCTTTAGATGACTCTGCATTGGTTGGACTCTCCACTCAATTGCTTAAGAGACTAT 366
Query 301 CTATCAATTCTGGTTCTTTGGTTGTTATCAAGAACATTGAGATAGGCATTCAACGGGTTG 360
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 367 CTATCAACTCTGGTTCTTTGGTTGTTGTCAAGAACATTGAGATAGGCATTCAAAGGGTTG 426
Query 361 CGCAAGTTGTTGTACTTGATCCTCCCAAGACGACGCTGGAAGATGCATCTGTCACTCAAG 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 427 CGCAAGTTGTTGTACTTGATCCTCCCAAGACGACGCTGGAAGATGCATCTCTCACTCAAG 486
Query 421 TGCCTGTTTCGGACTCTCTTCATACGATGCTTGTCTTTCCCACTTATGATTTGATGGCCC 480
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 487 TACCTGTTTCGGACTCTCTTCATACGATGCTTGTCTTTCCCACTTATGATTTGATGGGCC 546
Query 481 AGCACTTGTTAGATCAAGAGGTTGCTTACTTGTCCCCAATGTTAGCTTTTAATCTTAGCT 540
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 547 AGCAGTTATTAGATCAAGAGGTTGCTTACTTGTCCCCAATGTTAGCTTTTAATCTTAGCT 606
Query 541 TGCATATATCTTGCCTGAAATCCCTCGTCCACCGAGGGAACGGGGTCTTAGAGAAGTATT 600
|||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 TGCACATATCTTGCCTGAAATCCCTCGTACATCGAGGGAACGGGGTCTTAGAGAAGTATT 666
Query 601 TTGAAGCTAAGTTTGACGAGGAGTTTATCGGAAAATCTGCGGCAGATGGGTTGAAGATTG 660
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||
Sbjct 667 TTGAAGCTAAGTGTGATGAGGAGTTTATCGGAAAATCTGCAGAAGATGGGTCGAAGATTG 726
Query 661 GTTTGGATTTGGAACCTGTGTCTGATGTCCCAGGCTATGCATCACATCTGAGAGTTTCTT 720
|||||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 727 GTTTGGATTTGGAACCCGTGTCCCAAGTTCCAGGCTATGCATCACATCTGAGAGTTTCTT 786
Query 721 TTGTTAAAATCCCAGAGTGTGGTACCATTCAATCCCTGAAACTCAATTCGTCATTTGAAG 780
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 787 TTGTTAAAATCCCAGAGTGTGGTACCATCCCATCCCTGAAAGTCAATTCGTCATTTGAAG 846
Query 781 CTGAAGAGCGACAAGGGTTAATAGATTCTGCATTACATAAGTATTTTGGAACTGATAGAC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 847 CTGAAGAGCGACAAGGGTTAATAGATTCTGCATTACAGAAGTATTTTGGAACTGATAGAC 906
Query 841 AGCTGTCAAGAGGCGATATATTTCGCATTTACATTGACTGGAATTGTGGTTCAAGCATTT 900
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 907 AGCTATCAAGAGGCGATATATTTCGCATTTACATTGACTGGAATTGTGGTTCAAGCATTT 966
Query 901 GTATTCCATGTAGTCAAAGGTTGTGCTCCGAAAGCGACGACTATATATATTTTAAGGTTA 960
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 967 GTAATCCATGTAGTCAAAGGTTGTGCTCCGAAAGCGACGACTATATATATTTTAAGGTTA 1026
Query 961 TCGCGATGGAACCTTCTAATGAGAGGTATCTTCGAGTCAATCACTCCCAAACCGCCCTTG 1020
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1027 TTGCGATGGAACCTTCTAATGAGAGGTTTCTTCGAGTGAATCACTCCCAAACCGCCCTTG 1086
Query 1021 TCCTTGGAGGAACTGTATCTTCTGGTCTTCCACCAGATTTGCTGGTGTATAGATCAAAGG 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1087 TCCTTGGAGGAACTGTATCTTCTGGTCTTCCACCAGATTTACTGGTGTATAGATCAAAGG 1146
Query 1081 TTCCTATGCCCTTGCAGGAGGAGACAGTAAATATTTTGGCATCAGTGCTTTCACCACCTC 1140
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1147 TTCCTATGCCATTGCAGGAGGAGACAGTAAATATTTTGGCATCGGTGCTTTCACCACCTC 1206
Query 1141 TCTGCCCATCAGCACTCGCCTCAAAACTCAGGGTTGCTGTTTTACTGCATGGTCTGCCAG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1207 TCTGCCCATCAGCACTCGCCTCAAAACTCAGGGTTGCTGTTTTACTGCATGGTATACCAG 1266
Query 1201 GGTGCGGGAAGAGAACTGTTGTTAACTATGTTGCTAGGAGGTTGGGGCTGCATGTAGTTG 1260
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267 GGTGTGGGAAGAGAACTGTTGTTAAATATGTTGCTAGGAGGTTGGGGCTGCATGTAGTTG 1326
Query 1261 AATATAGCTGCCACAGTTTATTAGCATCATCTGAGAGGAAAACATCTACTGCTTTGGCCC 1320
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 AATTTAGCTGCCACAGTTTATTAGCATCATCTGAGAGGAAAACATCTACTGCTTTGGCCC 1386
Query 1321 AGACTTTTAATATGGCACGAAGGTATTCACCAACGATACTTCTGCTTCGCCATTTCGATG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1387 AGACTTTTAATATGGCACGAAGGTATTCACCAACGATACTTTTGCTTCGCCATTTCGATG 1446
Query 1381 TTTTTAAAAATCTGGGCTCTCAGGATGGTTCACTGGGTGATCGAGTTGGTGTGTCCTCTG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1447 TTTTTAAAAATCTGGGCTCTCAGGATGGTTCACTGGGTGACCGAGTTGGTGTGTCCTTTG 1506
Query 1441 AGATTGCATCCGTGATTAGGGAACTCACTGATCCAGTTTCTAATGGTGAAAACAGTTCCA 1500
|||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1507 AGATTGCATCGGTTATTAGGGAACTCACTGAGCCAGTTTCTAATGG-G--GACAGTTCCA 1563
Query 1501 TGGAAGAAAAATCGAATAGCAATTTCTCTGAAGATGAAGTTGGGAAGTTTAGGGGACATC 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1564 TGGAAGAAAAATCGAATAGCAATTTCTCTGAAAATGAAGTTGGAAAGTTTAGGGGACATC 1623
Query 1561 AAGTGCTATTAATCGCATCTGCTGAAAGTACTGAGGGTATCTCTCCAACAATTAGGCGTT 1620
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1624 AAGTGCTGCTAATCGCATCTGCTGAAAGTACTGAGGGTATCTCTCCAACAATCAGGCGTT 1683
Query 1621 GCTTTAGTCATGAAATACGTATGGGTTCTTTGAATGACGAACAGAGATCTGAAATGCTGA 1680
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684 GCTTTAGCCATGAAATACGTATGGGTTCTTTGAATGACGAACAGAGATCTGAAATGCTGT 1743
Query 1681 CTCAGTCCCTCCAAGGCGTCTCTCAATTCCTTAATACCAGCTCAGATGACTTTATGAAAG 1740
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1744 CTCAGTCCCTCCAAGGCGTTTCTCAATTCCTTAATATTAGCTCAGATGAATTTATGAAAG 1803
Query 1741 GATTGGTGGGACAGACTTCTGGCTTCCTTCCTCGGGACTTGCGTGCTCTTGTAGCTGATG 1800
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1804 GATTGGTGGGACAGACTTCTGGCTTCCTTCCCCGGGACTTGCAAGCTCTTGTAGCTGATG 1863
Query 1801 CTGGTGCCAACTTATATATCAGTCAAGAGTCCGAGACCAAGAAAGTTAACTCTCTGTCAG 1860
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1864 CTGGTGCCAACTTATACATCAGTCAAGAGTCCGAGACCAAGAAAATTAACTCTCTGTCAG 1923
Query 1861 ATGATCTTCATGGAGTTGATGTACACCAGGCAAGCCAATTAGGTATCAGTAGTGATG-CA 1919
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||| | ||| | |
Sbjct 1924 ATGATCTTCATGGAGTTGATATACACCAGGCAAGCCAAATAGATAACAGCACTGA-GAAA 1982
Query 1920 TTAACAGCTAAGGAAGACTTTACCAAAGCTTTAGATCGATCAAAGAAGAGAAATGCATCA 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TTAACAGCTAAGGAAGACTTTACCAAAGCTTTGGATCGATCAAAGAAGAGAAATGCATCA 2042
Query 1980 GCCCTTGGTGCTCCTAAGGTTCCAAATGTGAAATGGGATGATGTTGGTGGGCTTGAGGAT 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 GCCCTTGGTGCTCCTAAGGTTCCAAATGTGAAATGGGATGATGTTGGTGGGCTTGAGGAT 2102
Query 2040 GTGAAGACATCGATATTGGACACAGTTCAATTACCTCTCCTGCATAAAGATTTATTTTCG 2099
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 GTGAAGACATCGATATTGGACACAGTTCAACTACCTCTCCTGCATAAAGATTTATTTTCG 2162
Query 2100 TCCGGATTGCGTAAACGTTCTGGTGTACTTCTCTATGGCCCTCCAGGAACAGGGAAAACT 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 TCCGGATTGCGTAAACGTTCTGGTGTACTTCTCTATGGCCCTCCAGGAACAGGGAAAACT 2222
Query 2160 TTACTGGCAAAAGCTGTGGCGACAGAGTGCTCCTTAAATTTCCTCAGTGTAAAGGGTCCA 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 TTACTGGCAAAAGCTGTGGCGACAGAGTGCTCCTTAAATTTCCTCAGTGTAAAGGGTCCA 2282
Query 2220 GAATTAATAAACATGTATATTGGAGAGTCAGAGAAAAATGTTCGAGATATATTTGAAAAG 2279
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 GAATTAATCAACATGTATATTGGAGAGTCAGAGAAAAATGTTCGAGATATATTTGAAAAG 2342
Query 2280 GCAAGGTCAGCGCGACCTTGTGTGATCTTCTTTGATGAGCTTGATTCTCTTGCTCCAGCT 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 GCAAGGTCAGCGCGACCTTGTGTGATCTTCTTTGATGAGCTTGATTCTCTTGCTCCAGCT 2402
Query 2340 CGAGGTGCTTCTGGTGATTCTGGAGGAGTCATGGATCGAGTGGTCTCTCAGATGCTTGCA 2399
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2403 CGAGGTGCTTCTGGTGATTCTGGAGGAGTCATGGATCGAGTGGTATCTCAGATGCTTGCA 2462
Query 2400 GAGATTGATGGACTCAGCGACTCTTCCCAGGATCTGTTTATTATAGGAGCAAGCAACAGA 2459
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 GAGATCGATGGACTCAGCGACTCTTCCCAGGATCTGTTTATTATAGGAGCAAGCAACAGA 2522
Query 2460 CCTGACTTGATTGATCCAGCTCTTTTACGGCCTGGCAGATTCGACAAACTTCTGTATGTT 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2523 CCTGACTTGATTGATCCAGCTCTTTTACGGCCTGGCAGATTCGACAAACTTCTATATGTT 2582
Query 2520 GGAGTCAACGCTGATGCGTCTTACAGGGAAAGGGTCCTCAAAGCACTAACTCGGAAATTC 2579
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||
Sbjct 2583 GGAGTCAACGCTGATGCGTCTTACAGGGAAAGGGTACTTAAAGCACTGACTCGGAAATTT 2642
Query 2580 AAGTTAAGCGAAGATGTATCTCTTTATTCAGTAGCAAAGAAGTGTCCCTCTACATTCACC 2639
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 AAGTTAAGCGAAGATGTATCTCTTTATTCAGTAGCAAAGAAGTGTCCCTCTACATTCACC 2702
Query 2640 GGCGCTGATATGTACGCATTGTGTGCTGATGCTTGGTTTCAGGCAGCTAAGCGAAAGGTC 2699
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 GGCGCTGATATGTACGCCTTGTGTGCTGATGCTTGGTTTCAGGCAGCTAAGCGAAAGGTG 2762
Query 2700 TCAAAATCAGATTCAGGGGATTTTCCTCCAGAAGA---TGATCCGGATTCAGTCGTTGTA 2756
|||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2763 TCAAAATCGGATTCAGGGGATATGCCTACAGAAGAAGATGATCCCGATTCAGTCGTTGTA 2822
Query 2757 GAGTATGTGGATTTTATAAAGGCAATGGATCAGCTCTCGCCATCACTCTCCATAACTGAG 2816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 GAGTATGTGGATTTTATAAAGGCAATGGATCAGCTCTCGCCATCACTCTCCATAACTGAG 2882
Query 2817 CTTAAGAAGTATGAGATGCTTCGAGATCAATTTCAAGGCCGTTCCAGCTAAACCCTTC-C 2875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |
Sbjct 2883 CTTAAGAAGTATGAGATGCTTCGAGATCAATTTCAAGGCCGTTCGAGCTAAACCCCTCTC 2942
Query 2876 --TAAACAAGAAATTAGCATATATAATGGAGACATTTCATAttttttt 2921
|| | || |||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2943 AGTACATAA-AAATTAGC-T-TATAATGAAGACATTTCATATTTTTTT 2987
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146738308275
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5