BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470660
Length=3039
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G06410.1 | Symbols: ATTPS7, TPS7, ATTPSA | trehalose-phospha... 4951 0.0
> AT1G06410.1 | Symbols: ATTPS7, TPS7, ATTPSA | trehalose-phosphatase/synthase
7 | chr1:1954850-1958756 FORWARD LENGTH=3158
Length=3158
Score = 4951 bits (2681), Expect = 0.0
Identities = 2932/3048 (96%), Gaps = 38/3048 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTTCTAGGTCGTACACGAATTTGTTAGACTTGGCATCAGGGAATTTCCCTGTCATG 60
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 106 ATGATTTCTAGGTCGTACACGAATCTGTTAGACTTGGCATCAGGGAATTTCCCTGTCATG 165
Query 61 GGAAGAGAGCGTAGGCGGCTTCCTAGGGTAATGACTGTTCCTGGTAATGTCTCTGAGTTT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 166 GGAAGAGAGCGTAGGCGGCTTCCTAGGGTAATGACTGTTCCTGGTAATGTCTCTGAGTTT 225
Query 121 GATGAAGATCAAGCGTATAGTGTGTCTTCCGATAATCCTTCTTCCGTTTCCTCTGATCGA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 226 GATGAAGATCAAGCGTATAGTGTGTCTTCCGATAATCCTTCTTCGGTTTCCTCTGATCGA 285
Query 181 ATGATCATTGTGGCTAACCGGCTACCGTTGAAGGCGGAGAGACGAAATGGAAGCTGGAGT 240
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 286 ATGATCATTGTGGCTAACCGGCTCCCATTGAAGGCGGAGAAACGAAATGGAAGCTGGAGT 345
Query 241 TTTAGTTGGGATCAAGATTCTCTGTATTTGCAGCTTAAGGACGGTTTGCCTGAGGATATG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 346 TTTAGTTGGGATCAAGATTCTCTGTATTTGCAGCTCAAGGACGGGTTGCCTGAGGATATG 405
Query 301 GAGATTTTATATGTTGGATCTTTGAGCGTTGATGTTGATTCACATGAACAAGACGATGTC 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 406 GAGATTTTATATGTTGGATCTTTGAGCGTTGATGTTGATTCAAATGAACAAGACGATGTG 465
Query 361 GCGCAAATACTGTTGGACAAATTTAAATGTGTTCCTACGTTTTTCCCACCTGATTTGCAA 420
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 GCGCAGATACTGTTGGACAAATTTAAATGTGTTCCTACGTTTTTCCCACCTGATTTGCAA 525
Query 421 TCAAAGTTTTACGACGGTTTTTGCAAGAGGCAGATATGGCCGCTTTTTCACTACATGCTT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 TCAAAGTTTTACGACGGTTTTTGCAAGAGGCAGATATGGCCGCTTTTTCACTACATGCTT 585
Query 481 CCGTTTTCCGCTGATCATGGTGGAAGATTTGATAGGTCTCTTTGGGAGGCTTATGTAGCG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 CCGTTTTCCGCTGATCATGGTGGAAGATTTGATAGGTCTCTTTGGGAGGCTTATGTAGCG 645
Query 541 ACCAATAAGCTCTTCTTCCAGAAAGTAATTGAGGTTATTAACCCAGATGATGATTTTGTC 600
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 ACTAACAAGCTCTTCTTCCAGAAAGTAATTGAGGTTATTAACCCAGATGATGATTTTGTC 705
Query 601 TGGATTCATGACTACCATTTGATGGTCTTACCAACTTTTCTGAGAAGACGGTTTAACCGG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 706 TGGATTCATGACTACCATTTGATGGTCTTACCAACTTTTCTGAGAAGGCGGTTTAACCGG 765
Query 661 ATAAGGATGGGATTTTTCCTTCACAGTCCCTTCCCCTCATCTGAGATATACCGGTCTCTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 ATAAGGATGGGATTTTTCCTTCACAGTCCCTTCCCCTCATCTGAGATATACCGGTCTCTT 825
Query 721 CCTGTCCGGGAGGAGATACTTAAGGCGTTACTAAACAGCGACCTGATTGGCTTTCACACA 780
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 826 CCTGTTCGGGAGGAGATACTTAAGGCGTTACTAAACAGCGACCTTATTGGCTTTCACACG 885
Query 781 TTCGATTATGCTCGTCACTTCCTTACTTGCTGTAGTCGGATGTTGGGTCTAGAATATCAG 840
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 TTCGATTATGCTCGTCACTTCCTTACTTGCTGCAGTCGGATGTTGGGTCTAGAATATCAG 945
Query 841 TCTAAGAGAGGTTACATTGGGCTGGAGTATTACGGGAGGACTGTGGGAATCAAGATCATG 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 TCTAAGAGAGGTTACATTGGGCTGGAGTATTACGGGAGGACTGTGGGAATCAAGATCATG 1005
Query 901 CCAGTGGGGATTAACATGGGTCGGATTCAATCGGTGATGAGATATTCAGAAGAGGAGGGT 960
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 CCAGTGGGGATCAACATGGGTCGGATTCAATCGGTGATGAGATATTCAGAAGAGGAGGGT 1065
Query 961 AAGGTGATGGAGCTGAGAAATCGTTTCGAAGGTAAGACAGTGTTGCTTGGTATCGATGAC 1020
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066 AAGGTGATGGAGCTCAGAAATCGTTTCGAAGGTAAGACAGTGTTGCTTGGTATCGATGAC 1125
Query 1021 ATGGATATTTTCAAGGGTATAAACCTGAAGCTTCTAGCAATGGAACAAATGCTGAGGCAG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126 ATGGATATTTTCAAGGGTATAAACCTGAAGCTTCTAGCAATGGAACAAATGCTGAGGCAG 1185
Query 1081 CATTCGAATTGGAGGGGAAGGGCTGTTCTGGTTCAGATTGTAAATCCCGCTAGGGGTAAA 1140
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 CACCCGAATTGGAGGGGAAGGGCTGTTCTGGTTCAGATTGTAAATCCCGCTAGGGGTAAA 1245
Query 1141 GGTATTGATGTTGAGGAAATACGTGGTGAAATCCAAGAAAGCTGCAGGAGGATCAATGGA 1200
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 GGTATTGATGTAGAGGAAATACGTGGTGAAATCGAAGAAAGCTGCAGGAGGATCAATGGA 1305
Query 1201 GAGTTTGGGAAACCTGGATATCAACCTGTCATATATATTGATACTCCGGTGTCGATAAAT 1260
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1306 GAGTTTGGGAAACCTGGATATCAACCTATCATATATATTGATACTCCGGTTTCGATTAAT 1365
Query 1261 GAAATAAATGCTTATTACCATATTGCTGAGTGCGTGGTCGTTACAGCTGTTAGAGATGGT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 GAAATAAATGCTTATTACCATATTGCTGAGTGCGTGGTCGTTACAGCTGTTAGAGATGGT 1425
Query 1321 ATGAACCTTACTCCCTACGAATATATCGTTTGTAGACAGGGTTTACTTGGGTCTGAATCA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 ATGAACCTTACTCCCTACGAATATATCGTTTGTAGACAAGGTTTACTTGGGTCTGAATCA 1485
Query 1381 GACTTTAGTGGCCCAAAGAAGAGCATGTTGGTTGCATCAGAGTTTATTGGATGTTCTCCT 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1486 GACTTTAGTGGCCCAAAGAAGAGCATGTTGGTTGCATCAGAGTTTATTGGATGTTCCCCT 1545
Query 1441 TCACTTAGTGGGGCTATACGCGTAAACCCATGGAACGTTGAAGCTACTGGAGAAGCCCTA 1500
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1546 TCGCTTAGTGGGGCTATACGCGTAAACCCATGGAACGTTGAAGCTACTGGAGAAGCACTA 1605
Query 1501 AATGAGGCCCTCTCAATGAGTGATGCCGAGAAACAGCTGCGACATGAGAAACATTTCCGG 1560
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1606 AATGAGGCCCTCTCAATGAGTGATGCTGAGAAACAGCTACGGCATGAGAAACATTTCCGG 1665
Query 1561 TATGTTAGTACTCACGATGTAGCTTATTGGTCAAGAAGTTTCTTGCAAGACCTAGAGAGG 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 TATGTTAGTACTCACGATGTAGCTTATTGGTCAAGAAGTTTCTTGCAAGACCTAGAGAGG 1725
Query 1621 ATATGTGTGGACCATTTCAAGAAAAGGTGTTGGGGGATGGGGATTAGTTTTGGTTTTAGA 1680
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1726 ATATGTGTGGACCATTTCAAGAAAAGGTGTTGGGGGATGGGGATTAGTTTTGGTTTCAGA 1785
Query 1681 GTTGTGGCACTCGATCCCAATTTTAGAAAGCTTTCAATACCATGCATTGTGTCAGACTAC 1740
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1786 GTTGTTGCACTCGATCCTAATTTTAGAAAGCTTTCAATACCGTGCATTGTGTCAGACTAC 1845
Query 1741 AAAAGGGCGAAAAGCAGAGCTATACTGTTGGATTATGATGGCACTCTGATGCCTCAAAAC 1800
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 AAAAGGGCGAAAAGCAGAGCGATACTGTTGGATTATGATGGCACTCTGATGCCTCAAAAC 1905
Query 1801 TCCATCAATAAAGCTCCAAGCCAGGAAGTTCTTAACTTCTTGGATGCACTATGCGAGGAC 1860
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1906 TCCATCAATAAAGCTCCAAGCCAGGAAGTTCTTAACTTTTTGGATGCACTTTGCGAGGAC 1965
Query 1861 AAGAAGAATTCAATTTTCATTGTCAGCGGAAGAGGGAGGGAAAGTTTAGGCAAGTGGTTC 1920
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1966 AAGAAGAATTCAATTTTCATTGTCAGTGGAAGAGGGAGGGAAAGTTTAAGCAAGTGGTTC 2025
Query 1921 ACTCCGTGCAAAAACATTGGAATTGCGGCTGAGCATGGATACTTCTTGAAGTGGTCAGGC 1980
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2026 ACTCCGTGCAAAAAAATTGGAATTGCGGCAGAGCATGGATACTTCTTAAAGTGGTCAGGC 2085
Query 1981 AGTGAAGAATGGGAGACATGTGGGCAGAGCTCTGATTTTGGGTGGATGCAGATCGTGGAA 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 AGTGAAGAATGGGAGACATGTGGGCAGAGCTCTGATTTTGGGTGGATGCAGATCGTGGAA 2145
Query 2041 CCTGTAATGAAACAGTACACTGAATCTACTGATGGCTCTTCCATTGAAATCAAAGAGAGC 2100
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 CCTGTAATGAAGCAGTACACTGAATCGACTGATGGCTCTTCCATTGAAATCAAAGAGAGC 2205
Query 2101 GCTTTGGTTTGGCAATATCGGGATGCGGATCCAGGCTTTGGTTCGTTACAAGCAAAGGAA 2160
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2206 GCTTTGGTTTGGCAATATCGGGATGCAGATCCAGGCTTTGGTTCTTTACAAGCGAAGGAA 2265
Query 2161 ATGCTAGAGCATCTAGAGAGTGTCCTAGCTAATGAGCCAGTGGCAGTGAAAAGTGGTCAC 2220
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2266 ATGCTAGAGCATTTAGAGAGTGTTCTAGCTAATGAGCCAGTGGCAGTCAAAAGCGGTCAC 2325
Query 2221 TACATCGTAGAAGTCAAGCCTCAGGGGGTGAGCAAAGGATCGGTGTCAGAAAAGATATTT 2280
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2326 TACATAGTAGAAGTCAAGCCTCAGGGAGTGAGCAAAGGATCCGTGTCAGAAAAGATATTT 2385
Query 2281 TCATCAATGGCCGAAAAGGGGAAACCGGTTGATTTCGTGCTATGTATTGGAGATGACAGA 2340
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 TCATCAATGGCCGGAAAGGGAAAACCGGTTGATTTCGTGTTATGTATTGGAGATGACAGA 2445
Query 2341 TCTGATGAAGACATGTTTGAAGCGATTGGTAATGCGATGTCGAAAAGGTTACTCTGTGAT 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2446 TCTGATGAAGACATGTTTGAAGCGATTGGTAATGCGATGTCGAAAAGGTTACTCTGTGAT 2505
Query 2401 AATGCTCTAGTGTTTGCATGCACAGTTGGGCAAAAGCCAAGCAAGGCTAAATACTACTTG 2460
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2506 AATGCTCTAGTCTTTGCATGCACAGTTGGGCAAAAGCCAAGCAAGGCTAAATACTACTTG 2565
Query 2461 GACGATACTACTGAAGTGACATGCATGCTTGAATCTCTAGCTGAAGCATCAGAGGCTTCA 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2566 GACGATACTACTGAAGTGACATGCATGCTTGAATCTCTAGCTGAAGCATCAGAGGCTTCA 2625
Query 2521 AACTTTTCTATGCGTGAACTTGATGATGCCCTTTGATTAGAAACCAGATCTTTTGCCAGA 2580
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2626 AACTTTTCTATGCGTGAACTTGATGAAGCCCTTTGATTTGGAACCAGATCTTTTGCCAGA 2685
Query 2581 TGGCTAAAGAAGAGGTTAGACAGACAAAGACAAGGAAAAGAAGAGACTGGGAGTTTGTTG 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2686 TGGCTAAAGAAGAGGTTAGACAGACAAAGACAAGGAATAGAAGAGACTGGGAGTTTGTTG 2745
Query 2641 GTCTGTTTGTGTTTGTGAGATTgaaagaaagaaagaaagaaaagaagaaaagggtagtga 2700
|||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| || |||||||||
Sbjct 2746 GTCTGTATGTGTTTGTCAGATTGAAAGAAAGAAA-A--GAA--GAA-AA--GGGTAGTGA 2797
Query 2701 gagtagtaatggtaaaaaggaaaaaaaaacaaaaTGGTGATGTGAAGAGAAGCTTTGTTA 2760
|| |||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2798 AAG-AGTAAT---AATGGGGAAAAAAA--CAAA-TGGTGATGTGAAGA-A-GCTTTGTTA 2848
Query 2761 TTGGCAGAGCAATCAATCAA----TCAAAGGAGGAGGAAAATAGAGATGTGTTTGGGTTC 2816
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2849 TTTGCAGAGCAATCAATCAAACAATCAAAGGAGGAGGAAAATAGA--TGTGTTTGGGTTC 2906
Query 2817 ATCAGGGA--TGTGTTTGCAGGATGTTGAAGTTAACAAACAAGCAGAAGCTTTTCCTGAT 2874
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2907 ATCAGGGAAATGTGTTTGCAGGATGTTGAAGTTAACAA-CAAGCAAAAGCTTTTCCTGAT 2965
Query 2875 ACTTTTCttttttttattcatattattattattattattattgttattTGTAATTGGATG 2934
||||| |||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2966 -CTTTT-TTTTTT--A---ATATTCTTATTACTATTATTATTGTTATTTGTAATTGGATG 3018
Query 2935 ATCT-TTGAGGATATCAAATTTGGATTCGGCTGTTTATTGGATCTGAACAAAAACGAAAC 2993
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3019 ATCTCTTGAGGATATCAAATTTGGATTCGGCTGTTTATTGGATCTGAACGAAAACGAAAC 3078
Query 2994 TGTGAA-AAAATAGTATGTAAAGATAACGTTGCGTT-TCCATTATTGA 3039
|||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||| ||||
Sbjct 3079 TGTGAAGAAAAT-GTTTGTAAAGATAACGTTGC-TTGTCCATTGTTGA 3124
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 151102832316
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5