BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg470771
Length=1516
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G07470.1 | Symbols: | Transcription factor IIA, alpha/beta ... 2135 0.0
AT1G07480.1 | Symbols: | Transcription factor IIA, alpha/beta ... 1953 0.0
> AT1G07470.1 | Symbols: | Transcription factor IIA, alpha/beta
subunit | chr1:2291457-2294588 FORWARD LENGTH=1538
Length=1538
Score = 2135 bits (1156), Expect = 0.0
Identities = 1326/1406 (94%), Gaps = 19/1406 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 99 AAACTC-AGATTCCCGGAGGACGAAATTCGtttttttGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 157
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 104 AAACCCTAGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTCGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 163
Query 158 TGAGAGGCTGAGAAGATGGGTACAACTACGACAACGAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 217
||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 164 TGAGAGGCT------ATGGGTACAACAACGACAACAAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 217
Query 218 GAGGATGTCGTCAACAAAGTCCGTGAGGAGTTTATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGC 277
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 218 GAGGATGTCGTCAACAAAGTTCGTGAGGAGTTCATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGT 277
Query 278 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCTGGAGTCTTGAAT 337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 278 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCCGGAGTCTTGAAT 337
Query 338 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGAGGTCCATTGACGCATGAT 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 338 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGTGGTCCACTGACTCATGAT 397
Query 398 CTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTATGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTT 457
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 398 TTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTACGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTC 457
Query 458 CCTCCGACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCGGGTACTGCTGATAACTCT 517
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 458 CCTCCTACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCCGGTACTGCTGATAACTCA 517
Query 518 TCCATATATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCAACTCCTGGAAATGAGAATGGA 577
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 518 TCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCCACTCCTGGAACTGAGAATGGA 577
Query 578 GTCAACCTTGATGTTAAAGGAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCTCCTTCCCCGTGGGCA 637
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
Sbjct 578 GTCAACATTGATGTTAAAGCAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCGCCTTCTCCGTGGACT 637
Query 638 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 697
Query 698 AACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGACTTATTA-T-CC-TCT---GGGAAACGAAAACGT 751
|||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| |||||||||||||||
Sbjct 698 AACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCTTCTGGGAAACGAAAACGT 757
Query 752 GATGATTCTTCTGCACACTATCAAAATGGTGGATGTATACCTCAGCAGGATGGTGCAAGC 811
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 758 GATGATTCATCTGCACACTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAACAAGATGGTGCAAGC 817
Query 812 GATGCTATCCCTAAGGCAAACTTTGAATGTACTGCACTCCGGATAACCTATGTTGGCGAT 871
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 818 GATGCTATCCCTGAGGCAAACTTTGAATGTGCTGCACTCCGTATAACCTATGTTGGCGAT 877
Query 872 AGAAATATCCCACGAGATTTTATCTG-CTCATCATCGAAGATTCCTCAAGTTGATGGGCC 930
||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 878 AGAAAGATCCCACGAGATTTGAT-TGGCTCATCATCGAAGATTCCCCAAGTTGATGGGCC 936
Query 931 AATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCAAATATATACAGTTATCAAGGACC 990
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 937 AATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCCAATATATACAGTTATCAAGGACC 996
Query 991 CAATGAAGACTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAGATCCAAACGAGCACTCC 1050
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 997 CAATGAAGAGTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAAATCCAAACGAGCACTCC 1056
Query 1051 TGTTGCTGTACAAAACGATATCGTTGAAGATGATGAAGAGCTCTTGAACGAAGATGACGA 1110
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1057 TGTTGCTGTACCAAACGATATCATTGAAGATGATGAAGAGCTGTTGAACGAAGATGATGA 1116
Query 1111 TGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGTGAGGATATGAACACGCAACATCTGGTTTT 1170
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1117 TGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACACACAACACCTGGTTTT 1176
Query 1171 AGCTCAATTTGACAAGGTGACTCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAATCTGAAAGACGG 1230
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1177 AGCTCAATTTGACAAGGTGACGCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAGTCTGAAAGACGG 1236
Query 1231 GATCATGCATATAAATGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAACAGGCGAGTTCGACTT 1290
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237 GATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAACAGGCGAGTTCGACTT 1296
Query 1291 CTGATCTTGACACTAGCGCAATGCTTCTAGAAAAGTCACAGTCCTTCAAATGTCGGATGT 1350
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1297 CTGATCTTGACACTAGT--AATGCTTCTAGGAAAGTCAGAGTCCTTCAAATGTCGGATGT 1354
Query 1351 CTTTCTTTCTACCTTATGATTTAGACCGACCTTCGAGAGAGAGACATGATTATTTATGTC 1410
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1355 CTTTCTTTGTACCTTATGATTTAGACCGACCTCCGAGTGAGAGACATGATTATTTATGGG 1414
Query 1411 AA-AGTGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTTTCTGGCCGAAGAAGG 1469
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1415 AATA-TGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTTTCCGGCCGAAGAAGG 1473
Query 1470 CGTATCAACTTTGACTTGTTTCATGA 1495
| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474 CTTATCAACTTTGACTTGTTTCATGA 1499
> AT1G07480.1 | Symbols: | Transcription factor IIA, alpha/beta
subunit | chr1:2296023-2299470 REVERSE LENGTH=1972
Length=1972
Score = 1953 bits (1057), Expect = 0.0
Identities = 1299/1411 (92%), Gaps = 36/1411 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 99 AAACTC-AGATTCCCGGAGGACGAAATTCGtttttttGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 157
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 93 AAACCCTAGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTCGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 152
Query 158 TGAGAGGCTGAGAAGATGGGTACAACTACGACAACGAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 217
||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 153 TGAGAGGCT------ATGGGTACAACAACGACAACAAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 206
Query 218 GAGGATGTCGTCAACAAAGTCCGTGAGGAGTTTATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGC 277
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 207 GAGGATGTCGTCAACAAAGTTCGTGAGGAGTTCATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGT 266
Query 278 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCTGGAGTCTTGAAT 337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 267 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCCGGAGTCTTGAAT 326
Query 338 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGAGGTCCATTGACGCATGAT 397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 327 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGTGGTCCACTGACTCATGAT 386
Query 398 CTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTATGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTT 457
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 387 TTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTACGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTC 446
Query 458 CCTCCGACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCGGGTACTGCTGATAACTCT 517
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 447 CCTCCTACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCCGGTACTGCTGATAACTCA 506
Query 518 TCCATATATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCAACTCCTGGAAATGAGAATGGA 577
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 507 TCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCCACTCCTGGAACTGAGAATGGA 566
Query 578 GTCAACCTTGATGTTAAAGGAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCTCCTTCCCCGTGGGCA 637
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||
Sbjct 567 GTCAACATTGATGTTAAAGCAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCGCCTTCTCCGTGGACA 626
Query 638 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 686
Query 698 AACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGACTTATT------ATCCTCTGGGAAACGAAAACGT 751
|||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 AACTCTAACCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCCTCTGGGAAACGAAAACGT 746
Query 752 GATGATTCTTCTGCACACTATCAAAATGGTGGATGTATACCTCAGCAGGATGGTGCAAGC 811
||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 747 GATGATTCTTCTGGACATTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAACAGGATGGTGCAGGC 806
Query 812 GATGCTATCCCTAAGGCAAACTTTGAATGT-ACTGCACTCCGGATAACCTATGTTGGCGA 870
|||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||| |||| ||||||| | |||||||
Sbjct 807 GATGCTATCCCTGAGGCAAACTTTGAGTGTGA-TGCATTCCGCATAACCTCTATTGGCGA 865
Query 871 TAGAAATATCCCACGAGATTT-TATCTGCTCATCATCGAAGATTCCTCAAGTTGATGGGC 929
|||||| | |||||||| || | || |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 866 TAGAAAGGTACCACGAGACTTCT-TCAGCTCATCATCGAAGATTCCTCAGGTTGATGGGC 924
Query 930 CAATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCAAATATATACAGTTATCAAGGAC 989
||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 925 CAATGCCTGACCCTTATGATGAAATGCTCTCTACACCAAATATATATAGTTATCAAGGAC 984
Query 990 CCAATGAAGACTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAGATCCAAACGAGCACTC 1049
||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 CCAGTGAAGAGTTTAACGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAGATCCAAACGAGCACTC 1044
Query 1050 CTGTTGCTGTACAAAACGATATCGTTGAAGATGATGAAGAGCTCTTGAACGAAGATGACG 1109
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1045 CTGTTGCTGTACAAAACGATATCATTGAAGATGATGAAGAGCTGTTGAACGAAGATGATG 1104
Query 1110 ATGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGTGAGGATATGAACACGCAACATCTGGTTT 1169
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1105 ATGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACACACAACACCTGGTTT 1164
Query 1170 TAGCTCAATTTGACAAGGTGACTCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAATCTGAAAGACG 1229
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1165 TAGCTCAATTTGACAAGGTGACGCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAGTCTGAAAGACG 1224
Query 1230 GGATCATGCATATAAATGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAACAGGCGAGTTCGACT 1289
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1225 GGATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAGCAGGCGAGTTTGACT 1284
Query 1290 TCTGATCTTGACACTAGCGCA--ATGCTTCTAGAAAAGTCACAGTCCTTCAAATGTCG-G 1346
||||||||| |||||||| | |||||||||| |||||| | | | |||||||| |
Sbjct 1285 TCTGATCTTAACACTAGCA-ATGATGCTTCTAGGAAAGTC-C--T--T-CAAATGTCCAG 1337
Query 1347 ATGTCTTTCTTTCTACCTTATGATTTA-GACCGACCTTCGAGAGAGAGACATGATTATTT 1405
||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 1338 -TGTCTTTCTTTTTACCTTATGATTTAAGACCGACC---GAGAGAGA--CATGAGTATTC 1391
Query 1406 ATGTCAAAGTGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTTTCTGGCCGAAG 1465
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| | ||||
Sbjct 1392 ATGGGAAAGTGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAAAAGTTTTTTCTGTC-GAAG 1450
Query 1466 AAGGCGTATCAACTTTGAC-TTGTTTCATGA 1495
|||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1451 AAGGCGTATCAACTTTCACCTTGTTTCATGA 1481
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74798812050
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5