BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471078
Length=2866
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G09770.1 | Symbols: ATCDC5, CDC5, ATMYBCDC5 | cell division ... 4796 0.0
> AT1G09770.1 | Symbols: ATCDC5, CDC5, ATMYBCDC5 | cell division
cycle 5 | chr1:3161841-3165360 FORWARD LENGTH=2934
Length=2934
Score = 4796 bits (2597), Expect = 0.0
Identities = 2768/2852 (97%), Gaps = 5/2852 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGTGTACGATTGAATCTTTTCTTCTTCGTTGGTTCCAACCCTAATCTAGGGTTACTCTCT 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGTGAACGATTGAATCTTTTCTTCTTCGTTGGTTCCAACCCTAATCTAGGGTTACTCTCT 60
Query 61 CTCTCGCTTCCTTCTGTTCTTCGTTCTTGCCGA-TTCCACGAGCATTAGCTTCAGAGAAC 119
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 CTCTCGCTTCCTTCTGTTCTTCGTTCTTACCGAGTTCCACGAGCATTAGCTTCAGAGACC 120
Query 120 TTGAATTGGAGTGCGTTTGGATCAAAAACAGCTGAGCGAAGATGAGGATTATGATTAAGG 179
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTGAATTGGAGTGCGGTTGGATCAAAAACAGTTGAGCGAAGATGAGGATTATGATTAAGG 180
Query 180 GGGGTGTTTGGAAGAACACCGAAGATGAGATTCTCAAGGCCGCCGTGATGAAGTATGGTA 239
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GAGGTGTTTGGAAGAACACCGAAGATGAGATTCTCAAAGCCGCCGTGATGAAGTATGGTA 240
Query 240 AGAACCAATGGGCTCGGATCTCGTCTCTTCTCGTTCGTAAGTCGGCTAAACAGTGTAAAG 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 241 AGAACCAATGGGCTCGGATCTCGTCTCTTCTCGTTCGTAAGTCTGCTAAACAGTGTAAAG 300
Query 300 CTCGCTGGTACGAGTGGCTCGATCCTTCTATCAAAAAGACTGAATGGACCAGAGAAGAAG 359
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTCGCTGGTACGAGTGGCTCGATCCATCTATCAAAAAGACTGAATGGACCAGAGAAGAAG 360
Query 360 ATGAGAAGCTTCTACATCTTGCTAAACTTCTGCCTACTCAGTGGAGAACTATTGCTCCTA 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGAGAAGCTTCTACATCTTGCTAAACTTCTGCCTACTCAATGGAGAACTATTGCTCCTA 420
Query 420 TTGTGGGTCGTACACCATCTCAATGCCTTGAGAGGTATGAGAAGCTCCTTGATGCAGCAT 479
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTGTGGGTCGTACACCATCTCAATGTCTTGAGAGGTATGAGAAGCTCCTTGATGCAGCAT 480
Query 480 GTACTAAGGACGAGAATTATGATGCAGCGGATGATCCACGAAAATTACGACCTGGTGAGA 539
| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 481 GCACTAAGGATGAAAATTATGATGCAGCGGATGATCCACGAAAATTACGTCCTGGTGAGA 540
Query 540 TTGATCCGAACCCAGAAGCAAAGCCTGCTCGTCCTGATCCGGTAGACATGGACGAAGACG 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 541 TTGATCCGAACCCAGAAGCAAAGCCTGCTCGTCCTGATCCGGTAGACATGGACGAAGATG 600
Query 600 AGAAAGAAATGCTTTCTGAAGCAAGAGCTAGATTGGCTAACACTAGGGGAAAGAAGGCTA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 601 AGAAAGAAATGCTTTCTGAAGCAAGAGCTAGATTGGCTAACACGAGGGGAAAGAAGGCTA 660
Query 660 AAAGAAAAGCTAGAGAAAAACAACTTGAGGAAGCTAGAAGGCTTGCTTCTCTGCAAAAAA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAAGAAAAGCTAGAGAAAAACAACTTGAGGAAGCTAGAAGGCTTGCTTCTCTGCAAAAAA 720
Query 720 GAAGAGAACTAAAAGCAGCTGGGATTGATGGAAGGCATAGGAAAAGAAAGAGAAAGGGAA 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GAAGAGAACTAAAAGCAGCTGGGATTGATGGAAGGCATAGGAAAAGAAAGAGAAAGGGAA 780
Query 780 TCGACTATAATGCAGAAATTCCTTTTGAAAAGAGGGCACCTGCTGGATTTTATGATACTG 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 781 TCGACTATAATGCAGAAATTCCTTTTGAAAAGAGGGCACCTGCGGGATTTTATGATACTG 840
Query 840 CGGATGAAGATCGTCCTGCTGACCAAGTAAAATTTCCAACTACCATTGAAGAACTTGAAG 899
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGGATGAAGATCGTCCTGCTGATCAAGTAAAATTTCCAACTACCATTGAAGAACTTGAAG 900
Query 900 GAAAAAGAAGAGCTGATGTAGAAGCACATTTACGCAAACAAGATGTTGCAAGGAATAAAA 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAAAAAGAAGAGCTGATGTAGAAGCACATTTACGCAAACAAGATGTTGCAAGGAATAAAA 960
Query 960 TTGCTCAGAGACAGGATGCTCCAGCAGCTATACTGCAAGCAAACAAGCTGAATGATCCCG 1019
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 961 TTGCTCAGAGACAGGATGCTCCAGCAGCTATATTGCAAGCAAACAAGCTGAATGATCCGG 1020
Query 1020 AAGCTGTTAGGAAGAGGTCAAAGCTGATGTTACCACCACCGCAGATTTCAGACCATGAGC 1079
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1021 AAGTTGTTAGGAAGAGGTCAAAGCTGATGTTACCACCACCGCAGATTTCAGACCACGAGC 1080
Query 1080 TAGAAGAAATTGCTAAGATGGGCTACGCCAGTGACCTTCTTGCCGAGAATGAGGAGCTAA 1139
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 TAGAAGAAATTGCTAAGATGGGCTATGCCAGTGACCTTCTTGCCGAGAATGAGGAGCTAA 1140
Query 1140 CAGAAGGCAGTGCTGCTACTCGTGCACTTTTGGCAAATTACTCACAAACACCAAGGCAAG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CAGAAGGCAGTGCTGCTACTCGTGCACTTTTGGCAAATTACTCACAAACACCAAGGCAAG 1200
Query 1200 GAATGACACCCATGAGGACACCTCAAAGAACTCCTGCTGGTAAAGGTGATGCTATTATGA 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GAATGACACCCATGAGGACACCTCAAAGAACTCCTGCTGGTAAAGGTGATGCTATTATGA 1260
Query 1260 TGGAAGCAGAAAACCTGGCCAGATTAAGAGATTCTCAGACACCTTTGCTAGGAGGAGAAA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TGGAAGCAGAAAACCTGGCCAGATTAAGAGACTCTCAGACACCTTTGCTAGGAGGAGAAA 1320
Query 1320 ATCCTGAGTTGCACCCTTCTGACTTCACTGGGGTCACTCCGAGAAAGAAGGAGATTCAAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATCCTGAGTTGCACCCTTCTGACTTCACTGGGGTCACTCCGAGAAAGAAGGAGATTCAAA 1380
Query 1380 CGCCTAATCCAATGTTGACCCCTTCGATGACTCCTGGTGGTGCTGGTCTTACTCCAAGAA 1439
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CGCCTAATCCAATGTTGACCCCTTCAATGACTCCTGGTGGTGCTGGTCTTACTCCAAGAA 1440
Query 1440 TTGGCTTGACGCCATCGAGGGATGGGTCTTCTTTTTCTATGACACCCAAAGGGACTCCCT 1499
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TTGGCTTGACGCCATCAAGGGATGGGTCTTCTTTTTCTATGACACCCAAAGGGACTCCCT 1500
Query 1500 TCAGGGATGAACTTCACATTAATGAAGACATGGACATGCACGAAAGTGCAAAACTTGAAA 1559
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1501 TCAGGGATGAACTTCACATTAACGAAGACATGGACATGCACGAAAGTGCAAAACTTGAGA 1560
Query 1560 GGCAGAGACGAGAGGAAGCTAGAAGGAGTTTACGTTCTGGTTTGACTGGGCTTCCTCAGC 1619
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GGCAGAGACGAGAGGAAGCTAGAAGGAGTTTACGCTCTGGTTTGACTGGGCTTCCTCAGC 1620
Query 1620 CAAAGAACGAGTACCAAATAGTTGCACAACCTCCTCCAGAGGACAA-TGAAGAGCCAGAA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 1621 CAAAGAACGAGTACCAAATAGTTGCACAACCTCCTCCTGAGGA-AAGTGAAGAGCCAGAA 1679
Query 1679 GAGAAAATTGAGGAAGACATGTCAGACAGGATAGCAAGGGAAAAGGCTGAGGAAGAAGCA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1680 GAGAAAATTGAGGAAGACATGTCAGACAGGATAGCGAGGGAAAAGGCGGAGGAAGAAGCA 1739
Query 1739 AGACAACAAGCATTGCTTAAGAAGAGATCCAAGGTCTTGCAGAGAGATCTTCCTAGACCC 1798
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 AGACAACAGGCATTGCTTAAGAAGAGATCCAAGGTCTTGCAGAGAGATCTTCCTAGACCC 1799
Query 1799 CCAGCTGCTTCATTGGAAGTAATTAGGAACTCGTTGCTTTCAGCTGATGGAGACAAAAGT 1858
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 CCAGCTGCTTCATTGGCAGTAATTAGGAACTCGTTGCTTTCAGCTGATGGAGACAAAAGT 1859
Query 1859 TCTGTTGTTCCTCCTACTCTGATTGAGGTTGCAGATAAAATGGTCAGAGAGGAGCTTCTA 1918
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1860 TCTGTTGTTCCTCCTACTCCGATTGAGGTTGCAGATAAAATGGTAAGAGAGGAGCTTCTA 1919
Query 1919 CAGTTGCTGGAGCATGATAATGCAAAGTATCCGCTTGATGAGAAAGCTGAGAAGAAGAAA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1920 CAGTTGCTGGAGCATGATAATGCAAAGTATCCGCTTGATGACAAAGCTGAGAAGAAGAAA 1979
Query 1979 GGAGCCAAGAACCGTACCAACAGTTCTGCTTCTCAAGTTCTTGCAATTGACGATTTTGAT 2038
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GGAGCCAAGAACCGTACCAACCGTTCTGCTTCTCAAGTTCTTGCAATTGACGATTTTGAT 2039
Query 2039 GAAAATGAACTCCAAGAGGCTGACAAAATGGTAAAGGAGGAGGGGAAGTTTCTTTGTGTG 2098
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2040 GAAAATGAGCTCCAAGAGGCTGACAAAATGATAAAGGAGGAGGGGAAGTTTCTGTGTGTG 2099
Query 2099 TCAATGGGACATGAGGACAAGTCACTTGATGATTTCGTAGAAGCTCACAACACATGCGTG 2158
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TCAATGGGACATGAGAACAAGACACTTGATGATTTTGTAGAAGCTCACAACACATGCGTG 2159
Query 2159 AATGATCTCATGTACTTCCCCACTCGAAGTGCTTACGAGCTCTCAAGTGTTGCTGGGAAC 2218
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 AATGATCTCATGTATTTCCCCACTCGAAGCGCTTACGAGCTCTCAAGTGTTGCTGGGAAC 2219
Query 2219 GCGGACAAAGTTGCAGCATTGCAGGTGGAGATGGAAAATACAAGAAAAAAGATGGAGGAG 2278
||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GCGGACAAAGTTGCAGCTTTTCAGGAGGAGATGGAGAATGTGAGAAAAAAGATGGAGGAG 2279
Query 2279 GATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCCAAGTATAAAACTTATACAAAGGGTCATGAG 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 GATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCCAAGTACAAAACTTATACAAAGGGTCATGAG 2339
Query 2339 AGGAGGGCAGAGACTGTGTGGACCCAAATAGAGGCTACTTTAAAGCAGATTGAGATTGGT 2398
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||
Sbjct 2340 AGGAGGGCAGAGACCGTGTGGACCCAAATAGAGGCGACATTGAAGCAGGCTGAGATTGGT 2399
Query 2399 GGAACAGAAGTTGAGTGCTTCAATGCATTGAAGAGGCAAGAAGAGATGGCTGCATCTTTC 2458
||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 GGAACAGAAGTAGAGTGCTTTAAAGCATTGAAGAGGCAAGAAGAGATGGCTGCATCTTTT 2459
Query 2459 AGGAAAAGGAATTTGCAAGAGGAAGTGATAAAACAAAAGGAAACAGAGAGTAAACTGCAA 2518
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 AGGAAAAAGAATTTGCAAGAGGAAGTGATAAAGCAAAAGGAAACAGAGAGTAAACTGCAG 2519
Query 2519 ACGCGCTATGGGAATGTGTTGGTGATGGTTGAAAAAGCAGAGGAGATAATGGTCGGGTTC 2578
|| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2520 ACTCGCTATGGGAATATGTTGGCAATGGTTGAAAAAGCAGAGGAGATAATGGTCGGTTTC 2579
Query 2579 CGAGCACAGGCATTGAAGAAACAAGAGGATGTGGAAGATTCTCACAAACTGAAAGAAGCT 2638
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2580 CGAGCACAGGCATTGAAGAAACAAGAGGATGTTGAAGATTCTCACAAACTGAAAGAAGCT 2639
Query 2639 AAGGTTGCCACTGGAGAGGAAGAGGACGTAGCCATAGTCATGGAAGCTTCTGCATAAAAA 2698
||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AAGCTAGCCACTGGAGAGGAAGAGGACATAGCCATAGCCATGGAAGCTTCTGCATAAAAA 2699
Query 2699 CTTGAGTTTTGTATTGCTTACAAGTTTTAAGGAGACGTAGCTTGACTTTGTATTGGTAAG 2758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2700 CTTGAGTTTTGTATTGCTTACAAGTTTTAAGGAGACGTAGCTTGACTTTGTATTGGTAAG 2759
Query 2759 TTTTT--AATATGAGTCATGACTTTGTAAAAAGGTTATGATATATTCTCTGTGTGTATGC 2816
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2760 TTTTTTTAATATGAGTCATGACTTTGTAAAAAGGTTATGATATATTCTCTGTTTGTATGC 2819
Query 2817 TTTGCAAGAGTCAAGAAATTTGAATGCTTCAG 2848
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2820 TTTGCAAGAGTCAAGAAATTTGAATGCTTCAG 2851
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142423951177
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5