BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg471924
Length=3233
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G17210.1 | Symbols: ATILP1, ILP1 | IAP-like protein 1 | chr1... 5317 0.0
> AT1G17210.1 | Symbols: ATILP1, ILP1 | IAP-like protein 1 | chr1:5880130-5884756
REVERSE LENGTH=3348
Length=3348
Score = 5317 bits (2879), Expect = 0.0
Identities = 3103/3210 (97%), Gaps = 20/3210 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGTGTGTCGTTGACGAAGGAGGATGAAGGAAGAAGATGTGAGCTCGCAGAACGTAAACC 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 77 GTGTGTGTCGTTGACGAAGGAGGATGAAGGAAGAGGATGTGAGCTCGCAGAACGTAAACC 136
Query 61 CTAGAAGTAATCGGAACAGTGTAGCTTCAGCTTCTGCTTCCGCCTCTGCTACTCCCGTTG 120
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 CTAGAAGTAATCGGAACAGTGTAGCCTCAGCTTCTGCTTCCGCCTCTGCTACTCCCGTTG 196
Query 121 ATAGGTTCCGACGACGTGCTAGATCGCCTTCTCCTCCTCAAACTGCTGCTGCTAGCTCTG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 ATAGGTTCCGACGACGTGCTAGATCGCCTTCTCCTCCTCAAACTGCTGCTGCTAGCTCTG 256
Query 181 CAGGGGCATCATCTCCTGCTGTTCTGGTAAACGCTGGCAGTGTGGACTGGTCAGGTCATG 240
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 257 CAGGGGCATCATCTCCAGCTGTTCTGGTAAACGCTGGCAGTGTTGACTGGACAGGTCATG 316
Query 241 GGCTGGCATTATCAGTGCGTTCGTGTAGAACTTGGGATAGAGGAGATTTGCTTAGACGTC 300
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 317 GACTGGCATTATCAGTGCGTTCGTGTAGAACATGGGATAGAGGAGATTTACTTCGACGTC 376
Query 301 TTGCCACTTTCAAGCCTTCAAATTGGCTTGGGAAGCCTAAAACAGCTAGCTCTTTGGCTT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 377 TTGCCACTTTCAAGCCTTCAAATTGGCTTGGGAAGCCCAAAACAGCTAGTTCTTTGGCTT 436
Query 361 GTGCTCAGAAAGGCTGGGTTAGTGTTGATCTGGACAAACTTCAATGCGAATACTGTGGGT 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 437 GTGCTCAGAAAGGCTGGGTTAGTGTTGATCTGGACAAACTTCAATGTGAATACTGTGGGT 496
Query 421 CCATTCTACATTACTCTCCTCCACAAGATTCGTTGAATCATCCCGAAGCTGATACTACCC 480
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 497 CCATTCTACAATACTCCCCTCCACAAGATTCGTTGAATCCTCCCGAAGCTGATACCACCG 556
Query 481 GAGAAGAATTCTCTAAACAGCTTGATGATGCACATGAGAGCTCTTGTCCTTGGGTAGGAA 540
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 GAGAAAAATTCTCTAAGCAGCTTGATGATGCACATGAGAGCTCTTGTCCTTGGGTAGGAA 616
Query 541 AAAGTTGTTCAGAAAGCTTAGTTCAGTTTCCTCCAACTCCTCCATCAGCCTTGATTGGAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 AAAGTTGTTCAGAAAGCTTAGTTCAGTTTCCTCCAACTCCTCCATCAGCCTTGATTGGAG 676
Query 601 GTTACAAGGATCGTTGTGATGGGCTCCTACAATTCTATTCTCTACCAATTGTTTCGCCAT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 GTTACAAGGATCGTTGTGATGGGCTCCTACAATTCTATTCTCTACCAATTGTTTCGCCAT 736
Query 661 CTGCAATTGACCAGATGCGTGCTTCAAGACGACCACAAATTGACCGCCTTTTGGCACATG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 CTGCAATTGACCAGATGCGTGCTTCAAGACGACCACAAATTGACCGCCTTTTGGCACATG 796
Query 721 CCAATGATGACCTCAGTTTCAGAATGGATAATATCTCAGCTGCAGAAACGTCCAAAGAAG 780
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 797 CCAATGATGATCTCAGTTTCAGAATGGACAATATATCAGCTGCAGAAACGTACAAAGAAG 856
Query 781 AGGCTTTCAGTAATTACTCTCGCGCTCAAAAGCTGATAAGCCTATGTGGATGGGAGCCTA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 857 AGGCTTTCAGTAATTACTCTCGCGCTCAAAAGCTGATAAGCCTATGTGGATGGGAGCCTA 916
Query 841 GATGGCTTCCAAATATCCAAGATTGTGAAGAACATTCTGCCCAGTCAGCTAGAAATGGGT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 917 GATGGCTTCCAAATATCCAAGATTGTGAAGAACATTCTGCCCAATCAGCTAGAAATGGGT 976
Query 901 GCCCTTCTGGACCGGCTAGAAATCAAAGTCGTCTACAAGATCCTGGTCCAAGCAGGAAAC 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 GCCCTTCTGGACCGGCTAGAAATCAAAGTCGTCTGCAAGATCCTGGTCCAAGCAGGAAAC 1036
Query 961 AATTCTCGGCTTCATCCCGAAAAGCCTCTGGAAATTATGAAGTTTTGGGTCCAGAATATA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AATTCTCGGCTTCATCCCGAAAAGCCTCTGGAAATTATGAAGTTTTGGGTCCAGAATATA 1096
Query 1021 AGTCAGAATCCAGATTACCTTTACTGGATTGTAGTTTATGTGGTGTAACCGTCAGAATTT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1097 AGTCAGAATCCAGATTACCTTTACTGGATTGTAGTTTATGTGGTGTAACCGTCAGAATTT 1156
Query 1081 GTGATTTCATGACCACTTCTCGGCCGGTTCCGTTTGCTGCTATAAATGCCAATCTTCCTG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1157 GTGATTTCATGACCACTTCTCGGCCGGTTCCGTTTGCTGCTATAAATGCCAATCTTCCTG 1216
Query 1141 AAACGAGTAAGAAAATGGGAGTGACACGTGGCACTAGCGCAACAAGTGGAATCAATGGAT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 AAACGAGTAAGAAAATGGGAGTGACACGTGGCACTAGCGCAACAAGTGGAATCAATGGAT 1276
Query 1201 GGTTTGCTAATGAAGGCATGGAACAGCAGCAAAATGAAGATGTTGACGAGGCTGAAACTT 1260
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 GGTTTGCTAATGAAGGCATGGGACAGCAGCAAAATGAAGATGTTGACGAGGCTGAAACTT 1336
Query 1261 CAGTTAAGAGAAGATTAGTATCAAATGTAGGCCTAAGCTTTTATCAAACTGCAGCTGGTG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1337 CAGTTAAGAGAAGATTAGTATCAAATGTAGGTCTAAGCTTTTATCAAAATGCAGCTGGTG 1396
Query 1321 CATCATCCTCTGCGCAGCTGAACATGTCTGTGACGCGTGATAATTACCAGTTTAGTGATA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1397 CATCATCCTCTGCGCAGCTGAACATGTCTGTGACCCGTGATAATTACCAATTTAGTGATA 1456
Query 1381 GAGGAAAGGAAGTGTTGTGGAGGCAGCCTTCAGGAAGTGAGGTTGGTGATCGTGCTGCTT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 GAGGAAAGGAAGTGTTGTGGAGGCAGCCTTCAGGAAGTGAGGTTGGTGATCGTGCTGCTT 1516
Query 1441 CATATGAATCACGAGGGCCTAGTACTCGTAAACGGAGCCTGGATGATGGTGGAAGCACTG 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 CATATGAATCACGAGGGCCTAGTACTCGTAAACGGAGCCTGGATGATGGTGGAAGCACTG 1576
Query 1501 TTGATAGGCCTTATCTACGAATACAAAATGCAGATAGTGTTGAAGGGACTGTTGTTGACC 1560
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1577 TTGATAGGCCTTATCTACGAATACAACGTGCAGATAGTGTTGAAGGCACTGTTGTCGACC 1636
Query 1561 GTGACGGTGATGAGGTTAATGATGATTCAGCAGGGCCTTCAAAGCGAACCCGAGGTTCTG 1620
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1637 GTGACGGTGACGAGGTTAATGATGATTCAGCAGGGCCTTCAAAGCGTACCCGAGGTTCTG 1696
Query 1621 ATGTGCATGAAGCTTATCCTTTCATGTATGGGCGAGATTTATCAGTAGGGGGGCCAAGTC 1680
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 ATGCGCATGAAGCTTATCCTTTCTTGTATGGGCGAGATTTATCAGTAGGGGGGCCAAGTC 1756
Query 1681 ACTCACTGGATGCTGAAAACGAGAGGGAAGTAAATAGAAGTGACCCATTTAGCGAAGGAA 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1757 ACTCACTGGATGCTGAAAACGAGAGGGAAGTAAATAGAAGTGACCCATTTAGTGAAGGAA 1816
Query 1741 ATGAACAAGCTATGGCTTTTCCAGGTGCCAGAGACTCCACACGTGCTTCCTCTGTCATTG 1800
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1817 ATGAACAAGTTATGGCTTTTCCAGGTGCCAGAGACTCCACACGTGCTTCCTCTGTCATTG 1876
Query 1801 CGATGGATACAATTTGCCATAGTGCCAATGATGATTCTATGGAAAGTGTGGAAAACCATC 1860
| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 CAATGGATACAATTTGCCACAGTGCCAATGACGATTCTATGGAAAGTGTGGAAAACCATC 1936
Query 1861 CAGGGGATTTTGATGACATAAATTACCCCTCTGTGGCGACAGCTCAAAGTGCTGACTTCA 1920
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1937 CAGGGGATTTTGATGACATAAATTATCCCTCTGTGGCGACAGCTCAAAGTGCTGACTTCA 1996
Query 1921 ATGATCCTTCGGAACTGAATTTCAGCAATCACGCTCAGCAGAGTGCATGCTTCCAACCAG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997 ATGATCCTTCGGAACTGAATTTCAGCAATCAAGCTCAGCAGAGTGCATGCTTCCAACCAG 2056
Query 1981 CTCCTGTTCGGTTTAATGCTGAACCAGGCATTAGCAGCATAAATGACGGTGAGGAAGTAC 2040
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057 CTCCTGTTCGGTTTAATGCTGAACAAGGCATTAGCAGCATAAATGACGGTGAGGAAGTAC 2116
Query 2041 TGAACACAGAGACTGTCACTGCCCAGGGAAGAGATGGACCAAGTGTAGGTGTCAGTGGGG 2100
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2117 TCAACACAGAGACTGTCACTGCCCAGGGAAGAGATGGACCAAGTTTAGGTGTCAGTGGGG 2176
Query 2101 GTAGTGTCGGAATGGGTGCAAGTCATGAGGCAGAAATACACGGAGCTGACGTTTCAGTTC 2160
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2177 GTAGTGTCGGAATGGGTGCAAGTCACGAGGCAGAAATACACGGAGCTGACGTTTCAGTCC 2236
Query 2161 ATAGAGGAGATAGCGTTGTGGGAGACATGGAGCCAGTTGCAGAAGTCATAGAGAATCTAG 2220
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237 ATAGGGGAGATAGCGTTGTGGGAGACATGGAACCAGTTGCAGAAGTCATAGAGAATCTAG 2296
Query 2221 GACAAAGCGGTGAATTCGCACCAGACCAAGGCCTTACTGATGATTTTGTTCCTGCAGAAA 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2297 GACAAAGCGGTGAATTCGCACCAGACCAAGGCCTTACTGATGATTTTGTTCCTGCAGAAA 2356
Query 2281 TGGATCGAGAAGGTAGGCTTGGGGATAGTCAAGATAGGGTGTCTCAGTCTGTTGTAAGGG 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 TGGATCGAGAAGGTAGGCTTGGGGATAGTCAAGATAGGGTGTCTCAGTCTGTTGTAAGGG 2416
Query 2341 CGGATAGTGGTTCTAAAATAGTTGATTCATTGAAGGCTGAATCAGTTGAAAGTGGTGAAA 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2417 CGGATAGTGGTTCTAAAATAGTTGATTCATTGAAGGCTGAATCTGTTGAAAGTGGTGAAA 2476
Query 2401 AGATGAGTAACATAAATGTGTTGATCAACGATGACAGTGTTCATCCATCTTTGTCTTGCA 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2477 AGATGAGTAACATAAATGTGTTGATCAACGATGACAGTGTTCATCCATCTTTGTCTTGCA 2536
Query 2461 ATGCGATCGTGTGTTCTGGTTATGAAGCATCTAAAGAAGAAGTGACCCAGACTTGGGAGT 2520
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2537 ATGCGATAGTGTGTTCTGGTTATGAAGCATCTAAAGAAGAAGTGACCCAGACTTGGGAGT 2596
Query 2521 CTCCGCTCAATGCTGGCTTTGCACTCCCCGGATCAAGTTACACTGCCAATGACCAAGGGC 2580
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2597 CTCCCCTCAACGCTGGCTTTGCACTCCCCGGATCTAGTTACACTGCCAATGATCAAGGGC 2656
Query 2581 CACCAAACGGAGACAGCAATGATGATATTGTGGAGTTTGATCCAATAAAGTATCATAACT 2640
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2657 CACAAAACGGAGACAGCAATGATGATATTGTGGAGTTTGATCCAATAAAGTATCATAACT 2716
Query 2641 GTTACTGTCCTTGGGTTAATGAAAATGTGGCTGCTGCTGGATGTAGCAGCAACAGCTCGG 2700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2717 GTTACTGTCCTTGGGTTAATGAAAATGTGGCTGCTGCTGGATGTAGCAGCAATAGCTCGG 2776
Query 2701 GTTCTTCAAGTTTCGCTGAGGCAGTGTGTGGGTGGCAACTAACTCTTGATGCCCTTGATT 2760
|||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2777 GTTCTTCAGGTTTTGCTGAGGCAGTTTGTGGGTGGCAACTAACTCTTGATGCCCTTGATT 2836
Query 2761 CGTTCCAGTCGCTTGAAAACCCTCAAAACCAGACAATGGAATCAGAATCCGCTGCATCTC 2820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2837 CGTTCCAGTCGCTTGAAAACCCTCAAAACCAGACAATGGAATCAGAATCAGCTGCATCTC 2896
Query 2821 TGTGCAAGGATGATCACCGAACTCCTTCCCAGAAGCTCTTGAAACGCCACTCTTTTATCA 2880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2897 TGTGCAAGGATGATCACCGAACTCCTTCCCAGAAGCTCTTGAAACGCCACTCTTTTATCA 2956
Query 2881 GCAGCCATGGGAAAAAGTAAGATTAATTAACGTCCAAATAAAAACAAAAGGGTACAATTG 2940
|||||||||||||||||||||| ||||| | | | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2957 GCAGCCATGGGAAAAAGTAAGAATAATTTGCTTGCGAATAAAAACAAAAGGGTACAATTG 3016
Query 2941 CAGATTTTCTTGATCTCATACAGAAATCTATATATCTCGGTGTGGTGAAGCATATAAGCT 3000
||||| || || || | || ||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3017 CAGAT------GAA---AT-CA-ATATATATATAT-T-GGTGTGGTGAAGCATATAAGCT 3063
Query 3001 TGAACAACACTTTGGATAGGGCTCTTTAGCTTGG-TTTCCTTCTTTTGCAGTACAAATAA 3059
|||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3064 TGAACAACACTT-GGTTAGGGCTCTTTAGCTTGGGTTTCCTTTTTTTGCAGTACAAATAA 3122
Query 3060 AGAAGTTTCTTTAATCTCTCTGATCTATAAACTTTCTTGTTTCTTTGAATTTAAAGTAAA 3119
||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||
Sbjct 3123 AGAAGTTACTATAATCTCTCTGATCTATAAACGTTGGGGTTTCTATGAATTTAAAGTAAA 3182
Query 3120 AGTCTGTGTAGTAAGTAAA-GTTAAAAGACTGCCTAAACAAAGGTGATAGTATTGAATCT 3178
||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3183 AGTTTGTGTAGTAAGTAAAAGTTAAA-GACTGCCTAAACAAAGGTGATAGTGCTGAATCT 3241
Query 3179 TGTC-T--AATAATCTTATATACTCTTGTT 3205
||| | |||||||||||| |||||||||
Sbjct 3242 TGTTATTTAATAATCTTATAGACTCTTGTT 3271
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 160835219258
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5