BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg472815 Length=2932 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G25540.1 | Symbols: PFT1 | phytochrome and flowering time re... 4381 0.0 > AT1G25540.1 | Symbols: PFT1 | phytochrome and flowering time regulatory protein (PFT1) | chr1:8969065-8974660 REVERSE LENGTH=3052 Length=3052 Score = 4381 bits (2372), Expect = 0.0 Identities = 2746/2920 (94%), Gaps = 52/2920 (2%) Strand=Plus/Plus Query 45 AAATTCCAA--GGCGAGAGACTGAATTTGCGTTTGATTCACGT--C-ACAACGCTCAGAG 99 ||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 152 AAATTCCAAGGGGAGAGAGACTGAATTTTCTTTTGATTCACGTAACAACAACGCTCAGAG 211 Query 100 ACTATGTCGTCGGAGGTGAAACAGCTGATCGTCGTTGCTGAAGGCACCGCCGCTTTGGGT 159 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 212 ACTATGTCGTCGGAGGTGAAACAGCTGATCGTCGTTGCTGAAGGCACCGCCGCTTTGGGT 271 Query 160 CCTTATTGGCAAACCATCGTCTCCGACTATCTCGAGAAAATCATCAGGTCTTTCTGTGGC 219 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 272 CCTTATTGGCAAACCATCGTCTCCGACTATCTCGAGAAAATCATCAGGTCTTTCTGTGGC 331 Query 220 AGTGACTTAAATGGAGAGAGGAACCCTGTTTCTACTGTTGAGCTATCACTGGTGATCTTC 279 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 332 AGTGAGTTAAATGGAGAGAGGAACCCTGTTTCTACTGTTGAGCTATCACTGGTGATCTTC 391 Query 280 AATTCTCATGGTTCATACTGTGCTTGCTTGGTACAACGGAGTGGCTGGACCAGAGATGTT 339 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 392 AATTCTCATGGTTCATATTGTGCTTGCTTGGTACAACGGAGTGGCTGGACAAGGGATGTT 451 Query 340 GATATTTTCTTGCATTGGCTTTCGTCCATACAATTTGGTGGTGGTGGTTTCAATGAGGTT 399 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 452 GATATTTTCTTGCATTGGCTTTCTTCCATACAATTTGGTGGTGGTGGTTTCAATGAGGTT 511 Query 400 GCCACAGCTGAAGGGCTTGCCGAAGCATTGATGATGTTTTCTCCTCCTTCAGGCCAAGCT 459 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 512 GCCACAGCTGAAGGGCTTGCCGAAGCATTGATGATGTTTTCTCCTCCTTCAGGCCAAGCT 571 Query 460 CAACCAAGTAACGATCTGAAAAGACACTGTATCCTAATCACAGCCAGCAACCCTCACACA 519 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 572 CAACCAAGTAACGATCTGAAAAGACACTGTATCCTAATCACAGCCAGCAATCCTCACATA 631 Query 520 TTGCCAACACCTGTATTTCGCCCACGATTGCAAAGTATGGAACGGAATGAAAATGGTGAT 579 |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 632 TTGCCAACACCTGTATATCGTCCACGATTGCAAAATGTGGAACGGAATGAGAATGGTGAT 691 Query 580 GCGCAAGCTGAAAGTCGATTATCAGATGCTGAGACAGTGGCTTCATATTTTGCTAAGTGT 639 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 692 GCGCAAGCTGAGAGTCGATTATCAGATGCTGAGACAGTGGCTTCATATTTTGCTAAGTGT 751 Query 640 TCTGCTTCTTTGTCTGTTGTGTGTCCAAAGCAGCTTCCAA-AGATTAGAGCACTATACAA 698 |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 752 TCTGTTTCTTTGTCTGTTGTATGTCCAAAGCAGCTTCCAACA-ATTAGAGCACTATACAA 810 Query 699 TGCGGGAAAGCTCAATCCACAAAGTGCTGACTTGTCGATTGACACGGCTAAGAACACATT 758 ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 811 TGCGGGAAAGCCCAATCAACAAAGTGCGGACTTGTCAATTGACACGGCTAAGAACACATT 870 Query 759 CTATCTTGTCCTAATCTCAGAGAATTTTGTGGAGGCACGTGCTGCCTTAAGTCATTCTGC 818 |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 871 CTATCTTGTCCTGATCTCGGAGAATTTTGTGGAGGCATGTGCTGCCTTAAGTCATTCTGC 930 Query 819 TACAAATTTGCCACAGACCCAGAGCCCTGTGAAAGTGGACCGGGCCACTGTTGCTCCATC 878 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 931 TACAAATTTGCCACAGACTCAGAGCCCTGTGAAAGTGGACAGGGCCACTGTTGCTCCATC 990 Query 879 TCTTCCAGTCACTGGGCAACCTCCAGCTCCTGTGACATCAGCCAATGGACCTATTCAGAA 938 | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 991 TATTCCAGTCACTGGGCAACCTCCAGCTCCTGTGTCATCAGCCAATGGACCTATTCAGAA 1050 Query 939 TCGGCAACCAGTTTCTGTTGGACCAGTGCCAACTGCTACTGTGAAAGTTGAGCCTAGCAC 998 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1051 TCGGCAACCAGTTTCTGTTGGACCAGTTCCAACTGCTACTGTGAAAGTTGAGCCTAGCAC 1110 Query 999 CGTAACTTCTATGGCACCAGTTCCTAATTTTCCCCATATCCCGTCTGTAGCTCGGCCTGC 1058 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1111 CGTAACTTCTATGGCACCAGTTCCTAGTTTTCCCCATATCCCGGCTGTAGCTCGGCCTGC 1170 Query 1059 TACACAACCAATTCCTTCAATTCAAACATCTTCAGCATCACCAGTTTCTCAAGATATGGT 1118 ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1171 TACACAAGCAATTCCTTCGATTCAAACATCTTCAGCATCACCAGTTTCTCAGGATATGGT 1230 Query 1119 CACCAACGCTGAGAATGCACCAGATATTAAGCCTGTGGTGGTGGGTGGAATGACGCCACC 1178 || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1231 CAGCAACGCCGAGAATGCACCAGATATTAAGCCTGTGGTGGTCAGTGGAATGACGCCACC 1290 Query 1179 ATTGCGTACTGGTCCTCCTGGTGGAGCCAATGTAAATCTGCTTAATAATCTTTCTCAAGT 1238 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1291 ATTGCGTACTGGTCCTCCTGGTGGAGCCAATGTAAATCTGCTTAATAATCTTTCTCAAGT 1350 Query 1239 TCGACAAGTCATGAGCTCTGCAGCTCTGGCAGGTGCAGCCTCATCGGCTGGGCAAAGTGC 1298 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1351 CCGACAAGTCATGAGCTCTGCAGCTCTGGCAGGTGCAGCCTCATCGGTTGGGCAAAGTGC 1410 Query 1299 GGTTGCAATGCATATGTCAAATATGATATCAACAGGAATGGCTACATCTTTGCCTCCTTC 1358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1411 GGTTGCAATGCATATGTCAAATATGATATCAACAGGAATGGCTACATCTTTGCCTCCTTC 1470 Query 1359 ACAAACTGTGTTTTCAACTGGACAGCAGGGAATTACTTCAATGGCTGGTTCAGGTGCACT 1418 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1471 ACAAACTGTGTTTTCAACTGGACAGCAGGGAATTACTTCAATGGCTGGTTCGGGTGCACT 1530 Query 1419 AATGGGATCTGCACAAACGGGACAAAGCCCGGGTCCTAATAATGCCTTTAGTCCTCAAAC 1478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1531 AATGGGATCTGCACAAACGGGACAAAGCCCGGGTCCTAATAATGCCTTTAGTCCTCAAAC 1590 Query 1479 AACGTCAAATGTTGCTTCAAACCTTGGTGTTTCACAACCAATGCAAGGGATGAACCAAGG 1538 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1591 AACGTCAAATGTCGCTTCAAACCTTGGTGTTTCACAACCAATGCAAGGGATGAACCAAGG 1650 Query 1539 AAGTCATTCTGGAGCAATGATGCAAGGTGGCATTTCCATGAACCAAAACATTATGAGTGG 1598 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1651 AAGTCATTCTGGAGCAATGATGCAAGGTGGAATTTCCATGAACCAAAACATGATGAGTGG 1710 Query 1599 TCTCGGTCAAGGAAATGTCTCCTCTGGAACTGGTGGAATGATGCCTACTCCAGGAGTTGG 1658 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1711 TCTTGGTCAAGGAAATGTCTCCTCTGGAACAGGTGGAATGATGCCTACTCCAGGAGTTGG 1770 Query 1659 CCAACAAGCGCAATCAGGAATACAACAACTTGGTGGAAGTAACAGCTCAGCTCCTAATAT 1718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1771 CCAACAAGCGCAATCAGGAATACAACAACTTGGTGGCAGTAACAGCTCAGCTCCTAATAT 1830 Query 1719 GCAGTTGTCACAGCCCTCATCGGGGGCTCTACAGACTTCACAATCCAAATATGTAAAAGT 1778 |||| | |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1831 GCAGCTATCACAGCCATCATCGGGGGCTATGCAGACTTCACAATCCAAATATGTGAAAGT 1890 Query 1779 CTGGGAGGGAAATTTATCTGGGCAAAGGCAAGGGCAGCCTGTTCTTATCACCAGACTTGA 1838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1891 CTGGGAGGGAAATTTATCTGGGCAAAGGCAAGGGCAGCCTGTTCTTATCACCAGACTTGA 1950 Query 1839 GGGTTACCGAAGTGCTTCTGCCTCTGATTCGTTGGCAGCAAATTGGCCACCAACTATGCA 1898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1951 GGGTTACCGAAGTGCTTCTGCCTCTGATTCGTTGGCAGCAAACTGGCCACCAACTATGCA 2010 Query 1899 GATTGTTCGTCTCATTTCCCAGGATCATATGAATAACAAGCAATATGTTGGCAAAGCTGA 1958 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2011 GATTGTTCGTCTCATATCCCAGGACCATATGAATAACAAGCAATATGTTGGCAAAGCTGA 2070 Query 1959 CTTCCTTGTGTTTCGGGCCATGAGTCAACATGGGTTCTTAGGACAACTTCAGGATAAAAA 2018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2071 CTTCCTTGTGTTTCGGGCCATGAGTCAACATGGGTTCTTAGGACAACTTCAGGATAAAAA 2130 Query 2019 GCTTTGTGCAGTCATCCAGTTGCCATCGCAGACGCTTCTTCTCTCTGTCTCTGACAAGGC 2078 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2131 GCTTTGTGCAGTCATCCAGTTGCCATCACAGACGCTTCTTCTCTCTGTCTCTGACAAGGC 2190 Query 2079 TTGCCGCTTGATTGGAATGCTTTTCCCAGGGGATATGGTTGTGTTTAAACCACAAATTCC 2138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2191 TTGCCGCTTGATTGGAATGCTTTTCCCAGGGGATATGGTTGTGTTTAAACCACAAATTCC 2250 Query 2139 AAATCCgcaacagcagcagcaacaacagctccaacagcagcaccagcaacaacagcagat 2198 ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| Sbjct 2251 AAATCAGCAACAGCAGCAGCAACAACAACTCCACCAGCAACAACAACAACAACAGCAGAT 2310 Query 2199 ccagcagcagcagcaacaacaacaacacctccaacagcaacagatgccacaactccagca 2258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2311 CCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACACCTCCAACAGCAACAGATGCCACAACTCCAGCA 2370 Query 2259 gcaacaacaacaaca--a-ca-c--cag---cagca--a-caga-tgccacaactccagc 2305 |||||||||||||| | || | ||| ||||| | || | || |||| ||||| | Sbjct 2371 ACAACAACAACAACACCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCATCA-ATTGTCACAGCTCCAAC 2429 Query 2306 agcagcagcagcatcagttgtc-acagctccaacatcatcagcagcagc-a---aca-a- 2358 | || |||||||| || | ||||| ||||| || |||||||| | | ||| | Sbjct 2430 ATCATCAGCAGCAACA-ACAACAACAGCAGCAACAACAGCAGCAGCATCAATTGACACAG 2488 Query 2359 caacaacagcagcaacagcagcagcatcaattgacacagcttcaacaccaccatcagcag 2418 | ||||| || || ||||||||||| || | | | || | | | || || |||| Sbjct 2489 CTTCAACACCATCATCAGCAGCAGCAGCAGGCGTCGCCGC-T-GA-ATCA-GAT--GCAG 2542 Query 2419 cagcagACGTCGCCGCTGAATCAGATGCAGCAGCAGACCTCGCCACTGAATCAGATGCAG 2478 |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 2543 CAGCAGACTTCGCCGCTCAATCAGATGCAGCAACAGACTTCGCCTCTGAATCAGATGCAG 2602 Query 2479 CAGCAACAGCAGCCTCAACAGATGGTAATGGGTGGTCAAGCTTTTGCTCAAGCCGCGGGA 2538 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| Sbjct 2603 CAGCAACAGCAGCCTCAACAGATGGTAATGGGTGGTCAAGCTTTTGCACAAGCCCCTGGA 2662 Query 2539 AGATCACAACAAGGTGGTGGAGGAGGACAGCCTAACATGCCGGGAGCTGGCTTCATGGGA 2598 |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2663 AGATCACAACAAGGTGGTGGTGGAGGGCAGCCTAACATGCCTGGAGCTGGCTTCATGGGA 2722 Query 2599 TAAATAAAGATATCATCTTCAGTGCTAATTAATTAGTTAGATTCATCATAACTTAAAATT 2658 |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||| ||| Sbjct 2723 TAAATAAAAATATCAGCTTCAGTGCTAATTAATTAGAT---TT-ATCATAACTTAACATT 2778 Query 2659 CTTTCTTTCTTCTTTGGTCAACTCGATCGTCGCCATGGTTTTAGACTCTGTTTAGTTCTC 2718 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2779 CTTTCTTTCTTCTTTGGTCAACTCGATCGTCGCCATGGTTTTAGACTCTGTTTAGTTGTC 2838 Query 2719 CCTCCTCTCTCTGTTCTTTTGAGCCTGAAAATGGCATGTCCTATT----ATGGGTCTGAC 2774 | | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2839 C-T--T-TCT--GTTCTTTTGAGCCTGAAAATGGCATGTCCTATTCTGTATGGGTCTGAC 2892 Query 2775 CATTTAGCTGCGGCACCAAACTATTTTGTTATGTTCTTTAGATAAA--GACAAAAACGTG 2832 ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| || ||||| ||| Sbjct 2893 CATTTAGCTACGGCACCAAACTATTTTGTCATTTTCTTAAGATAAATAGAAAAAAA-GTG 2951 Query 2833 GATGATTTCTATTTTGTTGTTGTTTCTACAGGCTGATAAGAACTTTTTATCTAGCTTTTT 2892 ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 2952 GATGATTTCTATTTTGTTGGTGTTTCTATATGCTGATAATAACTTGTTATCTAGCTTTTT 3011 Query 2893 ATTTGATTGACAAGGAAATAAAGGATCAAAACCATTTCAT 2932 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 3012 ATTTGATTGACAAGGAAATAAAGGATCAAACCCATTTCAT 3051 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 145734969415 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5