BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg473977
Length=3447
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G48410.2 | Symbols: AGO1 | Stabilizer of iron transporter Su... 5321 0.0
> AT1G48410.2 | Symbols: AGO1 | Stabilizer of iron transporter
SufD / Polynucleotidyl transferase | chr1:17886098-17892586
REVERSE LENGTH=3507
Length=3507
Score = 5321 bits (2881), Expect = 0.0
Identities = 3207/3364 (95%), Gaps = 24/3364 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAATCTCATTTCTTTGAGTTATCTCGTTTGTTCGGAGTT------agagag--agatag 52
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 3 AAAATCTCATTTCTTTGAGTTATCTCGTTTGTTCGGAGTTAGAGAGAGAGAGAAAGATAT 62
Query 53 agagagaacacagagaggagagagCGACGTAGGGTTGGTGTTTCGTACGGATTTTCTCGG 112
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 AGAGAGAACACAGAGAGGCGAGAGCGACGTAGGGTTGGTGTTTCGTACGGATTTTCTCGG 122
Query 113 TCAAGCTTAGTTTCTCCGGCGAGAGATTGTTTTTCAGGAATCATCATGGTGAGAAAGAGA 172
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 TCAATCTTAGTTTCTCCGGCGAGAGATTGCTTTTCAGGAATCATCATGGTGAGAAAGAGA 182
Query 173 AGAACTGTTGCTCCATCTGAAGGAGGTGAAGCCTCTGGGTCTCGTGAAGCTGGTCCAGTC 232
||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 AGAACGGATGCTCCATCTGAAGGAGGTGAAGGCTCTGGGTCTCGTGAAGCTGGTCCAGTC 242
Query 233 TCAGGTGGTGGACGTGGTTCACAGCGAGGTGCTTTCCAGCAGGGAGGTGGAGGAGGACAA 292
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||||||||||
Sbjct 243 TCAGGTGGTGGACGTGGTTCACAGCGAGGTGGTTTCCAGC----A-G-GGAGGAGGACAA 296
Query 293 CAGCAAGGTGGAAGAGGTTATACTCCTCAGTCTCAACAGGGAGGTCGTGGTGGTCGTGGA 352
|| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CACCAAGGTGGAAGGGGTTATACTCCTCAACCTCAACAGGGAGGTCGTGGTGGTCGTGGA 356
Query 353 TATGGGCAACCACCACAACAGCAACAGCAGTATGGTGGTCCACAAGAGTACCAAGGAAGA 412
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 357 TATGGGCAACCACCACAACAGCAACAACAGTATGGAGGACCACAAGAGTACCAAGGAAGA 416
Query 413 GGAAGAGGAGGACCTCCTCATCAAGGAGGTCGAGGAGGGTATGGCGGTGGCCGTGGAGGT 472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 GGAAGAGGAGGACCTCCTCATCAAGGAGGTCGAGGAGGGTATGGCGGTGGCCGTGGAGGT 476
Query 473 GGACCTTCTTCTGGACCACCGCAGAGACAATCAGTTCCCGAGCTGCATCAAGCTACCTCA 532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 GGACCTTCTTCTGGACCACCGCAGAGACAATCAGTTCCCGAGCTGCATCAAGCTACCTCA 536
Query 533 CCTACTTCTCAAGCGGTGTCTTCTCAGCCTACACTGTCTGAGGTGAGCCCTACCCAGGTG 592
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 537 CCTACTTATCAAGCGGTGTCTTCTCAGCCTACACTGTCTGAGGTGAGTCCTACCCAGGTA 596
Query 593 CCGGAACCTACTGTTCTGGCTCAGCAATTGGAACAGCTCTCTGTTGAACAAGGAGCTCCC 652
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 CCAGAACCTACTGTTCTGGCTCAGCAATTTGAACAACTCTCTGTTGAACAAGGAGCTCCC 656
Query 653 AGTCAGGCAATCCAGCCTATACCTTCTTCTAGCAAGGCTTACAAGTTTCCAATGAGGCCT 712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 657 AGTCAGGCAATCCAGCCTATACCTTCTTCTAGCAAGGCTTTCAAGTTTCCAATGAGGCCT 716
Query 713 GGTAAAGGACAGAGTGGAAAGCGCTGCATTGTGAAGGCTAACCATTTCTTTGCTGAACTG 772
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GGTAAAGGACAGAGTGGAAAGCGTTGCATTGTGAAGGCTAACCATTTCTTTGCTGAACTG 776
Query 773 CCTGATAAGGATTTGCACCAGTATGATGTTACCATTACCCCGGAAGTTACATCAAGGGGT 832
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CCTGATAAGGATTTGCACCATTATGATGTTACCATTACTCCGGAAGTTACATCAAGGGGT 836
Query 833 GTTAATCGTGCCGTGATGAAACAACTTGTTGATAATTATCGTGAATCTCACCTTGGAAAC 892
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 837 GTCAATCGTGCTGTGATGAAACAACTTGTTGATAATTATCGTGATTCTCACCTTGGAAGT 896
Query 893 CGTCTTCCTGCCTATGATGGTCGGAAAAGTCTGTACACTGCTGGACCACTTCCGTTT-AC 951
|||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||
Sbjct 897 CGTCTTCCAGCGTATGATGGTCGAAAAAGTCTTTACACTGCTGGTCCACTTCCCTTTAAC 956
Query 952 TTCCAAGGAGTTCAGAATCAATCTTCTTGACGAGGAAGAAGGGGCTGGAGGACAAAGACG 1011
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 957 -TCCAAGGAGTTCAGAATCAATCTTCTTGACGAAGAAGTAGGGGCTGGAGGTCAAAGACG 1015
Query 1012 AGAAAGGGAATTCAAAGTTGTGATCAAGCTAGTTGCACGTGCTGATCTGCATCACCTAGG 1071
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1016 AGAAAGGGAATTTAAAGTTGTGATCAAGCTAGTTGCACGTGCTGATCTGCATCACCTAGG 1075
Query 1072 ATTGTTTTTGGAAGGAAAACAACCAGATGCCCCACAGGAAGCTCTGCAGGTTCTTGACAT 1131
| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 AATGTTTTTGGAGGGGAAACAATCAGATGCCCCACAGGAAGCTCTGCAGGTTCTTGACAT 1135
Query 1132 TGTTCTTCGTGAGCTGCCGACCTCTAGAAACAGGTATACTCCGGTGGGCCGGTCCTTTTA 1191
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TGTTCTTCGTGAGCTGCCGACCTCTAGAATCAGGTATATTCCGGTGGGCCGGTCCTTTTA 1195
Query 1192 TTCCCCTGATATAGGAAGAAAGCAATCATTGGGGGATGGCTTGGAGAGCTGGCGTGGATT 1251
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 TTCCCCTGATATAGGAAAAAAACAATCATTGGGGGATGGCTTGGAGAGCTGGCGTGGATT 1255
Query 1252 CTACCAAAGCATTCGTCCTACACAGATGGGCTTATCACTCAATATTGATATGTCATCGAC 1311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 CTACCAAAGCATTCGTCCTACACAGATGGGCTTATCACTCAATATTGATATGTCATCGAC 1315
Query 1312 AGCATTCATAGAGGC-ATCCACTGTTATTAAGTTTGTCTGTGATTTGCTTAACCGGGATA 1370
||| ||||||||||| | || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 AGCCTTCATAGAGGCAAACC-CTGTGATTCAGTTTGTCTGTGATTTGCTTAACCGGGATA 1374
Query 1371 TTTCATCTCGACCTCTATCTGATGCTGATCGTGTTAAGATAAAAAAGGCTCTTAGAGGTG 1430
|||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TTTCTTCTCGACCTTTATCTGATGCTGATCGTGTTAAGATAAAAAAGGCTCTTAGAGGTG 1434
Query 1431 TCAAGGTTGAAGTGACCCATCGAGGAAACATGCGCCGGAAGTACCGTATTTCTGGCTTGA 1490
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||
Sbjct 1435 TCAAAGTTGAAGTGACTCATCGAGGAAACATGCGCCGGAAGTACCGCATTTCCGGTTTGA 1494
Query 1491 CTGCTGTTGCCACTCGGGAATTGACATTCCCAGTAGATGAAAGAAATACTCAGAAATCTG 1550
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 CTGCTGTGGCCACTCGGGAATTGACATTCCCAGTAGATGAAAGAAATACTCAGAAATCTG 1554
Query 1551 TTGTAGAATACTTCCACGAAACATATGGTTTTCGCATTCAGCACACTCAACTACCATGCT 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 TTGTAGAATACTTCCACGAAACATATGGTTTTCGCATTCAGCACACTCAACTACCATGCT 1614
Query 1611 TGCAAGTTGGGAATTCTAACAGGCCAAATTACTTACCAATGGAGGTATGCAAGATTGTTG 1670
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TGCAAGTTGGGAATTCTAATAGGCCTAATTACTTACCAATGGAGGTATGCAAGATTGTTG 1674
Query 1671 AAGGCCAGCGATATTCGAAAAGATTGAATGAGAGACAGATCACTGCTTTGCTGAAGGTTA 1730
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AAGGCCAGCGGTATTCCAAAAGATTGAATGAGAGACAGATCACTGCTTTGCTGAAGGTTA 1734
Query 1731 CCTGTCAGCGCCCCCTAGAACGAGAAAAAGATATCATACGGACGGTAG-AACTCAATAAT 1789
||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| ||
Sbjct 1735 CCTGTCAGCGCCCGATAGATCGAGAAAAAGATATCTTACAGACGGT-GCAACTCAATGAT 1793
Query 1790 TATAAGGAAGATCCCTATGCT-AAGGAGTTTGGCATCAAAATAAGTACGTCTCTGGCTTC 1848
||| ||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1794 TATGCTAAAGATAATTATGCTCAA-GAGTTTGGCATCAAAATAAGTACTTCTCTGGCTTC 1852
Query 1849 TGTTGAGGCTCGCATACTGCCTCCGCCATGGCTTAAGTACCACGAGTCTGGAAGGGAAGG 1908
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1853 TGTTGAGGCTCGTATACTGCCTCCTCCATGGCTTAAGTACCACGAGTCTGGAAGGGAAGG 1912
Query 1909 GACTTGTCTGCCACAAGTTGGTCAATGGAACATGATGAATAAGAAAATGATCAATGGTGG 1968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 GACTTGTCTGCCACAAGTTGGTCAATGGAACATGATGAATAAGAAAATGATCAATGGTGG 1972
Query 1969 AACGGTGAATAATTGGATCTGCATCAACTTTTCTAGGCAAGTGCAGGACAATCTAGCTCG 2028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1973 AACGGTGAATAATTGGATCTGCATCAACTTTTCTAGGCAAGTGCAGGACAATCTAGCGCG 2032
Query 2029 TACGTTTTGTCAGGAACTTGCTCAAATGTGCTATGTATCTGGCATGGCATTTAATCCTGA 2088
||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2033 TACATTTTGTCAGGAACTTGCTCAAATGTGTTACGTATCTGGCATGGCATTTAATCCGGA 2092
Query 2089 ACCAGTCCTCCCACCAGTCAGTGCTCGCCCTGAGCAAGTAGAGAAGGTCTTGAAGACGAG 2148
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2093 ACCAGTCCTCCCACCAGTCAGTGCTCGCCCTGAGCAAGTAGAGAAGGTCTTGAAGACTAG 2152
Query 2149 ATATCATGATGCCACATCAAAACTCTCCCAAGGAAAGGAAATTGATCTGCTTATTGTCAT 2208
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 ATATCATGATGCCACATCAAAACTCTCCCAAGGAAAAGAAATTGATCTGCTTATTGTCAT 2212
Query 2209 TCTTCCAGACAATAACGGATCATTATATGGTGATTTGAAACGCATATGTGAGACTGAACT 2268
||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 TCTGCCCGATAATAATGGATCATTATACGGTGATTTGAAACGCATATGTGAGACTGAACT 2272
Query 2269 TGGCATTGTCTCTCAATGCTGCCTGACAAAGCATGTCTTTAAGATGAGCAAACAATACAT 2328
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 CGGCATAGTCTCTCAATGTTGCCTGACAAAGCATGTCTTTAAGATGAGCAAACAATACAT 2332
Query 2329 GGCTAATGTTGCGCTGAAGATTAATGTGAAGGTTGGAGGAAGGAATACAGTGCTTGTTGA 2388
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2333 GGCTAATGTTGCGCTGAAGATTAATGTGAAGGTTGGAGGAAGAAACACAGTGCTTGTTGA 2392
Query 2389 TGCTTTATCAAGGCGGATTCCTCTAGTCAGTGATCGACCCACCATTATATTTGGTGCTGA 2448
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 TGCTCTATCTAGGCGGATTCCTCTAGTCAGTGATCGACCCACCATTATATTTGGTGCTGA 2452
Query 2449 TGTTACCCATCCTCACCCTGGAGAGGATTCAAGCCCATCTATTGCTGCTGTTGTGGCATC 2508
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2453 TGTTACCCACCCTCACCCTGGAGAGGATTCAAGCCCATCTATTGCTGCTGTTGTGGCATC 2512
Query 2509 CCAGGATTGGCCTGAAATCACTAAATATGCTGGATTAGTTTGCGCTCAAGCGCATAGGCA 2568
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 TCAGGATTGGCCTGAAATCACTAAATATGCTGGATTAGTTTGCGCTCAAGCGCATAGGCA 2572
Query 2569 GGAGCTCATTCAGGATCTGTTCAAAGAGTGGAAGGATCCTCAGAAAGGGGTGGTGACTGG 2628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2573 GGAGCTCATTCAGGATCTGTTCAAAGAGTGGAAGGATCCTCAGAAAGGTGTGGTGACTGG 2632
Query 2629 TGGCATGATAAAGGAGTTACTCATAGCCTTCCGTAGATCAACTGGGCATAAACCGCTGAG 2688
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2633 TGGCATGATAAAGGAGTTGCTCATAGCCTTCCGTAGATCAACTGGGCATAAACCACTAAG 2692
Query 2689 GATCATCTTCTACAGGGATGGAGTCAGTGAAGGACAATTTTATCAAGTTTTACTCTATGA 2748
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2693 GATCATCTTCTACAGGGATGGAGTCAGTGAGGGACAATTTTACCAAGTTTTGCTCTATGA 2752
Query 2749 ACTTGATGCTATCCGCAAGGCCTGTGCTTCGCTGGAAGCAGGTTATCAGCCACCAGTGAC 2808
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2753 ACTTGATGCCATCCGCAAGGCCTGTGCTTCGCTGGAAGCAGGTTATCAACCACCAGTGAC 2812
Query 2809 ATTTGTGGTGGTGCAGAAGCGCCATCACACGAGGCTGTTTGCTCACAACCACAATGATCG 2868
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2813 ATTTGTGGTGGTGCAGAAGCGTCATCACACGAGGCTGTTTGCTCAGAACCACAATGATCG 2872
Query 2869 TCATTCGGTGGACAGAAGTGGGAATATTTTACCTGGCACTGTTGTGGACTCTAAAATCTG 2928
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 CCATTCGGTGGACAGAAGTGGGAATATTTTACCTGGCACTGTTGTGGACTCTAAAATCTG 2932
Query 2929 TCACCCTACCGAGTTCGACTTTTACCTCTGTAGTCATGCTGGTATTCAGGGAACTTCTCG 2988
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2933 CCACCCTACAGAGTTTGACTTTTACCTCTGTAGTCATGCTGGTATTCAGGGCACTTCTCG 2992
Query 2989 ACCAGCTCATTACCACGTTCTTTGGGATGAGAACAACTTTACTGCAGATGGACTTCAATC 3048
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2993 ACCTGCTCATTACCACGTTCTTTGGGATGAGAACAACTTTACTGCAGATGGACTTCAATC 3052
Query 3049 TCTGACCAATAACTTATGTTACACGTATGCAAGATGCACACGCTCAGTTTCAATTGTGCC 3108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3053 TCTGACCAATAACTTATGTTACACGTATGCAAGATGCACACGCTCAGTTTCAATTGTTCC 3112
Query 3109 GCCAGCATATTATGCACATCTAGCAGCATTTAGGGCTCGATTCTACATGGAGCCGGAGAC 3168
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3113 CCCTGCATATTATGCACATCTAGCAGCTTTTAGGGCTCGATTCTACATGGAGCCAGAGAC 3172
Query 3169 ATCAGACAGTGGTTCGATGGCTAGCGGGAGCATGGCACGTGGAGGTGGAATGGCTGGTAG 3228
|||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 ATCAGACAGTGGCTCAATGGCTAGTGGGAGCATGGCACGTGGAGGTGGAATGGCTGGTAG 3232
Query 3229 AAGCTCACGTGGGCCTAACATCAATGCTGCAGTGAGGCCACTCCCAGCACTGAAAGAGAA 3288
|||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3233 AAGCACACGCGGGCCTAATGTCAATGCTGCAGTGAGGCCACTCCCAGCTCTGAAAGAGAA 3292
Query 3289 TGTGAAGCGTGTTATGTTCTACTGCTGAGTTGGTTCACACCCTCTATCTATCTTTATGAC 3348
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 3293 TGTGAAGCGTGTCATGTTCTACTGCTGAGTTGATTCAC-CC-TCTATCTATCTTTATGAC 3350
Query 3349 CTAA 3352
||||
Sbjct 3351 CTAA 3354
Score = 104 bits (56), Expect = 6e-21
Identities = 62/65 (95%), Gaps = 0/65 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3353 CTTTCTAAGACTTGTCTTGTGTTTGGATATTTCATCACTCTTTCTCTATGACTATGAGAT 3412
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3378 CTTTCTAAGACTTATCGTGTGTTTGGATATTTCATCACTCTTTCTCTATGAGTATGAGAT 3437
Query 3413 GCTTT 3417
|||||
Sbjct 3438 GCTTT 3442
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171570945060
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5