BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg475338
Length=2468
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G59750.1 | Symbols: ARF1 | auxin response factor 1 | chr1:21... 4056 0.0
> AT1G59750.1 | Symbols: ARF1 | auxin response factor 1 | chr1:21979384-21984413
FORWARD LENGTH=2484
Length=2484
Score = 4056 bits (2196), Expect = 0.0
Identities = 2395/2488 (96%), Gaps = 25/2488 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TAGCCAAAGGGTTCGTGTCGGCTTCAACCAAACACTGACGGTGTGTGTATACACCTTTAC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TAGCCAAAGGGTTCGTGTCGGCTTCAACCAAACACTGACGGTGTGTGTATACACCTTTAC 60
Query 61 ATACACACCTTTA--------TCTCTCACATC--T-TCCCAAATCAATCTTCTACTGTTT 109
||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATACACACCTTTATCTCTCTCTCTCTCACATCTTTGTTACAAATCAATCTTCTACTGTTT 120
Query 110 TCTTTTTTCCTCTTCTTACATTA-TTTTTGACACCAATTCTCAGTTTCTC-TCTATCCCC 167
|| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 121 TC-TTTTTCCTCTTCTTACATTATTTTTTGACAGCAATTCTTAGTTTCTCTTCTATCCCC 179
Query 168 TTTCTGGGTTTTGTTTGAACCCTAGCTCGCTTTGGATCCAGTGGTTTTAAGTTAAAGGTA 227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTTCTGGGTTTTGTTTGAACCCTAGCTCGCTTTGGATCCAGTGGTTTTAAGTTAAAGGTA 239
Query 228 AATTTATCG-AGGTTAAG--GATTCCAAATGGCAGCTACCACTCATTCATCT-GTAAAAC 283
||||||||| | | |||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||| || ||||
Sbjct 240 AATTTATCGAAAG-TAAGTAGATTCCTAATGGCAGCTTCCAATCATTCATCTGGT-AAAC 297
Query 284 CTGGAGGAGTTTTAAGTGATGCTTTATGTAGGGAGCTCTGGCATGCCTGTGCTGGACCTC 343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 CTGGAGGAGTTTTAAGTGATGCTTTATGTAGGGAGCTCTGGCATGCCTGTGCTGGACCTC 357
Query 344 TTGTAACGCTACCTCGTGAAGGGGAACGAGTTTATTATTTCCCTGAAGGCCACATGGAGC 403
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTGTAACCCTACCTCGTGAAGGGGAACGAGTTTATTATTTCCCTGAAGGCCACATGGAGC 417
Query 404 AGCTCGAGGCATCAATGCACCAAGGTTTGGAGCAACAGATGCCTTCCTTCAATCTCCCAT 463
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 418 AGCTCGAGGCATCAATGCACCAAGGTTTGGAGCAACAGATGCCTTCCTTCAACCTCCCAT 477
Query 464 CTAAGATTCTCTGTAAAGTGATCAACATCCAGCGCAGGGCAGAGCCCGAGACTGATGAAG 523
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 478 CTAAGATCCTCTGTAAAGTTATCAACATCCAGCGCAGGGCAGAGCCCGAGACTGACGAAG 537
Query 524 TATACGCGCAAATAACCTTATTGCCAGAACTGGATCAAAGCGAACCAACCAGCCCAGATG 583
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 538 TATATGCGCAAATAACCTTATTGCCAGAACTGGATCAAAGCGAACCCACTAGCCCAGATG 597
Query 584 CCCCTGTTCAAGAACCTGAAAAGTGTACCGTACATTCATTTTGCAAGACACTAACTGCTT 643
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CCCCTGTTCAAGAACCTGAAAAGTGCACCGTACATTCATTTTGCAAGACACTAACTGCTT 657
Query 644 CAGACACAAGCACACATGGTGGATTCTCTGTGCTACGGCGACACGCAGATGATTGTCTCC 703
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 658 CAGACACAAGCACACATGGTGGCTTCTCGGTGCTACGGAGACATGCAGATGATTGTCTCC 717
Query 704 CACCCTTGGATATGTCCCAACAACCACCGTGGCAAGAATTGGTTGCAACTGATCTCCACA 763
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 718 CACCCTTGGATATGTCCCAACAACCACCGTGGCAAGAATTGGTTGCAACTGATTTGCACA 777
Query 764 ATAATGAATGGCATTTTAGGCACATTTTCCGAGGCCAACCAAGGCGCCATTTGCTAACAA 823
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 778 ATAGTGAATGGCATTTTAGGCACATTTTCCGAGGCCAACCAAGGCGTCATTTGCTAACAA 837
Query 824 CTGGATGGAGTGTTTTTGTTAGCTCGAAGAAACTAGTGGCTGGTGATGCTTTCATATTCT 883
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 CTGGATGGAGTGTTTTTGTTAGCTCGAAGAAACTAGTGGCTGGTGATGCTTTCATATTCT 897
Query 884 TAAGGGGTGAGAATGAAGAGCTCCGAGTTGGTGTTAGGCGGCACATGAGACAACAGACTA 943
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TAAGGGGTGAGAATGAAGAGCTCCGAGTAGGTGTTAGGCGGCACATGAGACAACAGACTA 957
Query 944 ATATCCCGTCATCTGTCATTTCAAGTCATAGCATGCATATTGGGGTCCTTGCGACTGCAG 1003
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 958 ATATCCCGTCATCTGTCATTTCAAGTCATAGCATGCATATTGGGGTCCTTGCAACAGCAG 1017
Query 1004 CTCATGCCATTACAACAGGGACAATCTTTTCTGTCTTCTACAAGCCCAGGACAAGTAGGT 1063
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1018 CTCATGCCATTACAACAGGAACAATCTTTTCTGTCTTCTACAAGCCAAGGACAAGTAGGT 1077
Query 1064 CAGAGTTTATTGTGAGCGTCAATAGATATCTCGAAGCTAAGACCCAGAAGCTGTCTGTAG 1123
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CAGAGTTTATTGTGAGCGTCAATAGGTATCTCGAAGCTAAGACCCAGAAGCTGTCTGTAG 1137
Query 1124 GCATGCGTTTCAAGATGAGATTCGAGGGTGAAGAAGCTCCCGAGAAAAGGTTCAGTGGCA 1183
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GCATGCGTTTCAAGATGAGATTCGAGGGGGAAGAAGCTCCCGAGAAAAGGTTCAGTGGCA 1197
Query 1184 CAATAGTTGGTGTTCAGGAAAACAAGTCTTCGGTCTGGCATGATTCTGAATGGAGATCGC 1243
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CAATAGTTGGTGTTCAGGAAAATAAGTCTTCGGTCTGGCATGATTCTGAATGGAGATCGC 1257
Query 1244 TAAAGGTTCAATGGGACGAACCCTCATCTGTATTTCGTCCTGAAAGAGTTTCACCTTGGG 1303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TAAAGGTTCAATGGGACGAACCCTCATCTGTATTTCGTCCTGAAAGAGTTTCACCTTGGG 1317
Query 1304 AACTTGAGCCCCTAGTTGCAAATAGTACTCCTTCTTCACAACCTCAGCCTCCACAAAGGA 1363
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1318 AACTTGAGCCCCTAGTTGCAAATAGTACTCCGTCTTCACAACCTCAGCCTCCGCAAAGGA 1377
Query 1364 ACAAACGACCGAGACCTCCCGGTTTACCTTCACCAACCACCGGTCCATCTGCTCCTGTTA 1423
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1378 ACAAACGACCAAGACCTCCTGGTTTACCTTCACCAGCCACTGGTCCATCTGGTCCTGTTA 1437
Query 1424 CTCCAGATGGTGTGTGGAAATCCCCGGCAGACACTCCTTCCTCAGTGCCATTATTCTCTC 1483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 CTCCAGATGGTGTGTGGAAATCCCCGGCAGACACTCCTTCCTCAGTGCCATTATTCTCTC 1497
Query 1484 CTCCTGCCAAAGCTGCTACGTTTGGTCATGGTGGGAACAAATCATTTGGAGTATCTATTG 1543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CTCCTGCCAAAGCTGCTACGTTTGGTCATGGTGGGAACAAATCATTTGGAGTATCTATTG 1557
Query 1544 GATCAGCCTTTTGGCCCAGCCA-TGCAGATAGTGCAGCTGAATCCTTTGCTTCAGCGTTT 1602
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 GATCAGCCTTTTGGCCCA-CCAATGCAGATAGTGCAGCTGAATCCTTTGCTTCAGCGTTT 1616
Query 1603 AACAATGAATCTACTGAAAAGAAGCAAACTAATGGAAATGTCTGTAGGCTTTTTGGGTTT 1662
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AACAATGAATCTACTGAAAAGAAACAAACTAATGGAAATGTCTGTAGGCTTTTTGGGTTT 1676
Query 1663 GAGCTAGTTGAAAATGTTAATGTGGATGAATGTTTCTCTGCTGCCTCTGTGTCCGGTGCT 1722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1677 GAGCTAGTTGAAAATGTTAATGTGGATGAATGTTTCTCTGCTGCCTCTGTGTCTGGTGCT 1736
Query 1723 GTCGCTGTAGATCAACCTGTCCCATCCAATGAGTTTGACTCTGGTCAGCAGTCTGAGCCG 1782
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1737 GTCGCTGTAGATCAACCTGTCCCATCCAACGAGTTTGACTCTGGCCAGCAATCTGAGCCA 1796
Query 1783 TTAAACATCAACCAATCTGATATTCCTTCGGGGAGTGGTGACCCTGAGAATTCCTCTTTG 1842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1797 TTAAACATCAACCAATCTGATATTCCTTCGGGGAGTGGTGACCCTGAGAAATCCTCTTTG 1856
Query 1843 AGGTCTCCTCAAGAATCACAAAGTAGACAGATACGTAGCTGCACAAAGGTGCACATGCAA 1902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 AGGTCTCCTCAAGAATCACAAAGTAGACAGATACGTAGCTGCACAAAGGTGCACATGCAA 1916
Query 1903 GGCAGTGCAGTAGGCAGAGCTGTTGATTTGACAAGGTCAGAGTGTTACGAAGATCTATTC 1962
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 1917 GGCAGTGCAGTAGGCAGAGCTATTGATTTGACAAGGTCAGAGTGTTATGAAGATCTGTTC 1976
Query 1963 AAGAAGCTGGAGGAGATGTTCGAAATCAAGGGTGAACTCTTAGAATCTACCAAAAAATGG 2022
||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 AAGAAGCTGGAAGAGATGTTTGATATCAAGGGTGAACTCTTAGAATCTACCAAAAAATGG 2036
Query 2023 CAAGTTGTTTACACCgatgatgaagatgacatgatgatggttggtgatgatccatggaat 2082
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CAAGTCGTTTACACCGATGATGAAGATGACATGATGATGGTTGGTGATGATCCATGGAAT 2096
Query 2083 gaGTTCTGTGGAATGGTGAGAAAGATATTCATCTACACACCTGAGGAAGTGAAGAAACTT 2142
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GAGTTCTGTGGAATGGTGAGGAAGATATTCATCTACACACCTGAGGAAGTGAAGAAACTT 2156
Query 2143 TCACCGAAGAACAAACTCGCAGTCAATGCAAGGATGCAGCCCAAAACTGATGCAGAGGAA 2202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2157 TCACCGAAGAACAAACTCGCAGTCAATGCAAGGATGCAGCTCAAAGCTGATGCAGAGGAA 2216
Query 2203 AATGGGAATACAGAGGGCAGGTCATCATCTATGGCTGGATCAAGATGAGTATATCACTGT 2262
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 AATGGGAATACAGAGGGCAGATCATCATCTATGGCGGGATCAAGATGAGTATATCACTGT 2276
Query 2263 -T-ATGCTTTAAATGTACTTGCCACGTAGGAAAGATGAAAGCAGAAGCAAGAGATCGTTA 2320
| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 GTTATGTTTTAAATGTACTTGCCACGTAGGAAATATGAAAGCAGAAGCAAGAGATCGTTA 2336
Query 2321 GACAATGTGAAAATTGAGATGTCTGTGTATAGCAATGAAGTTTTATGTCTTCAGGTCCCA 2380
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2337 GACAATATGAAAGTTGAGATGTCTGTGTATAGCAATGAAGTTTTATGTCTTCAAGTCTTA 2396
Query 2381 TGAATTCACTTAGATGCAATGTGTTTTGAGGAGTTGTGTAGCTTTTGTACGGGAAAATGT 2440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2397 TGAATTCACTTAGATGCAATGTGTTTTGAGGAGTTGTGTAGCTTTTGTACGGGAAA-TAT 2455
Query 2441 GGAAATTAAGATTCACGTCTTGTTCTAC 2468
|||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2456 GGAAATTAAGTTTCACGTCTTGTTCTAC 2483
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122457507863
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5