BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476191
Length=2344
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G70610.1 | Symbols: ATTAP1, TAP1 | transporter associated wi... 3818 0.0
> AT1G70610.1 | Symbols: ATTAP1, TAP1 | transporter associated
with antigen processing protein 1 | chr1:26621961-26626503 FORWARD
LENGTH=2400
Length=2400
Score = 3818 bits (2067), Expect = 0.0
Identities = 2263/2356 (96%), Gaps = 19/2356 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTCGAAACGACGCGTTTCATTTCTTCTTCTGCATTTCATATGAACCAAGGAATAAGCTT 60
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 16 TTTCGAAACGACGCGTTTTAATTCTTCTTCTGCATTTCATATGAACCAAGGAAAAAGCTT 75
Query 61 GAAGC--CGTGACTCGTGGAAGCTTCTTCATCTTTAGTCCGCCGTTCATAAATGGCTCTG 118
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |
Sbjct 76 GAAGCGTCGTGACTCGT-GAAGCTTCTTCATCTTTAGTCCACCGAACATAAATGGCTCAG 134
Query 119 CAAGTACTCGGCTGCACGAGCCGCCCAATCCGCGTCTCCCTTCACCGGTGTTCTGTTATC 178
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 135 CAAGTACTCGGCTGCACGAGCCGCCCCATCCGCGTTTCTCTTCACCGGTGTTCTGTTAT- 193
Query 179 T-CTACCAGTGACAAC-ATCAGAAGGAAGAATCTCCGATTTGTTAGAAACCCGAGATTGT 236
| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 194 TACCACCAGTGAC-ACTATCAGAAGGAAGAATCTCCGATTCGTTAGAAACCCGAGATTGT 252
Query 237 CGTTTTCTCTTCAATCTTCCAGTAGAAATTACCGGT-TACCTTCGATTAATTGCTCGACG 295
||||||||||||||||||| | ||||||||| | || | |||||||||||||||||||||
Sbjct 253 CGTTTTCTCTTCAATCTTCAACTAGAAATTATC-GTCTGCCTTCGATTAATTGCTCGACG 311
Query 296 GTGAATGGAGCAGTAGCGGAAACTGCGGAATATTACGAAGGAGAAGGAGACAACGTTTCA 355
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 312 GTGAATGGAGCAGTAGCGGAAACTGCGGAATATTACGAAGGAGAAGGAGATAACGTTTCA 371
Query 356 GTTCCTGAGAAAATTCGCCAATGTATTGATTTCATCCGGACGATTTTACCAGGTGGAAGC 415
|| |||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 CTTGCTGAGAAAATCCGGCAATGTATTGATTTCCTCCGGACGATTTTACCAGGTGGAAGC 431
Query 416 TGGTGGAGTTTCTCCGATGAGGTTGATGGTAGGTTCATTGCAAAGCCTGTGACTGTTTGG 475
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 432 TGGTGGAGTTTCTCCGATGAAGTTGATGGTAGGTTCATTGCTAAGCCTGTGACTGTTTGG 491
Query 476 CGTGCTTTAAGTCGGATGTGGGAGCTTGTGGCTGAGGATCGTTGGGTTATCTTCGCTGCG 535
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 492 CGTGCGTTAAGTCGGATGTGGGAACTTGTGGCTGAGGATCGTTGGGTTATCTTCGCTGCG 551
Query 536 TTTTCCACTCTTATCGTAGCCGCGCTTTCAGAGATAACTATTCCGCATTTTTTAACTGCT 595
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 552 TTTTCCACTCTTATAGTAGCCGCGCTTTCAGAGATAACTATTCCGCATTTTTTAACAGCT 611
Query 596 TCGATCTTCTCGGCACAAAGTGGTGATATCGCTGTGTTTCGTCGAAATGTCAAGCTCTTG 655
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 612 TCGATCTTCTCGGCACAAAGTGGTGATATCGCTGTGTTTCATCGAAATGTCAAGCTCTTG 671
Query 656 GTTACGTTATGTGTTACTTCAGGCATTTGCAGTGGCATACGAGGATGCTTCTTTGGGATT 715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 GTTACGTTATGTGTTACTTCAGGCATTTGCAGTGGCATACGAGGATGCTTCTTTGGGATT 731
Query 716 GCTAACATGATACTTGTGAAACGAATGAGGGAAACACTATACTCCACTCTTCTCTTCCAG 775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 732 GCTAACATGATACTTGTGAAACGAATGAGGGAAACACTATACTCCACTCTTCTCTTCCAG 791
Query 776 GATATATCATTTTTCGACTCTCAAACTGTTGGTGACTTAACAAGCAGACTTGGATCAGAT 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 792 GATATATCATTTTTCGACTCTCAAACTGTTGGTGACTTAACAAGCAGACTTGGCTCAGAC 851
Query 836 TGTCAGCAAGTCTCGAGGGTCATCGGAAATGATCTGAACATGATATTCCGCAATGTTCTT 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 852 TGTCAGCAAGTCTCGAGGGTCATCGGAAATGATCTGAACATGATATTTCGCAATGTTCTT 911
Query 896 CAGGGTACAGGGGCATTGATTTATTTGCTAATTTTGTCTTGGCCCCTTGGGCTGTCCACA 955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 912 CAGGGTACAGGGGCATTGATTTATTTGCTAATTTTGTCTTGGCCCCTTGGGCTGTGCACA 971
Query 956 TTGGTGATATGCTGTATTTTGGCTGCGGTTATGTTCGTTTATGGGATGTACCAAAAGAAA 1015
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 972 TTGGTGATATGCTGTATTTTGGCTGCGGTTATGTTCGTTTATGGGATGTACCAAAAGAAG 1031
Query 1016 ACAGCGAAGCTAATTCAGGAGATCACAGCTTCTGCAAATGAAGTCGCTCAAGAGACATAC 1075
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1032 ACAGCGAAGCTAATTCAGGAGATCACAGCTTCTGCAAATGAAGTCGCTCAAGAGACATAC 1091
Query 1076 TCTTTGATGAGAACCGTTCGTGTATATGGGACAGAGAAGCAAGAGTTTAAAAGGTACAAT 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092 TCTTTGATGAGAACCGTTCGTGTATATGGGACAGAGAAGCAAGAGTTTAAAAGGTACAAT 1151
Query 1136 CACTGGCTTCAGAGATTAGCGGATATAAGTTTGAGACAGAGTGCTGCATATGGTATTTGG 1195
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1152 CACTGGCTTCAGAGATTGGCGGATATAAGTTTGAGACAGAGTGCTGCATATGGTATTTGG 1211
Query 1196 AACTGGAGCTTCAACACTCTATACCATGCAACTCAGATTATTGCTGTCCTGGTTGGAGGA 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1212 AACTGGAGCTTCAACACTCTATACCATGCAACTCAGATTATTGCTGTCCTGGTTGGAGGA 1271
Query 1256 TTGTCTATCTTAGCTGGTCAAATAACAGCAGAGCAGCTGACAAAGTTTCTGTTGTATAGT 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1272 TTGTCTATCTTAGCTGGTCAAATAACAGCAGAGCAGCTGACAAAGTTTCTGTTGTATAGT 1331
Query 1316 GAATGGTTAATCTATGCTACATGGTGGGTGGGAGATAATTTATCATCTTTGATGCAATCA 1375
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332 GAGTGGTTAATCTATGCTACATGGTGGGTGGGAGATAATTTATCATCTTTGATGCAATCG 1391
Query 1376 GTTGGAGCGAGTGAAAAGGTCTTCCAAATGATGGATCTCAAGCCAAGTGATCAATTCATA 1435
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1392 GTTGGAGCAAGTGAAAAGGTTTTCCAAATGATGGATCTCAAGCCAAGTGATCAATTCATA 1451
Query 1436 TCAAAAGGAACAAGACTGCAGAGACTGACAGGACATATCGAGTTTGTAGAAGTGTCGTTC 1495
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1452 TCAAAAGGAACGAGACTGCAGAGACTGACAGGACATATCGAGTTTGTAGATGTGTCATTT 1511
Query 1496 AGCTACCCTTCAAGAGAGGAGGTGGCGGTGGTTCAAAACGTAAGC-TTGTCCGTGCATCC 1554
||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||
Sbjct 1512 AGCTACCCTTCAAGAGATGAGGTAGCGGTGGTTCAAAACGTAAACATT-TCCGTGCATCC 1570
Query 1555 TGGTGAAGTGGTAGCAATCGTTGGTCTAAGTGGCAGTGGCAAAAGTACACTGGTTAATCT 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 TGGTGAAGTGGTAGCAATCGTTGGTCTAAGTGGCAGTGGCAAAAGTACACTGGTTAATCT 1630
Query 1615 TTTGCTGCAACTGTACGAACCAACAAGTGGTCAGATTCTACTAGATGGGGTTCCTTTGAA 1674
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 TTTGCTGCAACTCTACGAACCAACAAGTGGTCAGATTCTACTAGATGGGGTTCCTTTGAA 1690
Query 1675 AGAGTTGGATGTCAAGTGGCTAAGGCAAAGAATCGGATACGTGGGGCAGGAACCAAAGCT 1734
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1691 AGAGTTGGATGTCAAGTGGCTTAGGCAAAGAATCGGATACGTGGGGCAGGAACCAAAGCT 1750
Query 1735 CTTCCGCACGGACATCAGTTCCAACATCAAGTACGGATGTGATCGTAATATATCGCAAGA 1794
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 CTTCCGCACAGACATCAGTTCGAACATCAAGTACGGATGTGATCGTAATATATCGCAAGA 1810
Query 1795 AGATATAATATCGGCCGCAAAGCAAGCCTATGCACATGAATTTATCACAGCACTGCCCAA 1854
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 1811 AGATATAATATCGGCTGCAAAGCAAGCCTATGCACATGACTTTATCACAGCACTTCCGAA 1870
Query 1855 TGGTTATAACACAATTGTTGATGATGATCTACTCAGTGGAGGGCAGAAACAACGGATTGC 1914
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 TGGTTACAACACAATTGTTGATGATGATCTACTCAGTGGAGGGCAGAAACAACGGATTGC 1930
Query 1915 CATTGCTCGTGCCATCCTTAGAGATCCTAGAATTCTCATCCTCGATGAAGCCACAAGTGC 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 CATTGCTCGTGCCATCCTTAGAGATCCTAGAATCCTCATCCTCGATGAAGCCACAAGTGC 1990
Query 1975 ACTCGATGCAGAGAGCGAACACAATGTTAAGGGTGTACTTCGTTCTATCGGAAACGACTC 2034
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 ACTCGATGCAGAGAGCGAACACAATGTTAAGGGCGTACTTCGTTCTATCGGAAACGACTC 2050
Query 2035 AGCAACAAAGAAAAGTGTCATAGTGATAGCACACAGACTTTCTACAATTCAGGCTGCGGA 2094
||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2051 AGCAACAAAGAGAAGCGTCATAGTGATAGCACACAGACTTTCTACAATTCAAGCTGCGGA 2110
Query 2095 TAGAATAGTGGCTATGGACAGTGGACGAGTCGTCGAGATGGGCAACCACAAAGAACTTTT 2154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2111 TAGAATAGTGGCTATGGACAGTGGACGAGTCGTCGAGATGGGCAGTCACAAAGAACTTTT 2170
Query 2155 GAGCAAAGATGGCTTATACGCAAGATTGTCGAAGAGACAAGCCGATGCTGTCGTATGATT 2214
||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||
Sbjct 2171 GAGCAAAGATGGCTTATACGCGAGATTGACGAAGAGACAAAACGATGCCGTCTTATGATT 2230
Query 2215 GATCCTGCACATGCTAAACTATTCATGAA-TAGTCATGATTATGTTTTTGAATGGTCATG 2273
|||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231 GATCCTACACATGCTAAACTGTTCATGAAATAGTCATGATTATGTTTTTGAATGGTCATG 2290
Query 2274 ACGATAATG-A-TGGAAAAATTGTGTAAAGGTGTAACCATAGAAAATTCTTATT-TA--A 2328
|||||| || | ||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||| | |
Sbjct 2291 ACGATA-TGTAATGGCAAAATTATGTAAAG-TGTAACCATAGAGAATTCTTATTATTTCA 2348
Query 2329 CACAAATCGTGTCGTT 2344
||||||||||||||||
Sbjct 2349 CACAAATCGTGTCGTT 2364
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116364863310
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5