BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg476511 Length=2970 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G73710.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 4471 0.0 > AT1G73710.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | chr1:27721190-27724165 FORWARD LENGTH=2976 Length=2976 Score = 4471 bits (2421), Expect = 0.0 Identities = 2765/2930 (94%), Gaps = 28/2930 (1%) Strand=Plus/Plus Query 46 CATCATCATCGTCTAGCTCTGAGTTCTAAAGCTAGGGTTTTTCCACCTCCTCCTCTTCCC 105 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||| Sbjct 70 CATCATCATCATCTAGCTCTGAGTTCTAAAGCTAGGGTTTTTCCA-CT--TTCACTTCCC 126 Query 106 TGTAACTTCTCCTCTAGGGTTTCTTTCAGGCTTCTTCAACTTAATTGCTCCTCTTCTT-C 164 |||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| | ||| || |||||| | Sbjct 127 TGTAACTTCTCCTCTAGGGTTTCTTTTAAG---CTTCAACTTCACTGCGCCGCTTCTTCC 183 Query 165 TCCTTCTTCAGTTTCTCCAGCTCGATGCTCTAAGCCTAACCCGAGCTCTCGAAAACGCAA 224 | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 184 T-CTTCTTCAGTTTCTCCACCTCGATGCTCTAAACCTAACCCAAGCTCTCGAAAACGCAA 242 Query 225 ATATGGCGGCGTAATCCCTTCCATTTTGCGTTCTCTTGACTCTTCCACTGATATTGAAAC 284 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 243 ATATGGCGGCGTAATCCCTTCCATTTTGCGTTCTCTTGACTCTTCCACTGATATTGAAAC 302 Query 285 AACTCTAGCTTCTCTTTGTCTCAATTTAAGCCCTAAAGAACAAACTGTTCTTCTTAAAGA 344 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 303 AACTCTAGCTTCTCTTTGTCTCAATTTAAGCCCTAAAGAACAAACTGTTCTTCTTAAAGA 362 Query 345 GCAGACTCGTTGGGACAGAGTTCTTCGTGTGTTTCGATTTTTCCAATCTCACCAAGGTTA 404 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| Sbjct 363 GCAGACTCGTTGGGAAAGAGTTCTTCGTGTGTTTCGATTTTTCCAGTCTCACCAAAGTTA 422 Query 405 TGTTCCTAATGTGATTCATTACAACATTGTGTTACGAGCTTTGGGGAGAGCTGGGAAATG 464 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 423 TGTTCCTAATGTGATTCATTACAACATTGTGTTAAGAGCTTTAGGGAGAGCGGGGAAATG 482 Query 465 GGATGAATTGAGGCTTTGTTGGATTGAGATGGCTCATAATGGTGTTTTGCCTACTAACAA 524 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 483 GGATGAATTGAGGCTTTGTTGGATTGAGATGGCTCATAATGGTGTTTTGCCTACTAACAA 542 Query 525 TACTTATGGTATGCTTGTTGATGTTTATGGTAAAGCTGGTCTTGTTAAGGAAGCTCTTCT 584 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 543 TACTTATGGTATGCTTGTTGATGTTTATGGTAAAGCTGGTCTTGTTAAGGAAGCTCTTCT 602 Query 585 TTGGATTAAACATATGGGTCAGAGAATGCATTTCCCTGATGAAGTCACTATGGCTACTGT 644 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 603 TTGGATTAAGCATATGGGACAGAGAATGCATTTCCCTGATGAAGTCACTATGGCTACTGT 662 Query 645 TGTTCGAGTTTTCAAGAATTCCGGTGAGTTTGATCGTGCTGATAGATTCTTTAAAGGTTG 704 |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 663 TGTTAGAGTTTTCAAGAACTCCGGTGAGTTTGATCGTGCTGATAGGTTCTTTAAAGGTTG 722 Query 705 GTGCGCTGGATATGTTAATCTTGATGATCTTGATTTGGATTCTATTGATGATTTTTCTAA 764 |||||||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 723 GTGCGCTGGA-A----AA----GTTGATCTTGATTTGGATTCTATTGATGATTTTCCTAA 773 Query 765 GAATGGCTCAGCTCAATCTCCTGTGAACTTGAAGCAATTCTTGTCCATGGAGCTCTTTAA 824 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| Sbjct 774 GAATGGTTCAGCTCAATCTCCTGTGAACTTGAAGCAGTTCTTGTCGATGGAGCTTTTTAA 833 Query 825 GGTTGGTGCGAGGAACCCTATTGAGAAAAGTCTGCATTTTGCATCTGGGTCTGACTCTTC 884 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 834 GGTTGGTGCAAGGAATCCTATTGAGAAAAGTCTGCATTTTGCATCTGGTTCAGACTCTTC 893 Query 885 TCCGAGGAAGCCAAGGTTAACTTCCACCTTCAACACTCTGATTGATTTGTACGGGAAGGC 944 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 894 TCCGAGGAAGCCAAGGTTAACTTCCACCTTCAACACTCTGATTGATTTGTATGGAAAGGC 953 Query 945 AGGTCGTTTAAACGATGCAGCCAATCTCTTCTCGGAGATGTTGAAATCTGGAGTACCTAT 1004 |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 954 AGGTCGTTTAAACGATGCTGCTAATCTCTTCTCGGAGATGTTGAAATCTGGAGTACCTAT 1013 Query 1005 AGATACTGTAACGTTTAACACGATGATACATACTTGTGGAACTCATGGGCACTTGTCAGA 1064 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1014 AGATACTGTAACGTTTAACACGATGATACATACTTGTGGAACTCATGGGCATTTGTCAGA 1073 Query 1065 GGCTGAATCTTTATTGAAGAAGATGGAAGAGAAAGGGATATCCCCTGATACTAAGACATA 1124 ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1074 GGCTGAATCCTTGTTGAAGAAGATGGAAGAGAAAGGGATATCCCCTGATACTAAGACATA 1133 Query 1125 TAACATCCTTTTGTCTCTTCATGCCGATGCTGGGGACATTGAGGCCGCTCTTAAATACTA 1184 ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||| Sbjct 1134 TAATATCCTTTTGTCTCTTCATGCTGATGCTGGGGACATTGAGGCAGCTCTTGAGTACTA 1193 Query 1185 TAGGAATATTAGGAAAGTGGGACTTTTTCCTGATACTGTAACTCACCGAGCTGTTCTTCA 1244 |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1194 TAGGAAAATTAGGAAAGTAGGACTTTTTCCTGATACTGTAACTCATCGAGCTGTTCTTCA 1253 Query 1245 TATCTTGTGCCAGCGGAAAATGGTTGCAGAGGTTGAAGCTGTGATGGCCGAGATGGACAG 1304 ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 1254 TATCTTGTGTCAGCGGAAAATGGTTGCAGAAGTTGAAGCTGTGATAGCTGAGATGGACAG 1313 Query 1305 AAATAGCATTCGGATTGATGAGCACTCTGTTCCTGTTATTATGCAGATGTATGTCAATGA 1364 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1314 AAATAGCATTCGCATTGATGAGCACTCTGTTCCTGTTATTATGCAGATGTATGTCAATGA 1373 Query 1365 AGGGTTGGTCGGACAGGCAAAATCTCTGTTTGAGAGGTTCCAGTTGGATTGTGTGCTTTC 1424 ||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1374 AGGTTTAGTCGTACAGGCAAAAGCTCTGTTTGAGAGGTTCCAGTTGGATTGTGTGCTTTC 1433 Query 1425 GTCAACCACACTTGCAGCGGTAATTGATGTCTATGCTGAAAAGGGACTGTGGGTTGAAGC 1484 |||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1434 GTCAACGACACTTGCAGCAGTTATTGATGTCTATGCTGAAAAGGGACTGTGGGTTGAAGC 1493 Query 1485 AGAGACTGTGTTCTATGGGAAAAGAAACATGACAGGTCAGAGGAATGATATTTTGGAGTA 1544 |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1494 GGAGACTGTGTTCTATGGGAAAAGAAACATGTCAGGCCAGAGGAATGATGTTTTGGAGTA 1553 Query 1545 CAATGTCATGATCAAAGCTTATGGTAAGGCCAAACTTCATGAGAAAGCACTTTCTCTCTT 1604 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1554 CAATGTCATGATCAAGGCTTATGGTAAGGCCAAACTTCATGAGAAAGCACTTTCTCTCTT 1613 Query 1605 CAAAGGGATGAAGAACCTAGGGACTTGGCCTGATGAGTGCACTTACAATTCCCTTATAC- 1663 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 1614 CAAAGGGATGAAGAACCAAGGGACTTGGCCTGATGAGTGCACTTACAATTCCCT-ATTCC 1672 Query 1664 AGATGCTTGCTGGGGTTGACTTAGTGGACGAAGCCCAGAGGATATTGGCTGAAATGCTGG 1723 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 1673 AGATGCTTGCTGGGGTTGATTTAGTGGACGAAGCCCAGCGGATCTTGGCTGAAATGCTGG 1732 Query 1724 ATTCGGGCTGTAAACCCGGATGCAAGACCTATGCTACTTTGATAGCTAGCTATGTGCGGC 1783 |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 1733 ATTCGGGCTGTAAACCTGGATGCAAGACCTATGCTGCTATGATAGCTAGCTATGTGCGGC 1792 Query 1784 TTGGCCTGTTGTCTGATGCAGTTGACCTGTACGAGGCAATGaaaaaaaCAGGGGTGAAGC 1843 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | Sbjct 1793 TTGGCCTGTTGTCTGATGCAGTTGACCTGTACGAGGCAATGGAAAAAACAGGGGTGAAAC 1852 Query 1844 CGAATGAAGTTGTTTATGGTTCCTTAATTAATGGGTTTGCTGAGAGTGGAATGGTCGAAG 1903 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1853 CGAATGAAGTTGTTTATGGTTCCTTAATTAATGGGTTTGCTGAGAGTGGAATGGTCGAAG 1912 Query 1904 AAGCTATTCAATACTTTA-AATTGATGGAAGAACATGGTGTTCAGTCCAATCATATCGTT 1962 |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1913 AAGCGATTCAATACTTTAGAAT-GATGGAAGAACATGGCGTTCAGTCCAATCATATCGTT 1971 Query 1963 ATGACTTCCCTTATCAAGGCTTATAGCAAAGTGGGGTGTCTTGAAGAAGCTAGGAGAGTG 2022 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1972 CTGACTTCCCTTATCAAGGCTTATAGCAAAGTGGGGTGTCTTGAAGAAGCTAGGAGAGTG 2031 Query 2023 TATGACAAAATGAAGGATTCAGAAGGTGGGCCAGATGTTGCTGCATCAAACAGCATGCTA 2082 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2032 TATGACAAAATGAAGGATTCAGAAGGTGGCCCAGATGTTGCTGCATCAAACAGCATGCTA 2091 Query 2083 AGTCTCTGTGCAGATCTCGGCATAGTTTCAGAAGCAGAATCCATTTTCAATGATCTGAGA 2142 ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| Sbjct 2092 AGTCTGTGTGCAGATCTTGGCATAGTTTCTGAAGCAGAATCCATTTTCAATGCTCTCAGA 2151 Query 2143 GAAAAAGGCACATGTGATGTTATTTCGTTTGCAACAATGATGTATTTATACAAGGGAATG 2202 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| Sbjct 2152 GAAAAAGGCACATGTGATGTTATTTCGTTTGCAACAATGATGTACTTGTACAAGGGCATG 2211 Query 2203 GGCATGCTCGACGAGGCCATTGAAGTGGCTGAAGAGATGAGAGAGTCTGGTCTACTAAGA 2262 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2212 GGCATGCTCGACGAGGCTATTGAAGTGGCTGAAGAAATGAGAGAGTCTGGTCTACTAAGT 2271 Query 2263 GACTGCACTTCGTTCAACCAGGTTTTGGCTTGCTACGCCGCTGATGGGCAGTTACGTGAA 2322 ||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| Sbjct 2272 GACTGCACTTCATTTAATCAGGTTATGGCTTGCTACGCTGCTGATGGGCAGTTAAGTGAA 2331 Query 2323 TGCTGTGAACTGTTTCATGAGATGCTAGTTGAAAGAAAGCTCTTGCTGGATTGGGGAACG 2382 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2332 TGCTGTGAACTGTTTCATGAGATGTTAGTTGAAAGAAAGCTCTTGCTGGATTGGGGAACA 2391 Query 2383 TTTAAAACGCTATTCACTCTGTTGAAGAAAGGTGGGGTGCCAAGTGAAGCCGTAG-CACA 2441 ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || | | || Sbjct 2392 TTTAAAACGCTCTTCACGCTCTTGAAGAAAGGTGGGGTGCCAAGTGAAGCTGT-GTCGCA 2450 Query 2442 GCTACAAACCGCCTATAACGAAGCTAAACCGCTTGCCACACCAGCTATAACTGCAACTCT 2501 |||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||| Sbjct 2451 GCTACAAACCGCATACAATGAAGCTAAACCACTGGCAACACCAGCAATCACTGCAACTCT 2510 Query 2502 GTTCTCAGCCATGGGTCTGTATGCATACGCGCTGGAATCATGCCAAGAGCTCACAAGAGA 2561 |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2511 GTTCTCAGCCATGGGTTTGTATGCATATGCGCTGGAATCATGCCAAGAGCTCACAAGTGG 2570 Query 2562 TGAAGTCCCTCGTGAGCATTATGCGTACAACGCAGTGATATACACTTATAGTGCATCAGG 2621 |||| | ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2571 TGAAATTCCTCGCGAGCATTTTGCATACAACGCAGTGATATACACTTATAGTGCATCAGG 2630 Query 2622 AAACATTAACATGGCCCTAAAGGCATACATGAGAATGCAGGAAAAAGGTTTAGAACCAGA 2681 | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2631 AGACATTGACATGGCCCTAAAGGCATACATGAGAATGCAGGAAAAAGGTCTAGAACCAGA 2690 Query 2682 TGTTGTCACACAGGCCTACCTTGTTGGGATATACGGGAAAGCTGGAATGGTGGAAGGTGT 2741 | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2691 TATTGTCACGCAAGCCTACCTTGTTGGGATATACGGGAAAGCGGGAATGGTGGAAGGTGT 2750 Query 2742 GAAGAGGGTACATAGCCGGCTTACGTTTGGGGAACTTGAACCAAACCAGTCGTTGTTTAA 2801 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 2751 GAAGAGGGTACATAGCCGGCTGACGTTTGGGGAGCTTGAACCAAGCCAATCGTTGTTTAA 2810 Query 2802 AGCGGTTAGGGATGCTTATGTGAGTGCAAATAGACAGGACTTGGCTGATGTGGTGAAGAA 2861 ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2811 AGCAGTTAGAGATGCTTATGTGAGTGCAAACAGACAGGACTTGGCTGATGTGGTGAAGAA 2870 Query 2862 AGAGATGAGCATTGCTTTTGAAGCTGAAAGGGAGTGTAGTTCAAGATCTGGGgaagaaga 2921 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 2871 AGAGATGAGCATTGCTTTTGAAGCTGAAAGGGAGTGTAGTTCAAGATCTGG--A-GAAGA 2927 Query 2922 agaagaagaagaagaagaggaggaat-ctgaagaagaCGAGGCATTTTGA 2970 ||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2928 AGAAGAAGACGATGAAGAGGAA-AATTCTGAAGAAGACGAGGCATTTTGA 2976 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 147641313249 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5