BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476615
Length=2324
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G74790.1 | Symbols: | catalytics | chr1:28098765-28101896 F... 3603 0.0
> AT1G74790.1 | Symbols: | catalytics | chr1:28098765-28101896
FORWARD LENGTH=2458
Length=2458
Score = 3603 bits (1951), Expect = 0.0
Identities = 2221/2348 (95%), Gaps = 32/2348 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATTTTATTATTTGATTTTCAGTCCTA-------TCTCTTGTCTTGTTCTGAGATCAGAT 53
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AATTTTATTATTTGATTTTCAGTCCTATCTCTCTTCTCTTGTCTTGTCCTGAGATCAGAT 60
Query 54 GTATAAAAAAGAGACTTCTTTTCTTCTTCTCTCTTGATTGTCTCTTCCACTGTCATTATC 113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTATAAAAAAGAGACTTCTTTTCTTCTTCTCTCTTGATTCTCTCTTCCACTGTCATTATC 120
Query 114 CTCAAGATTTGTCTCTTGTGAGACTCGATGACGCTTCATCGATCGcttgtgtt-cttctt 172
||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| ||| ||
Sbjct 121 TTCAAGATTTGTCTCTTGCGAGACTCGATGAAGCTTCATCAATTTCTTGTGTTCCTT-TT 179
Query 173 cttgttcctctcatgtttct-ctctttcttcatgggctcttcctctctgttcCGATTCAA 231
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CTTGTTCCTCTCATGTTT-TGCTCTTTCTTCATGGGCTCTTCCTCTCTGTTCCGATTCAA 238
Query 232 GAGCTCCCTCGGAGGTGAATTCGACATTGAGCTTTTGTCCTTACAAAGGAAAAACATGCT 291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GAGCTCCCTCGGAGGTGAATTCGACATTGAGCTTTTGTCCTTACAAAGGAAAAACATGCT 298
Query 292 GCAATACAATGGAAGATTCCAATTTGATGAAGCAATTTCAAGCTATGAACATTTCCGACA 351
||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GCAATACAATGAAAGATACCAGTTTGATGAAGCAATTTCAAGCTATGAACATTTCCGACA 358
Query 352 AGGGTTGTGCTTCTGTTGTAAAATCAATCCTTTGTGCTAAATGCGATCCTTTTTCATCGG 411
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 359 AGGGTTGTGCTTCTGTTGTAAAATCAATCCTTTGTGCTAATTGCGATCCTTTTTCATCAG 418
Query 412 ATTTATTCAGAGATAACTCAGATCAGCAGTCTGTTCCAATCCTCTGCAACTCTACCAGTT 471
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 419 ACTTATTCAGAGATAACTCAGATCAGCAGTCTGTTCCAATCCTCTGCAACTCGACCAGTT 478
Query 472 CAGCAAATTCCACAGAGGATTTTTGCTCTGAGACATGGGAGACATGTCAAAACGTTTCCA 531
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 479 CAGCAAATTCCACAGAGAATTTTTGCTCTGAGACATGGGAGACATGTCAAAACGTCTCCA 538
Query 532 TATCGGGTTCTCTTTTTGCTGCCTCATTGCAAGGCCGAGCTGGAGCGCCAG-CGAATAAC 590
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||||
Sbjct 539 TATCGGGTTCTCTTTTCGCTGCCTCATTACAAGGCCGAGCTGGAGCGCC-GTCAAATAAA 597
Query 591 AATGCCTCCAAGCTTGCTGATCTATGGCAGTCCAAAACCGATTTCTGCAGTGCCTTTGGT 650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AATGCCTCCAAGCTTGCTGATCTATGGCAGTCCAAAACCGATTTCTGCAGTGCCTTTGGT 657
Query 651 GGAGCTAGCTCCACTGAAACTGTTTGCTTCAGCGGTGAGCCAGTTGCTTTTAATGACAAT 710
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 658 GGAGCTAGCTCCAATGAAACTGTTTGCTTCAGCGGTGAGCCAGTTGCTCTTAATGACAAT 717
Query 711 GACACTACTCCTGACAAGCCGCCTTCTGGTTTATGCCTTGAGAAAATCGGGAACGGTTCT 770
|| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 718 GATACTACTCCTGACAAGCCGCCTTCTGGTATATGCCTTGAGAAAATTGGAAACGGTTCT 777
Query 771 TACCTCAACATGGTTCCTCACCCTGATGGCTCCAACCGTGCATTCTTCTCTACGCAACCT 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TACCTCAACATGGTTCCTCACCCTGATGGCTCCAACCGTGCATTCTTCTCTACGCAACCT 837
Query 831 GGAATAGTATTCTTGGCTGGTATACCGGATCAAGATTCTGGCGGGGTATTGGATGTGGAT 890
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 838 GGAATAGTATTCTTGGCTGGTATACCGGATCAAGATTCTGGCGGGGTTTTGGATGTGGAT 897
Query 891 CCATCTAGCCCATTTGTGGATTTGACTGATGAGATTCATTTTGATACTGAGTTTGGGATG 950
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CCATCTAGCCCATTTGTGGATATGACTGATGAGATTCATTTTGATACTGAGTTTGGGATG 957
Query 951 ATGGGAATGTCTTTTCATCCAAAGTTTGCTCAAAATGGGCGGTTTTTCGCTTCTTTTAAC 1010
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 958 ATGGGAATGGCTTTTCATCCAAAGTTTGCTCAAAATGGGCGTTTTTTCGCTTCTTTCAAC 1017
Query 1011 TGTGATAAGTCCAAGTGGCCGGGCTGTACTGGAAGGTGCTCATGTAACTCCGATGTGAAC 1070
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TGCGATAAGTCCAAGTGGCCAGGCTGTACTGGAAGGTGCTCATGTAACTCCGATGTGAAC 1077
Query 1071 TGTGATCCTTCCAAACTAACTCCTGACAGTGGATCTCAACCTTGCCAATTCCAAACCGTA 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1078 TGTGATCCTTCCAAACTAACTCCTGACAGTGGATCTCAACCATGCCAATACCAAACCGTA 1137
Query 1131 ATAGCTGAGTATACAGCCAATGGTACCTCGTCAGACCCTTCTAAGGCAAAGAATGCTAAG 1190
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1138 ATAGCTGAGTATACAGCCAATTCTACCTCGTCAGACCCTTCTAAGGCAAAGAACGCTAAG 1197
Query 1191 CCAACAGAAGTCAGGAGGATTTTCACAATGGGACTTCCCTTCACATCACACCATGCCGGA 1250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1198 CCAACAGAAGTCAGGAGGATTTTCACAATGGGACTTCCCTTCACATCACACCATGCTGGA 1257
Query 1251 CAAATTCTCTTTGGTCCAGATGGGTATCTATACTTTATGATGGGAGATGGAGGTGGAGGC 1310
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 CAGATTCTCTTTGGTCCAGATGGGTACCTATACTTTATGATGGGAGATGGAGGTGGAGGA 1317
Query 1311 GCAGACCCATATAATTTCTCACAGAACAAGAAATCTTTGCTAGGAAAGATCATGAGGCTT 1370
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GCAGACCCGTATAATTTCGCACAGAACAAGAAATCTTTGCTAGGAAAGATCATGAGGCTT 1377
Query 1371 GATGTAGATAACATTCCTAGTGCTTCTGAGATCTCCAAAATGGGTCTATGGGGAAACTAC 1430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GATGTAGATAACATTCCTAGTGCTTCTGAGATCTCCAAAATGGGTCTATGGGGAAACTAC 1437
Query 1431 TCTATACCAAAAGACAACCCTTTTCGTGAAGACAAAGAGCTTGAACCTGAAATATGGGCT 1490
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TCTATACCAAAAGACAACCCTTTTCGTGAAGACAAAGAGCTTGAACCTGAAATATGGGCT 1497
Query 1491 ATTGGATTGAGAAACCCTTGGAGATGCAGCTTTGATTCTTCTAGGCCTTCTTACTTTATG 1550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1498 GTTGGATTGAGAAACCCTTGGAGATGCAGCTTTGATTCTTCTAGGCCTTCTTACTTCATG 1557
Query 1551 TGTGCTGATGTTGGACAGGACACATATGAAGAGGTGGATCTCATTACCAAAGGAGGAAAC 1610
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1558 TGTGCTGATGTTGGACAGGACACATATGAAGAGGTGGATCTCATAAGCAAAGGAGGAAAC 1617
Query 1611 TACGGTTGGCGTGTTTACGAAGGCCCGGATCTTTTCCAGCCGGAGTCATCCCCTGGAGGA 1670
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TATGGTTGGCGTGTTTACGAAGGCCCGGATCTTTTCCATCCTGAGTCATCCCCTGGAGGA 1677
Query 1671 AACACATCTATTAAATCATTAAACCCGATATTTCCTGTGATGGGTTACAACCACTCTGAA 1730
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1678 AACACATCTGTTAAATCACTAAACCCGATATTTCCTGTGATGGGTTACAACCACTCAGAA 1737
Query 1731 GTTGACTCAAGCGGAAAATCAGCTTCAATCACTGGAGGGTACTTTTATAGATCTGAGACT 1790
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1738 GTTGACTCAAGCGGAAAATCAGCTTCAATCACTGGAGGTTACTTTTATAGATCTGAAACT 1797
Query 1791 GATCCTTGCATAGCTGGAATGTACGTGTATGCTGATCTATATGGAAATGGCGTGTGGGCG 1850
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GATCCTTGCATAGCTGGAAGGTACGTATATGCTGATCTATATGGAAATGGCGTGTGGGCG 1857
Query 1851 GGGATTGAAACTCCTGCTAATAGCGGGAACTTTGTGACCAACAGAACAACCTTCAGCTGC 1910
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1858 GGGATTGAAACGCCTGCTAATAGCGGGAGCTTTGTGACCAAAAGAACAACCTTCAGCTGT 1917
Query 1911 GCCGGTGACTCACCCATGAAATGCAGCGATTCTCCGGGAACTTCAGGGTTATCTCTAGGA 1970
||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | || |||||
Sbjct 1918 GCCAGTGACTCACCCATGAAATGTAGTGATTCCCCGGGAACTTCAGGGCTCTCCCTAGGG 1977
Query 1971 TATGTCTTCTCCTTTGGTGAGGATAACAACAAAGACATCTACTTGCTTACAAGCAATGGT 2030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1978 TATGTCTTCTCCTTTGGTGAGGATAACAACAAAGACATCTACTTGCTCACAAGCAATGGT 2037
Query 2031 GTCTATAGAGTGGTTAGGCCGAGCCGTTGCAAGTTGACTTGCTCCAAGGAAAACTCCACG 2090
||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 GTCTATAGAGTAGTAAGGCCGAGCCGTTGCAACTTGACTTGCTCCAAGGAAAACTCCAC- 2096
Query 2091 GCAGCTAGAAGAAAACCTGGTCCCTCGAGTTCGCCTTCTTCTTCGTCGTCTTCTTGTTAT 2150
|||||||||||| || ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2097 --AGCTAGAAGAAACCCCGGTACCTCAAGTTCTCCTTCTTCTTCATCGTCTTCTTGTTAT 2154
Query 2151 AAGCATATAAATGGTTTCCCTGGAAGCTTGGTGGTTTTATTTGTGTCTCTGTCTTTGATT 2210
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 AAGCATATAAATGGTTTCCATGGAAGCTTGGTGGTTTTGTTTGTGTCTCTGTCTTTGATT 2214
Query 2211 CTGCTAGGTTTATTAATCTAGTTTTTCAAAAGTTGTTTCTTCTT-GT-TTGT-G--TTGA 2265
|||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| || || ||| | || |
Sbjct 2215 CTGCTAGGTTTATTAAACTAATTTG-CAAAAGTTGTTTCTTGTTTGTGTTGAAGAATT-A 2272
Query 2266 --A--A-A--GTATGTTGGGGATGTTTTGAGAGAATACA-TGTATG-ATGATGAATGAGA 2316
| | | ||||||| |||| ||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||
Sbjct 2273 TTATGAGATTGTATGTTCAGGATCTTTTGAGAGAACACAATACATGTATGATGAATGAGA 2332
Query 2317 CCAAAGAT 2324
|||| |||
Sbjct 2333 CCAACGAT 2340
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115360852410
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5