BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476851
Length=1322
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G76930.1 | Symbols: ATEXT4, ORG5, ATEXT1, EXT1, EXT4 | exten... 708 0.0
AT1G21310.1 | Symbols: ATEXT3, RSH, EXT3 | extensin 3 | chr1:74... 143 5e-33
> AT1G76930.1 | Symbols: ATEXT4, ORG5, ATEXT1, EXT1, EXT4 | extensin
4 | chr1:28895301-28896883 REVERSE LENGTH=1060
Length=1060
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Identities = 599/693 (86%), Gaps = 55/693 (8%)
Strand=Plus/Plus
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Sbjct 61 TTAGCATTCTCCCTTGCTTTTGTCTCTCAAACCACCGCAAATTACTTCTACTCTTCCCCT 120
Query 121 CCTCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 180
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Query 241 CCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTT 300
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Sbjct 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTT 300
Query 301 TACAAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCA 360
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Sbjct 301 TACAAGTCT---CCCCCA-C-------C---A----------CCGGTTTACAAGTCTCCC 336
Query 361 CCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 420
||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 337 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTT 396
Query 421 AAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCATTACTC 479
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Sbjct 397 AAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCACTACTC 455
Query 480 GCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||
Sbjct 456 CCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCG--------------G-TTAAGCATTA 500
Query 540 CTCCCCTCCTCCG--GTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCT 597
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Sbjct 501 CTCCCCTCCTCCGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCACCTCCT 557
Query 598 CCCGT--T-TACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCGGTT-TA 653
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Sbjct 558 CCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTTCA---CTACTCACCTCCTCCAGTTGTA 614
Query 654 CA--AGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTAC 684
| | || ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 615 TACCACTCCCCACCACCACCCAAGAAGCACTAC 647
Score = 667 bits (361), Expect = 0.0
Identities = 467/515 (91%), Gaps = 19/515 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 316 CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAG 375
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 124 CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAG 183
Query 376 TACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCT 435
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 184 CACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCT 243
Query 436 CCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTA 494
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||
Sbjct 244 CCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTTTA 302
Query 495 CAAGTCTCCCCCACCA-C------C--GTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCC 545
|||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 CAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCC 362
Query 546 TCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTA 605
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 363 TCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTA 422
Query 606 CAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACC 665
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 423 CAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCC 482
Query 666 ACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCC--CGTTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTT 723
||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||| ||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 483 ACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTT 542
Query 724 AAGCATTACTCCCCTCCTCCAGT--T-TACAAGTCTCCACCACCACCGGTTCACTACTCT 780
| | | |||| ||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 CA-C-T-ACTCACCTCCTCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTTCACTACTCA 599
Query 781 CCTCCTCCCGTAGTATACTATTCACCACCACCACC 815
|||||||| || |||||| | || |||||||||||
Sbjct 600 CCTCCTCCAGTTGTATACCACTCCCCACCACCACC 634
Score = 651 bits (352), Expect = 0.0
Identities = 465/517 (90%), Gaps = 17/517 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 361 CCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 420
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Sbjct 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
Query 421 AAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCG 480
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Sbjct 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
Query 481 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACC------GT-CT-C-CCCCACCACCGGTT 531
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Sbjct 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTT 300
Query 532 AAGC-ACTACT-CCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACT 589
| | | | || |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TA-CAAGT-CTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACT 358
Query 590 CCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCGG 649
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 359 CCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGG 418
Query 650 TTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCCCGTTTACAACTCTC 709
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Sbjct 419 TTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTC 478
Query 710 CCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCAGT--T-TACAAGTCTCCACCACCAC 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| | |||||||||||||
Sbjct 479 CCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCC-GTCGTATACCACTCTCCACCACCAC 537
Query 767 CGGTTCACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACTATTCACCACCACCACCGGTTCACTACT 826
||||||||||||| |||||||| || |||||| | || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CGGTTCACTACTCACCTCCTCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTTCACTACT 597
Query 827 CTCCTCCTCCAGTAGTATACCACTCCCCACCACCACC 863
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 CACCTCCTCCAGTTGTATACCACTCCCCACCACCACC 634
Score = 632 bits (342), Expect = 2e-180
Identities = 727/893 (81%), Gaps = 106/893 (12%)
Strand=Plus/Plus
Query 517 CCC-CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCC-CCACCAC 574
||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 117 CCCTCCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTC-CCCACCACCAC 175
Query 575 CGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCC-CCACCACCGGTTAAGTAC 633
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 176 CGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTC-CCCACCACCACCGGTTAAGCAC 234
Query 634 TACTCTCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAG--C-A---------- 680
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |
Sbjct 235 TACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCT 294
Query 681 -C----TAC---TCTCCTCC-CC-CC-GTTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCAT 729
| ||| ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 295 CCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCAC 354
Query 730 TACTCCCCTCCTCCAGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCT 786
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 355 TACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCT 414
Query 787 CCCGTAGTATACTATTCACCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCTCCAGTAGTA 843
||| || ||| | || || |||||||||||| |||||||| |||||||| | ||
Sbjct 415 -CCG--GTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCC-G--GTT 468
Query 844 TACCACTC-CCCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACCACTC 899
||| | || ||| |||||||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 469 TACAAGTCTCCC-CCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCT-CCGTCGTATACCACTC 526
Query 900 CCCACCACCACC----CA--A-GAAGC-ACT--A-T-GAATACAAATctcctcctcctcc 947
||||||||||| || | | | || | | | |||| | ||||| || || ||
Sbjct 527 TCCACCACCACCGGTTCACTACTCACCTCCTCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCACC 586
Query 948 ggtccattactctccccctcc-g--gtttaccattctcctcc-cc-ctcc--g--g---t 995
||| || ||||| || ||||| | || ||||| || || || || | || | | |
Sbjct 587 GGTTCACTACTCACCTCCTCCAGTTGTATACCACTCCCCACCACCAC-CCAAGAAGCACT 645
Query 996 --g--taccattctcctccccctccGGTACACCACTACTCACCTCCACACCAACCCTACC 1051
| ||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 ACGAATACAAATCTCCTCCTCCTCC-GTACACCACTACTCACCTCCACACCAACCCTACC 704
Query 1052 TTTACAAAT--CC-CCACCTCCTC-CT-C------AC-T-A------CT-A-GGAGTCGA 1090
||||||||| || || ||||||| || | || | | || | ||||||||
Sbjct 705 TTTACAAATCACCACCTCCTCCTCACTACTAGATTACTTAATCGTCTCTAATGGAGTCGA 764
Query 1091 CGACGGTACACAAGAAAACAAAGAATCGTTTGATGATATAATAAAAGACACAAGATCATT 1150
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 765 CGACGATACACAAGAAAACAAAGAATCGTTTGGTGATATAATAAAAGACACAAGATCGTT 824
Query 1151 GACGAGAAAATTGAAACGGATATACATAAGTCTAAAGAGAAAGTTTCCCATTTTAATGTC 1210
|||| || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 GACGGGAGAATTGAAACGG--ATACATATGTCAAAAGAGAAAGTTTCCCATTTTAATGTC 882
Query 1211 TTTTCTTTATTTCTAAATACGTTATATTGTAATAAACTTCAAACATGTTAATGAGTGTTG 1270
|||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 883 TTTTCTTTATTTATAAATACG-T-TACTGTAATAAACTTCAAACATGTTAATGAGTG-TG 939
Query 1271 -TCCCTTCTCATGCATGCAAATCAGTTATATGTTTGTAAGTTGAAGTCATGTT 1322
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 940 ATCCC-T-TCATGCATGCAAATCAGTTATATGTTTGTAAGTAGAAGTCCTGTT 990
Score = 592 bits (320), Expect = 4e-168
Identities = 492/567 (87%), Gaps = 43/567 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 409 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCCCCACCGGTT 468
||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
Query 469 AAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCCCCACCACCG 528
||||| |||||||||||||| ||||||||| | || ||| |||||||||
Sbjct 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAG--T---CC-CCA---------CCACCACCG 225
Query 529 GTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTAC 588
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 226 GTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTAC 285
Query 589 TCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTT-A-A-GT-------AC----- 633
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | || ||
Sbjct 286 TCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCG 345
Query 634 -T-A--C--T-CTCC--TCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTAC 684
| | | | |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 346 GTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTAC 405
Query 685 TCTCCTCCCCCCGTTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCA 744
|| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 406 TCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCG 465
Query 745 GTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTCA-C-T-ACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACTAT 801
|||||||||||||| |||||||||||| | | | |||| |||||||| || |||||| |
Sbjct 466 GTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCC-GTCGTATACCAC 524
Query 802 TCACCACCACCACCGGTTCACTACTCTCCTCCTCCAGTAGTATACCACTCCCCACCACCA 861
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 525 TCTCCACCACCACCGGTTCACTACTCACCTCCTCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCA 584
Query 862 CCGGTTCACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACCACTCCCCACCACCACCCAAGAAGCAC 921
|||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 CCGGTTCACTACTCACCTCCTCCAGTTGTATACCACTCCCCACCACCACCCAAGAAGCAC 644
Query 922 TATGAATACAAATctcctcctcctccg 948
|| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 TACGAATACAAATCTCCTCCTCCTCCG 671
Score = 551 bits (298), Expect = 7e-156
Identities = 454/524 (87%), Gaps = 31/524 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 265 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCCCCACCGGTT 324
||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
Query 325 AAGCATTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCG 384
||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
Query 385 CCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTT 444
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTT 300
Query 445 TACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCAT-TACTCGCCT-CCTCCGGTTTA-CAAGT- 499
||||||||||| ||| ||||||||| | || | ||| || || |||||| | || |
Sbjct 301 TACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTTA-CAAGT-CTCCCCCACCACCGGTTAAGCAC-TA 356
Query 500 CTCCCC-CA-CC-----ACC-GTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCC 551
|||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 CTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCC 416
Query 552 GGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTC 611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 417 GGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTC 476
Query 612 TCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCCTCCG--GTTTACAAGTCTCCACCACCA 669
||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| || ||| | ||||||||||||
Sbjct 477 TCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCGTCGTATACCACTCTCCACCACCA 536
Query 670 CCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCCCGT--T-TACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAG 726
||||| |||||||| ||||| || || | ||| ||||||| |||||||||||| |
Sbjct 537 CCGGTT---CACTACTCACCTCCTCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTTCA- 592
Query 727 CATTACTCCCCTCCTCCAGTT-TACA--AGTCTCCACCACCACC 767
| | |||| |||||||||||| || | | || |||||||||||
Sbjct 593 C-T-ACTCACCTCCTCCAGTTGTATACCACTCCCCACCACCACC 634
Score = 499 bits (270), Expect = 2e-140
Identities = 472/559 (84%), Gaps = 56/559 (10%)
Strand=Plus/Plus
Query 169 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 228
||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
Query 229 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCC 288
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
Query 289 CCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCCGT 347
|||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||| |||||||| ||
Sbjct 241 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGT 299
Query 348 TTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCC 407
|||||||||| | || ||| | | || || ||||||||||||||
Sbjct 300 TTACAAGTCT-C-CC-CCA-C---------C-AC-CG---------GTTTACAAGTCTCC 335
Query 408 ACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGG 466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 336 CCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGG 394
Query 467 TTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCCCCACCAC 526
||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 395 TTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCG------------- 441
Query 527 CGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACT 586
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 442 -G-TTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATT 499
Query 587 ACTCCCCTCCTCC--CGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCTCCTCC 644
||||||||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||||| | |||||| |||||
Sbjct 500 ACTCCCCTCCTCCGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTTCA---CTACTCACCTCC 556
Query 645 TCCGGT--T-TACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCCCGTT-T 700
||| || | ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |
Sbjct 557 TCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCACCTCCTCCAGTTGT 613
Query 701 ACAACTCTCCCCCACCACC 719
| | | |||||| ||||||
Sbjct 614 ATACCACTCCCC-ACCACC 631
Score = 407 bits (220), Expect = 2e-112
Identities = 365/429 (85%), Gaps = 34/429 (8%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 TCCCCTCCTCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCA 174
||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 163 TCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCCCCACCACCA 222
Query 175 CCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAG--C 232
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 223 CCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTAC 282
Query 233 -A-----CTACT-C-G----C----CT---CC-TC-CC-GTTTACAAGTCTCCACCACCA 270
| || || | | | || || | || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 283 TACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 342
Query 271 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCA 329
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 343 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCA 401
Query 330 TTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCC 389
||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 402 CTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCC 461
Query 390 TCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCG--GTTTAC 447
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||
Sbjct 462 TCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCGTCGTATAC 521
Query 448 AAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGT--T-TACAAGTCTCCC 504
| |||||||| ||||||||| | | | |||| |||||||| || | ||| | |||||
Sbjct 522 CACTCTCCACCACCACCGGTTCA-C-T-ACTCACCTCCTCCAGTCGTATACCACTCTCCA 578
Query 505 CCACCACCG 513
|||||||||
Sbjct 579 CCACCACCG 587
Score = 401 bits (217), Expect = 7e-111
Identities = 403/483 (83%), Gaps = 51/483 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 460 CCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGTCTCCC 519
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Sbjct 124 CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAG--T---CC-CCA--------- 168
Query 520 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCC-CCACCACCGGT 578
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Sbjct 169 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTC-CCCACCACCACCGGT 227
Query 579 TAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTC 638
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Sbjct 228 TAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTC 287
Query 639 TCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTG-A-A-G-C------ACTAC---T 685
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Sbjct 288 CCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGT 347
Query 686 ----CTC--CTCCCC-CC---G-TTTACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTC 734
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Sbjct 348 TAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTC 407
Query 735 CCCTCCTCCAGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCTCCCGT 791
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Sbjct 408 CCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGT 467
Query 792 AGTATACTATTCACCACCACCACCGGTTCA-C-T-ACTCTCCTCCTCCAGTAGTATACCA 848
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Sbjct 468 --T-TACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCC-GTCGTATACCA 523
Query 849 CTCCCCACCACCACCGGTTCACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACCACTCCCCACCACC 908
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Sbjct 524 CTCTCCACCACCACCGGTTCACTACTCACCTCCTCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACC 583
Query 909 ACC 911
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Sbjct 584 ACC 586
Score = 366 bits (198), Expect = 3e-100
Identities = 284/323 (88%), Gaps = 16/323 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 151 CCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAG 210
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Sbjct 319 CCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAG 378
Query 211 TCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCA 270
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Sbjct 379 TCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 438
Query 271 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCA 329
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Sbjct 439 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCA 497
Query 330 TTACTCTCCTCCTCC--CGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCT 387
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Sbjct 498 TTACTCCCCTCCTCCGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTTCA---CTACTCACCT 554
Query 388 CCTCCCGT--T-TACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTT 444
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Sbjct 555 CCTCCAGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCACCTCCTCCAGTT 611
Query 445 -TACA--AGTCTCCACCCCCACC 464
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Sbjct 612 GTATACCACTCCCCACCACCACC 634
Score = 357 bits (193), Expect = 2e-97
Identities = 357/429 (83%), Gaps = 39/429 (9%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 TCCCCTCCTCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCA 174
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Sbjct 211 TCCCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 270
Query 175 CCGGTTAAG--C-A-----CTACT-C-G----C----CT---CC-TC-CC-GTTTACAAG 210
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Sbjct 271 CCGGTTAAGTACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTTACAAG 330
Query 211 TCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCA 270
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Sbjct 331 TCTCCCCCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCA 390
Query 271 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCA 329
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Sbjct 391 CCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC-CCCACCACCGGTTAAGCA 449
Query 330 TTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCC 389
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Sbjct 450 CTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCC 509
Query 390 TCC--CGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGT--T- 444
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Sbjct 510 TCCGTCGTATACCACTCTCCACCACCACCGGTT---CACTACTCACCTCCTCCAGTCGTA 566
Query 445 TACAAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTT-TACAAGTCTCC 503
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Sbjct 567 TACCACTCTCCACCACCACCGGTTCA-C-T-ACTCACCTCCTCCAGTTGTATACCACTCC 623
Query 504 CCCACCACC 512
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Sbjct 624 CC-ACCACC 631
Score = 110 bits (59), Expect = 5e-23
Identities = 67/71 (94%), Gaps = 0/71 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 217 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 276
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Sbjct 121 CCACCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCTGTTTACAAGTCCCCACCACCACCGGTT 180
Query 277 AAGCACTACTC 287
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Sbjct 181 AAGCACTACTC 191
> AT1G21310.1 | Symbols: ATEXT3, RSH, EXT3 | extensin 3 | chr1:7453236-7455009
REVERSE LENGTH=1663
Length=1663
Score = 143 bits (77), Expect = 5e-33
Identities = 639/890 (72%), Gaps = 120/890 (13%)
Strand=Plus/Plus
Query 121 CCTCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 180
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Sbjct 229 CCTCCACCGGTTAAGCACTACTCACCTCCTCCGGTTTACCATTCCCCACCCCCACC---A 285
Query 181 AAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCG 240
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Sbjct 286 AAG-A--A----AC-ACT-ACGTGTACAAATCTCCTCCTCCTCCGGTCAAGCACTACTCT 336
Query 241 CCTCCTCCCGTTTA-CAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCCGT 299
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Sbjct 337 CCCCCACCGGTTTATC-ACTCCCCACCACCACC---AAAG-A--A----GC-ACT-ACGT 383
Query 300 TTACAAGTCTCCACCC-CCACCGGTTAAGCATTACTCTCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTC 358
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Sbjct 384 TTACAAATCTCC-CCCTCCTCCGGTTAAGCACTACTCTCCTCCTCCGGTTTACCACTCTC 442
Query 359 CACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGG 418
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Sbjct 443 CACCACCACC---CAAG-A--A---G-C-ACT-ACGTGTACAAATCTCCCCCTCCTCCAG 490
Query 419 TTAAGCACTACTC-CCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCCCCACC---G----GTTAA 470
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Sbjct 491 TCAAGCACTACTCTCCC-CCACCGGTTTACCACTCACCACCACCACCAAAGAAACATTAC 549
Query 471 GCAT--TA--CT-CGCCTCCTCCGGTTTA-CAAGT-CTCCCCCACCACC-GTCT-CC-CC 520
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Sbjct 550 GTATACAAGTCTCCTCCTCCTCCGGTTAAGC-ACTACTCTCCC-CCTCCGGTTTACCACT 607
Query 521 CACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTA 580
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Sbjct 608 CACCACC--ACCACCA-AAAAAACAT--TAC-GTTTACAAGTCTCCTCCTCCTCCGGTTA 661
Query 581 AGCACTACTC-CCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCCCCACCACCGGTTAAGTACTACTCT 639
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Sbjct 662 AGCACTACTCTCCC-CCTCCGGTTTACCA-T-T-CCCCACCCCCACCTAA--A--A--AG 711
Query 640 CCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCTCCCCCCGTT 699
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Sbjct 712 CAT--TAC-GTCTACAAATCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCACCTCCTCCGGTT 768
Query 700 TACAACTCTCCCCCACCACCGGTTAAGCATTACTCCCCTCCTCCAGTTTACAAGTCTCCA 759
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Sbjct 769 TACCA-T-TCCCC-ACCACCCCCAAAGAA--ACAC---TAC----GTGTACAAATCTCCT 816
Query 760 CCACCACCGGTT---CACTACTCTCCTCCTCCCGTAGTATACTATTCACCACCACCACCG 816
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Sbjct 817 CCTCCTCCGGTTAAGCACTACTCTCCTCCTCCGGT--T-TACCATTCCCCACCACCACCA 873
Query 817 GTTCACTACTCTCCTCCTCCAGTAGTATACCACTCCCCACCACCACCGGTT---CACTAC 873
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Sbjct 874 AAGAA--ACACTACG--T---GTAC-A-A--A-TCTCCTCCTCCTCCAGTTAAGCACTAC 921
Query 874 TCTCCTCCTCCCGTAGTATACCACTCCCCACCACCACCCAAGAAGCACTATGAATACAAA 933
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Sbjct 922 TCTCCTCCTCCGGT--T-TACCATTCCCCACCCCCACCAAAGAAACACTACGTGTACAAA 978
Query 934 Tctcctcctcctccggtc---cattactctccccctccggtttaccattc 980
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Sbjct 979 TCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCTCCCCCTCCAGTTTACCATTC 1028
Score = 134 bits (72), Expect = 3e-30
Identities = 269/357 (75%), Gaps = 41/357 (11%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 TACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCA 216
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Sbjct 553 TACAAGTCTCCTCCTCCTCCGGTTAAGCACTACTCTCCCCCTCCGGTTTACCACTCACCA 612
Query 217 CCACCACCGGTTAAGCACTACTCGCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTT 276
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Sbjct 613 CCACCACC----AA--A--A-AAACAT--T-ACGTTTACAAGTCTCCTCCTCCTCCGGTT 660
Query 277 AAGCACTACTC-CCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCCCCACCGGTTAAGCATTACTC 335
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Sbjct 661 AAGCACTACTCTCCC-CCTCCGGTTTACCATTCCCCACCCCCACC---TAA--A--A--A 710
Query 336 TCCTCCTCCCGTTTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGTACTACTCGCCTCCTCCCGT 395
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Sbjct 711 GCAT--T-ACGTCTACAAATCTCCACCACCACCGGTGAAGCACTACTCACCTCCTCCGGT 767
Query 396 TTACAAGTCTCCACCACCACCGGTTAAGCACTACTCCCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCC 455
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Sbjct 768 TTACCA-T-TCC-CCACCACCCCCAAAG-A--A----AC-ACTAC-GTGTACAAATCTCC 815
Query 456 ACCCCCACCGGTTAAGCATTACTCGCCTCCTCCGGTTTACAAGTCTCCCCCACCACC 512
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Sbjct 816 TCCTCCTCCGGTTAAGCACTACTCTCCTCCTCCGGTTTACCA-T-T-CCCCACCACC 869
Lambda K H
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Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
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