BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg476906
Length=2635
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G77410.1 | Symbols: BGAL16 | beta-galactosidase 16 | chr1:29... 4211 0.0
AT4G36360.1 | Symbols: BGAL3 | beta-galactosidase 3 | chr4:1717... 78.7 3e-13
> AT1G77410.1 | Symbols: BGAL16 | beta-galactosidase 16 | chr1:29088697-29093264
REVERSE LENGTH=2638
Length=2638
Score = 4211 bits (2280), Expect = 0.0
Identities = 2524/2640 (96%), Gaps = 23/2640 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATCGTCCCAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 10 TCGCATAAATTCGAGACGATGGTGAGATACACTGCACAGTTAGTTGTGCATAGTCCCAAA 69
Query 61 CTAT-AAAACTCTCTAGAATCAT-AAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC 118
|||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 70 CTATAAAAACTCTCTAGAATCTTCAAACGTCAGTGTTTACATAAGAAATGACGACTTTTC 129
Query 119 AGTATTCGCTAGCTTTTT-TCGTTCTCATGGCGGTTATCGTAGCCAGAGACGCCGCAAAC 177
|||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||
Sbjct 130 AGTACTCGCTAG-TTTTTCTCGTTCTCATGGCGGTTATAGTTGCCGGAGACGTCGCAAAC 188
Query 178 GTAACCTACGACGGGAGATCGCTGATCATCGACGGCCAACATAAGATCCTTTTCTCCGGA 237
||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 GTAACATACGACGGTCGCTCGCTGATCATCGACGGCGAACATAAGATCCTTTTCTCCGGC 248
Query 238 TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCATTGATAGCAAAGGCAAAA 297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 249 TCAATCCATTATACTCGCAGCACTCCTCAGATGTGGCCGTCCTTGATAGCAAAGGCAAAA 308
Query 298 TCTGGAGGAATAGATGTAATAGACACATATGTGTTCTGGAACATTCACGAGCCGCAACAA 357
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 309 TCTGGAGGAATAGATGTAGTAGACACATATGTGTTCTGGAACGTTCACGAGCCGCAACAA 368
Query 358 GGCCAGTTCGATTTCAGTGGACGCCGTGATATCGTGAAGTTTATTAAGGAAGTAAAAGCG 417
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 369 GGCCAGTTCGATTTCAGTGGAAGCCGTGATATCGTGAAGTTTATCAAGGAAGTAAAAAAT 428
Query 418 CACGGCTTATATGTATGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAGTGGTCTTATGGG 477
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 429 CATGGCTTATATGTCTGTCTTCGGATTGGACCTTTTATCCAAGGGGAATGGTCTTATGGG 488
Query 478 GGGTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTTCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA 537
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 489 GGTTTGCCTTTCTGGTTGCATAATGTCCAAGGGATTGTCTTCAGGACAGATAATGAGCCA 548
Query 538 TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGC-ACAAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA 596
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 TTCAAGTATCACATGAAGAGATATGCGA-AAATGATTGTTAAGCTGATGAAATCGGAAAA 607
Query 597 CTTGTATGCTTCTCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT 656
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 CTTGTATGCTTCCCAAGGAGGACCTATCATACTCTCACAGATTGAGAACGAGTATGGGAT 667
Query 657 GGTAGCTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGGCAGCAAAATTGGC 716
||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 668 GGTTGGTAGAGCTTTTCGACAAGAAGGGAAATCATATGTCAAATGGACAGCAAAATTGGC 727
Query 717 TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCTTGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC 776
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 TGTTGAGCTTGACACAGGAGTGCCATGGGTTATGTGCAAGCAAGATGATGCCCCTGATCC 787
Query 777 TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC 836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TTTGGTTAATGCTTGCAATGGGAGGCAATGTGGAGAAACATTCAAAGGACCCAATTCACC 847
Query 837 AAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 CAACAAACCTGCAATATGGACTGAGAACTGGACGAGTTTTTATCAAACATATGGTGAGGA 907
Query 897 ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCATTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCCAAGAA 956
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 908 ACCATTGATAAGGTCAGCTGAGGATATAGCGTTTCATGTTGCTCTTTTCATCGCTAAGAA 967
Query 957 TGGAAGTTTTGTTAACTACTACATGTATCATGGAGGAACAAACTTCGGGAGAAATGCTTC 1016
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 968 TGGAAGCTTTGTAAACTACTACATGTATCATGGAGGAACCAACTTCGGGAGAAATGCTTC 1027
Query 1017 ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGATTACTTAG 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1028 ACAGTTCGTAATCACCAGTTATTATGATCAGGCTCCACTTGATGAATATGGGTTACTTAG 1087
Query 1077 GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTGCATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC 1136
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 GCAACCAAAATGGGGACACCTTAAGGAATTACATGCTGCAGTTAAGTTGTGTGAAGAGCC 1147
Query 1137 TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCACTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 TCTACTTTCAGGACTGCAAACTACAATATCATTGGGGAAGCTACAAACTGCTTTTGTGTT 1207
Query 1197 TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCC-TTACTTGTGAATCAAGACAAATGGGATTCTA 1255
|||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1208 TGGGAAGAAGGCGAACCTATGCGCTGCCATT-CTGGTGAATCAAGACAAATGCGAGTCTA 1266
Query 1256 CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTATAAGTGTCCTGCCAG 1315
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1267 CTGTACAGTTTCGTAATTCTTCATATCGTTTGTCTCCAAAATCTGTAAGTGTCCTGCCAG 1326
Query 1316 ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCGCAATACAACACGAGAACAA 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1327 ACTGCAAGAATGTAGCCTTCAACACTGCCAAGGTCAATGCACAATACAACACGAGAACAA 1386
Query 1376 GGAAACCAAGACAAAATTTGTCTTCTCCTCACATGTGGGAGAAATTTACAGAAACTGTCC 1435
||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||
Sbjct 1387 GGAAAGCAAGACAAAATTTGTCGTCTCCTCAAATGTGGGAGGAATTTACAGAAACAGTCC 1446
Query 1436 CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACAACAC 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1447 CAAGTTTCAGTGAAACGTCAATAAGATCAGAATCCTTGCTTGAGCACATGAATACCACAC 1506
Query 1496 AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTGAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 AGGATACTTCCGACTATCTGTGGCAAACAACTAGGTTTCAGCAATCTGAAGGAGCTCCAT 1566
Query 1556 CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTTGGACATGTTCTACACGCCTTTGTTAATGAGAGATTCA 1615
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1567 CAGTTCTTAAAGTCAACCATCTCGGACATGCTCTACACGCCTTTGTTAATGGGAGATTCA 1626
Query 1616 TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCATAGTTTTTTGCTAGAGAAAAATATGTCAC 1675
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1627 TAGGTTCTATGCATGGAACTTTCAAAGCGCACAGATTTTTGCTGGAGAAAAATATGTCAT 1686
Query 1676 TGAATAATGGCACAAATAACATGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGGTTACCGAATTCAG 1735
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1687 TGAATAATGGCACAAATAACTTGGCATTACTCAGCGTAATGGTAGGATTACCGAATTCAG 1746
Query 1736 GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT 1795
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 GAGCACATCTAGAAAGGAGAGTCGTTGGATCACGGAGCGTAAAGATTTGGAATGGAAGAT 1806
Query 1796 ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGGCTGAAAGGGGAGAAAT 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1807 ATCAACTGTACTTCAACAACTATAGTTGGGGATATCAGGTTGGCCTGAAAGGGGAGAAAT 1866
Query 1856 TTCATGTTTACACTGAAGATGGGGCCAAAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA 1915
| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 TCCATGTTTACACTGAAGATGGGTCCGCAAAAGTTCAGTGGAAGCAGTACAGAGACTCCA 1926
Query 1916 AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTTATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG 1975
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 AAAGTCAGCCTCTAACTTGGTACAAGGCCTCATTTGACACACCAGAGGGGGAAGATCCGG 1986
Query 1976 TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATTG 2035
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1987 TGGCCTTGAACTTAGGATCAATGGGAAAAGGAGAAGCTTGGGTGAATGGCCAGAGTATAG 2046
Query 2036 GTCGGTACTGGGTCTCATTTCATACTTCCAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA 2095
|||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 GTCGGTACTGGGTCTCATTTCACACTTACAAGGGGAACCCTTCTCAGATATGGTACCATA 2106
Query 2096 TACCGCGATCTTTTCTTAAACCCAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAAAG 2155
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2107 TACCGAGATCTTTTCTTAAACCAAACAGTAACTTACTAGTCATTTTGGAAGAAGAAAGAG 2166
Query 2156 AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCAGTCACTGAAATCTGTGGTCATG 2215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2167 AAGGGAATCCTCTTGGTATAACTATAGACACAGTGTCGGTCACTGAAGTCTGTGGTCATG 2226
Query 2216 TCTCCAATACATATCCTCATCCTGTGATATCTCCGAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAATG 2275
||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2227 TCTCCAATACAAATCCTCATCCTGTCATATCTCCAAGAAAGAAAGGCCTCAACCGAAA-- 2284
Query 2276 AACAGAGACATCTAAAATACCGGTATGATAGAAAGCCTAAGGTACAGCTCCAGTGTCCTA 2335
|| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2285 AA-A------TCTAACATACCGGTATGATAGGAAGCCTAAGGTTCAGCTCCAGTGTCCTA 2337
Query 2336 CTGGCAGGAAAATTTCAAAGGTATTGTTTGCAAGCTTTGGCAATCCAAATGGAAGTTGCG 2395
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2338 CTGGCAGGAAAATTTCAAAGATATTGTTTGCAAGCTTTGGCACTCCAAATGGAAGTTGCG 2397
Query 2396 GGAGCTATTCAATAGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCCT 2455
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2398 GGAGCTATTCTATTGGAAGCTGTCACTCACCCAACTCTTTAGCTGTTGTACAGAAGGCTT 2457
Query 2456 GTCTGAGAAAAAGTAGGTGTTCTGTACCAGTATGGAGCAAAACATTTGGCGGTGATTCAT 2515
|||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2458 GTCTGAAAAAAAGTAGGTGTTCTGTACCTGTATGGAGCAAAACATTTGGTGGTGATTCAT 2517
Query 2516 GTCCACAGACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTAGT 2575
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2518 GTCCACACACTGTTAAATCTCTGCTTGTTCGTGCACAATGCTCATGAGAGTCCAATTCGT 2577
Query 2576 TAGTATAGATTTCTGTTTCCTTTTTCTTTATCTTTCTTATTATGAACAAATAACAATAGT 2635
||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 2578 TAGTATAGATTTCTGTTCCCTTTTTCTTT--CTT----ATTATGAACAAATAACAAAAGT 2631
> AT4G36360.1 | Symbols: BGAL3 | beta-galactosidase 3 | chr4:17176342-17181261
REVERSE LENGTH=3187
Length=3187
Score = 78.7 bits (42), Expect = 3e-13
Identities = 146/195 (75%), Gaps = 11/195 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 917 AGGATATAGCATTTCATGTTGCTCTTTTCAT-CGCCAAGAATGGAAGTTTTGTTAACTAC 975
||||| | || ||| |||||| | |||||| | ||| | ||| |||||||||||||
Sbjct 948 AGGATCTGGCGTTTGGTGTTGCACGTTTCATACAAAAAGGA-GGATCTTTTGTTAACTAC 1006
Query 976 TACATGTATCATGGAGGAACAAACTTCGGGAGAA-ATGCTTCA---C-AGTTCGTAATCA 1030
|||||||||||||||||||| ||||| || |||| | || | | | || || | ||
Sbjct 1007 TACATGTATCATGGAGGAACTAACTTTGGAAGAACA-GCCGGAGGTCCATTT-GTCACCA 1064
Query 1031 CCAGTTATTATGATCAGGCTCC-ACTTGATGAATATGGATTACTTAGGCAACCAAAATGG 1089
|||| ||| || || | ||||| | | || |||||||| ||| | || ||||| ||||
Sbjct 1065 CCAGCTATGATTATGATGCTCCGA-TCGACGAATATGGTTTAATCAGACAACCTAAATAT 1123
Query 1090 GGACACCTTAAGGAA 1104
|| ||||| ||||||
Sbjct 1124 GGTCACCTAAAGGAA 1138
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130835387344
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5