BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg477227 Length=3123 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT1G80260.1 | Symbols: emb1427 | Spc97 / Spc98 family of spindl... 4813 0.0 AT1G20570.1 | Symbols: | Spc97 / Spc98 family of spindle pole ... 3205 0.0 AT4G12917.1 | Symbols: | other RNA | chr4:7563157-7563847 REVE... 132 2e-29 > AT1G80260.1 | Symbols: emb1427 | Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component | chr1:30175785-30180681 FORWARD LENGTH=3297 Length=3297 Score = 4813 bits (2606), Expect = 0.0 Identities = 2847/2963 (96%), Gaps = 18/2963 (1%) Strand=Plus/Plus Query 115 CACTCAGAACTGGCCCTTCCCTCAGTGAGCGTGACTGAATTGGATCTGGTGAGAGGTC-- 172 |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 209 CACTCAGAACTGGCTCTTCCCTCAGTGAGCGTAACTGAATTGGATCTGGTGAGAGGTCTA 268 Query 173 -T---A---TTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACCAAACTGGACAAACT 225 | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 269 TTACAAGCTTTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACCAAACTGGACAAACT 328 Query 226 TTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCCCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCACGTCCTT 285 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| Sbjct 329 TTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCTCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCATGTTCTT 388 Query 286 CTCGCTGGATTCTTGTATGCCGCTACTTGTTTGAAGCTCGTGGAGTCTATCGTTGCTGCC 345 |||||||| ||| ||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 389 CTCGCTGGGTTCCTGTATCCCGCTACATGTTTGAAACTCGTTGAGTCTATCGTTGCTGCC 448 Query 346 ATTAATACCTCTCTCAGCTCTCCTCCTACCTTAATGGCGTTCTCTGACTCTGTCTCCGCA 405 |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 449 ATTAATACCTCTCTTAGGTCTCCTCCTACCTTAATGGCATTCTCTGACTCTGTCTCCGCA 508 Query 406 TGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCAACAATTCTGAT 465 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 509 TGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCGACAATTCTGAT 568 Query 466 ATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTGACAAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTTCAGGT 525 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 569 ATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTAACCAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTTCAGGT 628 Query 526 GCTGAATATCTCTTACAAGTTGTACATGCG-GCGATCCCTCATACGTTTTTTGATTCAAG 584 |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 629 GCTGAATATCTCTTACAAGTTGTACATG-GTGCCATCCCTCATACGTTTTTTGATTCAAA 687 Query 585 TTCAACTATTTCCGCTGCTGAAATTGCTTTCCATGTTCTTGATTACCTTTACAAGAAGCT 644 || || |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 688 CTCTACGATTTCCGCTGCTGAGATTGCTGTCCATGTTCTTGATTATCTTTACAAGAAGCT 747 Query 645 GGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAAT 704 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 748 TGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAAT 807 Query 705 GTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATGCTTGTTTGAGGGAAC 764 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 808 GTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATGGTTGTTTGAGGGAAC 867 Query 765 ACTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATCGGTCTCCGTTAACGA 824 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 868 TCTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATCGGTCTCCGTTGACGA 927 Query 825 TGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAACCCAAAATCAAATGT 884 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 928 TGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAACTCAAAATCAAATGT 987 Query 885 AACTTCCCTAAATGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAACTCGTCTTTAGTTTC 944 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| Sbjct 988 AACTTCACTAAACGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAACTCATCTTTAGCTTC 1047 Query 945 TGACAAAGACAAAGAGCAGAATACTGGGGTGTTATGTCCATTGTTCATTAAAGACATCTG 1004 |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| Sbjct 1048 TGACAAAGACAAAGAGCAAAATACTCGGGTGTTATGTCCCTTATTCATTAAAGACATCTG 1107 Query 1005 TAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCAGCATATTCCTTCCACGTC 1064 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1108 TAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTAATGCAGCATATTCCTTCCACGTC 1167 Query 1065 TTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGAGCGAAATGGTTTTGGGAATTCTGGCTG 1124 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| || | Sbjct 1168 TTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGGGCGAAATGGTTATGGGAAATCTAGC-G 1226 Query 1125 -TGGTAGACTCCTGGCTAAAAAGAGTAGCTTTAGTAGCACTGCAGACTTATCCTTGTCTG 1183 |||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1227 TTGGTAGTCTCCTGACTAAAATGAGCAGCTGTAGTAGCACTGCGGACTTATCCTTGTCTG 1286 Query 1184 AAGTCTTTTGTTTGACACTCGCCGGCTTTATAGGCCATGGTGATCATGTCTCTAGATATC 1243 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1287 AAGTCTTTTGTTTGACACTCGCCGGCCTTATAGGCCATGGTGATCATGTCTCTAGATATC 1346 Query 1244 TGTGGAAAGATGAGGCGGACAAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAGCATCATATATAAGTG 1303 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1347 TGTGGAAAGATGAGGCGGATGAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAGCATCATATATAAGTG 1406 Query 1304 GAGAGCTTGTGAATGGCATGGATGATAAAGATCTTCCAGTTCTCACATGCTCAGAGCGAA 1363 ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1407 GAGAGCTTGTGAATGACATGGATAATAAAGATCTTCCAGTTCTCACATGCTCAGAGCGAA 1466 Query 1364 TGTGGTATAAGTTGTTGGTTGATGCTCTGCAAGAGAAAAGAGCTATGGAGGCCAAATCAG 1423 ||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1467 TGTGGTATAAGTTGTTGGTCGGTGCTGTGCAAGAGAAAAGAGCTATGGAGGCCAAATCAG 1526 Query 1424 AACTCCAGAATGCATGTTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAATAGTGGTCTCACTGCCC 1483 ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1527 AACTCCAGAGTGCATGCTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAATAGTGGTCTCACTGCCC 1586 Query 1484 AAAAGGCGTTGCAGGGGTTGTTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTGTCAGTATCTAAAATGG 1543 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1587 AAAAGGCGTTGCAGGGGTTATTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTTTCAGTATCTAAAATGG 1646 Query 1544 ATCTTGAGAGGAATAAAAATACTTGGAATGTCTTGAACTTGTCACAAAACTATTGTCTAC 1603 ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1647 ATCTTGAGAGGAATAGAAATGCTTGGAATGTCTTGAACTTGTCGCAAAACTATTGTCTAC 1706 Query 1604 CCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAATCTGGCGTGGCAGATG 1663 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1707 CCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAATCTGGCATGGCAGATG 1766 Query 1664 CTGGATTGAGTGGAACAAACTACAAATTTGGTTTCCAGTTTGGTAGATCTGAATATCTTT 1723 ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| Sbjct 1767 CTGGACTGAGTGGAACAAACTACAAATTTGGATTCCAATTTGGTAGATCTGAATATATTT 1826 Query 1724 CTTCTCAGGATGACACCAGAA--TTCTAGAAACATTATTTCCCTTTCCTACTTTGCTTCC 1781 ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1827 CTTCTCAGGATGACA-CA-AACCTTCTAGAAACATTATTTCCCTTTCCCACTTTGCTTCC 1884 Query 1782 GTCATTACAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCAAAAGAATAGTACACT 1841 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1885 GTCATTCCAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCAAAAGAATAGTACACT 1944 Query 1842 TCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGGCAGAGCCAATGGATACTCGACTTCCCGT 1901 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1945 TCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGGCAGAGCCAATGGATACTCGACTTCCCGT 2004 Query 1902 TGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATCAGGAGGCAGGTGGACTACATTGGCAA 1961 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2005 TGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATAAGGAGGCAGGTGGACTACATTGGCAA 2064 Query 1962 AGTGATTTTGTCAAAACTTATGAATGACTGGAAATTGATGCACGAACTTTCTGTATTGCG 2021 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2065 AGTGATTTTGTCAAAACTAATGAATGACTGGAAATTGATGCACGAACTTGCTGTATTGCG 2124 Query 2022 TGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTTCTGACTGTCATTTTCGA 2081 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2125 CGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTTCTGACTGTCATTTTCGA 2184 Query 2082 TAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACATAATACTTCAGGA 2141 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2185 TAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTTGAACATAATACTTCAGGA 2244 Query 2142 ATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTTTTAAGCAGTCCTGATTCATTGGTGGTATC 2201 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2245 ATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTGTTAAGCAGTCCTGATTCATTGGTGGTATC 2304 Query 2202 TATATCCAGAGAAGACAGAGACAAAGATGATAAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAAC 2261 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2305 TATTTCCAGAGAAGACAGAGACAAAGATGATAAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAAC 2364 Query 2262 TCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTTTGGAATAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATA 2321 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2365 TCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTTTGGAATAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATA 2424 Query 2322 CAAGGTGCCATGGCCGCTTGAGCTTATTGCCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCA 2381 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2425 CAAGGTGCCATGGCCACTTGAGCTTATTGCCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCA 2484 Query 2382 GGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGCGAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAG 2441 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2485 GGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGCGAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAG 2544 Query 2442 GTGGATGTGGAAGGGCAAAGGCTCTGCAACAAAAATTCGCAAGCACCACTGGTTACTGGA 2501 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || Sbjct 2545 GTGGATGTGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAACAAAAATCCGCAAGCACCACTGGTTACTAGA 2604 Query 2502 ACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCA 2561 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2605 ACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCA 2664 Query 2562 CACTGCGTGGCGTGAACTGTGCGAGGCGATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCAT 2621 ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2665 CACTGCGTGGCGTGAACTGTGTGAAGCGATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCAT 2724 Query 2622 ATATGTACATGAGACCTACTTGTTATCGATTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAA 2681 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2725 ATATGTACATGAAACCTACTTGTTATCGATTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAA 2784 Query 2682 GCTGTGGGCAATCATTGCAAGTCGGATCAACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTA 2741 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2785 GCTGTGGGCAATCATCGCAAGTCGGATCAACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTA 2844 Query 2742 CTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGTGA 2801 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2845 CTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTGGAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGCGA 2904 Query 2802 AATGGAAATAGACCGCATCGAGAAACAATTTGAGGACTGTATTGCTTTCCTCCTCAGAGT 2861 ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2905 AATGGAAATAGACCGTATAGAGAAACAATTTGAGGACTGTATTGCTTTCCTTCTCAGAGT 2964 Query 2862 ATTATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAAT 2921 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2965 ATTATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAAT 3024 Query 2922 CAATTACAATTATCACTACATGTCAGACACTGGAAGCTTGATGACTAGTGCTGGAGCAGA 2981 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||| Sbjct 3025 CAATTACAATTATCACTACATGTCAGATACTGGAAGCTTGATGACTACTTCTGGAGCAGA 3084 Query 2982 GACCAACTCATCCAGACCCAAGACTGCCAAATCTGATGTATGAATGGACCGGGAATTTAT 3041 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 3085 GACCAACTCATCCAGACCTTGGACTGCCAAATCTGATGTATGAATGGACCGGGAAATTAT 3144 Query 3042 CGGAAATGTTGGATCGTCGCAAC 3064 || || |||||||| |||||||| Sbjct 3145 CGCAA-TGTTGGATTGTCGCAAC 3166 > AT1G20570.1 | Symbols: | Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component | chr1:7122018-7126559 REVERSE LENGTH=2931 Length=2931 Score = 3205 bits (1735), Expect = 0.0 Identities = 2529/2898 (87%), Gaps = 111/2898 (4%) Strand=Plus/Plus Query 115 CACTCAGAACTGGC-CCTTCCCTCAGTGAGCGTGACTGAATTGGATCTGGTGAGAGG--T 171 ||||||||||| || || ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| | Sbjct 85 CACTCAGAACTAGCTCC-TCCTTCAGTGAGCGTGAATGAATCCCATCTGGTGAAAGGTCT 143 Query 172 C-T---A---TTGCAAGGTCTGTCTAGTCCCTTCCTTTTCTGGGACC-AAACTGG-ACAA 222 | | | ||||||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| || |||| Sbjct 144 CTTACAAGCTTTGCAAGGTTTCTCTAGTCCCTTCATTTTCTGGGACCGAAA--GGAACAA 201 Query 223 ACTTTCCGCGCCAAAAGTCATATACGCGTCTCCCATTTGTCTCACTCAAGCCTTCACGTC 282 ||||||||||| |||||| | ||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 202 ACTTTCCGCGCTAAAAGTGAGATACGAGTTTCTCATTTGTCTCAGTCAAGCCTTCATGTC 261 Query 283 CTTCTCGCTGGATTCTTGTATGCCGCTACTTGTTTGAAGCTCGTGGAGTCTATCGTT-GC 341 |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| | Sbjct 262 CTTCTCGCTGGATTTTTGTATGCTGCTACATGTTTGAAGCTTGTGGAGTCTATTGTTAG- 320 Query 342 TGCCATTAATACCTCTCTCAGCTCTCCTCCTACCTTAATGGCGTTCTCTG-ACTCTGTCT 400 || |||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| || || | |||||| || Sbjct 321 TGGAATTAATGCCTCTCTTAAATCTCCTCCTACTTTAATGGCATTTTC-GAACTCTGCCT 379 Query 401 CCGCATGGCTTGAGAGACTCAGAGATATTGCTTTGAAAGAGGAAGTGATGATCAACAATT 460 | | ||||||||| | || | ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| Sbjct 380 CTGGTTGGCTTGAG-G---CA-A-ATATTGCTTTGAATGAGGAAGTGAAGATCAACGATT 433 Query 461 CTGATATTACTGTTACTCCAACCCTCTTGGGATTGACAAGTTCTTTATCTAGTCTTTGTT 520 || || || ||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||| Sbjct 434 CTAATGTTGCTGTTACTCCAACTCTTTTGGGATTAACTAGTTCTTTATCTAGTCTGTGTT 493 Query 521 CAGGTGCTGAATATCTCTTACAAGTTGTAC-ATGCG-GCGATCCCTCATACGTTTTTTGA 578 ||| ||||||||| || || |||||||||| | | | |||||||||||| ||| |||||| Sbjct 494 CAGATGCTGAATACCTTTTCCAAGTTGTACGA-G-GTGCGATCCCTCATGCGTATTTTGA 551 Query 579 TTCAAGTTCAACTATTTCCGCTGCTGAAATTGCTTTCCATGTTCTTGATTACCTTTACAA 638 || ||||| ||||||| | |||||||||||| | || |||||||||||||||||||| Sbjct 552 GTCGAGTTCGGCTATTTCAACAGCTGAAATTGCTGTGCACGTTCTTGATTACCTTTACAA 611 Query 639 GAAGCTGGATGAAGTATGCCTTGTACAAGGTGGTGA-------G--GTGGAAGGATTTCA 689 || ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||| Sbjct 612 GAGGCTAGATGAAGTATGTCTTGTACAAGGTGGTGAGCTTGTGGCCGTGGAAGGATTTCA 671 Query 690 CATGCTGTTGCAAATGTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATAGAGGGTTTGGATTCATG 749 |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 672 CATGTTATTGCAAATCTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATGTAGAGAGTTTGGATTCATG 731 Query 750 CTTGTTTGAGGGAACACTTGATGATCCTTGTGAAGAGTTGTTTTTTACAGCCAACCAATC 809 |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 732 GTTGTTTGAGGGAACTCTTGATGATCCTTTTGAAGAGTTGTTCTTTACAGCCAACCAATC 791 Query 810 GGTCTCCGTTAACGATGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCAGTTGATGAAGGTGCCCAA 869 |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| Sbjct 792 GGTCTCGGTTAGCGATGCAGAGTTTTGGGAGAAAAGCTATCTGTTGACGAGGGTGCTGGG 851 Query 870 CCCAAAATCAAATGTAACTTCCCTAAATGAAAAGAAAGTAATGAGTGGACATGACGCCAA 929 |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||| |||| Sbjct 852 TCCAAAATCAAATGTAACTTCGCTAAATCAAAAGAAAGGGATGAGTGGAAATGACTCCAA 911 Query 930 CTCGTCTTTAGTTTCTGACAAAGACAAAGAGCAGAATACTGGGGTGTTATGTCCATTGTT 989 | || ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||| |||| Sbjct 912 -T--TC---AGTTTCTGACAAAGACAAAGAGCAGAACAATCGGGTGTTATGCCCACTGTT 965 Query 990 CATTAAAGACATCTGTAAGTCTATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCAGCA 1049 ||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 966 CATAAAAGACATATGTAAGTCGATTGTTTCTGCTGGAAAGTCACTGCAGCTGATGCAGCA 1025 Query 1050 TATTCCTTCCACGTCTTCAGAAAATTCTGGAAAGACTCAGTTCCATGAGCGAAATGGTTT 1109 ||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 1026 TATTCCTTCTACGTCTTCAGAAAATTGTGAAAAGATTCAGTACCATGGGCGAAATGGTTT 1085 Query 1110 TGGGAATTCTGGCTGTGGTAGACTCCTGGCTAAAAAGAGTAGCTTTAGTAGCACTGCAGA 1169 |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||| Sbjct 1086 TGGGAATTCTGGCTGTGGCATACTCCTGGCTGGAAAGAATAGCTTTAGAAGCATTGCAGA 1145 Query 1170 CTTATCCTTGTCTGAAGTCTTTTGTTTGA-CACTCGCCGGCTTTATAGGCCATGGTGATC 1228 |||||||||||||||| | || ||| | | |||| || ||| | |||||||||||||||| Sbjct 1146 CTTATCCTTGTCTGAAATATTCTGTCT-ATCACTTGCTGGCCTCATAGGCCATGGTGATC 1204 Query 1229 ATGTCTCTAGATATCTGTGGAAAGATGAGGCGGACAAGTGGGAGATTTCTCCAACTTTAG 1288 |||| |||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1205 ATGTATCTAGATATCTGTGGAAAGATGAGACAGATGAGTGGGAGATTTCTCCTACTTTAG 1264 Query 1289 CATCATATATAAGTGG-AGAGCTTGTGAATGGCATGGATGATAAAGATCTTCCAGTTCTC 1347 |||||||||||||||| | |||| |||||||||| | | | || | | ||||| Sbjct 1265 CATCATATATAAGTGGTA-AGCTAGTGAATGGCA--CA-GGT---GA---T-C--TTCTC 1311 Query 1348 ACATGCTCAGAGCGAATGTGGTATAAGTTGTTGGTTGATGCTCTGCAAGAGAAAAGAGCT 1407 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| | || Sbjct 1312 ACATACTCAGAGCGAATGTGGTATAAGTTGTTGGTTGGTGCTGTGCAAGAGAAAAAATCT 1371 Query 1408 ATGGAGGCCAAATCAGAACTCCAGAATGCATGTTATGCTACAGGTGTTAAGGATGGAAAT 1467 || || ||||||||||||||||||| | |||||| || ||| ||||||| || | ||| Sbjct 1372 ATAGAAGCCAAATCAGAACTCCAGAGTCCATGTTGTGTTACTTGTGTTAAAGAAGAAAAA 1431 Query 1468 AGTGGTCTCACTGCCCAAAAGGCGTTGCAGGGGTTGTTCTGTAATGAAAACCTTGTTGTG 1527 | || |||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 1432 AATGTTCTCGCTGCCGAAAAGGTGTTGCAGGGGTTGTTTTGTCATGAAAACCTTGTTGTT 1491 Query 1528 TCAGTATCTAAAATGGATCTTGAGAGGAATAAAAATACTTGGAATGTCTTGAACTTGTCA 1587 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| Sbjct 1492 TCAGCATCTAAAATGGATCTTGAGAGGAATAAAAATGCCTGGCATGTCTTGAACTTATCA 1551 Query 1588 CAAAACTATTGTCTACCCTCTCTTAATGATGAGAGTCTGTTGAGTGCTGTTTTTGAAGAA 1647 | |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| | | Sbjct 1552 GAGAACTATTGTCTACCCTCTCTAAATGATAAGAGTTTGTTGAGTGCTGTTTTTGAGGGA 1611 Query 1648 TCTGGCGTGGCAGATGCTGGATTGAGT-GGAACAAACTACAAATTTGGTTTCCAGTTTGG 1706 |||||||| || | | ||| || |||||||||||||||| ||| ||||| || || Sbjct 1612 TCTGGCGTTGC--A-CCAAAATT-TGTCGGAACAAACTACAAATATGGATTCCAATTCGG 1667 Query 1707 TAGATCTGAATATCTTTCTTCTCAGGATGACACCAGAATTCTAGAAACATTATTTCCCTT 1766 |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || Sbjct 1668 TAGATCTGAATATCTTTCTTCTCAAGATGACACCAAAATTCTAGAAACGTTATTTCCTTT 1727 Query 1767 TCCTACTTTGCTTCCGTCATTACAGCCGAAGCTCCATCTGTCAGAATTCTTACCTTTCCA 1826 |||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| Sbjct 1728 TCCTACATTGCTGCCGTCATTCCAGTCGAAGCTCCATATGTCAGAATTCCTACCTTACCA 1787 Query 1827 AAAGAATAGTACACTTCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGTTGCTAAAGG-CAGAGCCAATGG 1885 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||| || Sbjct 1788 AAAGAATAGTACACTTCCTTCAAGAGTTCTCAGCTGGATACT-TAGGACAGAGCCAA-GG 1845 Query 1886 -ATACTCGACTTCCCGTTGTAATTATGCAGGAATGCTTCACAATTTACATCAGGAGGCAG 1944 |||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1846 AATACTCTACTTCCTGTTGTAATAATGCAAGAATGCTTCACAATCAACATCAGGAGGCAG 1905 Query 1945 GTGGACTACATTGGCAAAGTGATTTTGTCAAAACTTATGAATGACTGGAAATTGATGCAC 2004 |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1906 GTGGACAACATTAGCAAAGTGATTTTTTCAAAACTAATGAATGAATGGAAATTGATGCAC 1965 Query 2005 GAACTTTCTGTATTGCGTGCCATTTACTTGCTAGGTTCAGGGGACCTGCTGCAGCATTTT 2064 |||||| | || |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1966 GAACTTGCGGTGTTGCGTGCCATTTATTTGTTAGGTTCAGGGGACCTTCTGCAGCATTTT 2025 Query 2065 CTGACTGTCAT-TTTCGATAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTT 2123 |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2026 TTGACTGTCATATTT-GATAGGCTGGGCAAGGGAGAGTCATCAAATGATGATTTTGAGTT 2084 Query 2124 GAACATAATAC-TTCAGGAATCAATTAGAAATTCAGCTGATGCCATGCTT-TTAAGCAGT 2181 ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| Sbjct 2085 GAACATAAT-CATTCAGGAATCAATTAGAAATTCAGCTGATACCATG-TTGTTAAGCAGT 2142 Query 2182 CCTGATTCATTGGTGGTATCTATATCCAGAGAA---------GACAGAGACAAAGATGAT 2232 |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| Sbjct 2143 CCTGATGCATTGGTGGTATCTATTTCCAGTGAAGGGTGTTTGGACAGAGACAAAGATGAC 2202 Query 2233 AAGGGTGACATAATACCCCTTTCTTCAACTCGTAAAAGCCGCGTTAACAGCTT-TG-GAA 2290 ||||| ||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| || || | | Sbjct 2203 AAGGGCGACGTAAAATCCCTTTCTTCACCTCGTGAAAGCAGCGTTAACA-ATTATGCG-A 2260 Query 2291 TAGATTGTCTCGAGTCTCTCAAATTCACATACAAGGTGCCATGGCCGCTTGAGCTTATTG 2350 ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2261 TAGATTGCCTTGAATCTCTCAAATTCACATACAAGGTGCCGTGGCCGCTTGAGCTTATTG 2320 Query 2351 CCAATAGTGAGGCCATTAAGAAGTATAACCAGGTGATGGGATTTTTGTTGAAGGTCAAGC 2410 | || || |||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2321 CGAACAGCGAGGCCATTAAGAAGTATAACC---------------------AGGTCAAGC 2359 Query 2411 GAGCAAAATATGTGCTTGATAAAGCACGAAGGTGGATGTGGAAGGGCAAAGGCTCTGCAA 2470 |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2360 GAGCAAAATATGTGCTTGATAAGGCACGAAGGTTGATGTGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAA 2419 Query 2471 CAAAAATTCGCAAGCACCACTGGTTACTGGAACAAAAGCTCCTCAACTTTGTGGATGCTT 2530 ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2420 CAAAAATCCGCAAGCACCACTGTTTACTGGAACAAAAGCTCCTCAATTTTGTGGATGCTT 2479 Query 2531 TTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCACACTGCGTGGCGTGAACTGTGCGAGGCGA 2590 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || | Sbjct 2480 TTCATCAATACGTAATGGATAGGGTATATCACACTGCTTGGCGTGAGCTGTGCGAAGCTA 2539 Query 2591 TGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGATGAGGTCATATATGTACATGAGACCTACTTGTTATCGA 2650 ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 2540 TGGTAAAAGCAGGGTCTCTAGATGAGGTCATAGATGTACACGAGACGTACTTGTTATCGA 2599 Query 2651 TTCAGCGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGGGCAATCATTGCAAGTCGGATCA 2710 ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2600 TTCAGAGGCAATGTTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGGGCAATCATCGCAAGTCGGATCA 2659 Query 2711 ACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTACTCAATACAACAGACACTGAGCAGCGGTG 2770 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2660 ACATGATTCTCGGTTTAGCTCTAGAATTCTACTCAATACAACAGACGCTGAGCAGCGGTG 2719 Query 2771 GAGCAGTTTCAGCCATCAAGGCTAGATGTGAAATGGAAATAGACCGCATCGAGAAACAAT 2830 ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2720 GAGCAGTTTCAGCTATCAAGGCTAGATGGGAGATGGAGATAGACCGCATCGAGAAACAAT 2779 Query 2831 TTGAGGACTGTATTGCTTTCCTCCTCAGAGTATT-ATCTTCGAAGCTGAATGTGGGACAC 2889 | ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||||||| Sbjct 2780 TCGAGGACTGTATTGCTTTCCTCCTTAGAGTATTGA-CTTCGAAGAAGAATGTGGGACAC 2838 Query 2890 TTCCCTCATTTGGCTGATTTGGTGACCAGAATCAATTACAATTATCACTACATGTCAGAC 2949 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2839 TTCCCTCATCTGGCTGATTTGGTGACCAGAATCAATTACAATTATCACTACATGTCTGAC 2898 Query 2950 ACTGGAAGCTTGATGACT 2967 |||||||||| ||||||| Sbjct 2899 ACTGGAAGCTCGATGACT 2916 > AT4G12917.1 | Symbols: | other RNA | chr4:7563157-7563847 REVERSE LENGTH=553 Length=553 Score = 132 bits (71), Expect = 2e-29 Identities = 75/77 (97%), Gaps = 0/77 (0%) Strand=Plus/Plus Query 673 GAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAATGTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATA 732 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 333 GAGGTGGAAGGATTTCACATGCTGTTGCAAATGTTTGCTGGAAGTTTATTGCCATATATA 392 Query 733 GAGGGTTTGGATTCATG 749 ||||||| | ||||||| Sbjct 393 GAGGGTTCGTATTCATG 409 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 155316855528 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5