BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg477686
Length=2951
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G04260.1 | Symbols: PTAC3 | plastid transcriptionally active... 4859 0.0
> AT3G04260.1 | Symbols: PTAC3 | plastid transcriptionally active
3 | chr3:1123023-1127515 REVERSE LENGTH=2941
Length=2941
Score = 4859 bits (2631), Expect = 0.0
Identities = 2849/2953 (96%), Gaps = 20/2953 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCACTCTTGTTCCTCAATCCTCCGTTTCCCTCCAATTCAATCCACACAATTCCTCGT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 ATGTCACTCTTGTTCCTCAATCCTCCGTTTCCCTCCAATTCAATCCACCCAATTCCTCGT 60
Query 61 CGCGCCGCCGGATTATCCTCCATTAGGTGCTCAATTTCTGCACCGGAGAAGAAGCCGAGG 120
|| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CGTGCCGCCGGAATATCCTCCATTCGATGCTCAATTTCTGCACCGGAGAAGAAACCGAGG 120
Query 121 AGGAGGAGGAAGCAGAAGCGCGGCGACGGAGCTGAGAATGACTCCTCCTTGTCTTTCGGA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 121 AGGAGGAGGAAGCAGAAGCGCGGCGACGGAGCTGAGAATGACGACTCTTTGTCTTTCGGA 180
Query 181 AGCGGTGAAGCTGTCTCGGCCCTGGAGAGGAGTCTCCGCCTCACTTTTATGGACGAGCTT 240
|| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTGGTGAAGCTGTCTCCGCTCTGGAGAGGAGTCTCCGCCTCACTTTTATGGACGAGCTT 240
Query 241 ATGGAACGAGCTAGAAATCGAGATACTTCAGGTGTATCTGAGGTTATCTATGACATGATT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATGGAACGAGCTAGAAATCGAGATACTTCAGGTGTTTCTGAGGTTATCTATGACATGATT 300
Query 301 GCTGCTGGGCTAAGCCCTGGCCCTCGTTCTTTCCATGGTTTGGTTGTAGCTCACGCGCTT 360
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GCTGCTGGGCTTAGCCCTGGACCTCGTTCTTTCCATGGTTTGGTTGTAGCTCACGCGCTT 360
Query 361 AACGGCGACGAACAAGGCGCGATGCACTCGTTGAGAAAGGAGCTAGGTGCAGGCCAACGT 420
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AACGGCGACGAACAAGGCGCGATGCACTCGCTGAGAAAGGAGCTAGGTGCAGGCCAACGT 420
Query 421 CCGCTTCCTGAAACTATGATTGCTTTGGTTCGACTCTCGGGTTCGAAAGGAAATGCTACA 480
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 421 CCGCTTCCTGAGACTATGATTGCTTTGGTTCGTCTCTCTGGTTCGAAAGGGAATGCTACG 480
Query 481 AGAGGCTTAGAAATTCTCGCCGCTATGGAAAAGCTTAACTATGACATTCGTCAAGCTTGG 540
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGAGGCCTAGAAATCCTCGCCGCTATGGAAAAGCTTAAGTATGACATTCGTCAAGCTTGG 540
Query 541 CTCATTCTTGTTGAGGAGCTCATGAGGATCAATCACTTGGAAGATGCGAATAAAGTTTTC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTCATTCTTGTTGAGGAGCTCATGAGGATCAATCACTTGGAAGATGCGAATAAAGTTTTC 600
Query 601 TTGAAGGGTGCTAGAGGTGGGATGAGAGCAACAGATCAGCTTTATGATCTGATGATTGAA 660
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 601 TTGAAGGGTGCAAGAGGTGGGATGAGAGCAACAGATCAGCTTTATGATTTGATGATTGAA 660
Query 661 GAAGATTGCAAAGCGGGAGATCACTCTAATGCCTTAGACATCTCTTACGAAATGGAGGCA 720
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAAGATTGCAAAGCTGGAGATCATTCTAATGCCTTAGACATCTCTTACGAAATGGAGGCA 720
Query 721 GCTGGTAGAATGGCGACAACATTTCATTTCAATTGTCTTCTTAGTGTGCAGGCTACATGT 780
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 GCTGGTAGAATGGCCACAACATTTCATTTCAACTGTCTTCTTAGTGTGCAGGCTACATGT 780
Query 781 GGGATTCCCGAGGTTGCTTATGCTACATTCGAAAATATGGAGTACGGTGAAGGTTTATTT 840
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 781 GGGATTCCCGAGGTAGCTTATGCTACATTCGAAAATATGGAGTACGGTGAA-G--TATTT 837
Query 841 ATGAAGCCTGACACTGAGACATATAACTGGGTGATTCAAGCCTACACTAGAGCCGAGTCG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 ATGAAGCCTGACACTGAGACATATAACTGGGTGATTCAAGCCTACACTAGAGCCGAGTCA 897
Query 901 TATGATAGGGTTCAGGATGTTGCTGAATTACTTGGAATGATGGTTGAGGACCACAAACGT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TATGATAGGGTTCAGGATGTTGCTGAATTACTTGGAATGATGGTTGAGGACCACAAACGT 957
Query 961 GTGCAGCCAAATGTGAAGACTTATGCGCTCTTAGTTGAGTGCTTCACGAAATATTGTGTT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 958 GTGCAGCCAAATGTGAAGACTTATGCGCTCTTAGTTGAGTGCTTCACCAAATATTGTGTC 1017
Query 1021 GTGAAGGAAGCGATTAGACATTTTCGTGCACTTAAAAACTTTGAAGGAGGAACAACAATT 1080
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1018 GTGAAGGAAGCGATTAGACATTTTCGTGCTCTTAAAAACTTTGAAGGAGGAACAGTAATT 1077
Query 1081 TTACACAATGCAGGGAAATTTGAGGATCCTCTCTCTTTGTATCTCAGGGCTTTGTGTCGA 1140
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TTACACAATGCAGGGAATTTTGAGGATCCTCTCTCTTTGTATCTCAGGGCTTTGTGTCGA 1137
Query 1141 GAAGGAAGAATTGTTGAGCTTATTGATGCTTTAGATGCAATGCGCAAAGATAGCCAACCT 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1138 GAAGGAAGAATTGTTGAGCTTATTGATGCTTTAGATGCAATGCGCAAAGATAACCAACCT 1197
Query 1201 ATACCTCCAAGAGCCATGATTATGAGCAGAAAGTATCGGACACTAGTCAGCTCATGGATT 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ATACCTCCAAGAGCCATGATTATGAGCAGAAAGTATCGAACACTAGTCAGCTCATGGATT 1257
Query 1261 GAACCATTGCAAGAAGAAGCTGAACTTGGCTATGAGATTGATTATGTAGCGAGGTACATA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1258 GAACCATTGCAAGAAGAAGCTGAACTTGGCTATGAGATTGATTATTTAGCGAGGTACATA 1317
Query 1321 GAGGAAGGGGGACTTACTGGTGAGCGCAAGCGTTGGGTACCTCGAAGAGGGAAAACTCCT 1380
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GAGGAAGGGGGACTTACTGGTGAACGCAAGCGTTGGGTACCTCGAAGAGGGAAAACTCCT 1377
Query 1381 TTAGATCCTGATGCTTCTGGTTTTATATACTCAAACCCTATTGAGACATCCTTTAAACAG 1440
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1378 TTAGATCCCGATGCTTCTGGTTTTATATACTCAAACCCTATTGAAACATCCTTTAAACAG 1437
Query 1441 AGATGCCTTGAAGATTGGAAAATTCACCATAGGAAGCTCTTGAGAACCTTACAGAGTGAA 1500
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AGATGCCTTGAAGATTGGAAAGTTCACCATAGGAAGCTCTTGAGAACCTTACAGAGTGAA 1497
Query 1501 GGTCTTCCAGTTCTAGGAGATGCATCAGAATCTGATTACATGAGAGTGATGGAGAGATTA 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1498 GGTCTTCCAGTTCTAGGAGATGCATCAGAATCTGATTACATGAGAGTGGTGGAGAGATTA 1557
Query 1561 CGGAACATAATAAAAGGTCCTGCACAGAATCTTTTGAAGCCGAAAGCAGCAAGCAAGATG 1620
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CGGAACATAATAAAAGGTCCTGCACTGAATCTTTTGAAGCCGAAAGCAGCAAGCAAGATG 1617
Query 1621 GTTGTATCAGAGTTAAAGGAAGAACTCGAAGCTCAGGGTTTGCCAATTGATGGAACAAGA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 GTTGTATCAGAGTTAAAGGAAGAACTCGAAGCTCAGGGTTTGCCAATTGATGGAACAAGA 1677
Query 1681 AATGTGCTTTACCAGCGTGTCCAAAAAGCAAGGAGAATAAACAAATCTCGAGGTCGACCT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AATGTGCTTTACCAGCGTGTCCAAAAAGCAAGGAGAATAAACAAATCTCGAGGTCGACCT 1737
Query 1741 CTTTGGGTTCCTCCAATTGAAGAAGAAGAGGAGGAGGTCGATGAAGAAGTAGACGATTTA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 CTTTGGGTTCCTCCAATTGAAGAAGAAGAGGAGGAGGTCGATGAAGAAGTAGACGATTTA 1797
Query 1801 ATATGTCGAATCAAGCTACATGAAGGAGACACAGAGTTCTGGAAACGTCGGTTTCTTGGA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 ATATGTCGAATCAAGCTACATGAAGGAGACACAGAGTTCTGGAAACGTCGGTTTCTTGGA 1857
Query 1861 GAAGGCTTGATTGAAACTTCAGTTGAATCCAAGGAAACGACTGAATCAGTGGTTACAGGT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GAAGGCTTGATTGAAACTTCAGTTGAATCCAAGGAAACGACTGAATCAGTGGTTACAGGT 1917
Query 1921 GAGTCGGAGAAAGCGATTGAAGATATTTCAAAAGAAGCTGACAatgatgaggatgatgat 1980
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1918 GAATCGGAGAAAGCGATTGAAGATATTTCAAAAGAAGCTGACAATGAGGAGGATGATGAT 1977
Query 1981 gaggaggaacaagaaggagatgatgatgaCGACGAAACTGAAGAGGAAGAGGAAGTGGTT 2040
||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||| | ||||||
Sbjct 1978 GAGGAGGAACAAGAAGGAGATGAGGATGATGATGAAAATGAAGAGGAAGA--A-GTGGTT 2034
Query 2041 GTTGCAGAAACAGAGAATCGAGCAGAAGGAGAGGAGTTAGTGAAGAATAAGGCAGCTGAC 2100
||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GTTCCAGAAACTGAGAATCGAGCAGAAGGAGAAGATTTAGTGAAGAATAAGGCAGCTGAC 2094
Query 2101 GCGAAGAAGCATCTTCAAATGATTGGAGTCCAACTCTTGAAAGAATCCGATGAAGCAAAC 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GCGAAGAAGCATCTTCAAATGATTGGAGTCCAACTCTTGAAAGAATCCGATGAAGCAAAC 2154
Query 2161 AGAACAAAGAAACGTGGGAAGAGGGCATCTCGTATGACACTTGAGGATGATGCAGATGAG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 AGAACAAAGAAACGTGGGAAGAGGGCATCTCGTATGACACTTGAGGATGATGCAGATGAG 2214
Query 2221 GATTGGTTCCCAGAGGACCCATTCGAAGCATTCAAAGAAATGAGGGAAAGAAAAGTGTTT 2280
||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 GATTGGTTCCCTGAGGAACCATTTGAAGCATTCAAAGAAATGAGGGAAAGAAAAGTGTTC 2274
Query 2281 GATGTGTCTGACATGTATACAATAGCAGACGTTTGGGGTTGGACATGGGAAAAGGATTTT 2340
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2275 GATGTGGCTGACATGTATACAATAGCAGACGTTTGGGGTTGGACATGGGAGAAGGATTTT 2334
Query 2341 AAGAACAGAACTCCTAGGAAATGGTCACAAGAGTGGGAAGTCGAGTTGGCAATTGTGCTA 2400
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 AAGAACAAAACTCCAAGGAAATGGTCACAAGAGTGGGAAGTCGAGTTGGCAATTGTGCTC 2394
Query 2401 ATGACAAAGGCAAGAGTGATTGAACTGGGTGGAATTCCAACAATTGGTGATTGTGCAGTG 2460
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2395 ATGACAAAGG------TGATTGAATTGGGTGGAATTCCAACGATTGGTGATTGTGCAGTG 2448
Query 2461 ATATTACGAGCTGCTTTAAGAGCTCCCATGCCTTCAGCCTTCTTGAAGATCTTGCAGACG 2520
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 ATATTACGAGCTGCTTTAAGAGCTCCCATGCCTTCAGCCTTCTTGAAGATCTTGCAGACG 2508
Query 2521 ACACACAGTCTTGGCTACTCTTTTGGCAGCCCATTGTACGATGAGATCATCACATTGTGT 2580
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 ACACACAGTCTTGGCTACTCATTTGGCAGCCCGTTGTACGATGAGATCATCACATTGTGT 2568
Query 2581 TTAGACATTGGAGAACTTGATGCAGCCATTGCCATAGTTGCAGATATGGAAACCACAGGG 2640
|| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569 TTGGACCTTGGAGAACTTGATGCAGCCATCGCCATAGTTGCAGATATGGAAACCACAGGG 2628
Query 2641 ATCACTGTCCCTGATCAAACCCTTGACAAGGTCATATCTGCTAGACAATCTAATGAGAAT 2700
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2629 ATCACTGTCCCTGATCAAACCCTTGACAAGGTCATATCTGCTAGACAATCTAATGAGAGT 2688
Query 2701 CCGCGGTCTGAGCCTGAAGAGCCACCATCAACAGTAAGCTCTTAGTTATCATATCTTCCT 2760
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2689 CCGCGGTCTGAGCCTGAAGAGCCAGCATCAACAGTAAGCTCTTAGTTATCATATC--C-T 2745
Query 2761 TCTTCTGCTT-TACTGTGAAG-CTCTCTAAGAAACAGAAATCGGAAGAAGCAGCTGAATC 2818
||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2746 -CTTCTGCTTGT--TGTGAAGTCTCTATAAGAAACAGAAATCGGTAGAAGGAGCTGAATC 2802
Query 2819 CGTCTTAGTTATAAAAGTTTTGTTCATTATAAGTACAAGTCATGTAGTTCCCAGTGTAGA 2878
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2803 TGTCTTAGTTATGAAAGTTTTGTTCATTATAAGTACAAGTCATGTAGTTCCGAGTGTAGA 2862
Query 2879 ACAGTTTTTACTAGTGTTGCACCAGGTCCCTCCAGTTTGATACTTAATTCTTTAGTGTTG 2938
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2863 ACAGTTTTTACTAGTGTTGCACCAGGTCCCTCCAGTCTGATACTTAATTCTTTAGTGTTG 2922
Query 2939 AATCTCTCTATAT 2951
|||| |||||||
Sbjct 2923 GATCTTTCTATAT 2935
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146688141332
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5