BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg477999 Length=2741 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G06810.1 | Symbols: IBR3 | acyl-CoA dehydrogenase-related | ... 4447 0.0 > AT3G06810.1 | Symbols: IBR3 | acyl-CoA dehydrogenase-related | chr3:2146335-2150831 FORWARD LENGTH=2851 Length=2851 Score = 4447 bits (2408), Expect = 0.0 Identities = 2582/2666 (97%), Gaps = 11/2666 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 AAATAAAAGTATCCAAAGGAAAGGTTATGCGACTTACCGTAAATGGAATTATTTGTATGA 60 ||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| Sbjct 55 AAAGAAAATTATCCAAAAGAAAGGTTATGCGACTTTCCGTAAATGGAATTGTTGGTATGA 114 Query 61 ATGCGTGTATTTGTTTGTGTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTGCA--ACTCTG 118 ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | Sbjct 115 ATGCGTGTATTTG--TGTTTTAGAGAGCTATTCTTGTTGATGAATCTCTG-AGGA-GCAG 170 Query 119 AGCGAGATAGA-GAGTGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTGGTGACAC 177 ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 171 AGCGAGATAGAGGAGAGTGAAGGAACATCATGGGAAGCAGCACGGGCGATCTTGTGACAC 230 Query 178 GTGTTCAATCAACTCACCGGTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACG 237 || | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 231 GTATCCAATCAGCTCACCGTTTCGATCACGATGCCTTGTTTCGTTTTGCCGCCGACAACG 290 Query 238 TCTCCGGTTTTCCGACCAACCCAACCCAATTTAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGT 297 |||| || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 291 TCTCTGGCTTTCCGACCAACCCTTCCCAATTCAAAGTCTCACAGTTCGGACATGGGCAGT 350 Query 298 CGAATCCGACGTTTCTGATTGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGA 357 ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 351 CGAATCCAACGTTTCTGATAGAGGTTGGCTCAGGGAGTTCCTTGAAACGATACGTTTTGA 410 Query 358 GGAAGAAGCCTCCTGGGAAGCTCCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATAGAGAGTTTCAGG 417 |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 411 GGAAGAAGCCTCCTGGCAAGCTTCTTCAATCTGCTCATGCTGTTGATCGAGAGTTTCAGG 470 Query 418 TACTTCGGGCTTTAGGTGAACATACAGAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCA 477 | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 471 TGCTTCGGGCTTTAGGTGAACATACACAGGTTCCTGTTCCTAAAGTCTTCTGCTTATGCA 530 Query 478 CTGACCCTACTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTCATGGAAGGACGTATTT 537 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 531 CTGACCCTGCTGTCATTGGGACTGCTTTTTACATTATGGAGTTTATGGAAGGACGTATTT 590 Query 538 TCATTGACCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAAGAGAAATGCGATCTATCGTGCAA 597 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 591 TCATTGATCCAAAGTTGCCGAATGTAGCACCTGAAAGGAGAAATGCGATCTATCGTGCAA 650 Query 598 CCGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAAT 657 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 651 CCGCCAAAGCCTTGGCATCTCTTCACTCTGCTGATGTGGATGCCATTGGTCTTGAGAAAT 710 Query 658 ATGGTCGGCGAGGCAATTACTGCCAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGG 717 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 711 ATGGTCGGCGAGGCAATTACTGCAAAAGACAGATAGATAGGTGGTTCAAACAATATTTGG 770 Query 718 CTTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGT 777 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 771 CTTCAACAAGTGAAGGTAAACCTGAAAGGAATCCAAAGATGTTTGAGCTTGTTGATTGGT 830 Query 778 TACGCAAAAACATCCCCGGGGAAGATTCTACAGGAGCAACTTCAGGCCTTGTCCATGGAG 837 |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 831 TACGCAAAAACATCCCCGCGGAAGATTCAACTGGAGCAACATCAGGCCTTGTCCATGGAG 890 Query 838 ACTTCCGCATTGACAATCTCGTGTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTG 897 |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 891 ACTTTCGCATTGACAATCTCGTTTTTCATCCTTCTGAGGATCGAGTTATTGGAATAATTG 950 Query 898 ACTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGTATGCATT 957 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 951 ACTGGGAATTGTCCACGCTTGGGAACCAAATGTGTGATGTTGCATACAGCTGCATGCATT 1010 Query 958 ACATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTCTTGAAACTACTGGGC 1017 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1011 ACATTGTGAATGTTCAGCTCGATAAGGAGCATGTTAGTGAAGGTTTTGAAACTACTGGGC 1070 Query 1018 TTCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAA 1077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1071 TTCCAGAAGGAATGCTTTCGATGCCAGAATTTCTCTTAGAATACTGTTCTGCATCGGGAA 1130 Query 1078 AACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCTTTATTTCGGGCTGCTT 1137 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1131 AACCATGGCCTGCTGCAAACTGGAAGTTCTACGTAGCGTTCTCCTTATTTCGGGCTGCTT 1190 Query 1138 CAATCTACACAGGGGTGTACAACAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAACGAG 1197 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1191 CAATCTACACAGGGGTGTACAGTAGATGGTTAATGGGGAATGCTTCTGCCGGTGAAAGAG 1250 Query 1198 CTCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCAC 1257 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1251 CGCGAAATACAGGGGTTCAAGCTAATGAGCTTGTAGAGTCTGCCTTGGGTTATATTGCAC 1310 Query 1258 GTGAAAATGTTCTTCCAGGACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACATGTCCT-CGTCGTAT 1316 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||| Sbjct 1311 GTGAAAATGTTCTTCCAGAACACCCTCCATCTGTTCAAAGAGACGTGT-CTCCGTCGTAT 1369 Query 1317 GAAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGG 1376 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1370 GAAAGCCTTGTGGATGGAAGCGGGAGATTCATCCCCAACAGAAAAGTATTGGAGTTAAGG 1429 Query 1377 CAGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCACATCTACCCAATGGAAAAGGAGTTCTCCAAA 1436 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1430 CAGAAGTTGATCAAGTTTATGGAAACTCATATCTACCCAATGGAAAACGAGTTCTCCAAA 1489 Query 1437 CTTGCCCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCC-CGAGGAGGAAAAGTTAAAGGAAAT 1495 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| Sbjct 1490 CTTGCTCAATCAGATATGCGATGGACCGTTCACCCTC-AGGAGGAAAAGTTAAAGGAAAT 1548 Query 1496 GGCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCCAG 1555 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1549 GGCAAAGAGAGAAGGCCTATGGAACTTATTTGTTCCTGTAGATAGTGCTGCTAGAGCTAG 1608 Query 1556 AAGAGAACTGGCGGCTACCGATAATAAACATAATCTCTCGAGCAGGTCTTTTGATCAATT 1615 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1609 AAGAGAACTGGCGGCTACCGAGAATAAACATAACCTCTCGGGCAAGTCTTTTGATCAATT 1668 Query 1616 GTTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTC 1675 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1669 GTTTGGTGAGGGCCTCACGAACCTGGAGTATGGTTACCTTTGTGAGATCATGGGTCGTTC 1728 Query 1676 TGTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGAT 1735 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1729 TGTTTGGGCTCCACAGGTGTTTAACTGTGGTGCACCAGATACTGGAAACATGGAGGTGAT 1788 Query 1736 ACTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAG 1795 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1789 ACTGCGGTATGGTAACAAAGAACAAATTTCTGAATGGCTTATTCCGTTGCTCGAGGGAAG 1848 Query 1796 AATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATAT 1855 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1849 AATTCGTTCTGGATTTGCTATGACTGAGCCACAAGTTGCATCGTCTGATGCAACCAATAT 1908 Query 1856 TGAGTGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGAC 1915 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1909 TGAATGCTCTATCCGAAGACAAGGTGATTCATACGTCATTAATGGCACAAAATGGTGGAC 1968 Query 1916 AAGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGCAAAACTGATTTCAA 1975 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1969 AAGTGGAGCTATGGATCCCAGGTGCAGAGTCCTTATTCTCATGGGAAAAACTGATTTCAA 2028 Query 1976 CGCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCAGACTCCAGGTATACG 2035 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | Sbjct 2029 CGCCCCAAAACATAAGCAGCAGTCTATGATATTAGTGGACATGCGGACTCCAGGTATAAG 2088 Query 2036 TGTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAAT 2095 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2089 TGTGAAGAGGCCTCTCACAGTGTTTGGTTTTGATGACGCACCTCATGGACATGCTGAAAT 2148 Query 2096 TTCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCAAAGAACATTCTTCTTGGAGAAGGCCGAGGATT 2155 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2149 TTCTTTTGAAAATGTGGTTGTCCCGGCGAAGAACATTCTCCTTGGAGAAGGCCGAGGATT 2208 Query 2156 CGAAATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGG 2215 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2209 CGAGATTGCTCAGGGTAGGTTAGGCCCTGGAAGACTGCACCATTGCATGAGACTAATAGG 2268 Query 2216 TGCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTTAGTAGGAAAACTTTTGG 2275 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 2269 TGCAGCAGAGCGTGGAATGGAGCTAATGGCTCAAAGAGCTCTGAGTAGAAAAACTTTTGG 2328 Query 2276 GAAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTTGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCT 2335 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2329 GAAGTTCATTGCGCAGCACGGTTCTTTCGTCTCTGATCTTGCAAAGTTACGGGTAGAGCT 2388 Query 2336 AGAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAA 2395 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2389 AGAAGGAACCCGATTGTTGGTTCTAGAAGCTGCTGATCATCTTGATAAATTTGGAAACAA 2448 Query 2396 AAAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGT 2455 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2449 AAAAGCTCGAGGAATTCTCGCAATGGCCAAGGTTGCAGCTCCAAACATGGCATTGAAGGT 2508 Query 2456 ACTGGACACAGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGC 2515 ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2509 ACTAGACACGGCAATACAAGTTCATGGAGCAGCCGGTGTATCCTCGGACACAGTTTTAGC 2568 Query 2516 ACATCTGTGGGCTACAGCTAGAACATTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCT 2575 ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2569 GCATTTGTGGGCTACAGCTAGAACACTGAGGATTGCTGATGGACCTGATGAGGTTCATCT 2628 Query 2576 TGGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAAAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTCGGATC 2635 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2629 TGGGACCATTGGCAAGTTAGAACTGCAAAGAGCTTCAAAGCTTTAAAGCGTTTTGGGATA 2688 Query 2636 TGCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2661 |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2689 TGCGAATTCGATTCTCAGAATAAGAT 2714 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 136153083302 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5