BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg478143 Length=2890 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G08020.1 | Symbols: | PHD finger family protein | chr3:2557... 4669 0.0 > AT3G08020.1 | Symbols: | PHD finger family protein | chr3:2557437-2561802 REVERSE LENGTH=2924 Length=2924 Score = 4669 bits (2528), Expect = 0.0 Identities = 2804/2928 (96%), Gaps = 55/2928 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 TATCTCTGCGTCCAAACCAAAACTCACAGAGCTCA-CAAAAGAGACGACCC--TTTCTAC 57 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| Sbjct 14 TATCTCTGCGTCCAAACCAAAACTCACAGAGCTCACCAAAAGAGACGACCCTTTTTCTAC 73 Query 58 TACACACACAAACTGCtaattaattcattaatacttata-a-ttatt-acattatcgatc 114 |||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||| Sbjct 74 TACACAAAGAAACTACTGATTAATTCATTAATACTAATAGAGTTATTAACATTACCGATC 133 Query 115 cttatattattattatgaataaattaaattaaaaaaaaaaaaGAGAGAAAGAAGCGATCT 174 |||||||||||| ||| |||| | | | ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 134 CTTATATTATTA-TAT---TAAA-T--A-T-AAAAAAAAAAA-AGAGAAAGAAGCGATCT 183 Query 175 CT-AAAATC-AAATCTCGA-----ttttttttttttCCGTTTGGAGGCGAGAGGAATAA- 226 || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 184 CTAAAAATCAAAATCTCGATTTTTTTTTTTTTTTTTCCGTTTGGAGGCGAGAGGAATAAT 243 Query 227 --TT-TT----T---G---TAT---ATGGCCTTTCACGTAGCTTGCCCAATTACATGTCG 270 || || | | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 244 TTTTGTTGGGGTGAGGATATATGGGATGGCCTTTCACGTAGCTTGTCCAATTACATGTCG 303 Query 271 TCGGATCTGCAATTGCTCCTTAGGGTTTTCTCGGGATCTCCGTGGAGCCAATGCGAAAGA 330 |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 304 TCGGATTTGCCATTGCTCCTTAGGGTTTTCTCGGGATCTCCGTGGAGCCAATGCGAAACA 363 Query 331 GGAGTTTTTGAAAGAGGTTAATCGAGTGGAGGAGTTTCTCAAGGATCCTTG-TGTTTCTT 389 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 364 TAAGTTTTTGAAAGAGGTTATTCGAGTGGAGGAGTTTCTCAAGGATCC-TGCTGTTTCTT 422 Query 390 CTAAGGTTTTTGA-TGGAGGTACCGTTCAGGTTAGGGTTCCTAAGGTTGTTCCTGCTCCT 448 |||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 423 CTAATGTTTTT-ATTGGAGGTACCGTTCAAGTTAGGGTTCCTAAGGTTGTTCCTGCTCCT 481 Query 449 CAGACGGTTTCGATTTTGGGGGTTGGAGATGGTGCTATTGGTTCTGGAGTTGATGAATTG 508 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 482 CAGACGGTTTCGATTTTGGGGGTTGGAGATGGTGCTATTGGTTCTGGTGTTGATGAATTG 541 Query 509 GCGGAGGAAGCTTCGGCTCAGAAGAAACGTGTTGCTCTTCAGAGACAAGCTGCTGTTACG 568 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 542 GCGGAGGAAGCTTCTGCTCAGAAGAAACGTGTTGCTCTTCAGAGACAAGCTGCTGTTACT 601 Query 569 GTTGAAGCTGCTGAGGATTATGCTCGGAGGTTTGAATCTGGGGTCAATGACCTTACCTCA 628 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 602 GTCGAAGCTGCTGAGGATTATGCTCGGAGGTTTGAATCTGGTGTCAATGACCTTACCTCA 661 Query 629 AACGATCATGCTGGTGAAGAAGTAGTTCACTCCGGCATGAATATAATGTGTAGAATGTGC 688 ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 662 AACGATCATGCTGGTGAAGAATTAGGCCACTCCGGCATGAATATAATGTGCAGAATGTGC 721 Query 689 TTTCTAGGAGAAGGTGAAGGAAGTGAGAGAGCAAGGAGGATGCTTTCCTGTAAA-ACCTG 747 || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||| Sbjct 722 TTCCTAGGAGAAGGTGAAGGAAGTGATAGAGCAAGGAGGATGCTTTCTTGTAAAGA-CTG 780 Query 748 TGGAAAGAAGTACCACAAGAATTGTTTAAAGTCTTGGGCTCAACATAGAGATTTATTTCA 807 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TGGAAAGAAGTACCACAAGAATTGTTTAAAGTCTTGGGCTCAACATAGAGATTTATTTCA 840 Query 808 TTGGAGTTCATGGAGTTGTCCCTCTTGCCGGGTTTGTGAGGTCTGCCGTAGAACAGGAGA 867 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 TTGGAGTTCATGGAGTTGTCCCTCTTGCCGGGTTTGTGAGGTCTGCCGTAGAACAGGAGA 900 Query 868 TCCTAACAAATTCATGTTCTGCAAAAGGTGTGATGCTGCTTACCATTGTTATTGCCAACA 927 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 TCCTAACAAGTTCATGTTCTGCAAAAGGTGTGATGCTGCTTACCATTGTTATTGCCAACA 960 Query 928 TCCTCCACACAAGAATGTAAGTTCTGGGCCATATCTCTGCCCAAAGCATACAAGATGCCA 987 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 TCCTCCACACAAGAATGTTAGTTCTGGGCCATATCTCTGCCCAAAGCATACAAGATGCCA 1020 Query 988 CAGCTGTGATTCTACTGTCCCTGGAAATGGCCTAAGTGTCAGGTGGTTTTTATCATATAC 1047 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 CAGCTGTGATTCTACTGTCCCTGGAAATGGCCTGAGTGTCAGGTGGTTTTTATCATATAC 1080 Query 1048 TTGCTGTGATGCTTGTGGCAGATTGTTTGTGAAGGGAAATTATTGCCCTGTATGCTTGAA 1107 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 TTGCTGTGATGCTTGTGGCAGATTGTTTGTTAAGGGAAATTATTGCCCTGTATGCTTGAA 1140 Query 1108 GGTGTATAGGGATTCGGAATCAACCCCAATGGTATGCTGCGATATTTGTCAACGCTGGGT 1167 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 GGTGTATAGGGATTCGGAATCAACCCCAATGGTATGCTGCGATATTTGTCAACGCTGGGT 1200 Query 1168 GCATTGCCATTGCGATGGAATAAGTGATGACAAATATCTGCAGTTTCAAGTTGATGGAAA 1227 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 GCATTGCCATTGTGATGGAATAAGTGATGACAAATATATGCAGTTTCAAGTTGATGGAAA 1260 Query 1228 GCTACAATATAAATGTGCCACATGCCGTGGGGAGTGTTATCAGGTGAAGGATCTTCAGGA 1287 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 GCTACAATATAAATGTGCCACATGCCGTGGGGAGTGTTATCAGGTGAAGGATCTTCAGGA 1320 Query 1288 TGCAGTTCAAGAACTTTGGAAGAAAAAAGATGTGGTGGACAAAGAGTTGATTGCTAGTTT 1347 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 TGCAGTTCAAGAACTTTGGAAGAAAAAAGATGTGGTGGACAAAGAGTTGATTGCTAGTTT 1380 Query 1348 AAGGGCTGCTGCTGGTTTGCCAACAGACGAGGAAATATTTTCGATATTTCCATTTTCAGA 1407 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 AAGGGCTGCTGCTGGTTTGCCAACAGAGGAGGAAATATTTTCGATATTTCCATTTTCAGA 1440 Query 1408 TGATGATGAAAATGGACCCGTATCTGGGCGCTCACTGAAGTTTTCTATTAAAGGTTTGGT 1467 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1441 TGATGAAGAAAATGGACCCGTATCTGGGCGCTCACTGAAGTTTTCGATTAAAGGTTTGGT 1500 Query 1468 GGAAAAATCCCCAAAGAAAAGCAAGGAGTATGGGAAACACTCTTTAAGTAAAAAGCATGC 1527 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1501 GGAAAAATCCCCAAAGAAAAGCAAGGAGTATGGGAAACACTCTTCAAGTAAAAAGCATGC 1560 Query 1528 TAGTAAAAAAGGTAGTCACACTAAGTTAGAGCCTGAACTTCATCAGGAGATTGGATCTGA 1587 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 TAGTAAAAAAGGTAGTCACACTAAGTTGGAGCCTGAAGTTCATCAGGAGATTGGATCTGA 1620 Query 1588 GAGACGCCGACTAGGTGGTGCTAGAATTGATAATGTGGGGTTTCAGATAAACGAACAATC 1647 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1621 GAGACGCCGACTAGGTGGTGTTAGAATTGATAATGTGGGTTTTCAGATAAACGAACAATC 1680 Query 1648 AGACGTTAATTCTTCTGTAGCTGGAATTTGCTCAACACATGAACCTAAGATTGTAAAACA 1707 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 GGACGTTAATTCTTCTGTAGCTGGAATTTGCTCAACACATGAACCTAAGATTGTAAAACA 1740 Query 1708 CAAGAGGGTTGATGATGTTATGGTGACTGATGAAGAAAAGCCGTCAAGGATAGTCAGAAT 1767 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1741 CAAGAGGGTTGATGATGTTATGGTGACTGATGAAGAAAAGCCGTCAAGGATAGTGAGAAT 1800 Query 1768 AAAGTGTAGCAAGCCTCATGATTCTGATAGCGAGGATACCCTAAGGAATGCAGGGGAGGA 1827 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1801 AAAGTGTAGCAAGCCTCATGATTCTGATAGCGAGGATACCCTAAGGAATGCAGGGGAGGA 1860 Query 1828 GAAATCTGTAAAGGCAAAGAAGTTGGTTATTAATCTGGGTGCTAGGAAAATAAATGTCAG 1887 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 AAAATCTGTAAAGGCAAAGAAGTTGGTTATTAATCTGGGTGCTAGGAAAATAAATGTCAG 1920 Query 1888 TGGTTCTTCGAAGTCCAATGTTGTTTCTCATTTATCGAGGGACAAAGATCAGTCCACTTT 1947 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1921 TGGTTCTTCGAAGTCCAATGTTGTTTCTCATTTATCGAGAGACAAAGATCAGTCCACTTT 1980 Query 1948 GGGTGGAGATAAAGTTGATCAGACTGGCGAAGTAAGAACCCTGAAGATCTCTGGAAGGTT 2007 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1981 GGGTGGGGATAAAGTTGATCAGACTGGGGAAGTAAGAACCCTGAAGATCTCTGGAAGGTT 2040 Query 2008 TGGGAAAACTCAATCTGAAGGAAGTAAAGCTACATTTGGGTC-GATCACACAGTTCCCTG 2066 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| Sbjct 2041 TGGGAAAACTCAATCTGAAGGAAGTAAAGCTACATTTGGGTCAG-TCACTCAGTTCCCTG 2099 Query 2067 C---ATCAACAAGTGAAGGAAATCATGTGGATGACAAAACATCCATCTCACCAGCGTTAC 2123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2100 CTGCATCAACAAGTGAAGGAAATCATGTGGATGACAAAACATCCATCTCACCAGCATTAC 2159 Query 2124 AGAAAGAAGCAAGACCTCTGCTGAAATTTAAACTCAGGAAACCTAATTCAGGAGATCAGA 2183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 AGAAAGAAGCAAGACCTCTGCTGAAATTTAAACTCAGGAAACCTAATTCAGGAGATCAGA 2219 Query 2184 CATCTTCGGTTACAACGCAGTCTGAAGATGAAAAACTGAGTTCTGCAAAGGGCCAAAGAT 2243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2220 CATCTTCGGTTACAACGCAGTCTGAAGATGAAAAATTGAGTTCTGCAAAGGGCCAAAGAT 2279 Query 2244 CAAAGAGAAAGAGACCTTCAAGCTTAGTGGACATGGCTTCATTGAAAGAGGACGGTGAAG 2303 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2280 CAAAGAGAAAGAGACCTTCAAGCTTAGTGGACATGGCTTCATTGAAAGAAGACGGTGAAG 2339 Query 2304 CTACAACACATTCTCATCAGGATAGTTCAAGGAATGACGAGATGATGGATGCTAACTGGA 2363 |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2340 CTACAACACATTCTCATCAGGATAATTCAAGGAACGACGAGATGATGGATGCTAACTGGA 2399 Query 2364 TTTTGAAAAAGTTGGGTAAAGATTCAATAGGAAAGAGAGTCGAAGTCCATGGATCTCAAA 2423 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2400 TTTTGAAAAAGTTGGGTAAAGATTCAATAGGAAAGAGAGTCGAAGTCCATGGATCTCAAA 2459 Query 2424 ACTCATGGCATAAGGGAACAGTGACAGACGTTTCTGAAGACACATCCACATTGTCGGTTT 2483 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2460 ACTCATGGCGTAAGGGAACAGTGACAGACGTTTCTGGAGACACATCCACATTGTCGGTTT 2519 Query 2484 CTCTAGATGATGGAAGCATCAAGACATTTGAACTTGGGAAGCACAGTGTCCGCTTCATAC 2543 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2520 CTCTAGATGATGGAAGCATCAAGACATTTGAACTTGGGAAGCACAGTGTCCGCTTCATAC 2579 Query 2544 CGCAAAAGCAAAAGAGGTCGAGGAGCTGATTGGACCATCGAGCAGTGCTTTAGTCACTAA 2603 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2580 CGCAAAAGCAAAAGAGGTCAAGGAGCTGATTGGACCATCGAGCAGCGCTTTAGTCACTAA 2639 Query 2604 CTTTCTGCGTGTGAGCCATGAAGAAGATTTGATTGTTGGGGCATTTCATACT-TTTATAG 2662 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || Sbjct 2640 CTTTCTGCATGCGAGCCATGAAGAAGATTTGATTGTTGGGGCATTTTATACTATTTA-AG 2698 Query 2663 CTCTTTCTGGTGGTAATTATCAGTAAGATGGAAAGTGCCAAACTGTGTAGATATTACTTG 2722 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2699 CTCTTTCTGGTGGTAATTATCAGTAAGATGGAAAGTGCCAAACTGTGTAGATATTACTTG 2758 Query 2723 TGGTATTGAAGGTAGCTATGATCTGGTTAAGACTCGATTGGTCGTTCCCTGTAACTTACT 2782 |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2759 TGGTGTTGAAGGTAGCTATGATCTTGTTAAGACTCGATTGGTCGTTCCCTGTAACTTACT 2818 Query 2783 CACTTGCTAGGTCCGTAGTTTTTGCAGACTCATGTAACAATTTGTTCAAATTCAAGCTTG 2842 ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2819 CACTTCCTAGGTCCATAGTTTTTGCAGACTCATGTAACAATTTGTTCAAATTCAAGCATG 2878 Query 2843 TGAGAAATCTTTGTTACTAGACGGCAAAATATGGTATAAACATATATC 2890 | |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2879 TCAGAAATCT--GTTACTAAATGGCAAAATATGGTATAAACATTTATC 2924 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 143627957809 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5