BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
           33,602 sequences; 51,074,197 total letters



Query= Ahg478143

Length=2890
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  AT3G08020.1 | Symbols:  | PHD finger family protein | chr3:2557...  4669    0.0  


> AT3G08020.1 | Symbols:  | PHD finger family protein | chr3:2557437-2561802 
REVERSE LENGTH=2924
Length=2924

 Score = 4669 bits (2528),  Expect = 0.0
 Identities = 2804/2928 (96%), Gaps = 55/2928 (2%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1     TATCTCTGCGTCCAAACCAAAACTCACAGAGCTCA-CAAAAGAGACGACCC--TTTCTAC  57
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||
Sbjct  14    TATCTCTGCGTCCAAACCAAAACTCACAGAGCTCACCAAAAGAGACGACCCTTTTTCTAC  73

Query  58    TACACACACAAACTGCtaattaattcattaatacttata-a-ttatt-acattatcgatc  114
             |||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||
Sbjct  74    TACACAAAGAAACTACTGATTAATTCATTAATACTAATAGAGTTATTAACATTACCGATC  133

Query  115   cttatattattattatgaataaattaaattaaaaaaaaaaaaGAGAGAAAGAAGCGATCT  174
             |||||||||||| |||   |||| |  | | ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct  134   CTTATATTATTA-TAT---TAAA-T--A-T-AAAAAAAAAAA-AGAGAAAGAAGCGATCT  183

Query  175   CT-AAAATC-AAATCTCGA-----ttttttttttttCCGTTTGGAGGCGAGAGGAATAA-  226
             || |||||| |||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  184   CTAAAAATCAAAATCTCGATTTTTTTTTTTTTTTTTCCGTTTGGAGGCGAGAGGAATAAT  243

Query  227   --TT-TT----T---G---TAT---ATGGCCTTTCACGTAGCTTGCCCAATTACATGTCG  270
               || ||    |   |   |||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  244   TTTTGTTGGGGTGAGGATATATGGGATGGCCTTTCACGTAGCTTGTCCAATTACATGTCG  303

Query  271   TCGGATCTGCAATTGCTCCTTAGGGTTTTCTCGGGATCTCCGTGGAGCCAATGCGAAAGA  330
             |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct  304   TCGGATTTGCCATTGCTCCTTAGGGTTTTCTCGGGATCTCCGTGGAGCCAATGCGAAACA  363

Query  331   GGAGTTTTTGAAAGAGGTTAATCGAGTGGAGGAGTTTCTCAAGGATCCTTG-TGTTTCTT  389
               |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct  364   TAAGTTTTTGAAAGAGGTTATTCGAGTGGAGGAGTTTCTCAAGGATCC-TGCTGTTTCTT  422

Query  390   CTAAGGTTTTTGA-TGGAGGTACCGTTCAGGTTAGGGTTCCTAAGGTTGTTCCTGCTCCT  448
             |||| |||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  423   CTAATGTTTTT-ATTGGAGGTACCGTTCAAGTTAGGGTTCCTAAGGTTGTTCCTGCTCCT  481

Query  449   CAGACGGTTTCGATTTTGGGGGTTGGAGATGGTGCTATTGGTTCTGGAGTTGATGAATTG  508
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  482   CAGACGGTTTCGATTTTGGGGGTTGGAGATGGTGCTATTGGTTCTGGTGTTGATGAATTG  541

Query  509   GCGGAGGAAGCTTCGGCTCAGAAGAAACGTGTTGCTCTTCAGAGACAAGCTGCTGTTACG  568
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  542   GCGGAGGAAGCTTCTGCTCAGAAGAAACGTGTTGCTCTTCAGAGACAAGCTGCTGTTACT  601

Query  569   GTTGAAGCTGCTGAGGATTATGCTCGGAGGTTTGAATCTGGGGTCAATGACCTTACCTCA  628
             || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  602   GTCGAAGCTGCTGAGGATTATGCTCGGAGGTTTGAATCTGGTGTCAATGACCTTACCTCA  661

Query  629   AACGATCATGCTGGTGAAGAAGTAGTTCACTCCGGCATGAATATAATGTGTAGAATGTGC  688
             ||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  662   AACGATCATGCTGGTGAAGAATTAGGCCACTCCGGCATGAATATAATGTGCAGAATGTGC  721

Query  689   TTTCTAGGAGAAGGTGAAGGAAGTGAGAGAGCAAGGAGGATGCTTTCCTGTAAA-ACCTG  747
             || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||
Sbjct  722   TTCCTAGGAGAAGGTGAAGGAAGTGATAGAGCAAGGAGGATGCTTTCTTGTAAAGA-CTG  780

Query  748   TGGAAAGAAGTACCACAAGAATTGTTTAAAGTCTTGGGCTCAACATAGAGATTTATTTCA  807
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  781   TGGAAAGAAGTACCACAAGAATTGTTTAAAGTCTTGGGCTCAACATAGAGATTTATTTCA  840

Query  808   TTGGAGTTCATGGAGTTGTCCCTCTTGCCGGGTTTGTGAGGTCTGCCGTAGAACAGGAGA  867
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  841   TTGGAGTTCATGGAGTTGTCCCTCTTGCCGGGTTTGTGAGGTCTGCCGTAGAACAGGAGA  900

Query  868   TCCTAACAAATTCATGTTCTGCAAAAGGTGTGATGCTGCTTACCATTGTTATTGCCAACA  927
             ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  901   TCCTAACAAGTTCATGTTCTGCAAAAGGTGTGATGCTGCTTACCATTGTTATTGCCAACA  960

Query  928   TCCTCCACACAAGAATGTAAGTTCTGGGCCATATCTCTGCCCAAAGCATACAAGATGCCA  987
             |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  961   TCCTCCACACAAGAATGTTAGTTCTGGGCCATATCTCTGCCCAAAGCATACAAGATGCCA  1020

Query  988   CAGCTGTGATTCTACTGTCCCTGGAAATGGCCTAAGTGTCAGGTGGTTTTTATCATATAC  1047
             ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1021  CAGCTGTGATTCTACTGTCCCTGGAAATGGCCTGAGTGTCAGGTGGTTTTTATCATATAC  1080

Query  1048  TTGCTGTGATGCTTGTGGCAGATTGTTTGTGAAGGGAAATTATTGCCCTGTATGCTTGAA  1107
             |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1081  TTGCTGTGATGCTTGTGGCAGATTGTTTGTTAAGGGAAATTATTGCCCTGTATGCTTGAA  1140

Query  1108  GGTGTATAGGGATTCGGAATCAACCCCAATGGTATGCTGCGATATTTGTCAACGCTGGGT  1167
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1141  GGTGTATAGGGATTCGGAATCAACCCCAATGGTATGCTGCGATATTTGTCAACGCTGGGT  1200

Query  1168  GCATTGCCATTGCGATGGAATAAGTGATGACAAATATCTGCAGTTTCAAGTTGATGGAAA  1227
             |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  1201  GCATTGCCATTGTGATGGAATAAGTGATGACAAATATATGCAGTTTCAAGTTGATGGAAA  1260

Query  1228  GCTACAATATAAATGTGCCACATGCCGTGGGGAGTGTTATCAGGTGAAGGATCTTCAGGA  1287
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1261  GCTACAATATAAATGTGCCACATGCCGTGGGGAGTGTTATCAGGTGAAGGATCTTCAGGA  1320

Query  1288  TGCAGTTCAAGAACTTTGGAAGAAAAAAGATGTGGTGGACAAAGAGTTGATTGCTAGTTT  1347
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1321  TGCAGTTCAAGAACTTTGGAAGAAAAAAGATGTGGTGGACAAAGAGTTGATTGCTAGTTT  1380

Query  1348  AAGGGCTGCTGCTGGTTTGCCAACAGACGAGGAAATATTTTCGATATTTCCATTTTCAGA  1407
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1381  AAGGGCTGCTGCTGGTTTGCCAACAGAGGAGGAAATATTTTCGATATTTCCATTTTCAGA  1440

Query  1408  TGATGATGAAAATGGACCCGTATCTGGGCGCTCACTGAAGTTTTCTATTAAAGGTTTGGT  1467
             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  1441  TGATGAAGAAAATGGACCCGTATCTGGGCGCTCACTGAAGTTTTCGATTAAAGGTTTGGT  1500

Query  1468  GGAAAAATCCCCAAAGAAAAGCAAGGAGTATGGGAAACACTCTTTAAGTAAAAAGCATGC  1527
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  1501  GGAAAAATCCCCAAAGAAAAGCAAGGAGTATGGGAAACACTCTTCAAGTAAAAAGCATGC  1560

Query  1528  TAGTAAAAAAGGTAGTCACACTAAGTTAGAGCCTGAACTTCATCAGGAGATTGGATCTGA  1587
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  1561  TAGTAAAAAAGGTAGTCACACTAAGTTGGAGCCTGAAGTTCATCAGGAGATTGGATCTGA  1620

Query  1588  GAGACGCCGACTAGGTGGTGCTAGAATTGATAATGTGGGGTTTCAGATAAACGAACAATC  1647
             |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  1621  GAGACGCCGACTAGGTGGTGTTAGAATTGATAATGTGGGTTTTCAGATAAACGAACAATC  1680

Query  1648  AGACGTTAATTCTTCTGTAGCTGGAATTTGCTCAACACATGAACCTAAGATTGTAAAACA  1707
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1681  GGACGTTAATTCTTCTGTAGCTGGAATTTGCTCAACACATGAACCTAAGATTGTAAAACA  1740

Query  1708  CAAGAGGGTTGATGATGTTATGGTGACTGATGAAGAAAAGCCGTCAAGGATAGTCAGAAT  1767
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  1741  CAAGAGGGTTGATGATGTTATGGTGACTGATGAAGAAAAGCCGTCAAGGATAGTGAGAAT  1800

Query  1768  AAAGTGTAGCAAGCCTCATGATTCTGATAGCGAGGATACCCTAAGGAATGCAGGGGAGGA  1827
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1801  AAAGTGTAGCAAGCCTCATGATTCTGATAGCGAGGATACCCTAAGGAATGCAGGGGAGGA  1860

Query  1828  GAAATCTGTAAAGGCAAAGAAGTTGGTTATTAATCTGGGTGCTAGGAAAATAAATGTCAG  1887
              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1861  AAAATCTGTAAAGGCAAAGAAGTTGGTTATTAATCTGGGTGCTAGGAAAATAAATGTCAG  1920

Query  1888  TGGTTCTTCGAAGTCCAATGTTGTTTCTCATTTATCGAGGGACAAAGATCAGTCCACTTT  1947
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  1921  TGGTTCTTCGAAGTCCAATGTTGTTTCTCATTTATCGAGAGACAAAGATCAGTCCACTTT  1980

Query  1948  GGGTGGAGATAAAGTTGATCAGACTGGCGAAGTAAGAACCCTGAAGATCTCTGGAAGGTT  2007
             |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1981  GGGTGGGGATAAAGTTGATCAGACTGGGGAAGTAAGAACCCTGAAGATCTCTGGAAGGTT  2040

Query  2008  TGGGAAAACTCAATCTGAAGGAAGTAAAGCTACATTTGGGTC-GATCACACAGTTCCCTG  2066
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||
Sbjct  2041  TGGGAAAACTCAATCTGAAGGAAGTAAAGCTACATTTGGGTCAG-TCACTCAGTTCCCTG  2099

Query  2067  C---ATCAACAAGTGAAGGAAATCATGTGGATGACAAAACATCCATCTCACCAGCGTTAC  2123
             |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  2100  CTGCATCAACAAGTGAAGGAAATCATGTGGATGACAAAACATCCATCTCACCAGCATTAC  2159

Query  2124  AGAAAGAAGCAAGACCTCTGCTGAAATTTAAACTCAGGAAACCTAATTCAGGAGATCAGA  2183
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2160  AGAAAGAAGCAAGACCTCTGCTGAAATTTAAACTCAGGAAACCTAATTCAGGAGATCAGA  2219

Query  2184  CATCTTCGGTTACAACGCAGTCTGAAGATGAAAAACTGAGTTCTGCAAAGGGCCAAAGAT  2243
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2220  CATCTTCGGTTACAACGCAGTCTGAAGATGAAAAATTGAGTTCTGCAAAGGGCCAAAGAT  2279

Query  2244  CAAAGAGAAAGAGACCTTCAAGCTTAGTGGACATGGCTTCATTGAAAGAGGACGGTGAAG  2303
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct  2280  CAAAGAGAAAGAGACCTTCAAGCTTAGTGGACATGGCTTCATTGAAAGAAGACGGTGAAG  2339

Query  2304  CTACAACACATTCTCATCAGGATAGTTCAAGGAATGACGAGATGATGGATGCTAACTGGA  2363
             |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2340  CTACAACACATTCTCATCAGGATAATTCAAGGAACGACGAGATGATGGATGCTAACTGGA  2399

Query  2364  TTTTGAAAAAGTTGGGTAAAGATTCAATAGGAAAGAGAGTCGAAGTCCATGGATCTCAAA  2423
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2400  TTTTGAAAAAGTTGGGTAAAGATTCAATAGGAAAGAGAGTCGAAGTCCATGGATCTCAAA  2459

Query  2424  ACTCATGGCATAAGGGAACAGTGACAGACGTTTCTGAAGACACATCCACATTGTCGGTTT  2483
             ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct  2460  ACTCATGGCGTAAGGGAACAGTGACAGACGTTTCTGGAGACACATCCACATTGTCGGTTT  2519

Query  2484  CTCTAGATGATGGAAGCATCAAGACATTTGAACTTGGGAAGCACAGTGTCCGCTTCATAC  2543
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2520  CTCTAGATGATGGAAGCATCAAGACATTTGAACTTGGGAAGCACAGTGTCCGCTTCATAC  2579

Query  2544  CGCAAAAGCAAAAGAGGTCGAGGAGCTGATTGGACCATCGAGCAGTGCTTTAGTCACTAA  2603
             ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  2580  CGCAAAAGCAAAAGAGGTCAAGGAGCTGATTGGACCATCGAGCAGCGCTTTAGTCACTAA  2639

Query  2604  CTTTCTGCGTGTGAGCCATGAAGAAGATTTGATTGTTGGGGCATTTCATACT-TTTATAG  2662
             |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
Sbjct  2640  CTTTCTGCATGCGAGCCATGAAGAAGATTTGATTGTTGGGGCATTTTATACTATTTA-AG  2698

Query  2663  CTCTTTCTGGTGGTAATTATCAGTAAGATGGAAAGTGCCAAACTGTGTAGATATTACTTG  2722
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2699  CTCTTTCTGGTGGTAATTATCAGTAAGATGGAAAGTGCCAAACTGTGTAGATATTACTTG  2758

Query  2723  TGGTATTGAAGGTAGCTATGATCTGGTTAAGACTCGATTGGTCGTTCCCTGTAACTTACT  2782
             |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2759  TGGTGTTGAAGGTAGCTATGATCTTGTTAAGACTCGATTGGTCGTTCCCTGTAACTTACT  2818

Query  2783  CACTTGCTAGGTCCGTAGTTTTTGCAGACTCATGTAACAATTTGTTCAAATTCAAGCTTG  2842
             ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct  2819  CACTTCCTAGGTCCATAGTTTTTGCAGACTCATGTAACAATTTGTTCAAATTCAAGCATG  2878

Query  2843  TGAGAAATCTTTGTTACTAGACGGCAAAATATGGTATAAACATATATC  2890
             | ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  2879  TCAGAAATCT--GTTACTAAATGGCAAAATATGGTATAAACATTTATC  2924



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 143627957809


  Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
    Posted date:  Sep 25, 2014  6:13 PM
  Number of letters in database: 51,074,197
  Number of sequences in database:  33,602



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5