BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg478409
Length=2317
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G10740.1 | Symbols: ASD1, ARAF1, ARAF, ATASD1 | alpha-L-arab... 3679 0.0
> AT3G10740.1 | Symbols: ASD1, ARAF1, ARAF, ATASD1 | alpha-L-arabinofuranosidase
1 | chr3:3360888-3365414 REVERSE LENGTH=2478
Length=2478
Score = 3679 bits (1992), Expect = 0.0
Identities = 2236/2349 (95%), Gaps = 36/2349 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCAGTAGTCGTCGCTTCTAATCAACATCCACTTCTTCCACGAAAACAAGCAATTCGATCT 60
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 62 TCAGTAGTCGTCGCTTCTAATCAACTTCCACTTCTTCCACGGAAACAAGCAATTCGATCA 121
Query 61 AACGTGAAAGCAATCATTCCAAGA----T-TCTCTTACTCTAAGCAAGCAATATCCAAAC 115
|||||||||||||| ||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 AACGTGAAAGCAAT-ATT-TAAGATTTTTGTCTCATACTCTAAGCAAGCAATATCCAAAT 179
Query 116 AAACATTCTTATACCTCCA------CTCT-TC---TT-C-TCACCCATTTCTTGTCTCGT 163
||||||||||||||||||| |||| || || | ||||||| ||||||||||||
Sbjct 180 AAACATTCTTATACCTCCACTCCTCCTCTGTCTGATTCCTTCACCCAATTCTTGTCTCGT 239
Query 164 TTCCATCAATCCTTTGTCTTTCATTCCACAGATTCTTGGTTTATTTGGATGTGGTGATTA 223
|||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTCCATCAATCCATTGTCTTTGATTCCAGAGGTTCTTGGTTTATTTGGATGTGGTGATTA 299
Query 224 TGGATATGGAGTCTTGGAAGTTGCTCAGAAGTGTTTGCCTACTTTCTTTTCTCCTTGGCT 283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGGATATGGAGTCTTGGAAGTTGCTCAGAAGTGTTTGTGTGCTTTCTTTTCTCCTTGGCT 359
Query 284 CTTGTTTTGTGTATCAAAGCCTTCGTGTTGTTGATGCTCAAGAAGATCCAAAACCAGCCG 343
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 CTTGTTTTGTGTATCAAAGCCTTCGTGTTGTTGATGCTCAAGAAGATCCAAAACCAGCCG 419
Query 344 TGACTTTGCAAGTAGATGCTTCTAATGGAGCTGGACGACCCATTCCTGAAACGCTATTTG 403
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TGACTTTGCAAGTAGATGCTTCTAATGGAGGTGGACGACCCATTCCTGAAACGCTATTTG 479
Query 404 GGATATTCTTCGAGGAGATCAACCATGCTGGTGCCGGTGGATTATGGGCCGAACTTGTTA 463
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GGATTTTCTTCGAGGAGATCAACCATGCTGGTGCCGGTGGATTATGGGCCGAACTTGTTA 539
Query 464 GCAACAGAGGGTTTGAAGCTGGTGGGCAAAACACACCCTCTAATATTTGGCCATGGTCCA 523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GCAACAGAGGGTTTGAAGCTGGTGGGCAAAACACACCCTCTAATATTTGGCCATGGTCCA 599
Query 524 TTGTTGGTGATCATTCATCAATATATGTAGCTACAGACCGTTCATCATGCTTTGAACGGA 583
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 600 TTGTTGGTGATCATTCATCCATATATGTAGCTACAGACCGTTCATCATGTTTTGAACGGA 659
Query 584 ATAAAATCGCATTGAGAATAGATGTACTTTGTGATAGCAAAGGTTGTCCATCGGGAGGTG 643
||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ATAAAATCGCACTGAGAATGGATGTGCTTTGTGATAGCAAAGGTTGTCCATCGGGAGGTG 719
Query 644 TCGGAGTTTATAACCCTGGTTACTGGGGCATGAATATTGAAGAAGGAAAGAAGTACAAGG 703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TCGGAGTTTATAACCCTGGTTACTGGGGCATGAATATTGAAGAAGGAAAGAAGTACAAGG 779
Query 704 TGGCTCTTTATGTGCGTTCAACTGGTGATATCGATGTGTCTGTGTCGTTGACGAGCTCGA 763
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TGGCTCTTTATGTGCGTTCGACTGGTGATATCGATTTGTCTGTGTCGTTGACGAGCTCGA 839
Query 764 ATGGATCACTGACTCTTGCTTCTGAAAAGATCATAGCTTCTGCTTCTGATGTTTCGAAAT 823
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATGGATCACGGACTCTTGCTTCTGAAAAGATCATAGCTTCTGCTTCTGATGTTTCGAAAT 899
Query 824 GGATTAAAAAAGAGGTTCTTTTGGAGGCAAAAA-GTACAGATCCTAGTGCAAGACTCCAG 882
|||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| |||
Sbjct 900 GGATTAAAAAAGAGGTTCTTTTGGAGGCAAAAGCG-ACCGATCCTAGTGCAAGACTTCAG 958
Query 883 TTAACAACAACCAAGAAAGGGTCAATATGGATTGACCAAGTCTCCGCCATGCCAGTGGAT 942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 959 TTAACAACAACCAAGAAAGGGTCAATATGGATTGACCAAGTCTCGGCCATGCCAGTGGAT 1018
Query 943 ACTTACAAGGGACATGGTTTTAGAAACGATCTTTTCCAAATGATGGTCGATATAAAACCC 1002
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1019 ACTCACAAGGGACATGGTTTTAGAAACGATCTTTTCCAAATGATGGCCGATATAAAACCC 1078
Query 1003 CGTTTCATCCGGTTCCCAGGTGGTTGTTTTGTCGAGGGTGAATGGTTAAGTAATGCCTTC 1062
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 CGTTTCATCCGGTTCCCAGGTGGTTGTTTTGTCGAGGGTGAATGGTTAAGTAATGCCTTC 1138
Query 1063 CGATGGAAAGAAACTGTAGGACCTTGGGAAGAGAGACCGGGCCATTTTGGTGATGTTTGG 1122
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CGCTGGAAAGAAACCGTAGGACCTTGGGAAGAGAGACCGGGCCATTTTGGTGATGTTTGG 1198
Query 1123 AAGTATTGGACCGATGATGGCCTTGGCCACTTTGAGTTCTTTCAAATGGCAGAAGACATT 1182
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 AAGTATTGGACCGATGATGGCCTTGGCCACTTTGAGTTCTTTCAAATGGCAGAAGACATC 1258
Query 1183 GGTGCAGCCCCGATATGGGTGTTTAACAACGGGATAAGTCACAATGATGAAGTTGAAACT 1242
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GGTGCAGCCCCGATATGGGTGTTTAACAACGGGATAAGTCACAATGATGAAGTTGAAACT 1318
Query 1243 GCCAGTATCATGCCCTTTGTTCAAGAAGCACTCGACGGTATCGAGTTTGCCCGAGGAGAT 1302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GCCAGTATCATGCCCTTTGTTCAAGAAGCACTCGACGGTATCGAGTTTGCCCGAGGAGAT 1378
Query 1303 GCTAATTCTACATGGGGATCAGTTCGAGCTAAAATGGGACGCCAAGAACCGTTTGAACTG 1362
|| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1379 GCCAATTCTACTTGGGGATCTGTTCGAGCTAAAATGGGACGCCAAGAACCTTTTGAACTT 1438
Query 1363 AAATACGTTGCTATTGGGAATGAAGATTGTGGAAAAACTTACTATAGAGGAAACTATATT 1422
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1439 AAATACGTTGCTATTGGAAATGAAGATTGTGGGAAAACTTACTACAGAGGAAACTACATT 1498
Query 1423 ATGTTCTATAATGCTATCAAAAAAGCCTATCCAGATATCAAAATCATCTCCAACTGCGAT 1482
|||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GTGTTCTATGATGCTATCAAGAAAGCCTATCCAGATATCAAAATCATCTCCAACTGCGAT 1558
Query 1483 GGATCCTCTCATCCGCTCGACCACCCAGCTGATTACTATGACTATCACATTTACACTTCT 1542
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GGATCCTCTCATCCACTCGACCACCCAGCTGATTACTATGACTATCACATTTACACTTCT 1618
Query 1543 GCTAGCAATTTGTTTTCTATGTATCATCAATTTGACCGCACTTCACGCAGTGGTCCAAAG 1602
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1619 GCTAGCAATTTGTTTTCCATGTATCATCAATTTGATCGCACTTCACGCAAAGGTCCAAAG 1678
Query 1603 GCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTGACTGGAAAAGATGCTGGTACGGGAAGCCTTCTCGCC 1662
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1679 GCTTTTGTCAGTGAATATGCTGTTACTGGAAAAGATGCTGGTACAGGAAGCCTTCTTGCC 1738
Query 1663 TCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTGGAAATG 1722
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1739 TCTCTTGCAGAAGCTGCGTTTCTCATTGGTCTTGAAAAGAATAGTGACATTGTTGAAATG 1798
Query 1723 GCAAGTTATGCACCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGATGCAATA 1782
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 GCAAGTTATGCTCCACTCTTTGTGAACACAAATGATAGACGGTGGAACCCTGATGCAATA 1858
Query 1783 GTCTTCAATTCCTCTCATCTATATGGAACTCCAAGCTATTGGGTGCAACGGTTCTTCGCA 1842
|||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 1859 GTCTTCAACTCCTCTCATCTATATGGAACACCTAGCTATTGGGTTCAACGGTTTTTTGCA 1918
Query 1843 GAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCAACTTCTCTTGTC 1902
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1919 GAGTCAAGCGGAGCAACTCTTCTCACTTCAACACTCAAGGGAAACTCTACTTCTCTTGTT 1978
Query 1903 GCATCTGCAATCTCTTGGGAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATTAAGGCTGTAAAC 1962
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1979 GCATCTGCTATCTCTTGGAAAAACAATGGCAAAGATTACATACGCATAAAGGCTGTAAAC 2038
Query 1963 TTCGGAGCTAACTCAGTAAATATGAAAGTGTTGGTAACTGGATTAGACCCGAACGTGATG 2022
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2039 TTCGGAGCTAACTCAGAAAATATGCAAGTGTTGGTAACTGGATTGGACCCGAACGTGATG 2098
Query 2023 AGAGTTACAGGATCAAAGAAGACAGTACTTACATCTACCAATGTGATGGATGAAAATTCC 2082
|||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 AGAGTTTCGGGATCAAAGAAGACAGTACTTACCTCTACCAATGTGATGGATGAAAATTCC 2158
Query 2083 TTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTGCCACATGAAAGCTTGCTAGAGATGGCAGAGGAGGAT 2142
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2159 TTCTCACAGCCAGAGAAGGTTGTACCACATGAAAGCTTGCTAGAGTTGGCAGAGGAGGAT 2218
Query 2143 ATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGCTGAAGGAATCTGCA 2202
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2219 ATGACCGTTGTTCTCCCGCCACATTCCTTTTCTTCATTCGATTTGTTGAAGGAATCTGCA 2278
Query 2203 AAGATTAA-AATGCCAATTTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTACCACTGTGTGAAG 2261
||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 AAGAT-AAGAATGCCAATCTCTGATTCTTCTTCCCATCAGAAAACTACCACTGTGTGAAG 2337
Query 2262 AGAAACAATGACAA-----T-TCA--T-----GTCAAAAGTCTCTTTGTGGTTAAAATCT 2308
|||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2338 AGAAACAATGACAAGGAAGTATCAACTTTCATGTCAAAAGTCTCTTTGTGGTTCAAATCT 2397
Query 2309 AATTACATT 2317
|||||||||
Sbjct 2398 AATTACATT 2406
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115009448595
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5