BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg479081
Length=2669
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G16290.1 | Symbols: EMB2083 | AAA-type ATPase family protein... 4359 0.0
> AT3G16290.1 | Symbols: EMB2083 | AAA-type ATPase family protein
| chr3:5521071-5524995 REVERSE LENGTH=2747
Length=2747
Score = 4359 bits (2360), Expect = 0.0
Identities = 2545/2636 (97%), Gaps = 6/2636 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTTGTCGTTTCCCTCTACATTCGTCACCACCTTCTCAATTCCTTTCACCGGAAAAT 60
|||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTGTCGTTTCCCTCTGCATTCTTCGTCACCTTCTCAATTCCTTTCACCGGAAAAT 60
Query 61 CGTCAGAGATTACCCAGAAATTACCCTTCAATCTCATGCCTAAACAATTCAGCT--G-A- 116
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |
Sbjct 61 CGTCAGAGACTACCCAGAAATTACCCTTCAATCTCATGCCAAAACAATTCAGCTACGAAC 120
Query 117 --TGTTCATGATGATGGTGATGAGAACGAAAAAGTCAAGACAAACCAAGTCAATCTTCTC 174
||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GTTGTCCATGAAGATGGTGATGATAACGACAAAGCCAAGACAAACCAAGTCAATCTTCTC 180
Query 175 GCAATACCAATCACTCTCACTGTAATCTCCGCTTCTCTAGCCCAACCGTCGTTTGCGGCG 234
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 181 GCAATACCAATCACACTCACTATAATCTCCGCTTCTCTAGCCAAACCGTCGTTCGCGGCT 240
Query 235 GCGAAGGTATCGGAGAGAAAGAGAACTCAGAAGAAACCTCAGGAAGCTTTGACACTTGAA 294
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 GCGAAGGTAACGGAGAGAAAGAGAACTCAGAAGAAACCTCAGGAGGCTTTGACACTTGAA 300
Query 295 CAGCTTAAAGCTTGGTCCAAAGATTCACCTGTAGTTTCGAATCGTATACCTTATACTGAC 354
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CAGCTTAAAGCTTGGTCCAAAGATTTACCTGTAGTTTCGAATCGTATACCTTATACTGAC 360
Query 355 ATTTTGAGCTTAAAAGCTGAAGGTAAGCTTAAGCATGTGATAAAGCCTCCTAATTTAAGT 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATTTTGAGCTTAAAAGCTGAAGGTAAGCTTAAGCATGTGATAAAGCCTCCTAATTTAAGT 420
Query 415 TTGAGGCAAAAAGCAGAGCCTGTGTTAGTAGTTTTGGAGGATTCTAGAGTACTGAGGACT 474
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 421 TTGCGGCAAAAGGCAGAGCCTGTGTTAGTAGTTTTGGAGGATTCTAGAGTATTAAGGACT 480
Query 475 GTGTTGCCTTCTTTAGAGGGTAATAAGAGGTTTTGGGAACAATGGGATGAGTTAGGGATT 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTGTTGCCTTCTTTAGAGGGTAATAAGAGGTTTTGGGAACAATGGGATGAGTTAGGGATT 540
Query 535 GATGGACAATGTGTTAATGCTTATACTCCTCCGGTTAAGAGACCTCCTGTGCCGTCTCCT 594
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATGTACAATGTGTTAATGCTTATACTCCTCCGGTTAAGAGACCTCCTGTGCCGTCTCCT 600
Query 595 TATTTAGGGTTTTTGTGGAAAGTCCCTGCTTATATGTTAACATGGGTTAAGCCAAAGAAG 654
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TATTTAGGATTTTTGTGGAAAGTTCCTGCTTATATGTTAACATGGGTTAAGCCAAAGAAG 660
Query 655 GAGTCGAAACGTGCTGCGGAGTtgaagaaaatgagggaggatttcaagaggcagaggaag 714
||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GAGTCTAAACGTGCTGCTGAGTTGAAGAGAATGAGGGAGGATTTCAAGAGGCAGAGGAAG 720
Query 715 gaggagattgagaggatgaaagaggaaagagCGATGATGGAAAAGACTATGAAGGCGCAG 774
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 721 GAGGAGATTGAGACGATGAAAGAGGAAAGAGTGATGATGGAAAAGACAATGAAGGCGCAG 780
Query 775 AAGAAACAACAGGAGAGGAAGAAAAGGAAGGCTGTTAGGAAGAAGAAATATGAGGAGTCT 834
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 781 AAGAAACAACAGGAGAGGAAGAAAAGGAAGGCTGTTAGGAAGAAGAAATACGAGGAGTCT 840
Query 835 TTGCGTGAGGCGAGGAGAAATTATCGAGATATGGCGGATATGTGGGCAAGAATGGCTCAG 894
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 841 CTGCGTGAGGCGAGGAAAAATTATCGAGATATGGCGGATATGTGGGCAAGATTGGCTCAG 900
Query 895 GATCCTAATGTGGCTACAGCTCTTGGGTTGGTGTTCTTTTATATATTTTATCGTGTGGTG 954
||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 901 GATCCTAATGTGGCTACTGCTCTTGGATTGGTATTCTTTTATATATTTTACCGTGTGGTG 960
Query 955 GTGCTCAACTATAGGAAGCAAAAGAAGGATTATGAAGACAGGTTGAAGATTGAGAAGGCG 1014
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GTTCTCAACTATAGGAAGCAAAAGAAGGATTATGAAGACAGGTTGAAGATTGAGAAGGCG 1020
Query 1015 GAAGCAGatgagaggaagaaaatgagggagttagaaagggagatggagggaattgaggaa 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GAAGCAGATGAGAGGAAGAAAATGAGGGAGTTGGAAAGGGAGATGGAGGGAATTGAGGAA 1080
Query 1075 gaggatgaggagcttgaggaagggaCTGGTGAGAAAAATCCATACTTACAGATGGCGATG 1134
|||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAGGATGAGGAGGTTGAGGAAGGTACAGGTGAGAAAAATCCTTACTTACAGATGGCGATG 1140
Query 1135 CAGTTCATGAAATCAGGTGCACGTGTTAGACGAGCATCAAATAAGAGGCTACCGGAGTAT 1194
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 1141 CAGTTCATGAAGTCAGGTGCACGTGTGAGACGAGCATCAAATAAGAGGTTACCTGAGTAT 1200
Query 1195 CTCGAGAGAGGTGTGGATGTGAAATTTACAGATGTTGCTGGACTTGGGAAGATTCGTCTT 1254
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CTTGAGAGAGGTGTGGATGTCAAATTTACAGATGTTGCTGGACTTGGGAAGATTCGTCTT 1260
Query 1255 GAACTTGAGGAAATCGTTAAGTTTTTTACTCATGGAGAGATGTACCGTAGGAGAGGGGTC 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1261 GAACTTGAGGAAATCGTTAAGTTTTTTACTCATGGAGAGATGTACCGCAGGAGAGGGGTC 1320
Query 1315 AAGATTCCAGGTGGTATTCTTTTATGTGGGCCTCCTGGGGTCGGAAAAACTTTACTGGCA 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AAGATTCCAGGTGGTATTCTTTTATGTGGGCCTCCTGGGGTCGGAAAAACTTTACTGGCA 1380
Query 1375 AAAGCTGTAGCTGGTGAAGCAGGAGTCAATTTCTTCTCTATCTCTGCTTCGCAGTTTGTG 1434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1381 AAAGCTGTAGCTGGTGAAGCAGGAGTCAATTTCTTCTCTATCTCTGCTTCTCAGTTTGTG 1440
Query 1435 GAAATATATGTTGGTGTTGGTGCATCTCGTGTCCGAGCATTGTACCAAGAAGCTAGAGAG 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1441 GAAATATATGTTGGTGTTGGTGCATCTCGTGTCCGAGCATTATACCAAGAAGCTAGAGAA 1500
Query 1495 AATGCTCCATCTGTGGTCTTCATTGATGAATTAGATGCTGTTGGAAGGGAGCGTGGGTTA 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AATGCTCCATCTGTGGTCTTCATTGATGAATTGGATGCTGTTGGAAGGGAGCGTGGGTTA 1560
Query 1555 ATAAAGGGTTCTGGAGGACAAGAAAGGGATGCCACTCTTAATCAGCTCCTTGTTTCTTTA 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1561 ATAAAGGGTTCTGGAGGACAAGAAAGGGATGCCACTCTTAATCAGCTACTTGTTTCTTTA 1620
Query 1615 GATGGTTTTGAAGGAAGAGGAGAGGTCATCACCATTGCTTCCACAAACAGACCAGACATT 1674
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GATGGTTTTGAAGGAAGGGGAGAGGTCATCACCATTGCTTCCACAAACAGACCAGACATT 1680
Query 1675 CTCGATCCTGCACTTGTGAGGCCTGGAAGGTTCGACCGCAAAATTTTTATCCCTAAACCT 1734
||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1681 CTCGATCCTGCGCTTGTGAGGCCTGGACGGTTCGACCGCAAAATCTTTATCCCTAAACCT 1740
Query 1735 GGTCTTATTGGACGGATGGAAATTCTGCAGGTTCATGCTCGTAAGAAGCCGATGGCTGAA 1794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GGTCTTATTGGACGGATGGAAATTCTGCAGGTTCATGCTCGTAAGAAGCCGATGGCTGAA 1800
Query 1795 GATTTAGACTATATGGCAGTTGCTAGCATGACAGATGGCATGGTTGGAGCAGAGCTTGCT 1854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GATTTAGACTATATGGCAGTTGCTAGCATGACAGATGGCATGGTTGGAGCAGAGCTTGCT 1860
Query 1855 AATATTGTTGAGATCGCGGCAATTAATATGATGCGTGATGGAAGAACAGAGTTAACAACA 1914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AATATTGTTGAGATCGCGGCAATTAATATGATGCGTGATGGAAGAACAGAGTTAACAACA 1920
Query 1915 GATGATTTGCTTCAAGCTGCACAAATAGAAGAAAGAGGAATGTTAGATAGAAAAGACAGG 1974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GATGATTTGCTTCAAGCTGCACAAATAGAAGAAAGAGGAATGTTAGATAGAAAAGACAGG 1980
Query 1975 AGCTCGGAGATATGGCGACAAGTTGCTATCAATGAAGCTGCCATGGCTGTTGTAGCAGTG 2034
|||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AGCTTGGAGACATGGCGACAAGTTGCGATCAATGAAGCTGCAATGGCTGTTGTAGCAGTG 2040
Query 2035 AACTTTCCTGATCTGAAGAATATAGAATTTCTGACAATCAACCCTAGAGCTGGTAGAGAA 2094
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AACTTTCCTGATATGAAGAATATAGAATTTCTGACAATCAACCCTAGAGCTGGTAGAGAA 2100
Query 2095 TTGGGTTATGTCCGGGTGAAGATGGATCATATCAAATTTAAGGAAGGCATGCTTAGCCGA 2154
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2101 TTGGGTTATGTCCGGGTGAAGATGGATCATATCAAATTTAAGGAAGGCATGCTTAGTCGA 2160
Query 2155 CAATCCATCTTGGATCACATTACTGTTCAGTTAGCACCTCGTGCTGCAGATGAACTATGG 2214
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CAATCCATCTTGGATCACATCACTGTTCAGTTAGCACCCCGTGCTGCAGATGAACTATGG 2220
Query 2215 TACGGTGAGGATCAGTTAAGCACGATATGGGCTGAAACATCAGATAACGCAAGATCAGCT 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TACGGTGAGGATCAGTTAAGCACGATATGGGCTGAAACATCGGATAACGCAAGATCAGCT 2280
Query 2275 GCTCGATCATTGGTTCTTGGTGGTCTTTCTGATAAGCATCATGGCTTGAATAACTTCTGG 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 GCTCGATCATTGGTTCTTGGTGGTCTTTCTGATAAGCATCATGGCTTGAATAACTTCTGG 2340
Query 2335 GTAGCTGATCGAATAAACGATATTGATCTGGAGGCGTTGCGGATATTGAACATGTGTTAC 2394
|||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 GTAGCTGATCGAATTAACGATATTGATGTGGAGGCATTGCGGATATTGAACATGTGTTAC 2400
Query 2395 GAGCGTGCTAAAGAGATTCTTGGACGAAACAGGACGCTCATGGACGAGGTGGTAGAGAAA 2454
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 GAGCGTGCTAAAGAGATTCTTGGAAGAAACAGGACGCTCATGGACGAGGTGGTAGAGAAA 2460
Query 2455 CTGGTTCAAAAGAAAAGTCTTACGAAACAAGAATTCTTCACTCTTGTTGAGCTCTATGGC 2514
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 CTGGTTCAAAAGAAAAGTCTAACGAAACAAGAATTCTTCACTCTTGTTGAGCTCTATGGG 2520
Query 2515 TCTATTAAACCAATGCCACCGAGCATCCTTGAACTAAGGAAGATCAAACGGCTTGAACTC 2574
|| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2521 TCCAGTAAACCAATGCCACCGAGTATCCTTGAACTTAGGAAGATCAAACGGCTTGAGCTA 2580
Query 2575 GAAGAGACGGTGCTGAAACTGGACATGACTACCGCAAAAAACAGTTCATAAGATGA 2630
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2581 GAAGAGATGGTGCTGAAACTGGACATGACTACCGCAAGAAACAGTTCATAAGATGA 2636
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 132541063406
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5