BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480306
Length=5854
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G13370.1 | Symbols: CHR5 | chromatin remodeling 5 | chr2:554... 9221 0.0
AT2G16930.2 | Symbols: | Ribosomal protein L27 family protein ... 111 6e-23
> AT2G13370.1 | Symbols: CHR5 | chromatin remodeling 5 | chr2:5544181-5556464
REVERSE LENGTH=5938
Length=5938
Score = 9221 bits (4993), Expect = 0.0
Identities = 5523/5769 (96%), Gaps = 76/5769 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 146 aaaaaaaCGTTACGAA-TAGAGACAAACCTTTTTCCAGTTTCTG-TTGAATTCGGTTTCG 203
||| |||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 186 AAATAAACGTTACGAATTTCAGAC--TCTTTTTTCCAGTTTCTGTTTGAATTCGATTTCG 243
Query 204 AAGGATTAGATTATCCGTTCTATTGAGACGTTAGAAG-ATTGTGGCTGTCGTTGACTGCA 262
|||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 244 AAGGATTAGATTCTCCGTTCTACTGAGACGTTAGAAGAATTGTGGCTGTTGTCGACTGCA 303
Query 263 AGAGAGAGCGCTTACTTTGATTGCTGTTTTCATGTGACAAGATGGCTTTCTTTAGGAACT 322
|| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 304 AG-GAGAGCGCTTACTTTAATTGCTGATTTCATGAGACGAGATGGCTTTCTTTAGGAACT 362
Query 323 ACTCAAACGATACTGTTTCACATAATGTTCTTGATGAAAATGAGGAGCGGCAAAATGCTG 382
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 ACTCAAACGATACTGTGTCACATAATGTTCTTGATGAAAATGAGGAGCGGCAAAATGCTG 422
Query 383 CTACTTTTCAGAGTTCACCTTTGAATGAAGATGTGGATGGTACTTATAGTGAAAGAGGCT 442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 CTACTTTTCAGAGTTCACCTTTGAATGAAGATGTGGATGGTACTTATAGTGAAAGAGGCT 482
Query 443 TTGACATGAACATGGACGTACAGTATCAAAGTGACCCAGAACCAGGATGTAGTATTAGGC 502
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TTGACATGAACATGGACGTACAGTATCAAAGTGACCCAGAACCAGGATGTAGTATTAGGC 542
Query 503 AGCAAAATGAGCCAGCAATTGATAATGTAGCTGGTCCTGTGGATTCCCATTATCAACCTT 562
||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 543 AGCCAAATGAGACAGCAGTTGATAATGTAGCTGATCCTGTGGATTCCCATTATCAATCTT 602
Query 563 CGACAAGGAGATTGGGTGTAACTGGGAGGTGGGGTTCCACATTTTGGAAAGACTGTCAGC 622
|||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 603 CGACAAAGAGATTGGGTGTAACTGGTAGATGGGGTTCCACATTTTGGAAAGATTGTCAGC 662
Query 623 CAATGGGACAGAGAGAGGGCTCTGATCCTGCCAAAGATTCACAATCCGGTTACAAAGAAG 682
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 CAATGGGACAAAGAGAGGGTTCTGATCCTGCCAAAGATTCACAATCCGGTTACAAAGAAG 722
Query 683 CATATCATTCTGAAGATAATCTCTCAAATGACCAGAGTGAAAAGTTAGATTCTGAAAATG 742
|||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 CATATCATAGTGAAGATAATCACTCAAATGACCGGAGTGAAAAGTTAGATTCTGAAAATG 782
Query 743 --AA--AT--TGAAAATGAGGA-GA--ATAATGAAATGAACAAGCATCAAAGTGGCCAAG 793
|| || |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 783 AAAATGATAATGAAAATGAGGAGGAGGATAATGAAATGAACAAGCATCAAAGTGGTCAAG 842
Query 794 CTGATGTCCCAGCAGATGAAATGTTGTCTGATGAATATTATGAACAAGATGAAGATAATC 853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 CTGATGTCCCAGCAGATGAAATGTTGTCTGATGAATATTATGAACAAGATGAAGATAATC 902
Query 854 AAAGTGACCATGTGCACTACAAAGGGTATAGTAATCCTACAAATTCTAGATCACTGCCGA 913
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 903 AAAGCGACCATGTGCACTACAAAGGGTATAGTAATCCTACAAATTCTAGATCACTGCCAA 962
Query 914 AGGCAGGATCTGCTACCCATAGCAACTCAAGGGCCTCAAGAGCAATTCACAAAAACATTC 973
|||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 AGGCAGGATCTGCTGTCCATAGCAACTCAAGGACTTCAAGAGCAATTCACAAAAACATTC 1022
Query 974 ACTTTAGTGATAGTAATCATGGCCACAATGGTGATGCTGATATGGACTATGAAGAGGAGG 1033
||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 ACTATAGTGATAGTAATCATGACCACAATGGGGATGCTGATATGGACTATGAAGAGGAGG 1082
Query 1034 AAGATGAGGATGACCCCGAAGATGCTGACTTTGAGCCCTATGATGATGCTGTTGATGATG 1093
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||
Sbjct 1083 AAGATGAGGATGACCCTGAAGATGCTGACTTTGAGCCC--T-ATGATGCTGCTGATGATG 1139
Query 1094 GTGGTGCAAGGAAAAAGCATGGCCAAGGTTGGGACGTTTCTGATGAAGATCCTGAGAGTG 1153
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1140 GTGGTGCAAGTAAAAAGCATGGCCAAGGTTGGGACGTTTCTGATGAAGACCCTGAGAGTG 1199
Query 1154 ATGATGATATCGATCTATCCGATTACGAGGATGACTATGGCATaaaaaaaCCCAA-G--A 1210
|||| || || ||||| |||||||||||||| ||||| || | |||||| ||||| | |
Sbjct 1200 ATGAAGAAATTGATCTTTCCGATTACGAGGACGACTACGGAACAAAAAAGCCCAAGGTTA 1259
Query 1211 GGCAACAAAGTAAAGGTTTCCGGAAATCAAGCACTGGACTCGAACGAAAATCATTCCATA 1270
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GGCAACAAAGTAAAGGTTTCCGGAAATCAAGCGCTGGACTCGAACGAAAATCATTCCATG 1319
Query 1271 CTTCTAGTCGACAAAAGAGGAAAACATCATATCAAGATGACGGCTCGGAGGAGGACTCTG 1330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||
Sbjct 1320 TTTCTAGTCGACAAAAGAGGAAAACATCATATCAAGATGACGACTCAGAGGAAGACTCTG 1379
Query 1331 ACAATGACAATGATGAGGGTTTTAGAAGCCTGGCTAGAAGAGGCACAACTCTCCGACAAA 1390
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AAAATGACAATGATGAGGGTTTTAGAAGCCTGGCCAGAAGAGGCACAACTCTCCGACAAA 1439
Query 1391 ACAATGGAAGGTCAACCAATAACATAGGACAGAGTAGTGAAGTTCGCAGCTCCACCCGAT 1450
||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 ACAATGGAAGGTCCACCAATACCATAGGACAGAGTAGTGAAGTTCGCAGCTCCACCCGAT 1499
Query 1451 CAGTTCGTAAAGTCTCTTATGTAGAGAGTGAAGACAGTGAAGATATAGATGATGGGAGAA 1510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1500 CAGTTCGTAAAGTCTCTTATGTAGAGAGTGAAGACAGTGAAGATATAGATGATGGGAAAA 1559
Query 1511 ATCGTAAAACCCAAAAGGATGACATTGAAGAGGAGGATGCTGATGTTATTGAAAAAGTGC 1570
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 ATCGTAAAAACCAAAAGGATGACATTGAAGAGGAGGATGCTGATGTTATTGAAAAAGTGC 1619
Query 1571 TCTGGCATCAGCTGAAGGGTATGGGTGAAGATGCTCACACAAATAACAAATCAACAGTTC 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCTGGCATCAGCTGAAGGGTATGGGTGAAGATGTTCAGACAAATAACAAATCAACAGTTC 1679
Query 1631 CTGTTCTAGTAAGCCAACTGTTTGATACTGAGCCAGATTGGAATGAAATGGAATTCCTTA 1690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CTGTTCTAGTAAGCCAACTGTTTGATACTGAGCCAGATTGGAATGAAATGGAATTCCTTA 1739
Query 1691 TAAAATGGAAAGGCCAATCACACTTGCATTGTCAGTGGAAAACGTTGAGTGATCTCCAAA 1750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 TAAAATGGAAAGGCCAATCACACTTGCATTGTCAGTGGAAAACGTTGAGTGATCTCCAAA 1799
Query 1751 ATCTTAGTGGGTTCAAGAAGGTTCTTAATTATACGAAGAAAGTGACGGAGGAGATTAGGT 1810
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ATCTTAGTGGATTCAAGAAGGTTCTTAACTATACAAAGAAAGTGACGGAGGAGATTAGGT 1859
Query 1811 ACAGGACAGCACTCTCGCGAGAGGAGATTGAGGTCAATGATGTGAGCAAAGAAATGGATC 1870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 ACAGGACAGCACTCTCGCGAGAGGAGATTGAGGTCAACGATGTGAGCAAAGAAATGGATC 1919
Query 1871 TGGACATCATTAAGCAGAATAGTCAGGTAGAAAGAATAATTGCAGATCGAATAAGCAAAG 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TGGACATCATTAAGCAGAATAGTCAGGTAGAAAGAATAATTGCAGATCGAATAAGCAAAG 1979
Query 1931 ATGGTTTAGGTGATGTTGTGCCAGAGTATCTAGTTAAGTGGCAAGGGCTATCTTATGCTG 1990
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 ATGGTTTAGGTGATGTTGTACCAGAGTATCTAGTAAAGTGGCAAGGGCTATCTTATGCTG 2039
Query 1991 AAGCAACTTGGGAGAAGGATGTCGATATAGCATTTGCACAAGTTGCTATTGATGAGTACA 2050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AAGCAACTTGGGAGAAGGATGTCGATATAGCATTTGCACAAGTTGCTATTGATGAGTACA 2099
Query 2051 AGGCTCGTGAAGTTTCAATTGCAGTGCAAGGGAAAATGGTGGAACAGCAGCGTACAAAAG 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AGGCTCGTGAAGTTTCAATTGCAGTGCAAGGGAAAATGGTGGAACAGCAGCGTACAAAAG 2159
Query 2111 GAAAAGCAAGCTTGAGGAAGCTTGACGAGCAGCCTGAGTGGCTAAGTGGAGGTACGCTAC 2170
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2160 GAAAAGCGAGCTTGAGGAAGCTTGACGAGCAGCCTGAGTGGCTAATTGGAGGTACACTAC 2219
Query 2171 GGGACTATCAGCTGGAGGGTTTGAATTTTCTTGTCAACAGCTGGCTTAATGATACTAATG 2230
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 GTGACTATCAGCTGGAGGGTTTGAATTTTCTTGTCAACAGCTGGCTTAATGATACTAATG 2279
Query 2231 TCATTTTGGCTGATGAAATGGGTCTTGGTAAAACTGTTCAGTCAGTTTCAATGCTTGGGT 2290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 TCATTTTGGCTGATGAAATGGGTCTTGGTAAAACTGTTCAGTCAGTTTCAATGCTTGGGT 2339
Query 2291 TTTTGCAGAATACCCAACAAATTCCTGGTCCATTTCTTGTTGTTGTGCCTTTGTCAACAT 2350
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 TTTTGCAGAATACCCAACAAATTCCTGGTCCTTTTCTTGTTGTTGTGCCTTTGTCAACAC 2399
Query 2351 TAGCTAATTGGGCTAAAGAATTTAGAAAGTGGCTTCCCGGCATGAATATAATAGTATATG 2410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TAGCTAATTGGGCTAAAGAATTTAGAAAGTGGCTTCCCGGCATGAATATAATAGTATATG 2459
Query 2411 TTGGCACCCGGGCTAGTCGAGAGGTATGTCAGCAATACGAATTTTACAATGAAAAGAAAG 2470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TTGGCACCCGGGCTAGTCGAGAGGTATGTCAGCAATACGAATTTTACAATGAAAAGAAAG 2519
Query 2471 TAGGCAGGCCCATAAAATTCAATGCACTTTTGACTACTTATGAAGTAGTTC-TGAAGGAT 2529
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2520 TAGGCCGGCCCATAAAATTCAATGCACTTTTGACTACTTATGAAGTAG-TCTTGAAGGAT 2578
Query 2530 AAAGCTGTCCTCTCCAAGATTAAGTGGATTTACTTAATGGTGGATGAAGCACATCGACTG 2589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AAAGCTGTCCTCTCCAAGATTAAGTGGATTTACTTAATGGTGGATGAAGCACATCGACTG 2638
Query 2590 AAAAATAGTGAGGCACAGCTCTACACAGCTCTTTTGGAATTTAGCACGAAGAACAAATTG 2649
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 AAAAATAGTGAGGCACAGCTCTACACAGCTCTTTTGGAATTTAGCACGAAGAACAAATTG 2698
Query 2650 CTTATTACTGGTACTCCACTACAGAATAGTGTCGAAGAGCTTTGGGCTCTGCTCCACTTT 2709
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 CTTATTACTGGTACTCCACTACAGAATAGTGTCGAAGAGCTTTGGGCTCTGCTCCACTTT 2758
Query 2710 CTTGATCCTGGAAAGTTTAAGAATAAGGATGAGTTCGTTGAAAACTACAAGAACCTTAGC 2769
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 CTTGATCCTGGCAAGTTTAAGAATAAGGATGAGTTCGTTGAAAACTACAAGAACCTTAGC 2818
Query 2770 TCATTTAATGAATCTGAGCTCGCCAACCTTCATTTAGAGTTGAGACCCCATATTCTACGA 2829
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 TCATTCAATGAATCTGAGCTCGCCAACCTGCATTTAGAATTGAGACCCCATATTCTACGA 2878
Query 2830 CGAGTGATTAAAGATGTTGAAAAGTCGTTGCCTCCAAAAATCGAGCGTATACTAAGAGTT 2889
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2879 CGAGTGATTAAAGATGTTGAAAAGTCGTTGCCTCCAAAAATCGAGCGTATACTAAGAGTT 2938
Query 2890 GAGATGTCCCCTCTTCAGAAACAGTACTACAAATGGATACTGGAGCGCAACTTCCATGAT 2949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 GAGATGTCCCCTCTTCAGAAACAGTACTACAAATGGATACTGGAGCGCAACTTCCATGAT 2998
Query 2950 TTAAATAAAGGGGTGCGCGGTAATCAGGTTTCACTTTTAAACATTGTGGTGGAGTTGAAG 3009
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2999 TTAAATAAAGGGGTGCGGGGTAATCAGGTTTCACTTTTAAACATCGTGGTGGAGTTGAAG 3058
Query 3010 AAATGCTGCAATCATCCTTTCTTATTTGAAAGCGCAGACCATGGATATGGGGGTGACATA 3069
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 AAATGCTGCAATCATCCTTTCTTATTTGAAAGTGCAGACCATGGATATGGGGGTGACATA 3118
Query 3070 AACGATAACTCTAAGCTGGATAAAATCATTCTAAGCAGCGGAAAGTTAGTTATCCTAGAC 3129
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 3119 AACGATAACTCTAAGCTGGATAAAATTATTCTAAGTAGCGGAAAGCTAGTTATTCTAGAC 3178
Query 3130 AAGCTACTGGTTAGACTGCGTGAGACTAAGCATCGTGTGCTTATCTTTTCTCAGATGGTA 3189
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3179 AAGCTACTGGTTAGACTGCGTGAGACTAAGCATCGTGTGCTTATCTTTTCTCAGATGGTA 3238
Query 3190 AGAATGTTAGATATCCTGGCAGAATACTTGTCTCTTAGGGGTTTCCAGTTCCAGAGACTG 3249
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3239 AGAATGTTAGATATCCTGGCAGAATACCTGTCTCTTAGAGGTTTCCAGTTCCAGAGACTG 3298
Query 3250 GATGGTAGTACTAAGGCAGAACTGCGTCAGCAGGCAATGGATCATTTTAATGCACCTGCT 3309
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3299 GATGGTAGTACTAAGGCAGAACTGCGTCAGCAAGCAATGGATCATTTTAACGCACCTGCT 3358
Query 3310 AGTGACGACTTTTGCTTTCTTCTTTCGACCCGAGCTGGTGGACTGGGTATCAATCTTGCT 3369
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3359 AGTGACGACTTTTGCTTTCTTCTTTCGACCCGAGCTGGTGGACTGGGTATCAATCTGGCT 3418
Query 3370 ACTGCTGATACAGTCGTTATATTTGACTCTGATTGGAATCCACAGAATGACCTGCAGGCC 3429
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3419 ACTGCTGATACAGTCGTTATATTTGACTCTGATTGGAATCCACAAAATGACCTGCAGGCC 3478
Query 3430 ATGAGTCGAGCGCACAGAATTGGGCAACAAGAGGTCGTGAACATTTATAGATTTGTCACT 3489
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3479 ATGAGTCGAGCGCATAGAATTGGGCAACAAGAGGTCGTGAACATTTATAGATTTGTCACT 3538
Query 3490 AGCAAAAGTGTTGAAGAAGAGATCCTGGAGCGCGCCAAAAGAAAAATGGTTCTTGATCAT 3549
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3539 AGCAAAAGTGTTGAAGAAGAAATCCTGGAGCGCGCCAAAAGAAAAATGGTTCTTGATCAT 3598
Query 3550 TTGGTTATTCAAAAACTGAATGCGGAGGGTAGGCTGGAGAAGCGAGAAACTAAAAAGGGA 3609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3599 TTGGTTATTCAAAAACTGAATGCGGAGGGTAGGCTGGAGAAGCGAGAAACTAAAAAAGGA 3658
Query 3610 AGTAATTTTGACAAGAACGAGCTTTCTGCAATATTGAGATTTGGAGCGGAAGAACTTTTT 3669
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3659 AGTAATTTTGACAAGAATGAGCTTTCTGCAATATTGAGATTTGGAGCGGAAGAACTTTTT 3718
Query 3670 AAAGAGGATAAAAATGATGAAGAAAGCAAAAAGCGGCTGTTGAGTATGGATATTGATGAA 3729
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3719 AAAGAGGATAAAAATGATGAAGAAAGCAAAAAGCGGCTGTTGAGTATGGATATTGATGAA 3778
Query 3730 ATCTTAGAGAGGGCAGAGCAAGTTGAGGAAAAGCATACTGATGAAACAGAACACGAACTG 3789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3779 ATCTTAGAGAGGGCAGAGCAAGTTGAGGAAAAGCATACTGATGAAACAGAACACGAACTG 3838
Query 3790 TTGGGTGCTTTTAAGGTTGCCAACTTTTGCAACGCTGAAGATGATGGGTCCTTCTGGAGT 3849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3839 TTGGGTGCTTTTAAGGTTGCCAACTTTTGCAACGCTGAAGATGATGGGTCCTTCTGGAGT 3898
Query 3850 CGCTGGATAAAACCTGATTCTGTGGTTATGGCCGAAGAAGCTCTTGCACCACGGGCTGCT 3909
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3899 CGCTGGATAAAACCTGATTCTGTGGTTACGGCCGAAGAAGCTCTTGCACCACGGGCTGCT 3958
Query 3910 AGGAATACGAAGAGTTATGTGGATCCTAGCCATCCTGACAGGACTAGCAAAAGAAAAAAG 3969
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3959 AGGAATACAAAGAGTTATGTGGATCCTAGCCATCCTGACAGGACTAGCAAAAGAAAAAAG 4018
Query 3970 AAAGGATCTGAGCCTCCGGAGCATACAGAGAGAAGTCAAAAGCGCAGAAAAACTGAATAT 4029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4019 AAAGGATCTGAGCCTCCGGAGCATACAGAGAGAAGTCAAAAGCGCAGAAAAACGGAATAT 4078
Query 4030 TTTGTTCCTTCAACTCCAATATTAGAGGGGACTTCGGCTCAAGTGAGAGGCTGGTCTTAT 4089
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4079 TTTGTTCCTTCAACTCCACTATTAGAGGGGACTTCAGCTCAAGTTAGAGGCTGGTCTTAT 4138
Query 4090 GGAAATCTTCCTAAGAGAGATGCGCAACGATTTTATCGAACTGTCATGAAGTTCGGGAAC 4149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4139 GGAAATCTTCCTAAGAGAGATGCGCAACGATTTTATCGAACTGTCATGAAGTTTGGGAAC 4198
Query 4150 CATAATCAAATTGCATGTATTGCAGAAGAGGTGGGTGGTGTTGTTGAAGCAGCCCCGGAA 4209
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4199 CATAATCAAATGGCATGTATTGCAGAAGAGGTGGGTGGTGTTGTTGAAGCAGCCCCGGAG 4258
Query 4210 GAAGCACAAGTTGAGCTATTTGATGCTTTAATTGATGGTTGTAAGGAATCTGTTGAAACA 4269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4259 GAAGCACAAGTTGAGCTATTTGATGCTTTAATTGATGGTTGTAAGGAATCTGTTGAAACA 4318
Query 4270 GGAAATTTTGAACCAAAGGGTCCTGTGTTGGATTTCTTTGGTGTGCCAGTTAAAGCAAAC 4329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4319 GGAAATTTTGAACCAAAGGGTCCTGTGTTGGATTTCTTTGGTGTGCCAGTTAAAGCAAAC 4378
Query 4330 GAACTATTAAAACGTGTGCAAGGACTGCAGCTCCTATCAAAGCGCATTAGTCGATATGAC 4389
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 4379 GAACTATTAAAACGTGTGCAAGGACTGCAGCTCCTATCAAAGCGTATTAGTCGATATAAC 4438
Query 4390 GATCCAATTTCACAATTCCGGGTGTTGTCATACCTTAAACCTTCAAATTGGTCCAAGGGT 4449
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4439 GATCCAATTTCACAATTCCGGGTGTTGTCATACCTTAAACCTTCAAATTGGTCCAAGGGT 4498
Query 4450 TGTGGTTGGAATCAGATTGATGATGCGAGATTGCTTCTTGGAATACTTTATCATGGTTTT 4509
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 4499 TGCGGTTGGAATCAGATCGATGATGCGAGATTGCTTCTGGGAATTCTTTATCATGGTTTT 4558
Query 4510 GGGAATTGGGAAAAGATAAGATTAGATGAGAGCCTTGGACTTACAAAGAAGATTGCTCCT 4569
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4559 GGGAATTGGGAAAAGATACGATTAGATGAGAGCCTTGGACTTACAAAGAAGATTGCTCCG 4618
Query 4570 GTTGAACTTCAACACCATGAGACTTTTCTACCTCGTGCTCCAAACTTAAAGGAGCGTGCC 4629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4619 GTTGAACTTCAACACCATGAGACTTTTCTACCTCGTGCTCCAAACTTAAAGGAGCGTGCC 4678
Query 4630 ACTGCACTTCTGGAAATGGAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAAATACAAATGCCAAAGCA 4689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4679 ACTGCACTTCTGGAAATGGAACTTGCTGCAGCAGGAGGGAAAAATACAAATGCCAAAGCA 4738
Query 4690 TCCCGTAAAAATTCCAAAAAGGTCAAGGATAATCTTATCAATCAATTTAAAGCACCTGCC 4749
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 4739 TCCCGTAAAAATTCCAAAAAGGTCAAGGATAATCTTATTAATCAATTTAAAGCTCCTGCC 4798
Query 4750 AGAGACCGAAGAGGAAAATCTGGTCCTGCCAATGTAAGTTTAATATCAACAAAAGATGGA 4809
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4799 AGAGACCGGAGAGGAAAATCTGGTCCTGCCAATGTAAGTTTATTATCAACAAAAGATGGA 4858
Query 4810 CCTCGGAAAACCCAAAAAGCTGAGCCATTGGTGAAGGAAGAAGGGGAAATGTCTGATGAT 4869
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4859 CCTCGAAAAACCCAAAAAGCTGAGCCGTTGGTGAAGGAAGAAGGGGAAATGTCTGATGAT 4918
Query 4870 GGGGAAGTTTACGAGCAGTTCAAGGAGCAGAAATGGATGGAATGGTGTGAAGATGTCTTG 4929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4919 GGGGAAGTTTACGAGCAGTTCAAGGAGCAGAAATGGATGGAATGGTGTGAAGATGTCTTG 4978
Query 4930 GCTGATGAAATCAAAACTCTTGGACGTCTACAAAGATTGCAAACCACAAGTGCAGATCTG 4989
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4979 GCCGATGAAATCAAAACTCTTGGACGTCTACAAAGACTGCAAACCACAAGTGCCGATCTG 5038
Query 4990 CCAAAGGAGAAGGTGCTTTTCAAAATCCGGAGATATTTGGAAATCCTTGGGCGAAGAATA 5049
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5039 CCAAAGGAGAAGGTACTTTTCAAAATCCGGAGATATTTGGAAATCCTTGGGCGAAGAATA 5098
Query 5050 GATGAAATTGTCTTAGAACATGAAGAAGATTTATACAAGCAAGATAGAATGACAATGAGA 5109
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5099 GATGCAATTGTCTTAGAACATGAAGAAGATCTATACAAGCAAGATAGAATGACAATGAGA 5158
Query 5110 TTGTGGAACTATGTTTCAACTTTCTCAAATTTGTCGGGGGATCGACTCAATCAGATCTAC 5169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 5159 TTGTGGAACTATGTTTCAACTTTCTCAAATTTGTCGGGGGATCGACTCAATCAAATCTAC 5218
Query 5170 TCGAAATTGAAGCAGGAGAAAGAAGAAGAGGGAGGGGTCGGACCATCGCACCTCAATGGC 5229
|| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5219 TCCAAATTGAAGCAGGAGAAAGAGGAAGAGGAAGGGGTCGGGCCATCGCACCTCAATGGT 5278
Query 5230 TCTAGGAACTTCCAGAGGCAACAAAAATACAAAACAGCAGGGAATTCCCAAGGATCGCAG 5289
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 5279 TCTAGGAACTTCCAGAGGCAACAAAAATTCAAAACAGCAGGGAACTCCCAAGGATCACAG 5338
Query 5290 CAGGTTCACAAGGGCATTGACACAGCAAAATTTGAAGCGTGGAAACGGAGAAGAAGAACA 5349
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 5339 CAGGTTCACAAGGGCATTGACACAGCAAAGTTTGAAGCGTGGAAACGAAGAAGAAGAACA 5398
Query 5350 GAAAACGATGTGCAGTCTGAGAGACCACCGATAACAAACTCTAACTCGCTGGGAATACTC 5409
||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5399 GAAAACGATGTTCAGACTGAGCGACCAACGATAACAAACTCTAACTCGCTGGGAATACTC 5458
Query 5410 GGCCCTGGACCATTGGATAGAAGCCATCGGGCACGTCAAACTGGATTTCCCCCAAGATAA 5469
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 5459 GGCCCTGGACCATTGGATAGAAGCCATAGGGCACGTCAAACCGGATTTCCCCCAAGATAA 5518
Query 5470 GTTAACTCTGTTCTGCTACCATACAATATGCAGTGCATTTGCCGGTTGAACTCTGGTTTG 5529
||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5519 GTTTTCTCTGTTCTGGTACCATACATTATGCTCTGCATTTGCCGGTTGAACTCTGGTTTG 5578
Query 5530 ATCATGGATTCAGAAGTTCAACAACATAGATACTTGGAAAATTCAAttttttttAAAAAA 5589
||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 5579 ATCATCGATTCAGAAGCTCAACAACATAGATACCCGGAAAACTCA-TTTTTTTTAAAAA- 5636
Query 5590 GTCAGAAACACCACAGCAGCAATGTACGGTTTTGGTTGCTCACATTGGAGATTGGCATGC 5649
||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 5637 GTCGGAAACACGGCAGCAG---TGTTCGGTTTTGGTTGCTCATATTGGAGATTGGCATAC 5693
Query 5650 CCAGACTAGCTGATGCTGATGCTGATGCTTACCCGAGAAAGCCAAAACTTTGTTATTG-- 5707
|| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5694 CC-GACTAGCTGATGCTGACGCTG--GCTTACCCGAGAAAGCCATAACTTTGTTATTGGC 5750
Query 5708 -------T-----T-ACCAG------G-TGGTTTGCTTAGGTATAAATTAGTTGTGGATG 5747
| | ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5751 AAAGAGATAGCACTTACCAGTTACCAGGTGGTTTGCTTAGGTATAAAT-AGTTGTGGATG 5809
Query 5748 TAGTCAA-GCAGCTGAACTCCATTTCCTTATAT-TT-ATATATAT--------------- 5789
||||||| || |||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 5810 TAGTCAAAGCTGCTGGACTCCATTTCCTTATATATTTATATATATATATATATATATATA 5869
Query 5790 ---GTTACCCATTCGGAATAGAGCAAATTGTACATTACCAGTTTTGTTAATTTTAGTTTA 5846
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5870 TATGTTACCCATTTGGAATAGAGCAAATTGTACATTACCAGTTTTGTTAATTTTAATTTA 5929
Query 5847 CTTA-TTTT 5854
|||| ||||
Sbjct 5930 CTTAATTTT 5938
Score = 198 bits (107), Expect = 4e-49
Identities = 134/146 (92%), Gaps = 5/146 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCCGAGACCTCTCTCC-TCTCTCGCAGCCGACGATCCCATCCAAAACCAAAACTCG 59
|||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 10 TCTCCCCGAGACCTCTCGCCTTCTCTCGCAGCCGACGATCCCATCCAAAACCAA--C--G 65
Query 60 CTCACCGGCGATCGTCTTGCCTTTACCTCGTCGACCTTCTCCGTCTTCTCAATTACGATC 119
||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 66 CTCTCCGGTGATCGTCTTTCCTTTACCTCGCCGACCTTCTCCGTCTTCTCAATTACGATC 125
Query 120 TACCATCACCAGAATCCGTTTTCTCT 145
|| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 TATCATCACCAGAATCCGTTTTCTCT 151
> AT2G16930.2 | Symbols: | Ribosomal protein L27 family protein
| chr2:7341120-7342302 FORWARD LENGTH=743
Length=743
Score = 111 bits (60), Expect = 6e-23
Identities = 74/80 (93%), Gaps = 4/80 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCC-GAGACCTCTCTCC-TCTCTCGCAGCCGACGATCCCATCCAAAA-CCAAAACT 57
|||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 10 TCTC-CCGGAGACCTCTCTCCTTCTCTCGCAGCCGACGATCCCATCCAAAAACCAAAACT 68
Query 58 CGCTCACCGGCGATCGTCTT 77
||||| |||| |||||||||
Sbjct 69 CGCTCTCCGGTGATCGTCTT 88
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 292076844666
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5