BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480308
Length=2352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G13440.1 | Symbols: | glucose-inhibited division family A p... 3735 0.0
> AT2G13440.1 | Symbols: | glucose-inhibited division family A
protein | chr2:5593060-5598296 REVERSE LENGTH=2382
Length=2382
Score = 3735 bits (2022), Expect = 0.0
Identities = 2243/2347 (96%), Gaps = 26/2347 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 gccgccgcctccgccaccgccACCTTGAGTCTTCGGCATTTCCGCAGCTTCCCTAGTAGT 72
||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |
Sbjct 7 GCCGCCGCCGCCGCCACCGCCACCGTGAGTCTTCGACATTTCCGCAGCTTCCCTACTATT 66
Query 73 GTCCCAtctcttctcttctcctcctcctcctcctccttacctcttcactctccccgtctc 132
||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 67 GTCCCATCTCTTCTC-T-T-CTCCTCCTCCTCCTCCATACCTTTTCACTCCCCCCGTCTC 123
Query 133 tgcgtcttcctccGCCGCAACTTCCGCCCTCGCCAACTCTTCCTTAACCGTCCCCTCGCC 192
|||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 124 TGCGTC-T--T------C--C-TCCGCCCTCGCCAACTCTTCCTTAACCGTCCACTCGCC 171
Query 193 GCAAGCTTCAGTTCCTCTTCATCAGGTGCTACGTCTGATTCGACCTACGACGTGATTGTG 252
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 172 GCAAGTTTCAGTTCCTCTTCATCAGGTGCTACCTCTGATTCGACCTACGACGTTATTGTT 231
Query 253 GTTGGTGCGGGACATGCTGGATGCGAAGCGGCTTTAGCCTCTGCTCGATTAGGAGCTAGT 312
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 GTTGGTGCCGGACACGCTGGATGCGAAGCGGCTTTAGCCTCTGCTCGATTAGGAGCTAGT 291
Query 313 ACTCTGCTTCTCACATTAAACCTCGATCGAATAGCTTGGCAGCCATGTAATCCAGCAGTT 372
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 292 ACTCTGCTTCTCACATTAAACCTCGATCGAATAGCTTGGCAGCCGTGTAATCCAGCAGTA 351
Query 373 GGTGGACCAGCAAAATCACAATTAGTACATGAAGTTGATGCACTTGGTGGTGATATTGGG 432
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 GGTGGACCAGCTAAATCACAATTAGTACATGAAGTTGATGCACTTGGTGGTGATATTGGC 411
Query 433 AAAGTTGCTGACAGATGCTATTTACAGAAGCGTATTTTAAATGTATCAAGGGGTCCTGCT 492
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 412 AAAGTTGCTGACAGATGCTATTTACAGAAGCGTATTTTGAATGTCTCAAGGGGTCCTGCT 471
Query 493 GTAAGATCGTTACGTGCTCAGACTGACAAAAGGGAATATGCTATGGAGATGAAAAAGATA 552
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 472 GTAAGATCGTTACGTGCTCAGACTGACAAAAGAGAATATGCTACGGAGATGAAAAAGATA 531
Query 553 GTGGACAGCACTGAAAATCTCTGTATTAGAGAGGCAATGGTAACAGATATCATAGTTGGG 612
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 GTGGACAGCACCGAAAATCTCTGTATTAGAGAGGCAATGGTAACAGATATCATAGTTGGG 591
Query 613 AAGAATGACAATGTGGAAGGAGTGGCCACCTTTTTCGGGATGAACTTCTATGCACCTTCT 672
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 592 AAGAATGACAACGTGGAAGGCGTGGCCACATTTTTCGGGATGAACTTTTATGCACCTTCT 651
Query 673 GTTATTCTCACCACTGGAACCTTTATGAGTGGGAAGATTTGGGTCGGTAAAAAGTCTATG 732
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GTTATTCTTACCACTGGAACCTTTATGAGTGGGAAGATTTGGGTCGGTAAAAAGTCTATG 711
Query 733 CCAGCTGGAAGAGCTGGTGAGTCAGCTTCACAAGGATTAACAGAGAACTTGCAGAAACTT 792
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||
Sbjct 712 CCAGCAGGAAGAGCTGGCGAGTCAGCTTCACAAGGACTGACAGAGAATTTGCAGAAACTT 771
Query 793 GGATTTGAAACTGATCGCTTAAAGACGGGTACTCCAGCGCGTGTGGATCGCCGGACTATA 852
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 GGATTTGAAACTGATCGCTTAAAGACTGGTACTCCAGCGCGTGTGGATCGCCGGACTATA 831
Query 853 GACTTTTCCAATTTGGAGGCTCAACATGGAGACGAAGAGGTCAGCTGGTTTAGTTTCGAC 912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GACTTTTCCAATTTGGAGGCTCAACATGGAGACGAAGAGGTCAGCTGGTTTAGTTTCGAC 891
Query 913 CCAGATTTTCATATTGAGAGAGAGCAAATGTGCTGCTACCTAACTCGCACGACAAAGATT 972
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 892 CCAGATTTTCACATTGAGAGAGAGCAAATGTGCTGCTACCTAACTCGCACAACAAAGATT 951
Query 973 ACACACCAACTGATCAGAGATAATTTGCATGAGACCCCAACTTATGGTGGATGGGTTGAA 1032
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 ACACACCAATTGATCAGAGATAATTTGCATGAGACCCCAACTTATGGTGGATGGGTTGAA 1011
Query 1033 GCAAAAGGTCCTAGGTACTGCCCTTCCATCGAAGATAAGATTGTTAGGTTCAAAGACAAA 1092
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GCAAAAGGTCCTAGGTACTGCCCTTCCATTGAAGACAAGATTGTTAGGTTCAAAGACAAA 1071
Query 1093 GAGTCCCATCAAATATTCCTGGAACCAGAGGGCCGAGATGTTCCTGAGATTTATGTGCAG 1152
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1072 GAGTCTCATCAAATATTCCTCGAACCAGAGGGCCGAGATGTTCCTGAGATCTATGTGCAG 1131
Query 1153 GGATTTTCAACTGGTCTGCCAGAGAATCTCCAGTTGCCACTTCTAAGAAGCTTGCCAGGA 1212
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GGATTTTCAACTGGCCTGCCAGAGAATCTCCAGTTGCCACTTCTAAGAAGCTTGCCAGGA 1191
Query 1213 CTTGAAAATTGCTCCATGCTTAGGCCTGCCTATGCTGTTGAGTATGATTATTTGCCAGCT 1272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 CTTGAAAATTGCTCCATGCTTAGGCCTGCCTATGCTGTTGAGTATGATTATTTGCCAGCT 1251
Query 1273 CATCAGTGTTCTAGGTCCCTTATGACAAAGAAAATTGAAGGTCTTTTCTTCTCTGGTCAG 1332
||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1252 CATCAGTGTTCCAGGTCCCTTATGACGAAGAAGATTGAAGGTCTTTTCTTCTCTGGACAG 1311
Query 1333 ATCAACGGCACTACTGGTTATGAAGAGGCTGCTGCACAGGGTATTATATCTGGAATCAAT 1392
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 ATCAACGGCACAACTGGTTATGAAGAGGCTGCTGCACAGGGTATTATATCTGGAATCAAT 1371
Query 1393 GCTGCCAGACATGCAGACGGTAAGAAACACGTTGTTCTTGAGAGGGAAAGCAGTTATATA 1452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GCTGCCAGACATGCAGACGGTAAGAAACACGTTGTTCTTGAGAGGGAAAGCAGTTATATA 1431
Query 1453 GGTACGTTGATTGACGATTTAGTCACAAAAGACCTCAGAGAGCCATACCGCATGCTAACA 1512
|||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GGTACGTTGATTGATGATTTAGTCACAAAGGATCTCAGAGAGCCATACCGCATGCTAACA 1491
Query 1513 AGCCGTTCAGAACATCGGCTTCTTCTTCGATTCGATAATGCGGATAGTCGACTCACGCCT 1572
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1492 AGCCGTTCAGAACATCGGCTTCTTCTTCGATTTGATAATGCGGATAGTCGACTAACGCCT 1551
Query 1573 CTGGGGCGTGAACTTGGATTGATAGATGATAGACGATGGAAGTTATACCAAGAGAAGCAA 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 CTGGGGCGTGAACTTGGATTGATAGATGATAGACGATGGAAGTTATACCAAGAGAAGCAA 1611
Query 1633 GCAAGGATTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTGAAAACTGTCAAGATTTCAGTTGCAGTAGGT 1692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 GCAAGGATTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTGAAAACTGTCAAGATTTCAGTTGCAGTAGGT 1671
Query 1693 GATTTGGCTTCTGAAGTTTCTAGTGTGTCTTCTCAGCCAGTCAAAGAATCAGCAACACTA 1752
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1672 GATTTGGCTGCCGAAGTTTCTAGTGTGTCTTCTCAGCCAGTCAAAGAATCAGCGACACTA 1731
Query 1753 GAGAGTCTACTAAAGAAACCCCATATCCACTACAAGCTTCTTGAGAAGCATGGCTTTGGA 1812
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 GAGAGTCTCCTAAAGAAACCACATATCCACTACAAGCTTCTTGAGAAGCATGGCTTTGGA 1791
Query 1813 AATGAAACATTATCTAGAATGGAGAAAGACTGTGTAGAGATCGATATAAAATATGAAGGT 1872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 AATGAAACATTATCTAGAATGGAGAAAGACTGTGTAGAGATCGATATAAAATATGAAGGT 1851
Query 1873 TTCATTGTGCGCCAGCAAAACCAACTGCAGCAGATGGTCCACCAGCAACATAGACGACTT 1932
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1852 TTCATTGTTCGCCAGCAAAACCAACTGCAGCAGATGGTCCACCAACAACATAGACGACTT 1911
Query 1933 CCAGATGATTTGGATTACTATTCGATGACAACTCTATCCCATGAAGGGCGTGAAAAACTT 1992
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 CCAGACGATTTGGATTACTATTCGATGACAACTCTATCCCATGAAGGGCGTGAAAAACTT 1971
Query 1993 TCAAAGGTGAGACCAGAGACGATCGGGCAGGCAAGCAGAGTGGGCGGAGTCAGTCCTGCC 2052
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1972 TCAAAGGTGAGACCAGAGACGATCGGGCAGGCAAGCAGAGTGGGTGGAGTCAGTCCTGCC 2031
Query 2053 GACATAACAGCTCTGCTCATAACACTTGAATCGAACCGAAGAAGAACTCAAGATGTGAAG 2112
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GACATAACAGCTCTGCTCATAACACTTGAATCAAACCGAAGAAGAACTCAAGATGTGAAG 2091
Query 2113 AGAGGGAAAATATTGGAACATGCCTTGGCAGAATCCAATCCACAGTGGGTAGAAGATAGA 2172
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 AGAGGGAAAATATTGGAACATGCCTTGGCAGAATCCAATCCACAGTGGGTAGAAGATAGG 2151
Query 2173 GAGCATATGGTTAATGAGTGATTAAGAAGTCTTACAGTGTAGCGTCAACTCTCCAA-GAT 2231
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2152 GAGCATGTGGTTAATGAGTGATTAAGAAGTCGTACAGTGTAGCATCAACTCTCCAATGAT 2211
Query 2232 TGT-A--AACCTTGCGACCGACATTTCTCTTGAATGGCAAAAAA---GTGGCTGTTCTTG 2285
| | | |||||||| | | |||| |||| ||||||||||||| |||||| || |||
Sbjct 2212 TTTGATCAACCTTGC-AT-G-CATT-CTCTCGAATGGCAAAAAAAAAGTGGCTATTGTTG 2267
Query 2286 CCAAAATACAAGTCACCCAAACAAAAGAGAAATACTTTCTTGTGTGTAACCACATCGCTC 2345
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2268 CGAAAATACAAGTCACCCAAACAAAAGAGAAATACTTGCTTGTGTGTAACCGTATCGCTG 2327
Query 2346 TTATTTT 2352
|||||||
Sbjct 2328 TTATTTT 2334
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116766467670
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5