BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480310
Length=2112
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G13560.1 | Symbols: NAD-ME1 | NAD-dependent malic enzyme 1 |... 3278 0.0
> AT2G13560.1 | Symbols: NAD-ME1 | NAD-dependent malic enzyme 1
| chr2:5649964-5655320 FORWARD LENGTH=2214
Length=2214
Score = 3278 bits (1775), Expect = 0.0
Identities = 2016/2131 (95%), Gaps = 22/2131 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTTCTTTCTTCTCCAGCCAGATCGGAACAATCCTCGCAATAGATTCCGAT-TAACGATG 59
||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| || | |||||||||| | |||||||
Sbjct 70 CTTTCTTTCATCTTCAGCCAGATCGGAGCAATCTTCTCCATAGATTCCG-TGAAACGATG 128
Query 60 GGAATAGCCAATAAGCTCCGTCTGAGTTC-T--TCTCTCAGCCGAATTCTCCACCGGAGA 116
|||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 129 GGAATAGCCAATAAGCTCCGGCTAAGTTCATCATCTCTCAGCCGAATCCTCCACCGGAGA 188
Query 117 ATACTTTATTCATCCGCCGCT-AGATCTTTCACCACATCGGAAGGTCACCGTCCCACCAT 175
|||||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 ATACTTTACTCATCCGCTG-TCAGATCTTTCACCACATCGGAAGGTCACCGTCCCACCAT 247
Query 176 CGTTCATAAACAAGGTCTCGATATCCTCCATGATCCTTGGTTCAACAAGGGTACTGCGTT 235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 248 CGTTCATAAACAAGGTCTCGATATCCTCCATGATCCTTGGTTCAACAAGGGGACTGCGTT 307
Query 236 TACGATGACGGAGAGAAATCGTTTAGATCTTAGAGGTCTTCTTCCTCCTAATGTTATGGA 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 308 TACGATGACGGAGAGAAATCGTTTAGATCTTAGAGGTCTTCTTCCTCCTAATGTTATGGA 367
Query 296 TTCTGAGCAACAAATTCAGCGTTTTATGACTGACCTCAAGAGATTGGAGGAGCAAGCAAG 355
||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 368 CTCTGAGCAACAGATTTTTCGTTTTATGACTGACCTGAAGAGATTAGAGGAGCAAGCTAG 427
Query 356 AGATGGACCTTCTGATCCTAATGCTTTGGCTAAGTGGCGAATTCTTAATCGCTTGCATGA 415
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 428 AGATGGACCTTCTGATCCTAATGCTTTGGCTAAATGGCGGATTCTTAATCGGTTACATGA 487
Query 416 CCGAAATGAGACTATGTACTATAAGGTTTTGATTAACAATATTGAGGAGTACGCGCCGAT 475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 488 CCGAAATGAGACTATGTACTATAAGGTTTTGATTAACAATATTGAGGAGTATGCGCCGAT 547
Query 476 AGTCTACACTCCTACGGTTGGTCTTGTCTGCCAGAACTATAGTGGGTTGTTTAGGAGGCC 535
||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 548 AGTGTATACTCCTACGGTAGGTCTTGTCTGCCAGAACTACAGTGGGTTGTTTAGGAGGCC 607
Query 536 AAGAGGAATGTATTTTAGTGCTGAAGATCGTGGTGAAATGATGTCTATGGTTTACAACTG 595
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 608 AAGGGGAATGTATTTTAGTGCTGAAGATCGTGGTGAAATGATGTCCATGGTTTACAACTG 667
Query 596 GCCTGCTGAACAGGTTGATATGATTGTTGTTACGGATGGAAGCCGGATCTTGGGTCTTGG 655
||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 668 GCCAGCTGAGCAGGTTGATATGATTGTTGTTACCGATGGAAGCCGGATTTTGGGTCTTGG 727
Query 656 AGATCTAGGCGTTCATGGAATTGGAATTGCTGTAGGGAAGCTTGATTTATACGTTGCCGC 715
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 728 AGATCTAGGTGTTCATGGAATTGGAATTGCTGTAGGGAAGCTTGATTTATATGTTGCCGC 787
Query 716 AGCTGGAATAAATCCACAACGGGTACTTCCTGTCATGATTGATGTTGGAACAAACAATGA 775
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 AGCTGGAATAAATCCTCAACGGGTACTACCTGTCATGATTGATGTTGGAACAAACAATGA 847
Query 776 AAAACTACTCAAGGATCCCATGTACTTGGGTCTGCAGCAACATCGTTTAGAGGATGACAA 835
|||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
Sbjct 848 AAAACTACGCAACGACCCCATGTACTTGGGTCTGCAACAACGTCGTTTAGAGGATGACGA 907
Query 836 CTATATAGATGTTATTGATGAATTTATGGAGGCAGTGTATACCCGGTGGCCACATGTTAT 895
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 908 CTATATAGATGTTATTGATGAATTTATGGAGGCAGTGTATACTCGGTGGCCACATGTTAT 967
Query 896 TGTGCAGTTTGAGGATTTCCAGAGCAAGTGGGCTTTTAAATTATTGCAGAGGTATAGATG 955
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 968 TGTGCAGTTTGAGGATTTCCAGAGCAAGTGGGCTTTCAAATTATTGCAGAGGTATAGATG 1027
Query 956 CACCTATCGAATGTTCAATGATGATGTCCAGGGGACAGCAGGGGTTGCAATCGCTGGTCT 1015
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1028 CACCTACCGAATGTTCAATGATGATGTCCAGGGGACAGCAGGGGTTGCTATCGCTGGTCT 1087
Query 1016 TCTTGGAGCAGTTAGAGCACA-GGGCAGGCCGATGATTGATTTTCCAAAGATGAAGATCG 1074
||||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1088 TCTTGGAGCAGTTAGAGCACAGGGGC-GACCTATGATTGATTTCCCAAAGATGAAGATCG 1146
Query 1075 TTGTTGCTGGCGCCGGAAGTGCGGGAATTGGTGTTCTAAATGCTGCAAGGAAGACAATGG 1134
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1147 TTGTTGCTGGCGCGGGAAGTGCGGGAATTGGTGTTCTAAATGCTGCGAGGAAGACAATGG 1206
Query 1135 CACGGATGTTAGGAAATACTGAAACTGCGTTTGATAGTGCTCAAAGTCAATTTTGGGTGG 1194
|||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1207 CACGAATGTTGGGAAATACTGAAACTGCGTTTGATAGTGCACAAAGTCAATTTTGGGTGG 1266
Query 1195 TTGATGCTCAGGGTCTTATCACCGAAGGACGAGAAAATATTGACCCAGAGGCTCAGCCTT 1254
||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1267 TTGATGCGCAGGGTCTTATCACCGAAGGCCGGGAAAATATTGACCCAGAGGCTCAGCCTT 1326
Query 1255 TTGCTAGGAAGACTAAAGAAATGGAGCGTCAGGGATTAAAAGAAGGAGCAACTCTTGTGG 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327 TTGCTAGGAAGACTAAAGAAATGGAGCGTCAGGGATTAAAAGAAGGAGCAACTCTTGTGG 1386
Query 1315 AAGTGGTTCGAGAAGTTAAACCTGATGTGCTTCTTGGTTTATCTGCAGTTGGAGGGTTAT 1374
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1387 AAGTGGTTCGTGAAGTTAAACCTGATGTGCTTCTTGGTTTATCAGCAGTTGGAGGGTTAT 1446
Query 1375 TCTCGAAAGAGGTTTTAGAAGCTATGAAAGGTTCAACCTCGACAAGACCGGCTATATTTG 1434
|||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1447 TCTCAAAAGAGGTTTTAGAAGCAATGAAAGGTTCAACCTCGACAAGGCCTGCTATATTTG 1506
Query 1435 CTATGTCAAACCCCACAAAAAATGCTGAATGCACGCCTCAAGATGCATTTTCTATATTAG 1494
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1507 CAATGTCAAACCCCACAAAAAATGCTGAATGCACGCCTCAAGATGCATTTTCGATATTAG 1566
Query 1495 GCGAAAATATGATTTTTGCGAGTGGAAGCCCATTCAAGAATGTGGAATTTGGTAGTGGTC 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 1567 GCGAAAATATGATTTTTGCGAGTGGAAGCCCATTCAAGAATGTGGAATTTGGAAATGGTC 1626
Query 1555 ATGTAGGACATTGCAACCAGGGAAACAACATGTATCTATTCCCAGGTATTGGACTTGGCA 1614
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1627 ATGTAGGACATTGCAACCAGGGAAACAACATGTATCTATTTCCAGGTATTGGACTTGGCA 1686
Query 1615 CTCTTCTATCTGGTGCTCCCATTGTCTCGGACGGGATGCTTCAGGCCGCATCCGAGTGCC 1674
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 CTCTTTTATCTGGTGCTCCCATTGTCTCCGACGGGATGCTTCAGGCCGCATCCGAGTGCC 1746
Query 1675 TGGCAGCATACATGAGCGAAGAAGAAGTGCTACAAGGGATTATATACCCTCCAATATCAA 1734
| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 TAGCAGCATACATGAGCGAAGAAGAAGTGCTAGAGGGGATTATATACCCTCCAATATCAA 1806
Query 1735 GGATACGAGACATAACAAAAAGAATAGCAGCTGCGGTGATTAAGGAAGCGATTGAGGAGG 1794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1807 GGATACGAGACATAACAAAAAGAATAGCAGCTGCGGTGATTAAGGAAGCGATTGAGGAGG 1866
Query 1795 ATTTGGTTGAAGGATATAGGGAAATGGACGCTCGAGAGGTCCAAAAGCTGAATGAGGAGG 1854
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1867 ATTTGGTTGAAGGATATAGAGAAATGGACGCTCGAGAGATCCAAAAGCTGGATGAGGAGG 1926
Query 1855 AGCTGATGGAGTACGTGGAAAACAACATGTGGAATCCAGAGTACCCGACTTTGGTTTACA 1914
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1927 GGCTGATGGAGTATGTGGAAAACAACATGTGGAATCCAGAGTACCCGACTTTGGTCTACA 1986
Query 1915 AGGATGACTAAGTTTGGTTCCCAAAATGAACATGTCTACTCTCTCTTATTTATATGTAAA 1974
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1987 AGGATGACTAAGTTTGGTTCCCAAAATGAATAAGTCTACTTTCTCTTATTTATATGTAAA 2046
Query 1975 AATTTATAGTTGGGGTTGCTTCATACCCAATCAGATTCATAGCTACTGCTTTCTCTT--- 2031
|||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 AATTTATAATTGGGGTTGCTTTATACCCAATCAAATTCATAGCTACTGCTTTCTCTTGTT 2106
Query 2032 ---ATGTAAAAAGAAA-----TATA-A-TTGGGTTGCTTGTTATCCAATCAGATTCATAG 2081
||||||||| ||| |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2107 CTTATGTAAAAAAAAAAAAAATATATAATTGGGTTGTTTGTTATCCAATCAGATTCATAG 2166
Query 2082 TTTCCACTTTCTCTTATTTATATGTATAAAA 2112
||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2167 CTTCCACTTTCTCTTATTTATATGTAAAAAA 2197
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104718336870
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5