BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480722
Length=1198
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G18162.1 | Symbols: CPuORF1 | conserved peptide upstream ope... 1694 0.0
AT2G18160.1 | Symbols: ATBZIP2, GBF5, bZIP2 | basic leucine-zip... 1694 0.0
> AT2G18162.1 | Symbols: CPuORF1 | conserved peptide upstream open
reading frame 1 | chr2:7898012-7899242 REVERSE LENGTH=1231
Length=1231
Score = 1694 bits (917), Expect = 0.0
Identities = 1073/1140 (94%), Gaps = 44/1140 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 82 CTCTTCCTCTGTGTT-TTTATCTAGTTCTGACATCATAAATTCAGTCCGAGAAAACATAA 140
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Sbjct 113 CTCTTCCTCTGT-TTGTTT-TCAAGTTCTGACATCATAAATTCAGACCGAGAAAACATAA 170
Query 141 AAAACTGAGTC-TTTGATGATCGGAAACTGATGACTCCGGTTCTCTGCGAAATCCTGCTC 199
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Sbjct 171 AAATTTGAGTCTTTTGATGATCGGAAACTGATGACTCCCGTTCTCTGCGAAATCCTGCTC 230
Query 200 TCTGGGCTCACGGTTAAATCTGCTCTCTGCCGTAGAACTCATCTCGTTCAATCTTTCTCC 259
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Sbjct 231 TCTGGGCTCACGGTCAAATCTGCTCTCTGCCGTAGAACCCATCTCGTTCAATCTTTCTCC 290
Query 260 GTCGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTG---------C----T-A-TT 304
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Sbjct 291 GTCGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTGCTACAAACTCTAATTAATTT 350
Query 305 TTTCCGACAGATCATTaaaaaaaaaaaacaaacataaaaacataaaacTCTGTCCttttt 364
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Sbjct 351 TTTCAGACAGATCA-T--AAAAAAAAACCAAACAT-AAAACATAAAACTCTGTCC-TTTT 405
Query 365 tttGTCCTCTTGTAA-TTTTCTTGTTAAAAATCAATGGCGTCATCTAGCAGCACATACCG 423
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 406 TTTGTCTTCTTGTAACTTTTCTTGTTAAAAATCAATGGCGTCATCTAGCAGCACATACCG 465
Query 424 GAGCTCGAGCTCTTCCGACGGTGGTAATAATAACCCGTCGGACTCCGTCGTCACCGTCGA 483
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Sbjct 466 GAGCTCAAGCTCTTCCGACGGTGGTAATAATAACCCGTCGGACTCCGTCGTCACCGTCGA 525
Query 484 CGAACGAAAACGTAAAAGAATGTTATCAAACAGAGAATCTGCACGTAGATCAAGGATGCG 543
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Sbjct 526 CGAACGAAAACGTAAAAGAATGTTATCGAACAGAGAATCTGCACGTAGGTCAAGGATGCG 585
Query 544 TAAACAGAAACATGTTGATGATCTAACGGCTCAGATCAATCAGCTATCAAACGACAACCG 603
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Sbjct 586 TAAACAGAAACACGTTGATGATCTAACGGCTCAGATCAATCAGCTATCAAACGACAACCG 645
Query 604 TCAGATCTTGAACAGCCTCACCGTAACATCTCAGCTTTACATGAAGATCCAAGCCGAGAA 663
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Sbjct 646 TCAGATCTTGAACAGCCTCACCGTAACATCTCAGCTTTACATGAAGATCCAAGCCGAGAA 705
Query 664 CTCTGTTCTCACCGCTCAGATG-ACGGAGCTTAGCACCAGACTCCAATCTCTCAACGAGA 722
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Sbjct 706 CTCTGTTCTCACCGCTCAGATGGA-GGAGCTTAGCACCAGACTCCAATCTCTCAACGAGA 764
Query 723 TCGTTGATCTTGTTCAATCCAACGGTGCAGGATTTGGTGTTGACCAGATCGACGGCTGTG 782
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 TCGTTGATCTTGTTCAATCCAACGGTGCAGGATTTGGTGTTGACCAGATCGACGGCTGTG 824
Query 783 GTTTCGATGATCGTACGGTTGGGATTGACGGATATTACGATGATATGAATATGATGAGTG 842
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Sbjct 825 GTTTTGATGATCGTACGGTTGGGATCGACGGATATTACGATGATATGAATATGATGAGTA 884
Query 843 GTGTTAATCATTGGGGTGGTTCGGTTTACACTAACCAACCTATTATGGCTAATGATATCA 902
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Sbjct 885 ATGTTAATCATTGGGGTGGTTCGGTTTACACTAACCAACCCATTATGGCTAATGATATCA 944
Query 903 ATATGTattgattaataaaaattaattaaa-taattagatgccccttttt-gttttaatt 960
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Sbjct 945 ATATGTATTGATTAATAAAA-TTAATTAAAATAATTAGATGCCCCTTTTTTGTCTT--TT 1001
Query 961 taattttattttaagtttagctt-ttttggtgtttttGGGTTGGTGTGATGATGTAATTA 1019
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Sbjct 1002 TA-TTTTAA---AA-TTTAGCCCATTTTGGTGTTTTTGGGTTGGTGTGATGATGTAATTA 1056
Query 1020 TAGTACATGCATCTTTGATTGGTTGGAAGGataaatataaactttttatatatatattgg 1079
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Sbjct 1057 TAGTACATGCATCTTTGATTGGTTGGAAGGATAAATATAAACTTT--ATATATATATTGG 1114
Query 1080 ggcatatatatatGAGTTGTACTTTGTCATGTATTGGTGTGTGTTTTGTTATAATTATAT 1139
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Sbjct 1115 GGCATATATATATGAGTTGTACTTTGTCATGTATTGGTGTGTGTTTTGTTATAATTATAT 1174
Query 1140 GATTGATATATGTTTATGTTATCATGATTTTTGTCTTTCAACCT-AATATTCCAATTGTT 1198
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Sbjct 1175 GATT-ATATATGTTTATGTTATCATGATTTT-GTCTTTCA-CCTTAATATTCCAATTGTT 1231
Score = 71.3 bits (38), Expect = 2e-11
Identities = 40/41 (98%), Gaps = 0/41 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 42 TTTCTTATATTTAGAGCTCCTCTGTTTCTTCTCCAATAACC 82
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Sbjct 57 TTTTTTATATTTAGAGCTCCTCTGTTTCTTCTCCAATAACC 97
> AT2G18160.1 | Symbols: ATBZIP2, GBF5, bZIP2 | basic leucine-zipper
2 | chr2:7898012-7899242 REVERSE LENGTH=1231
Length=1231
Score = 1694 bits (917), Expect = 0.0
Identities = 1073/1140 (94%), Gaps = 44/1140 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 82 CTCTTCCTCTGTGTT-TTTATCTAGTTCTGACATCATAAATTCAGTCCGAGAAAACATAA 140
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Sbjct 113 CTCTTCCTCTGT-TTGTTT-TCAAGTTCTGACATCATAAATTCAGACCGAGAAAACATAA 170
Query 141 AAAACTGAGTC-TTTGATGATCGGAAACTGATGACTCCGGTTCTCTGCGAAATCCTGCTC 199
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Sbjct 171 AAATTTGAGTCTTTTGATGATCGGAAACTGATGACTCCCGTTCTCTGCGAAATCCTGCTC 230
Query 200 TCTGGGCTCACGGTTAAATCTGCTCTCTGCCGTAGAACTCATCTCGTTCAATCTTTCTCC 259
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Sbjct 231 TCTGGGCTCACGGTCAAATCTGCTCTCTGCCGTAGAACCCATCTCGTTCAATCTTTCTCC 290
Query 260 GTCGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTG---------C----T-A-TT 304
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Sbjct 291 GTCGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTGCTACAAACTCTAATTAATTT 350
Query 305 TTTCCGACAGATCATTaaaaaaaaaaaacaaacataaaaacataaaacTCTGTCCttttt 364
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Query 365 tttGTCCTCTTGTAA-TTTTCTTGTTAAAAATCAATGGCGTCATCTAGCAGCACATACCG 423
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Sbjct 406 TTTGTCTTCTTGTAACTTTTCTTGTTAAAAATCAATGGCGTCATCTAGCAGCACATACCG 465
Query 424 GAGCTCGAGCTCTTCCGACGGTGGTAATAATAACCCGTCGGACTCCGTCGTCACCGTCGA 483
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Sbjct 466 GAGCTCAAGCTCTTCCGACGGTGGTAATAATAACCCGTCGGACTCCGTCGTCACCGTCGA 525
Query 484 CGAACGAAAACGTAAAAGAATGTTATCAAACAGAGAATCTGCACGTAGATCAAGGATGCG 543
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Sbjct 646 TCAGATCTTGAACAGCCTCACCGTAACATCTCAGCTTTACATGAAGATCCAAGCCGAGAA 705
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Query 783 GTTTCGATGATCGTACGGTTGGGATTGACGGATATTACGATGATATGAATATGATGAGTG 842
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Query 903 ATATGTattgattaataaaaattaattaaa-taattagatgccccttttt-gttttaatt 960
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Query 961 taattttattttaagtttagctt-ttttggtgtttttGGGTTGGTGTGATGATGTAATTA 1019
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Sbjct 1057 TAGTACATGCATCTTTGATTGGTTGGAAGGATAAATATAAACTTT--ATATATATATTGG 1114
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Query 1140 GATTGATATATGTTTATGTTATCATGATTTTTGTCTTTCAACCT-AATATTCCAATTGTT 1198
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Score = 71.3 bits (38), Expect = 2e-11
Identities = 40/41 (98%), Gaps = 0/41 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 42 TTTCTTATATTTAGAGCTCCTCTGTTTCTTCTCCAATAACC 82
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Sbjct 57 TTTTTTATATTTAGAGCTCCTCTGTTTCTTCTCCAATAACC 97
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 58835038740
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5