BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg480999
Length=1894
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G21340.1 | Symbols: | MATE efflux family protein | chr2:913... 2808 0.0
> AT2G21340.1 | Symbols: | MATE efflux family protein | chr2:9132555-9136459
FORWARD LENGTH=1977
Length=1977
Score = 2808 bits (1520), Expect = 0.0
Identities = 1809/1939 (93%), Gaps = 57/1939 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCAGGGGGTTGGTGCGTTGAATTTGTGGATCAAGAAAGTATGCAACTTCAATGCAAAACC 60
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 36 TCAGGGGTTTGGTGCGTTGAATTTGTGGATCAAGAAACAATGCAAATTCAATGCAAAACC 95
Query 61 CTAACTTTTACAGTTTCTTCGATTCCTTCTAACCCAAAGCTACCACCATTCCCATCTTCA 120
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 96 CTAACTTTTACAGTTTCTTCGATTCCTTGTAACCCAAAGCT---ACCATTCCCATCTTCC 152
Query 121 ATCACTTTACGGTCATGGAATCCTCCACTCCCGAGTTTCAGGAGCTCCTCTGTTTCCGG- 179
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 153 CTCACTTTACGGTCATGGAATCCTTCATTCCCGAGTTTCAGGAGCTCCGCTGTTTCCGGA 212
Query 180 ----AG--A--A---AAGCTGAACAGGTTTTTAAGAAACTGTGCAAGTCCGAATCAGGAG 228
|| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 213 CCAAAGTCATCACTGAAGCTGAACAGGTTTTTAAGAAACTGTGCAAGTACGAATCAGGAG 272
Query 229 CTTGTTGTTGAT-GAGGAAACCGGAAATGGGTTGATTTC-G-G-----A-G-GA---AGC 275
|||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| | | | | || |||
Sbjct 273 CTTGTTGTTGATGGA-GAAACCGGAAATGGGTCGATTTCGGAGCTCCAAGGAGATGCAGC 331
Query 276 AAATGGTTCGATTTCGCC-------------G--GAAGTAGAAGAAGTGAAAGTAGATGA 320
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 332 AAATGGTTCGATTTCGCCGGTGGAAGTGGAAGCAGAAGTAGAAGAAGTGAAGGTAGATGA 391
Query 321 CTTAGCGAATCAGAATATTTGGGGACAGATGAAAGAGATCGTCATGTTTACCGGACCTGC 380
|| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 TTTGGCGACTCAGAGCATTTGGGGACAGATGAAAGAGATCGTCATGTTTACCGGACCTGC 451
Query 381 CGCGGGATTGTGGCTATGTGGGCCGTTGATGAGTCTTATTGATACGGCGGTGATTGGTCA 440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 CGCGGGATTGTGGCTATGTGGGCCGTTGATGAGTCTCATTGATACGGCGGTGATTGGTCA 511
Query 441 AGGAAGCTCACTCGAGCTCGCTGCTTTAGGTCCTGCAACCGTAATCTGTGATTATTTGTG 500
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 512 AGGAAGCTCACTCGAACTCGCTGCTTTAGGTCCTGCTACCGTCATCTGTGATTATTTGTG 571
Query 501 TTATACGTTCATGTTCCTCTCAGTTGCGACTTCAAATCTTGTTGCCACCTCTCTTGCTCG 560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 572 TTATACGTTCATGTTCCTCTCAGTTGCGACTTCAAATCTTGTTGCTACCTCTCTTGCTCG 631
Query 561 GCGGGATAAAGATGAAGTACAACATCAGATATCGATCTTGCTTTTCATTGGATTGGCTTG 620
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 632 GCAGGATAAAGATGAAGTACAACATCAGATATCGATCTTGCTTTTCATTGGGTTGGCTTG 691
Query 621 TGGAGTCACGATGATGGTGTTTACAAGACTCTTTGGTTCCTGGGCACTAACAGCTTTTAC 680
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 692 TGGAGTCACGATGATGGTGTTGACAAGACTGTTTGGTTCCTGGGCACTAACTGCTTTTAC 751
Query 681 AGGGGTAAAGAATGCCGACATTGTCCCGGCGGCCAATACATATGTTCAGATTCGTGGTTT 740
|||||||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 752 AGGGGTAAAGAATGCCGACATTGTTCCAGCAGCTAATAAATATGTTCAGATTCGTGGTTT 811
Query 741 AGCATGGCCAGCTGTTCTCATTGGATGGGTTGCTCAAAGTGCAAGTCTTGGTATGAAAGA 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 812 AGCATGGCCAGCTGTTCTCATTGGATGGGTTGCTCAAAGTGCAAGTCTTGGTATGAAAGA 871
Query 801 CTCATGGGGACCTCTAAAGGCATTGGCGGTTGCTAGTGTAATAAACGGTGTTGGTGATGT 860
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 872 CTCATGGGGACCTCTTAAGGCTTTGGCGGTTGCTAGTGCAATAAACGGTGTTGGTGATGT 931
Query 861 GGTCTTATGCACCTTTCTAGGATATGGTATAGCAGGTGCAGCTTGGGCAACTATGGTGTC 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 932 GGTCTTATGCACCTTTCTAGGATATGGTATAGCAGGTGCAGCTTGGGCAACTATGGTGTC 991
Query 921 ACAAGTTGTTGCAGCTTATATGATGATGGACGCATTGAACAAGAAAGGATACAGCGCATT 980
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 ACAAGTTGTTGCTGCTTATATGATGATGGACGCATTGAACAAGAAAGGATACAGCGCATT 1051
Query 981 CTCATTCTGTGTTCCCTCTCCAAGTGAACTTTTGACGATTTTTGGACTCGCTGCCCCTGT 1040
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 CTCATTCTGTGTTCCTTCTCCAAGTGAACTTTTGACGATTTTTGGACTCGCTGCCCCTGT 1111
Query 1041 CTTTATAACTATGATGTCAAAGGTTTTGTTCTATACTCTCCTTGTGTACTTTGCTACATC 1100
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 CTTTATAACTATGATGTCAAAGGTTTTGTTCTATACGCTCCTTGTGTACTTTGCTACATC 1171
Query 1101 AATGGGTACAAGTATCATAGCTGCTCATCAGGTTATGCTTCAGACT-TATGGTATGAGTA 1159
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||
Sbjct 1172 AATGGGTACAAATATCATAGCTGCTCATCAGGTTATGCTTCAGA-TATATACCATGAGTA 1230
Query 1160 CGGTTTGGGGGGAGCCTCTCTCTCAAACTGCACAGTCCTTTATGCCTGAG-TTATTATTC 1218
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1231 CGGTTTGGGGGGAGCCTCTCTCTCAAACTGCACAGTCCTTTATGCCTGAGCTT-TTATTC 1289
Query 1219 GGAATCAACCGTAATTTGCCTAAAGCTAGAATGCTTCTGAAGTCACTTGTTATCATCGGC 1278
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1290 GGAATCAATCGTAATTTGCCTAAAGCTAGGGTGCTTCTGAAGTCACTAGTTATCATCGGA 1349
Query 1279 GCTACGCTAGGAATAGTGGTCGGAACCATTGGCACAGCAGTTCCATGGCTGTTCCCTGGC 1338
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 GCTACGCTAGGAATAGTAGTCGGAACCATTGGCACAGCAGTTCCATGGCTGTTCCCTGGC 1409
Query 1339 ATCTTCACACAG-GACAAGGTTGTCACATCCGAGATGCACAAGGTCATAATACCGTATTT 1397
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 ATCTTCACAC-GTGACAAGGTTGTCACATCCGAGATGCACAAGGTCATAATACCGTATTT 1468
Query 1398 TCTTGCTTTATTCATCACTCCGAGTACCCACAGTCTTGAAGGCACATTACTGGCTGGAAG 1457
||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1469 TCTTGCTTTATCCATCACTCCAAGTACTCACAGTCTTGAAGGCACCTTACTGGCTGGAAG 1528
Query 1458 AGATCTTAGATATATCAGCTTGTCAATGACTGGATGCTTAGCGGTTGCTGGGCTTCTACT 1517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1529 AGATCTTAGATATATCAGCTTGTCAATGACTGGATGCTTAGCGGTCGCTGGGCTTCTACT 1588
Query 1518 TATGCTTCTGAGCAATGGAGGATTTGGTTTGAGAGGCTGCTGGTACGCTCTTGTGGCATT 1577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||
Sbjct 1589 TATGCTTCTGAGCAATGGAGGATTTGGTTTGAGAGGCTGCTGGTATGCTCTCGTGGGATT 1648
Query 1578 CCAATGGGCTCGGTTTTCTCTATCTCTTTTCCGCCTTCTATCGCGGGATGGTGTACTGTA 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1649 CCAATGGGCTCGGTTTTCTCTATCTCTTTTCCGCCTTCTATCGCGGGATGGTGTACTGTA 1708
Query 1638 CTCGGAAGATACAAGCCGATACGCTGAGAAAGTGAAAGCTGCGTAGCTCAGTAAGTCACC 1697
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1709 CTCCGAAGATACAAGCCGATACGCTGAGAAAGTGAAAGCTGCGTAGCTCAGTAAGTCACC 1768
Query 1698 ATATACCTCACAAGAAAAAGTACAAGGAATAGAGAACAACTTCATTCAGTTGTAGATCAA 1757
||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1769 GTATACCTCACAAGAAAAAGTATAATGAACAGAGAACAGCTTCATTCAGTTGTAGATCAA 1828
Query 1758 TGAA--ACTCTGTTTCCAGATTGTATTCTTTACGAACAGGAAAATGAATTCGATTGAAAT 1815
|| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||| |
Sbjct 1829 TGGGTTACTCTGTTTCAAGATTGTATTCTTTAAGAACATGAAAATGTATTCGACTGAA-T 1887
Query 1816 AGAAAAGTCTTGGCATTaaaaaaaaGGCCCTGCTTCGACTCCTGCGATTCCCCTGTATAT 1875
||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1888 AGAAAAGTCTTGGCATTAATA----GGCCCTGCTTCAACTCCTGTGATTCCCCTGTATAT 1943
Query 1876 AAAAGATGATACAAACAAA 1894
|||||||||||||||||||
Sbjct 1944 AAAAGATGATACAAACAAA 1962
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 93774618060
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5