BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg481876 Length=2244 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT2G29630.2 | Symbols: THIC | thiaminC | chr2:12667034-12670311... 3594 0.0 > AT2G29630.2 | Symbols: THIC | thiaminC | chr2:12667034-12670311 FORWARD LENGTH=2435 Length=2435 Score = 3594 bits (1946), Expect = 0.0 Identities = 2131/2221 (96%), Gaps = 9/2221 (0%) Strand=Plus/Plus Query 26 TTC-TCGACCAGATCAGATTCACAGCTTCCTCTTCCAGCTATGGCTGCTTCAGTACACAG 84 ||| || || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 53 TTCGTCTACTAGATCAGATCCAAAGCTTCCTCTTCCAGCTATGGCTGCTTCAGTACACTG 112 Query 85 TACCTTGATGTCCGTCGTATGCAACAACAA-ATCTCACTCTGCTTGGCCTAAACTTCCAA 143 |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||| Sbjct 113 TACCTTGATGTCCGTCGTATGCAACAACAAGA-ATCACTCTGCTCGGCCGAAACTTCCAA 171 Query 144 ACTCGTCTTTGTTACCTGGATTCGATCTTGTTGTTCAAGCTGCTGCTGCTACTCGATTCA 203 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 172 ACTCGTCTTTGTTACCTGGATTCGATGTTGTTGTTCAA---GCTGCTGCTACTCGATTCA 228 Query 204 AGAAGGAAACAACAACCACACGAGCCACTTTGACCTTTGATCCACCAACCACTAATTCTG 263 |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 229 AGAAGGAAACAACAACCACAAGAGCCACTTTGACGTTTGATCCACCAACCACTAATTCTG 288 Query 264 AGAGAGCTAAGCAGAGAAAACACACCATTGATCCTTCTTCTCCTGATTTTCAACCAATCC 323 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 289 AGAGAGCTAAGCAGAGAAAACACACCATTGATCCTTCTTCTCCTGATTTTCAACCAATTC 348 Query 324 CATCTTTTGAAGAATGTTTTCCTAAGAGCACTAAAGAACACAAGGAAGTTGTTCATGAAG 383 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 349 CATCTTTTGAAGAATGCTTTCCTAAGAGCACTAAAGAACACAAGGAAGTTGTCCATGAAG 408 Query 384 AATCTGGTCATGTTCTTAAAGTTCCTTTTCGCCGTGTTCATTTGTCTGGTGGTGAGCCAG 443 ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 409 AATCTGGTCATGTTCTTAAAGTTCCCTTTCGTCGTGTTCATTTGTCTGGTGGTGAGCCAG 468 Query 444 CTTTTGATAATTATGACACTAGTGGTCCTCAAAATGTTAATGCACACATTGGGCTTCCTA 503 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 469 CTTTTGATAATTATGACACTAGTGGTCCTCAAAATGTTAATGCACACATTGGGCTTGCTA 528 Query 504 AGCTAAGGAAGGAGTGGATTGATCGCCGAGAGAAGCTAGGAACACCGAGATACACTCAAA 563 ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 529 AGCTAAGGAAGGAGTGGATTGATCGTCGGGAGAAGCTAGGAACACCAAGATACACTCAAA 588 Query 564 TGTACTACGCTAAGCAAGGGATCATAACTGAGGAAATGCTCTACTGTGCTACGAGAGAGA 623 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 589 TGTACTACGCTAAGCAAGGGATCATAACTGAGGAAATGCTCTACTGTGCTACTAGGGAGA 648 Query 624 AACTCGACCCTGAGTTTGTAAGATCAGAAGTTGCACGAGGGCGGGCGATTATCCCTTCCA 683 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 649 AGCTAGACCCTGAGTTTGTAAGATCAGAAGTTGCACGAGGACGGGCGATTATCCCTTCCA 708 Query 684 ACAAGAAACATTTGGAGCTGGAACCGATGATTGTTGGTAGAAAGTTCTTGGTTAAGGTCA 743 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 709 ACAAGAAGCATTTGGAGCTGGAACCGATGATTGTTGGTAGAAAGTTCTTGGTCAAGGTCA 768 Query 744 ATGCGAATATAGGAAACTCTGCTGTTGCAAGTTCTATTGAAGAGGAAGTCTACAAGGTTC 803 |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 769 ATGCGAATATCGGAAACTCTGCTGTTGCCAGCTCTATTGAAGAGGAAGTCTACAAGGTTC 828 Query 804 AGTGGGCAACCATGTGGGGAGCTGATACAATCATGGATCTCTCAACTGGTCGTCATATCC 863 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 829 AGTGGGCAACCATGTGGGGAGCTGATACAATCATGGATCTCTCAACTGGTCGTCACATCC 888 Query 864 ACGAGACACGCGAGTGGATCCTAAGGAATTCTGCTGTGCCTGTTGGTACAGTGCCTATTT 923 | |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 889 ATGAGACACGTGAGTGGATCCTAAGGAATTCAGCTGTGCCTGTTGGTACGGTGCCTATTT 948 Query 924 ATCAAGCACTTGAGAAAGTGGATGGAATTGCTGAGAATCTTAGCTGGGAAGTCTTCAGGG 983 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||| | Sbjct 949 ATCAAGCACTTGAGAAAGTGGATGGAATTGCTGAGAATCTTAACTGGGAGGTTTTCAGAG 1008 Query 984 AGACTCTGATTGAACAAGCTGAGCAAGGTGTAGACTATTTCACAATCCATGCTGGAGTTT 1043 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1009 AGACTCTGATTGAACAAGCTGAGCAAGGTGTAGACTATTTCACAATCCATGCTGGAGTTT 1068 Query 1044 TGCTGCGTTACATTCCCTTAACAGCCAAGCGTATGACCGGGATCGTTTCGCGTGGAGGAT 1103 |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1069 TGCTGCGTTACATTCCCTTAACTGCCAAGCGTTTGACCGGGATCGTTTCGCGTGGAGGAT 1128 Query 1104 CCATTCATGCTAAATGGTGCTTAGCTTACCACAAGGAGAACTTTGCTTACGAGCACTGGG 1163 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1129 CCATTCATGCTAAATGGTGCTTAGCTTACCACAAGGAGAACTTTGCTTACGAGCACTGGG 1188 Query 1164 ATGACATTCTAGACATCTGTAACCAGTATGATGTGGCTCTTTCCATTGGAGATGGTCTGA 1223 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1189 ATGACATTCTAGACATCTGTAACCAGTATGATGTGGCTCTTTCCATTGGAGATGGTCTGA 1248 Query 1224 GACCTGGCTCGATTTATGATGCTAATGACACTGCTCAGTTTGCGGAGCTCCTTACTCAAG 1283 |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1249 GACCTGGCTCCATTTATGATGCTAACGACACTGCTCAGTTTGCAGAGCTCCTTACTCAAG 1308 Query 1284 GTGAACTAACTCGCCGAGCATGGGAGAAAGATGTGCAGGTGATGAATGAAGGGCCAGGAC 1343 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1309 GTGAACTAACTCGCCGAGCGTGGGAAAAAGATGTGCAGGTGATGAATGAAGGGCCAGGGC 1368 Query 1344 ATGTCCCAATGCACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGTTGGAATGGTGTAACGAGG 1403 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1369 ATGTCCCAATGCACAAGATTCCAGAGAATATGCAGAAGCAGTTGGAGTGGTGTAACGAGG 1428 Query 1404 CACCATTCTACACTCTTGGGCCTTTGACTACTGATATTGCCCCTGGATATGATCACATTA 1463 ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1429 CACCATTCTACACCCTTGGTCCTTTGACTACTGATATTGCCCCTGGATATGATCACATTA 1488 Query 1464 CCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATTGGAGCTTTAGGCACAGCTCTTCTTTGCTATGTAA 1523 ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| Sbjct 1489 CCTCTGCCATTGGAGCTGCCAATATTGGAGCCTTGGGTACAGCTCTTCTTTGCTATGTAA 1548 Query 1524 CACCGAAAGAACACCTCGGGCTACCAAACAGGGACGATGTGAAGGCTGGGGTTATAGCAT 1583 |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1549 CACCAAAAGAACACCTTGGGCTACCAAACAGGGACGATGTGAAGGCCGGGGTTATAGCAT 1608 Query 1584 ACAAGATCGCCGCTCATGCAGCTGATCTAGCCAAACAGCATCCACATGCCCAGGCATGGG 1643 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1609 ACAAGATCGCCGCTCATGCAGCTGATCTAGCCAAACAGCATCCACATGCTCAGGCATGGG 1668 Query 1644 ATGATGCGCTTAGCAAAGCGCGATTTGAGTTTAGATGGATGGACCAGTTTGCTCTGTCTT 1703 | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 1669 ACGATGCGCTGAGCAAAGCGCGGTTTGAGTTTAGATGGATGGACCAATTTGCTCTGTCGT 1728 Query 1704 TGGACCCCATGACTGCTATGTCTTTCCATGATGAAACTCTTCCAGCTGATGGAGCCAAGG 1763 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1729 TGGACCCCATGACTGCTATGTCTTTCCATGATGAAACTCTTCCAGCTGATGGAGCCAAGG 1788 Query 1764 TTGCACACTTTTGCTCCATGTGTGGACCAAAATTCTGCTCTATGAAGATAACAGAAGACA 1823 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1789 TTGCACACTTTTGCTCCATGTGTGGACCAAAATTCTGCTCTATGAAGATAACAGAAGACA 1848 Query 1824 TCCGAAAGTATGCAGAGGAGAATGGTTATGGCAGTGCTGAAGAAGCCATCAGACAAGGAA 1883 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1849 TCCGAAAGTATGCAGAGGAGAATGGTTATGGCAGTGCTGAAGAAGCAATCAGACAAGGAA 1908 Query 1884 TGGATGCTATGAGTGAAGAGTTCAACATTGCCAAGAAAACCATTAGCGGAGAACAGCACG 1943 ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1909 TGGATGCTATGAGTGAAGAATTCAACATCGCAAAGAAAACCATTAGCGGAGAACAGCACG 1968 Query 1944 GTGAAGTAGGCGGAGAAATCTATTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTCAGAAATAAA 2003 |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1969 GTGAAGTAGGTGGAGAAATATATTTGCCAGAGAGCTATGTCAAAGCTGCTCAGAAATAAA 2028 Query 2004 AGGCAAAGGGTTTAAACAAGATCTCGCTTACCCAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACC 2063 ||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2029 AGGCAAATGTTTTAAACAAGACCTTGCTTACCCAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACC 2088 Query 2064 TCGATAAAGGCACAAACTGTCGGGGTGCTTGAACCAGGCTAGCCCGCTAAAAGGCGGGTT 2123 | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| | Sbjct 2089 TGGATAAAGGCACAAACTGTTGGGGTGCTTGAACCAGGATAGCCTGCGAAAAGGCGGGCT 2148 Query 2124 ATCCGGGACCAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGA 2183 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2149 ATCCGGGACCAGGCTGAGAAAGTCCCTTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGA 2208 Query 2184 GTGTGCAGttttttttttCCTGTTCTGTAGCTTTCTAAAGGAGAAGAAGCTACGGTTGCC 2243 |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2209 GTGTGCAGTTTTTTTTTT--T-TCCTGTAGCTTTCTAAAGGAGAAGAAGCTACTGTTGCC 2265 Query 2244 G 2244 | Sbjct 2266 G 2266 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 111344808810 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5