BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg482072
Length=2863
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G31400.1 | Symbols: GUN1 | genomes uncoupled 1 | chr2:133870... 4556 0.0
> AT2G31400.1 | Symbols: GUN1 | genomes uncoupled 1 | chr2:13387004-13390706
REVERSE LENGTH=3110
Length=3110
Score = 4556 bits (2467), Expect = 0.0
Identities = 2742/2872 (95%), Gaps = 29/2872 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGAGTCTTTACGAATTCCAAAGAAGC-ATGAAAAACCCTATCCTTATGTAG--C---T 54
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |
Sbjct 64 TTTGAGTCTTTACGAATTCCAAAGAAGCAATGAAAAACCCTATCCATATGTAGCTCTTTT 123
Query 55 C---T---T--T------AAACTCTTCCTTTCAATGGCGTCAACGCCGCCTCACTGGGTT 100
| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 124 CGATTCCGTAATCACCACAAACTCTTCCTTTCAATGGCGTCAACGCCGCCTCACTGGGTC 183
Query 101 ACCACCACCAACAACCACCGTCCATGGCTTCCACAGCGTCCTCGTCCCGGTCGCGCCGTT 160
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 184 ACCACCACCAACAACCACCGTCCATGGCTTCCTCAGCGTCCTCGTCCCGGTCGCTCCGTT 243
Query 161 ACCTCAGCTCCTCCCTCTTCTACAGCCTCTGTTTCTTCAGCTCATCTGTCACAGACTACT 220
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 244 ACCTCAGCTCCTCCCTCTTCTTCAGCCTCTGTTTCTTCAGCTCATCTTTCACAGACTACT 303
Query 221 CCAAATTTCTCTCCTTTGCAAACCCCCAAATCAGATTTCTCCGGTCGTCAATCTACCCGA 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 CCAAATTTCTCTCCTTTGCAAACCCCCAAATCAGATTTCTCCGGTCGTCAATCTACCCGA 363
Query 281 TTCGTCTCCACCACCACCAATAACCATCGTCAGACCAGGCAAAACCCAAACTACAATCAC 340
||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 364 TTCGTCTCCCCCGCCACCAATAACCACCGTCAGACCAGGCAAAACCCAAACTACAACCAC 423
Query 341 CGTCCGTATGGTGTATCGTCGTCTCCTCGTGGCTCAGCTCCTCCGCCTTCATCTGTAGCT 400
||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 424 CGTCCGTATGGTGCCTCTTCTTCTCCTCGTGGCTCAGCTCCTCCGCCTTCATCTGTAGCT 483
Query 401 ACTGTAGCTCCAGCTCAACTATCACAGA-CTCCGAACTTTTCGCCTCTCCAAACCCCAAA 459
|||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 ACTGTAGCTCCAGCTCAACTATCACA-ACCTCCTAACTTTTCGCCTCTCCAAACCCCAAA 542
Query 460 ATCCGATCTTTCATCGGATTTCTCGGGTCGACGATCGACTAGATTCGTCTCCAAGATGCA 519
||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 ATCCGATCTTTCATCGGATTTTTCAGGTAGACGATCGACTAGATTCGTCTCCAAGATGCA 602
Query 520 TTTCGGGCGACCTAAGACTACAATGGCCACTCGACATAGCTCTGCTGCTGAAGATGCACT 579
||||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TTTCGGGCGGCAGAAGACGACAATGGCTACGAGACATAGCTCTGCTGCTGAAGATGCACT 662
Query 580 TCAAAACGCTATCGATTTCTCTGGAGACGATGAGATGTTTCATAGTCTAATGTTGAGCTT 639
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 TCAAAACGCTATTGATTTCTCTGGAGACGATGAGATGTTTCATAGTCTAATGTTGAGCTT 722
Query 640 CGAGTCAAAGCTGTGTGGCTCTGACGACTGTACCTATATAATCCGTGAGTTAGGGAATCA 699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 TGAGTCAAAGCTGTGTGGCTCTGACGACTGTACCTATATAATCCGTGAGTTAGGGAATCG 782
Query 700 TGGTGAGTGCGATAAAGCTGTTGGCTTTTATGAGTTTGCGGTTAAACGAGAGAGGAGAAA 759
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 TAATGAGTGCGATAAAGCTGTTGGCTTTTATGAGTTTGCGGTTAAACGAGAGAGGAGAAA 842
Query 760 GAACGAGCAGGGGAAGTTAGCTAGTGCTATGATAAGTACTCTCGGTAGATATGGCAAAGT 819
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 843 GAACGAGCAGGGGAAGTTAGCTAGTGCTATGATAAGTACTCTTGGTAGATATGGTAAAGT 902
Query 820 AACCATTGCTAAGAGGATTTTCGAAACTGCTTTTTCTGGTGGATATGGAAACACAGTTTA 879
||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 903 AACTATTGCTAAGAGGATTTTCGAAACTGCTTTTGCTGGTGGATATGGAAACACGGTTTA 962
Query 880 CGCCTTCTCGGCTCTT-ATAAGTGCTTATGGGAGAAGTGGGCTCCATGAGGAAGCCATTA 938
||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 963 CGCCTTCTCGGCT-TTGATCAGCGCTTATGGGAGAAGTGGGCTACATGAGGAAGCCATTA 1021
Query 939 GTGTCTTCAACTCCATGAAAGAGTATGGCTTGAGGCCGAATTTGGTTACCTACAATGCTG 998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 GTGTCTTCAACTCCATGAAAGAGTATGGCTTGAGGCCGAATTTGGTTACCTACAATGCTG 1081
Query 999 TGATTGACGCTTGCGGTAAAGGCGGGATGGAGTTTAAGCAAGTAGCCAAGTTTTTCGATG 1058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 TGATTGACGCTTGCGGTAAAGGCGGGATGGAGTTTAAGCAAGTAGCCAAGTTTTTCGATG 1141
Query 1059 AGATGCAGAGGAACTGTGTGCAGCCAGATAGAATAACTTACAACTCTTTGCTTGCTGTTT 1118
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1142 AGATGCAGAGGAACGGTGTGCAGCCAGATAGAATAACTTTCAACTCGTTGCTTGCTGTTT 1201
Query 1119 GCAGTAGAGGAGGGTTGTGGGAAGCAGCAAGGAATCTGTTTGATGAGATGTCGAATAGAA 1178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1202 GCAGTAGAGGAGGGTTGTGGGAAGCAGCAAGGAATCTGTTTGATGAGATGACGAATAGAA 1261
Query 1179 GGATTGAGCAAGATGTCTTTTCTTATAATACTCTTTTGGATGCAATTTGCAAAGGTGGGC 1238
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 GGATTGAGCAAGATGTTTTTTCTTATAATACGCTTTTGGATGCAATTTGCAAAGGTGGGC 1321
Query 1239 AGATGGACCTTGCTTTCGAAATCCTCGCTCAGATGCCAGCTAAGAGAATCATGCCTAATG 1298
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 AGATGGACCTTGCTTTCGAAATCCTTGCTCAGATGCCAGTTAAGAGAATCATGCCTAATG 1381
Query 1299 TTGTAAGTTATAGCACAGTTATTGATGGGTTTGCAAAAGCCGGAAGATTTGATGAAGCTC 1358
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 TTGTAAGTTATAGCACCGTTATTGATGGGTTTGCAAAAGCCGGAAGATTTGATGAAGCTC 1441
Query 1359 TTAACTTGTTTGGTGAGATGAGATATCTTAATATTGCATTGGATAGAGTTTCTTACAATA 1418
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1442 TTAACTTGTTTGGTGAAATGAGATATCTTGGTATTGCATTAGATAGAGTTTCTTACAATA 1501
Query 1419 CATTGCTTTCGATCTATACTAAAGTTGGTAGATCTGAAGAAGCTTTGGATATTCTGAGAG 1478
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 CATTGCTTTCAATCTACACTAAAGTTGGTAGATCTGAAGAAGCTTTGGATATTCTGAGAG 1561
Query 1479 AAATGGCATCTGTTGGGATTAAGAAGGATGTTGTGACTTATAATGCTCTTCTTGGTGGAT 1538
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1562 AAATGGCATCTGTTGGGATTAAAAAGGATGTTGTGACTTATAATGCTCTTCTTGGAGGAT 1621
Query 1539 ATGGGAAACAAGGGAAATATGATGAAGTGAAAAAAGTTTTCGCTGAGATGAAGCGAGAGC 1598
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1622 ATGGGAAACAAGGGAAATATGATGAAGTGAAGAAAGTTTTCACTGAGATGAAGCGAGAGC 1681
Query 1599 ATGTGTTGCCAAACTTACTGACTTATTCAACGTTGATCGATGGGTACTCGAAAGGAGGTT 1658
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1682 ATGTGTTGCCTAACTTACTGACTTATTCAACTTTGATCGATGGGTACTCGAAGGGGGGTT 1741
Query 1659 TGTATAAAGAAGCAATGGAGGTATTTAGGGAGTTTAAGAGTGCCGGATTAAGAGCTGATG 1718
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1742 TGTATAAAGAGGCAATGGAGATATTTAGGGAGTTTAAGAGCGCCGGATTAAGAGCTGATG 1801
Query 1719 TTGTTTTGTACAGTGCATTGATTGATGCATTGTGCAAGAATGGGTTGGTGGGTTCTGCTG 1778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 TTGTTTTGTACAGTGCATTGATTGATGCATTGTGCAAGAATGGGTTGGTGGGTTCTGCTG 1861
Query 1779 TTTCTTTGATCGATGAGATGACAAAGGAAGGGATTTGTCCTAATGTTGTAACTTATAATT 1838
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 TTTCTTTGATCGATGAGATGACAAAGGAAGGAATTAGTCCTAATGTTGTAACTTATAATT 1921
Query 1839 CCATAATCGATGCCTTTGGTCGTTCTGCAACTATGGAGAGATCAGCTGATTATAGCAATG 1898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1922 CCATAATCGATGCCTTTGGTCGTTCTGCAACTATGGACAGATCAGCCGATTATAGCAATG 1981
Query 1899 GTGGATCTTTGCCTTTCTCTTCTTCTACTCTGAGTGAATTGACTGAAACAGAGGGTAATC 1958
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1982 GTGGATCTTTGCCTTTCTCTTCTTCTGCTCTGAGTGCATTGACTGAAACAGAGGGTAATC 2041
Query 1959 GGGTAATACAGTTATTTGGGCAGTTAACAACTGAGGGTAATAACCGCATGACGAAAGATT 2018
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 2042 GGGTAATACAGTTATTTGGGCAGTTAACAACTGAGAGTAACAACCGAACGACGAAAGATT 2101
Query 2019 GTAAGGAGGGTATGCAGGAGCTCTCCTGTATATTGGAAGTTTTCCGCAAAATGCATCAGC 2078
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 GTGAGGAGGGTATGCAGGAGCTCTCCTGTATATTGGAAGTTTTCCGCAAAATGCATCAGC 2161
Query 2079 TTGAAATTAAACCAAATGTTGTAACCTTTTCAGCGATTCTGAATGCTTGCAGTCGGTGTA 2138
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 TGGAAATTAAACCAAATGTTGTAACCTTTTCAGCGATTCTGAATGCTTGCAGTCGGTGTA 2221
Query 2139 ACTCATTTGAAGATGCATCAATGCTGCTAGAGGAGCTCAGGCTGTTTGATAATAAGGTAT 2198
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2222 ACTCATTTGAAGATGCATCAATGCTACTAGAGGAGCTCAGGCTGTTTGATAATAAGGTAT 2281
Query 2199 ATGGTGTTGTTCATGGACTTCTCATGGGTCAGAGAGAGAATGTATGGCTCCAAGCGCAGA 2258
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2282 ATGGTGTTGTTCATGGACTTCTCATGGGCCAGAGAGAGAATGTATGGCTCCAAGCTCAGA 2341
Query 2259 GCTTATTTGACAAAGTAAATGAAATGGACGGTTCAACTGCTTCTGCCTTCTACAATGCTC 2318
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2342 GCTTATTTGACAAAGTAAATGAAATGGATGGTTCGACTGCTTCTGCCTTCTACAATGCCC 2401
Query 2319 TAACCGACATGCTTTGGCACTTTGGTCAGAAACGAGGTGCAGAACTGGTAGCACTTGAGG 2378
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2402 TAACTGACATGCTTTGGCACTTTGGCCAGAAACGAGGTGCAGAACTGGTGGCACTTGAGG 2461
Query 2379 GAAGATCTAGGCAAGTTTGGGAGAACGTGTGGTCTGATTCTTGCTTGGACTTACACCTCA 2438
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 GAAGATCTAGGCAAGTTTGGGAAAACGTGTGGTCTGATTCTTGCTTGGACTTACACCTCA 2521
Query 2439 TGTCTTCTGGAGCTGCACGCGCAATGGTCCATGCGTGGCTACTAAACATACGCTCCATTG 2498
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2522 TGTCTTCTGGAGCTGCACGTGCAATGGTCCATGCGTGGCTACTAAACATACGCTCCATTG 2581
Query 2499 TCTATGAAGGTCATGAGTTACCTAAAGTCTTGAGTATATTGACTGGCTGGGGGAAACACA 2558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 TCTATGAAGGTCATGAGTTACCTAAAGTCTTGAGTATATTGACTGGCTGGGGGAAACACA 2641
Query 2559 GCAAAGTGGTTGGAGACGGAGCACTAAAACGAGCGGTTGAAGTCCTTTTGAGAGGAATGG 2618
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2642 GCAAAGTGGTTGGAGACGGAGCACTAAGACGAGCGGTTGAAGTTCTTTTGAGGGGAATGG 2701
Query 2619 ACGCACCATTCCACCTGTCAAAATGCAACATGGGACGGTTCACATCAAGCGGTTCGGTGG 2678
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 ATGCACCATTCCACCTGTCAAAATGCAACATGGGACGGTTCACATCAAGCGGTTCGGTGG 2761
Query 2679 TAGCAACTTGGCTGCGTGAATCAGCTACACTCAAACTCTTAATCCTCCATGACCACATAA 2738
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 TAGCAACTTGGCTGCGTGAATCAGCCACACTGAAACTCTTAATCCTCCATGACCACATAA 2821
Query 2739 GCA-CCACCAGAGC-A--ACTACAACAATGAAATCAACAGACCAACAACAACGGGAACAG 2794
|| || ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2822 -CAACCGCCACAGCTACTACTACAACAATGAAATCAACAGACCAACAACAACGGAAACAG 2880
Query 2795 ACCTCGCTTACTTTGCAGCCTCTTCTTTTGTAGCTTAGTGTGTGATGTAAAA 2846
|| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2881 ACGTCGTTTGCTTTACAGCCTCTTCTTTTGTAGCTTAGTGTATGATGTAAAA 2932
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 142273450348
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5