BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484020
Length=3384
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G01130.1 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family prot... 5310 0.0
> AT2G01130.1 | Symbols: | DEA(D/H)-box RNA helicase family protein
| chr2:88559-94660 REVERSE LENGTH=3655
Length=3655
Score = 5310 bits (2875), Expect = 0.0
Identities = 3221/3386 (95%), Gaps = 31/3386 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GTTTTGAATTTGGCTCCGATGAAGGATCGTGTTCCTCCTTCCCTGTATGTTCCGCCTCAC 63
|||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 8 GTTTTGAATTTGGCTCCGATGACGAATCGTCTTCCTCCTTCGCTGTACGTTCCGCCTCAC 67
Query 64 CAGCGCCTTCGTTCCGATTACGGCTTCCATCCTCTTCCTCTCTCCCCGGTTCGCTATGTC 123
||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 68 CAGCGCCTTGGTTCCGATTACGGCTTCAATCCTGTTCCTCTCTCTCCAGTTCGCTATGTC 127
Query 124 TCCGCTTATGATGGCAGCGTTCCCGAGGATCGCCAACCGCAGCATCCTTTGGGTACCTTT 183
||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 128 TCCGCTTATGATGACCGCGTTTCCGAGGATCGCCAACCGCAGGA------GGGTACCTTT 181
Query 184 CATTGTGCCAACTTGGATGAATGGAATCGGAAATTTTCAATGCTTTTGCACGATTCTCTT 243
|| |||||| |||||||||| |||||| || |||||||||||||||| | |||||| ||
Sbjct 182 CACTGTGCCGACTTGGATGATTGGAATAAGAGATTTTCAATGCTTTTGAAAGATTCT-TT 240
Query 244 -AAGCAAGAAGTGATTTCCAGGGATAAAAAAGATAGACGGGATTTTGATAAACTTGCTGC 302
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AAAGCAAGAAGTTATTTCCAGGGAGAAAAAAGATAGACGGGATTTTGATAAACTTGCTGC 300
Query 303 TCTGGCTACAACCCTGGGATTGTATAGTCATGCATATGCTAAGGTTGTTGTCTTCAGTAA 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTGGCTACAACCCTGGGATTGTATAGTCATGCATATGCTAAGGTTGTTGTCTTCAGTAA 360
Query 363 GATCCCACTCCCCAACTATAGGTTTGATTTAGATGACAAGAAGCCACAGAGGGAGGTGGA 422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 361 GATCCCACTCCCCAACTATAGGTTTGATTTAGATGACAAGAAGCCACAGAGGGAGGTGAA 420
Query 423 TTTGCATACTGACCTTCTTCAAAGAGTTCAAGCTTACCTCACTGACTACCTCAGTAAAAA 482
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||
Sbjct 421 TTTGCATACTGACCTTCTTCAAAGAGTTGAAGCTTACCTCACAGAATACCTCAGT-AAAA 479
Query 483 AC-CAAAGAGGATAGATAGAGTCCCTGCCAGTTCCTTGTCAAGAACTAGTAGCATAAGCA 541
| | || |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 480 GCTCTAATAGGATAGATAGAGTCCCTGCCAATTCCGTCTCAAGAACTAGTAGCATTAGCA 539
Query 542 GTACCGATGAATGGCTTTCTGAGCCACCAGAGCCCATGGCTGCCACAAACACTACGCTGG 601
|||| ||||||||| |||||||| || | ||| || || | | | || ||
Sbjct 540 GTACTGATGAATGGTTTTCTGAG----CA-A--CCA---CTACC-C-ATCTCT--GC--C 583
Query 602 A-CAAAATTCTTTGGCAAAGGAGTTTGCAGTTGCGTGATCGACAACAATATTGGCAGGCA 660
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 ACCAAAATTCTTTGGCAAAGGAGTTTGCAGCTGCGTGATCGACAACAATATTGGCAGGCA 643
Query 661 TCCGTAGAAGGCCGAAGAATGGTGGAATCTCGGACAAGTCTCCCTGCTTTCAAGCAAAGG 720
||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 TCCGTAGAAGGCCAAAGAATGTTGGATTCTCGTACAAGTCTCCCTGCTTTCAAGCAAAGG 703
Query 721 GATTCAGTATTGACAGCAATTTCACAAAATCAGGTTATTGTTATCTCTGGAGAAACAGGT 780
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 CATTCAGTATTGACAGCTATTTCACAAAATCAGGTTATTGTTATCTCTGGAGAAACAGGT 763
Query 781 TGTGGCAAGACCACACAAATTCCACAGTTTATTTTAGAATCCGAGATTGAAGCAAACCGT 840
|| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 TGCGGCAAGACCACACAAATCCCGCAGTTTATTTTAGAATCCGAGATTGAAGCAAACCGT 823
Query 841 GGAGCTTTTTGCAGTATCATATGTACTCAACCAAGGAGAATATCTGCTATGTCTGTTTCG 900
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 GGAGCTTTTTCCAGTATCATATGTACTCAACCAAGGAGAATATCTGCTATGTCTGTTTCG 883
Query 901 GAGAGGGTTGCTTACGAGAGAGGAGAGCAGTTGGGTGAATCCGTTGGATATAAGGTTCGA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 884 GAGAGGGTTGCTTACGAGAGAGGAGAGCAGTTGGGTGAATCTGTTGGATATAAAGTTCGA 943
Query 961 TTGGAAGGTGTTAGAGGAAGAGATACCCGCCTCCTCTTCTGTACCACAGGCATATTGTTG 1020
||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 944 TTGGAAGGTGTTAAAGGAAGAGATACCCGCTTACTCTTCTGCACCACAGGCATTTTGTTG 1003
Query 1021 AGACGGTTGTTGGTAGATAGAAATTTAAGAGGAGTTACTCATGTTATTGTGGATGAAATT 1080
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1004 AGACGCTTGTTGGTAGATAGAAATTTAAGAGGAGTTACTCATGTTATCGTGGATGAAATT 1063
Query 1081 CATGAGCGTGGAATGAATGAAGATTTCCTCCTTATCATTCTTAAGGATCTGCTATCTCGT 1140
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 CATGAGCGTGGAATGAATGAAGATTTCCTTCTTATCATTCTTAAGGATCTGCTATCTCGT 1123
Query 1141 CGCCCAGAGCTTAAGCTGATTATGATGAGTGCAACTTTAGATGCTGAGCTATTCTCGTCA 1200
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 1124 CGCTCAGAGCTTAAGCTGATTTTGATGAGTGCAACTTTAGATGCGGAGCTTTTCTCGTCA 1183
Query 1201 TACTTTGGTGGGGCAGGTGTCATTCACATTCCAGGATTTACATATCCGGTTCGTAGTTAT 1260
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 1184 TACTTTGGTGGGGCAGGTGTCATTTATATTCCAGGATTTACATATCCAGTTCGTAGTCAT 1243
Query 1261 TTCCTAGAGGATATTCTGGAGATGACCAGGTACAGATTGACTCCATACAATCAAATTGAT 1320
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TTCCTAGAGGATATTCTGGAGATGACCCGGTACAGATTGACTCCATACAATCAAATTGAT 1303
Query 1321 GATTATGGTCAAGAAAGAATGTGGAAGATGAACAAACAGATCCCaaaaaaaCGGAAGAGC 1380
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1304 GATTATGGTCAAGAAAGAACGTGGAAGATGAACAAACAGATCCCAAAAAAACGGAAGAGC 1363
Query 1381 CAAATTGCCTTTGTCGTTGAGGACGCACTGAGAGCGGCTGACTTCAAGGAGTTTAGCCCT 1440
|||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 CAAATTACCTTTGTCGTTGAGGACGCACTGAGAGCAGCTGACTTCAAGGAGTTTAGCCCT 1423
Query 1441 GAGACTCGAGAGTCTTTATCTTGTTGGAATCCTGATTGCATTGGTTTTAACCTCATAGAA 1500
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 GAGACTCGAGAGTCTTTATCTTGTTGGTATCCTGATTGCATTGGTTTTAACCTCATAGAA 1483
Query 1501 TTTCTCCTTTGCCATATATGTGAGAATGAGGGTCCTGGTGGTATTTTAGTTTTTATGACT 1560
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1484 TTTCTCCTTTGCAATATATGTGAGAATGAGGGTCCTGGTGGTATTTTAATTTTTTTGACT 1543
Query 1561 GGGTGGGATGATATCAGCTCTCTGAAGGAAAAACTGCAGATTCATCCAATCTTTGGCAAC 1620
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1544 GGGTGGGATGATATCAGCTCTCTGAAAGAAAAACTGCAGATTCATCCGATCTTTGGCAAC 1603
Query 1621 CCAGATCGGGTTATGTTGCTTGCCTGCCATGGTTCTATGGCAAGTTTTGAGCAGAGGTTA 1680
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1604 CCAGATTTGGTTATGTTGCTTGCCTGCCATGGTTCTATGGAAACTTTTGAGCAGAGGTTA 1663
Query 1681 ATATTTGAAGAACCTGCAAGTGGAGTAAGAAAGATAGTTCTAGCCACTAATATCGCAGAA 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 ATATTTGAAGAACCTGCAAGTGGAGTAAGAAAGATAGTCCTAGCCACTAATATCGCAGAA 1723
Query 1741 ACGAGCATCACGATCAATGATGTTGCTTTTGTCATTGACTGTGGAAAGGCAAAAGAGACC 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 ACGAGCATCACGATCAATGATGTTGCTTTTGTCATTGACTGTGGAAAGGCAAAAGAGACC 1783
Query 1801 TCCTATGATGCATTAAACAATACCCCCTGTTTGCTTCCATCTTGGATTTCCAAGGTTTCA 1860
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 TCCTATGATGCATTAAACAATACCCCCTGTTTGCTTCCTTCTTGGATTTCCAAGGTTTCA 1843
Query 1861 GCTCAGCAGAGAAGAGGACGAGCCGGTCGTGTTCGACCTGGTCAGTGTTATCATCTTTAC 1920
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1844 GCTCAGCAGAGAAGAGGAAGAGCCGGTCGTGTTCGACCTGGACAGTGTTACCATCTTTAC 1903
Query 1921 GCC-AAGTGTGTATATGATGCTTTTGCAGAATATCAGTTGCCTGAAATTTTGAGGACGCC 1979
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1904 -CCAAAGTGCGTATATGATGCTTTTGCAGAATATCAGTTGCCTGAAATTTTAAGGACGCC 1962
Query 1980 TTTACACTCACTGTGTCTGCAAATCAAAAGCTTAAATCTCGGAAGCATATCTGAGTTCTT 2039
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1963 TTTACACTCACTGTGCCTGCAAATCAAAAGCTTAAACCTCGGAAGCATATCCGAGTTCTT 2022
Query 2040 GTCAAGGGCGCTGCAATCTCCTGAACTACTAGCGGTTCAAAAGGCCATTAAATATCTGAA 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2023 GTCAAGGGCGCTGCAATCTCCTGAACTACTAGCCGTTCAAAAGGCCATCGCATTTCTGAA 2082
Query 2100 GATAATAGGCGCATTGGATGAGAATGAATATCTCACAACTCTAGGTCGTTATTTGTCCAA 2159
|||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 GATAATTGGCGCATTGGATGAGAATGAAGACCTCACGACTCTAGGTCGTTATTTGTCCAA 2142
Query 2160 GCTTCCCATGGAGCCAAAGCTTGGAAAAATGCTCATACTAGGAGCTATTCTTGGTTGCCT 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2143 GCTTCCCATGGAGCCAAAGCTTGGAAAAATGCTCATACTAGGAGCTATTCTTGGTTGCCT 2202
Query 2220 TGATCCCATATTGACTGTTGCGGCTGGCCTGAGTGTGAGAGATCCTTTCTTGACACCTCA 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2203 TGATCCCATATTGACTGTTGCGGCTGGCCTGAGTGTGAGAGATCCTTTCTTGACACCTCA 2262
Query 2280 GGACAAGAAAGATCTCGCAGAAGCCGCAAAATCCCAGTTTTCACGTGATCACAGTGATCA 2339
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263 GGACAAGAAAGATCTCGCAGAAGCCGCAAAGTCCCAGTTTTCACGTGATCACAGTGATCA 2322
Query 2340 TCTTGCACTTGTTCGGGCATATGAGGGGTGGAAAAAAGCTGAGGAAGAGTCTGCTGTGTA 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2323 TCTTGCACTTGTTCGGGCATATGAGGGGTGGAAAAAAGCTGAGGAAGAGTCTGCTGTATA 2382
Query 2400 TGATTACTGCTGGAGAAACTTTTTGTCAATACAGTCGCTGAGAGCTATTGATTCTCTTCG 2459
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2383 TGATTACTGCTGGAAAAACTTTCTGTCAATACAGTCGCTGAGAGCTATTGATTCTCTTCG 2442
Query 2460 AAAAGAGTTCTTCTCATTACT-AAAGGATACTGGACTAATAGATGGAAACCCGTCAATCT 2518
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||
Sbjct 2443 AAAAGAGTTCTTCTCATTACTCAAAG-ATACTGGACTTATAGATGGAAACCCATCGATCT 2501
Query 2519 GCAATTCAGAGGGGAATGATGCAAATCTTACTCGAGCAGTTATTTGCTATGGCATGTATC 2578
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2502 GCAATTCAGAGGGGAATGATGCAAATCTTACCCGAGCAGTTATTTGCTATGGCATGTATC 2561
Query 2579 CAGGAATCTGCTCAGTTGTGCATAATGAGAGATCATTTACCCTGAAGACGATGGAGGATG 2638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2562 CAGGAATCTGCTCAGTTGTGCATAATGAGAGATCATTTTCCCTGAAGACGATGGAGGATG 2621
Query 2639 GCCAAGTTCTTCTTTATTCAAATTCTGTAAATGCAAGGGAAACAAAAATACCATATCCGT 2698
|||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2622 GCCAAGTTCTTCTTTACTCAAATTCTGAAAATGCAAGGGAGACAAAAATACCATATCCGT 2681
Query 2699 GGTTGGTGTTCAACGAGAAGATAAAAGTGAACTCCGTTTTCTTGAGGGATTCAACAGCCT 2758
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2682 GGTTGGTTTTCAACGAGAAGATAAAAGTGAACTCCGTTTTCTTGAGGGATTCGACAGCCT 2741
Query 2759 GCTCTGACTCTACTCTTATCCTCTTTGGCGGTAGCATCTCCAAAGGAGACATTGATGGCC 2818
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2742 GCTCTGACTCTACTCTTATCCTCTTTGGCGGTAGCATCTCCAAAGGAGACACTGATGGCC 2801
Query 2819 ACCTGAAAATGTTGGGAGGATACTTGGAGTTTTTCATGAAACCTGATGTTGCAGAGATAT 2878
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2802 ACCTGAAAATGTTGGGAGGATACTTGGAGTTTTTCATGAAACCTGATGTTGCAGAGATAT 2861
Query 2879 ACCAAACCTTGAAGAAAGAGCTTGACGAGCTAATACAGAACAAACTAATTAATCCTAAAG 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2862 ACCAAACCTTGAAGAAAGAGCTTGACGAGCTAATACAGAACAAACTACTTAATCCTAAAG 2921
Query 2939 TGGATATGCAAGCACACCGTGAACTCTTATCAGCTATACGGTTGTTGGTCTCTGAGGATC 2998
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2922 TGGATATGCAAGCACACCGTGAACTCTTATCAGCTATACGGTTGTTGGTCTCTGAGGATG 2981
Query 2999 GATGTGATGGAAGATTTGTGTTTGGTCACCAAATACTTAGGCCTTTGGAAATATCAGCGT 3058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2982 GATGTGATGGAAGATTTGTGTTTGGTCACCAAATACTTAGGCCTTTGGAAATATCGGCGT 3041
Query 3059 TGTCAACAAAACCGTCATTGCTTTCAAGGACCGAAAGTGGGCCAGGGGGTGACAATTCCA 3118
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3042 TGTCAACAAAACCGTCATTGTTTTCAAGGACCGAAAGTGGGCCGGGGGGTGACAATTCCA 3101
Query 3119 AGAGTCAGCTCCAAACAATACTTACAAGGGCTGGTTATGCAGCACCGATGTATAAGACTA 3178
| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 3102 AAAGTCAGCTCCAAACAATACTCACGAGGGCTGGTTATACAGTACCGATGTATAAGACTA 3161
Query 3179 AGCAATTGAAGAACAACAAGTTCCAAACAACGGTAGAGTTTAATGAGACACAGATCATGG 3238
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3162 AGCAGTTGAAGAACAACAAGTTCCAAACAACAGTAGAGTTTAACGAGACACAGATCATGG 3221
Query 3239 GACAGCCTTGCAGCAACAAGAAGAGTGCTGAGAAGGATGCGGCAGCTGAAGCTATACAAT 3298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3222 GACAGCCTTGCAGCAACAAGAAGAGTGCTGAGAAGGATGCGGCAGCTGAAGCTATACAAT 3281
Query 3299 GGCTGAGGGGCGGGGCTAAGGAAAGTCATGAGCAGGTGAATCATATGTCAAAGCTGCTGA 3358
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3282 GGCTGAAGGGAGGGGCTAAGGAAAGTCATGAGCAGGTGAATCATATGTCAAAGCTGCTGA 3341
Query 3359 AGAAAAGCAAGAAAGATCACCTCTGA 3384
||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3342 AGAAAGGCAAGAAAGATCACCTCTGA 3367
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 168410427651
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5