BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg484330 Length=3311 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT3G25690.1 | Symbols: CHUP1 | Hydroxyproline-rich glycoprotein... 5509 0.0 > AT3G25690.1 | Symbols: CHUP1 | Hydroxyproline-rich glycoprotein family protein | chr3:9353834-9357899 FORWARD LENGTH=3384 Length=3384 Score = 5509 bits (2983), Expect = 0.0 Identities = 3210/3320 (97%), Gaps = 14/3320 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 14 CTGTAAAGTTTTGTCAGTACCTGGAAGTTTCTCTTACAGAAGCAAGTGTGTTTATCCATT 73 Query 61 TGTCATAAGGTTCATGAACAGGATTTGGACTAGAGATTTTTCTTGAAGGAACGATGGGTT 120 |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||| Sbjct 74 TGTCATAAGGTTGATGAACAAGATTTGGACTAGAGA-TTGT-TTGAAGGAACGATGGGTT 131 Query 121 GAGTTAGTATCCGTAGAGTGATATTTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 180 |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 132 AAGTTAGTATCAGTAGAGTGATAATTTTAAGGAGACTTTCCGGTTCTGTAGATGAGACGG 191 Query 181 GGAAGGGAATTTATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 240 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 192 GGAAGGGAATTGATTCCCATTTCAAGATTTTAATATATGTTTGTCCGGATAGGGTTTGTT 251 Query 241 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCG 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 252 GTTGCTGCTTCCATTGCAGCAGTTACTGTTAAGCGGCTCAACGTTAAACCCTCCAAACCA 311 Query 301 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGTGATAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACAAC 360 ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 312 AGCAAACCATCAGATAATGGCGAAGGAGGCGACAAAGAACAGTCTGTGGATCCCGACTAC 371 Query 361 AATCTCAATGACAAGAATGTGCAAGAGGAGg-a-a-gaagaagaagaagaGGTGAAACTA 417 |||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 372 AATCTCAATGACAAGAATCTGCAAGAGGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGTGAAACTA 431 Query 418 ATCAACAGCGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTTTTTAGATGATGATATT 477 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 432 ATCAACAGTGTAATCAATCAGACTCGTGGAAGTTTCTCGGACTACTTAGATGATGATATA 491 Query 478 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 537 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 492 TTACCCGAGTTTGAAGATCTTTTATCTGGTGAGATTGAGTATCCATTGCCTGATGATGAT 551 Query 538 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAAATGGCGTATAACGAT 597 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 552 AATAACTTGGAGAAAGCTGAGAAAGAGAGGAAATATGAAGTCGAGATGGCTTATAACGAT 611 Query 598 GGTGAGCTCGAAAGGTTGAAA-CAGTTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 656 |||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 612 GGTGAGCTCGAACGGTT-AAAGCAATTAGTTAAGGAGCTAGAAGAAAGAGAAGTGAAACT 670 Query 657 CGAAGGTGAATTGCTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCGGATATAGTTGAGTT 716 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 671 TGAAGGTGAATTACTCGAGTATTATGGACTTAAAGAGCAAGAATCAGATATCGTTGAGTT 730 Query 717 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATCGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 776 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 731 ACAAAGACAGCTCAAGATCAAGACTGTTGAGATTGATATGTTAAACATCACTATTAATTC 790 Query 777 TCTGCAAGCTGAGAGGAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATAGTAAGAAA 836 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 791 TCTGCAAGCTGAGAGAAAAAAGCTTCAAGAAGAGCTCTCACAAAACGGTATTGTAAGAAA 850 Query 837 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAAGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 896 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 851 GGAGCTTGAAGTGGCGAGAAACAAGATCAAGGAGTTGCAGAGGCAAATCCAACTCGATGC 910 Query 897 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 956 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 911 TAACCAGACGAAAGGACAGTTACTGTTGCTTAAGCAGCATGTATCAAGTCTTCAAATGAA 970 Query 957 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACCGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTTCAGGA 1016 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 971 AGAAGAAGAAGCTATGAATAAAGATACTGAAGTTGAGAGGAAGCTTAAAGCTGTACAGGA 1030 Query 1017 TTTGGAAGTGGAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAACAGAGAGCTTCAATATGAGAAGAG 1076 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| Sbjct 1031 TTTGGAAGTGCAAGTTATGGAACTCAAGAGAAAAAATAGAGAGCTTCAACATGAGAAGAG 1090 Query 1077 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1136 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1091 AGAGTTATCCATTAAACTCGATTCAGCGGAAGCAAGAATTGCAACTCTTTCAAACATGAC 1150 Query 1137 CGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1196 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1151 TGAGAGCGATAAAGTGGCGAAAGTTAGAGAAGAGGTTAACAATTTGAAGCATAACAATGA 1210 Query 1197 GGATTTATTAAAGCAAGTTGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTCAGTGAAGTTGAGGAATT 1256 |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1211 GGATTTGTTAAAGCAAGTGGAAGGGCTTCAAATGAATAGGTTTAGTGAAGTTGAGGAATT 1270 Query 1257 GGTTTATCTCCGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1316 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1271 GGTTTATCTACGTTGGGTCAATGCATGTTTACGGTATGAGTTAAGAAACTACCAGACACC 1330 Query 1317 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1376 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1331 AGCTGGTAAAATCTCAGCTCGTGACTTAAGCAAGAACCTAAGCCCCAAGTCCCAAGCAAA 1390 Query 1377 AGCAAAACGGTTAATGCTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1436 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1391 AGCAAAACGGTTAATGTTAGAGTATGCTGGTTCAGAGCGTGGCCAAGGAGATACCGACTT 1450 Query 1437 AGAAAGCAACTACTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCGAT 1496 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1451 AGAAAGCAACTATTCTCAACCTTCATCTCCGGGAAGCGATGATTTCGATAATGCTTCAAT 1510 Query 1497 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTGAGTAGTTTTAGCAAGAAACCAGGATTGATTCAGAAACT 1556 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1511 GGATAGTTCCACAAGTAGGTTTAGTAGTTTTAGCAAGAAGCCAGGATTGATTCAGAAACT 1570 Query 1557 CAAGAGATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCGAGCGTTCAATCGTCGCCTTCAAGATCATT 1616 |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1571 TAAGAAATGGGGCAAAAGCAAGGATGATTCAAGCGTTCAATCATCGCCTTCAAGATCATT 1630 Query 1617 CTATGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGCATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1676 || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1631 TTACGGAGGATCACCGGGAAGACTTAGCTCGAGTATGAATAAACAGAGAGGTCCTTTAGA 1690 Query 1677 ATCTTTGATGATTAGAAACGCCGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1736 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1691 ATCTTTGATGATTAGAAACGCTGGTGAATCCGTAGCCATAACAACATTTGGTCAAGTGGA 1750 Query 1737 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCTAGAATCCGAACACAACAACA 1796 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 1751 TCAAGAATCTCCTGGTACCCCTGAAACACCGAATCTTCCAAGAATCAGAACACAACAACA 1810 Query 1797 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1856 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1811 AGCTTCTTCTCCGGGTGAGGGTTTGAATTCCGTTGCAGCATCGTTCCACGTGATGTCTAA 1870 Query 1857 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1871 ATCGGTTGACAATGTTTTGGATGAGAAGTATCCTGCGTACAAAGACAGGCATAAGTTGGC 1930 Query 1917 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCGAGAGCAGAGAGATTTGG 1976 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1931 AGTTGAAAGAGAGAAGCACATTAAGCATAAAGCAGATCAAGCAAGAGCAGAGAGATTTGG 1990 Query 1977 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTGGTTCC 2036 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1991 CGGTAATGTGGCTTTGCCTCCTAAACTTGCTCAACTAAAGGAGAAAAGGGTTGTTGTTCC 2050 Query 2037 CTCCGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAGTCTAACGAAGGTAA 2096 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2051 CTCTGTGATCACAGCCACAGGTGATCAGTCTAACGAGTCAAATGAATCTAACGAAGGTAA 2110 Query 2097 AGCCAACGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2156 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2111 AGCCAGCGAAAACGCTGCAACCGTAACCAAAATGAAGCTTGTAGACATTGAGAAACGACC 2170 Query 2157 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCATCTGGAGCTGGTAAAAGTACCA-CTTTGC 2215 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||| || Sbjct 2171 TCCTAGAGTACCTCGCCCGCCTCCAAGATCAGCTGGAGGTGGTAAAAGTACTAACTT-GC 2229 Query 2216 CTTCAGCAAGACCTCCCTTacctggtggaggtccaccaccacctcctccaccacctggcg 2275 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2230 CTTCAGCAAGACCTCCTTTACCTGGTGGTGGTCCACCACCACCTCCTCCACCACCTGGCG 2289 Query 2276 gtgggcctcctcctccacctggtGGTGGGCCGCCGCCACCACCACCGCCTCCTGGAGCAC 2335 |||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2290 GTGGACCGCCTCCTCCACCTGGCGGTGGACCACCTCCACCACCACCTCCTCCTGGAGCAC 2349 Query 2336 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGCAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2395 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2350 TTGGAAGAGGAGCGGGAGGCGGGAACAAAGTTCACCGAGCTCCTGAGCTTGTTGAGTTTT 2409 Query 2396 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2455 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2410 ATCAATCATTGATGAAACGTGAATCGAAGAAAGAAGGTGCACCTTCTTTGATCTCTTCAG 2469 Query 2456 GAACTGGTAATTCATCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2515 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2470 GAACTGGTAATTCTTCAGCAGCTAGGAACAATATGATTGGGGAAATCGAGAACCGATCAA 2529 Query 2516 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTTCAGTCATTAG 2575 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 2530 CATTCCTCTTAGCAGTAAAAGCGGATGTGGAGACACAAGGGGACTTTGTACAGTCGTTAG 2589 Query 2576 CAACTGAAGTCCGAGCTGCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2635 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2590 CAACTGAAGTCCGAGCTTCTTCTTTCACCGACATAGAAGATCTCTTGGCGTTCGTTAGCT 2649 Query 2636 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGATT 2695 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2650 GGCTAGATGAAGAGCTCTCCTTCTTGGTTGATGAAAGGGCAGTTCTTAAACACTTTGACT 2709 Query 2696 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2755 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2710 GGCCAGAAGGTAAAGCTGATGCGCTACGAGAAGCAGCTTTTGAATATCAAGATCTTATGA 2769 Query 2756 AACTGGAGAAGCAAGTTACTTCCTTTGTCGATGATCCTAATCTCCCTTGTGAACCTGCTT 2815 ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2770 AACTGGAGAAGCAAGTTACGTCCTTTGTTGATGATCCTAATCTCTCTTGTGAACCTGCTT 2829 Query 2816 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2875 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2830 TGAAGAAGATGTACAAGTTGCTAGAGAAGGTTGAACAAAGTGTATACGCGCTTTTACGTA 2889 Query 2876 CAAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2935 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2890 CGAGAGACATGGCGATTTCACGATATAAAGAATTCGGGATTCCAGTTGATTGGTTATCTG 2949 Query 2936 ATACTGGCGTCGTAGGGAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 2995 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2950 ATACTGGCGTCGTAGGAAAGATCAAGCTTTCGTCAGTCCAGCTCGCGAAGAAGTACATGA 3009 Query 2996 AACGAGTAGCTTATGAGCTTGATTCAGTGAGTGGCTCTGATAAAGATCCTAACAGAGAGT 3055 ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| Sbjct 3010 AACGAGTAGCTTATGAGCTAGATTCAGTGAGCGGATCCGATAAAGATCCGAACAGAGAGT 3069 Query 3056 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3115 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3070 TCTTGCTTCTCCAAGGTGTTCGTTTCGCGTTTAGAGTCCATCAGTTTGCTGGAGGGTTTG 3129 Query 3116 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAAGAACTAAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3175 ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3130 ATGCAGAGAGCATGAAAGCATTTGAGGAACTTAGAAGCAGAGCCAAAACTGAAAGTGGAG 3189 Query 3176 GAGAC-AAGAATAATAATAATAACAA---CAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3231 | | || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3190 -ACAATAATAATAATAATAATAATAATAGCAATGAAGAAGAATCTGTAAACTGAGTTTTA 3248 Query 3232 TTACTTTTCTATGTATCATTTGTATCACATACATGATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3291 |||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3249 TTACTTCTCTCTGTATCATTTGTATCACATACTTCATTTATAGTACAGTGAAATTTATAG 3308 Query 3292 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3311 |||||||||||||||||||| Sbjct 3309 ATTCTTGTAAAAAGAAATAC 3328 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 164748240812 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5