BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg484907
Length=2710
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G45140.1 | Symbols: LOX2, ATLOX2 | lipoxygenase 2 | chr3:165... 4145 0.0
> AT3G45140.1 | Symbols: LOX2, ATLOX2 | lipoxygenase 2 | chr3:16525410-16529352
FORWARD LENGTH=2837
Length=2837
Score = 4145 bits (2244), Expect = 0.0
Identities = 2562/2717 (94%), Gaps = 16/2717 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAAAGATGTTTTGTAGAGAGTCCTTGTCGAGTCTCCAGACCTTGAGCGTAGCAAAGAGT 60
||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 22 AAAAATATGTATTGTAGAGAGTCCTTGTCGAGTCTCCAGACTTTGAACGTAGCAAAGAGT 81
Query 61 CTCAGCTCTTTGTTCCCTAAACAATCAGCACTCATCAACCCGATTTCCACCGGACGTCGA 120
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 82 CTCAGCTCTTTGTTCCCTAAACAATCAGCTCTCATCAACCCGATCTCCGCTGGACGTCGA 141
Query 121 AACAACTTGCCTCGTCCGAACCTCAGAAGACGATGTAAGGTCACCGCTTCACGGTCTAAT 180
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 142 AACAACCTGCCTCGTCCAAACCTCAGAAGACGATGTAAGGTCACCGCTTCACGGGCTAAT 201
Query 181 ATTGAACAGGAAGGTAACATAGTGAAAGAACCCATTCAGAAAATCAAAGTAAAGGGATAC 240
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 202 ATTGAACAAGAAGGTAACACAGTGAAAGAACCCATTCAGAATATTAAAGTAAAGGGATAC 261
Query 241 ATAACAGCCCAAGAAGAGTTTCTGGAGGGCATAACTTGGTCCAGAGGTCTAGATGACATC 300
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 262 ATAACGGCCCAAGAAGAGTTTCTGGAGGGCATAACTTGGTCGAGAGGTCTCGATGACATT 321
Query 301 GCTGATATCCGTGGCAGATCATTGCTTGTCGAGCTTATTAGCGCCAAGAGTGACCAGCGG 360
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 322 GCTGATATCCGCGGCAGATCATTGCTCGTCGAGCTTATTAGCGCCAAGACTGACCAGCGG 381
Query 361 ATTACGGTAGAAGACTATGCACAACGTGTATGGGCCGAAGCCCCCGATGAGAAGTACGAG 420
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 382 ATTACGGTAGAAGACTACGCACAACGTGTATGGGCCGAAGCCCCTGATGAGAAGTACGAG 441
Query 421 TGCGAGTTTGAGATGCCTGAAGACTTTGGACCCGTGGGAGCCATCAAGGTTCAAAACCAA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 442 TGCGAGTTTGAGATGCCTGAAGACTTTGGACCAGTGGGAGCCATCAAGATTCAGAACCAA 501
Query 481 TACCATAGACAGTTGTTCCTCCAA-GGGATGGAGCTTGAGTTACCCGGCGGGTCGGTTAC 539
|||||| ||||||||||||| ||| ||| | |||||| | ||||||||||||||| | ||
Sbjct 502 TACCATCGACAGTTGTTCCT-CAAGGGGGTAGAGCTTAAATTACCCGGCGGGTCGATAAC 560
Query 540 GTTTACATGTGAGTCATGGGTGGCCCCTAAGAACGTTGACCCAACCAAGAGGATATTCTT 599
||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 561 GTTTACATGTGAGTCATGGGTGGCCCCCAAGTCCGTTGACCCAACCAAGCGGATATTCTT 620
Query 600 CTCCAACCAGTCTTACTTGCCTTCCGAAACACCGGAGCCTCTTAAAAAGTATCGAAAGGA 659
|||| || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 621 CTCCGACAAGTCCTACTTGCCTTCCCAAACACCAGAGCCTCTTAAAAAGTATCGAAAAGA 680
Query 660 GGAGCTAGAGACCTTACAAGGCAAGAACCGCGAGCAAGTTGGTGAATTTACCAAGTTTGA 719
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 GGAGCTCGAGACCTTACAAGGCAAGAACCGCGAGGAAGTTGGTGAATTTACCAAGTTTGA 740
Query 720 GCGCATTTACGACTATGATGTGTACAACGATGTGGGTGATCCTGACAATGATCCTGAACT 779
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GCGCATTTACGACTATGATGTGTACAACGATGTTGGTGACCCTGACAATGATCCTGAACT 800
Query 780 TGCTCGTCCCGTCATTGGAGGCCTCCA-ACATCCGTATCCAAGGCGTTGCAAGACTGGTC 838
||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 801 TGCTCGTCCGGTAATTGGAGGCCT-CACACATCCATATCCAAGGCGTTGCAAGACCGGTC 859
Query 839 GCAAACCTTGTGAGACTGACCCTTCCTCAGAGCAACGCTACGGGGGAGAGTTCTATGTCC 898
| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 860 GAAAACCTTGTGAGACTGACCCCTCTTCAGAGCAACGCTACGGGGGAGAGTTCTATGTAC 919
Query 899 CAAGAGACGAGGAGTTCTCTACAGCCAAGGGCACTTCATTCACAGGAAAGGCCGT-CTTG 957
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||
Sbjct 920 CAAGAGACGAGGAGTTCTCTACAGCCAAGGGCACTTCATTCACAGGCAAGGCCGTAC-TG 978
Query 958 GCAGCTCTTCCCTCCGTCTTCCCGCAGATCGAATCTGTTCTGTTGGA-TCCCCAATCGCC 1016
||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||| ||
Sbjct 979 GCAGCTCTTCCCTCCATCTTCCCTCAGATCGAGTCTGTTCTATT-GAGTCCCCAAGAACC 1037
Query 1017 ATTTCCACATTTCAAGGCCATACAAAATCTCTTTGAAGAAGGTATCCAGCTTCCCAAGGA 1076
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1038 TTTTCCACACTTCAAGGCCATACAAAATCTCTTTGAAGAAGGCATTCAGCTTCCCAAGGA 1097
Query 1077 TGCTGGCCTTTTACCTCTGCTCCCCAGAATCATCAAAGCTCTTGGTGAAGCTCAAGATGA 1136
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1098 TGCTGGCCTCTTACCTCTGCTCCCCAGAATCATCAAAGCTCTTGGCGAAGCTCAAGATGA 1157
Query 1137 TATTCTTCAGTTTGAAGCCCCAGTTCTCATTAACAGGGATAGATTTTCATGGTTACGAGA 1196
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158 TATTCTCCAGTTTGATGCCCCAGTTCTCATTAACAGGGATAGATTTTCATGGTTACGAGA 1217
Query 1197 CGACGAGTTCGCTCGCCAGACACTTGCAGGCCTTAATCCTTACAGCATTCAGCTAGTTGA 1256
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1218 CGACGAGTTTGCTCGCCAGACACTTGCCGGCCTTAATCCTTATAGCATTCAGCTAGTTGA 1277
Query 1257 AGAGTGGCCGTTAAAAAGCAAACTAGACCCGGCAGTTTATGGAGATCCCACCTCACTCAT 1316
|||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1278 AGAGTGGCCGTTAATAAGCAAACTAGACCCGGCCGTTTATGGTGATCCCACCTCACTCAT 1337
Query 1317 TACTTGGGAAATTGTAGAAAAAGAAGTTAAAGGAAACATGACAGTTGATGAGGCTCTAAA 1376
||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338 TACTTGGGAAATTGTGGAAAGAGAAGTTAAAGGAAACATGACAGTTGATGAGGCTCTAAA 1397
Query 1377 GAATAAGAGATTGTTCGTGTTGGATTATCACGATTTGCTTCTACCATATGTGAACAAAGT 1436
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 GAATAAGAGATTGTTCGTGTTGGATTATCATGATTTGCTTCTACCATATGTGAACAAAGT 1457
Query 1437 GAGAGAGTTGGATAACACAACCTTATATGCTTCTCGAACACTATTCTTCCTCAGTGATGA 1496
||||||||| | || || || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1458 GAGAGAGTTAAACAATACCACATTATATGCTTCTAGAACACTATTCTTCCTCAGCGATGA 1517
Query 1497 TAGCACATTGAGGCCTGTTGCCATTGAGTTGACTTGTCCCCCAAATATCAACAAGCCTCA 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1518 TAGCACATTGAGGCCTGTTGCCATTGAGTTGACTTGTCCACCAAATATCAACAAGCCCCA 1577
Query 1557 ATGGAAACAAGTCTTCACGCCAGGCTATGATGCTACGTCATGCTGGCTATGGAATCTTGC 1616
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 ATGGAAACAAGTCTTCACGCCAGGCTATGATGCTACGTCATGCTGGCTATGGAATCTTGC 1637
Query 1617 TAAAACTCATGCTATCTCTCATGACGCTGGTTATCATCAGCTTATTTCCCATTGGTTGAG 1676
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 TAAGACTCATGCTATCTCTCATGACGCCGGTTATCATCAGCTTATTTCCCATTGGTTGAG 1697
Query 1677 GACTCATTGC-TGTACGGAGCCATACATAATAGCGGCAAATAGACAACTAAGTGCCATGC 1735
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 GACTCAT-GCCTGTACGGAGCCATACATAATAGCGGCAAATAGACAACTAAGTGCCATGC 1756
Query 1736 ATCCAATTTATAGGCTTTTGCATCCTCATTTCCGCTACACCATGGAGATCAACGCTCGTG 1795
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1757 ATCCCATTTATAGGCTTTTGCATCCTCATTTCCGCTACACCATGGAAATCAACGCTCGTG 1816
Query 1796 CACGCCAAAGTCTTGTCAATGGAGGTGGAATCATTGAGACTTGTTTTTGGCCCGGGAAGT 1855
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1817 CACGCCAAAGTCTTGTCAACGGAGGTGGAATCATTGAGACTTGTTTCTGGCCCGGGAAGT 1876
Query 1856 ATTCATTAGAGCTAAGTTCAGCCGTCTATGGTAAACTATGGAGGTTCGACAAGGAAGGCT 1915
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1877 ATGCATTAGAGCTAAGTTCAGCCGTCTATGGTAAACTATGGAGGTTTGACCAGGAAGGCT 1936
Query 1916 TACCGGCAGATCTCATCGGAAGGGGGCTGGCTGAGGAAGATGAGACCGCGGAACATGGAC 1975
|||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1937 TACCCGCGGATCTCATCAAAAGGGGGTTGGCTGAGGAAGATAAGACCGCAGAACATGGAG 1996
Query 1976 TACGCCTAAGGATACCAGACTACCCATTTGCGAATGACGGTCTAATATTGTGGGATGCAC 2035
|||| || | |||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1997 TACGTCTGACGATACCAGACTATCCATTTGCAAATGATGGTCTAATATTGTGGGATGCAA 2056
Query 2036 TTAAGGAATGGGTGACAGACTATGTGAAACACTATTATCCAGATGATGGACTGATCACAT 2095
|||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| | |||||||||||
Sbjct 2057 TTAAAGAATGGGTGACAGACTATGTGAAACATTACTATCCTGATGAAGAACTGATCACAT 2116
Query 2096 CGGACGACGAACTCCAAGGATGGTGGCA-TGAAGTGCGGACCATAGGGCACGGTGATAAG 2154
||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||| || |||
Sbjct 2117 CGGACGAGGAACTCCAAGGATGGTGG-AGTGAAGTGCGGAACATAGGCCACGGAGACAAG 2175
Query 2155 AAAGACGAACCTTGGTGGCCTGTCCTCAAAACACAAGATGACTTGATTGGTGTGGTAACT 2214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2176 AAAGACGAACCTTGGTGGCCTGTCCTCAAAACACAAGATGACTTGATTGGTGTGGTAACT 2235
Query 2215 ACAATTGCATGGGTCACCTCAGGTCACCATGCAGCTGTAAATTTTGGACAGTACGGATAT 2274
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2236 ACGATTGCATGGGTCACCTCAGGTCACCATGCAGCTGTAAACTTTGGACAGTACGGATAT 2295
Query 2275 GGAGGATACTTTCCCAACCGACCAACGACAACAAGGAGAAGAATGCCAACGGAAGATCCG 2334
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2296 GGAGGATACTTTCCCAACCGACCAACGACAACAAGGATAAGAATGCCAACGGAAGATCCG 2355
Query 2335 ACAGATGAAGACCT-AAAAGAGTTCTATGAGTCACCAGAAAAAGTGTTGCTTAAGACATA 2393
|||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 ACAGATGAAG-CCTTAAAAGAGTTCTATGAGTCGCCAGAAAAAGTGTTGCTTAAGACATA 2414
Query 2394 CCCATCGCAGAAACAGGCAACCCTAGTGATGGTCACTTTGGATCTTTTATCAACCCATTC 2453
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2415 CCCATCGCAGAAACAGGCGACCCTAGTGATGGTCACGTTGGATCTTTTATCAACACATTC 2474
Query 2454 ACCTGACGAAGAGTACATAGGAGAACAACAAGAAGCATCTTGGGCCAATGACCCTGTTAT 2513
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2475 ACCTGACGAAGAGTACATTGGAGAACAACAAGAAGCATCTTGGGCCAATGAGCCTGTTAT 2534
Query 2514 CAATGCTGCATTTGAAAAATTCAAAGGTAAGCTCCAATATCTAGAAGGAGTGATAGATGA 2573
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 CAATGCTGCATTTGAAAGATTCAAAGGCAAGCTCCAATATCTAGAAGGAGTGATAGATGA 2594
Query 2574 GAGAAACGTGAACGTTACTCTAAAGAATAGAGCTGGAGCTGGTGTTGTTAAGTATGAGCT 2633
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2595 GAGAAACGTGAACATTACTCTAAAGAATAGAGCTGGAGCTGGTGTTGTTAAGTATGAGCT 2654
Query 2634 TTTGAAGCCC-CTCTCTGAGCATGGTGTTACCGGAATGGGTGTTCCTTATAGTATTTCTA 2692
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2655 TTTGAAGCCTAC-CTCTGAGCATGGTGTTACCGGAATGGGTGTTCCTTATAGTATTTCTA 2713
Query 2693 TTTGATCTATGCATTTT 2709
|||||||||||||||||
Sbjct 2714 TTTGATCTATGCATTTT 2730
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134597908069
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5