BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485379
Length=3264
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G50240.1 | Symbols: KICP-02 | ATP binding microtubule motor ... 5116 0.0
> AT3G50240.1 | Symbols: KICP-02 | ATP binding microtubule motor
family protein | chr3:18623262-18628888 REVERSE LENGTH=3378
Length=3378
Score = 5116 bits (2770), Expect = 0.0
Identities = 3134/3303 (95%), Gaps = 51/3303 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTAAAGCTTCTTCTTCACTTTTTCTTCTCCTTCTCCCGAGGAAGAAGACGAAATTGAGAC 60
|||||||||||||||||| || || | |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 GTAAAGCTTCTTCTTCAC---TT-TT-T-CTTCTCCCGAGGAACAAGACGAAATTGAGAC 54
Query 61 TCTGATTCAACTTTTCTTCTTC-TGAATTGTAGAAGAAGAGAAGAATT--TCGATGGAAT 117
||||||||||||||||||| || | | | || |||||| || || ||| ||||||||||
Sbjct 55 TCTGATTCAACTTTTCTTC-TCAT-ACTCGTCGAAGAAAAGGAG-ATTCCTCGATGGAAT 111
Query 118 CACA---TT-C-T-TCG------------TC-AC-CGT-CGTCGTC--T-TCGTCGGAGA 153
|||| || | | ||| || | | | ||||||| | ||||||||||
Sbjct 112 CACATTCTTCCTTATCGTCCTCTTCTTCTTCTTCTCCTCCGTCGTCGTTGTCGTCGGAGA 171
Query 154 GTTGTTCCGTGAAAGTCGCGGTTAACGTTCGTCCTTTGATCGGAGATGAAGTAACTCAAG 213
|||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 GTTGTTGTGTTAAAGTAGCGGTTAACGTTCGTCCTTTGATCGGAGATGAAGTAACTCAAG 231
Query 214 GTTGTAGGGAATGCGTTTCTGTTTCTCCGGTAACGCCTCAGGTGCAAATGGGAACACATT 273
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 GTTGTAGGGAATGCGTTTCTGTTTCTCCGGTAACTCCTCAGGTGCAAATGGGAACACATC 291
Query 274 CATTCACATTTGATCATGTATATGGAAGTAATGGTTCTCCATCATCTTTGATGTTTGAAG 333
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 292 CATTTACATTTGATCATGTATATGGAAGTAATGGTTCTCCATCTTCTTTGATGTTTGAAG 351
Query 334 AATGTGTTGCTCCTCTTGTTGATGGTTTGTTTCATGGATACAATGCTACTGTCTTGGCTT 393
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 AATGTGTTGCTCCTCTTGTTGATGGTTTGTTTCATGGATACAATGCTACTGTCTTGGCTT 411
Query 394 ATGGTCAGACAGGATCTGGGAAGACTTACACTATGGGGACTGCTTTTAAAGATGGTACAA 453
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 412 ATGGTCAGACAGGATCTGGAAAGACATACACTATGGGGACTGGTATTAAAGATGGTACAA 471
Query 454 GAAATGGGTTGATTCCTCAAGTTATGAGTGCTTTGTTCAATAGAATTGATTCAGTAAAGC 513
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 472 AAAATGGGCTGATTCCTCAAGTTATGAGTGCTTTGTTCAACAAAATTGATTCAGTAAAGC 531
Query 514 ACCAAATGGGGTTCCAGTTACATGTCTCTTTCATCGAGATTTTAAAAGAAGAAGTTCTGG 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 ACCAAATGGGGTTCCAGTTACATGTCTCTTTCATCGAGATTTTAAAAGAAGAAGTTCTGG 591
Query 574 ATTTGCTGG--A-TAGTGTGCCGTTTAACAGACTAGCTAATGGAACCCCTGGAAAGGTTG 630
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 592 ATTTGCTGGATAGTAGTGTGCCGTTTAACAGACTAGCCAATGGAACCCCTGGGAAGGTTG 651
Query 631 TTCTAAGTAAGTCACCGGTGCAGATTCGTGAATCACCAAACGGGGTTATAACACTATCCG 690
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 TTCTTAGTAAGTCACCGGTGCAGATTCGTGAATCACCAAACGGGGTTATAACACTATCCG 711
Query 691 GTGCAACTGAAGTTCCCATAGCTACTAAAGAAGAAATGGCGTCCTGTTTAGAGCAAGGAT 750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 712 GTGCAACTGAAGTTCCCATAGCTACTAAAGAAGAAATGGCTTCCTGCCTAGAGCAAGGAT 771
Query 751 CTCTTACCAGGGCAACTGGGAGTACAAATATGAATAATGAGTCGAGTCGGTCACATGCCA 810
|||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 CTCTAACCAGGGCAACTGGGAGCACCAATATGAATAATGAGTCGAGTCGGTCACATGCCA 831
Query 811 TCTTCACGATCACCTTAGAACAGATGCGCAAAATCCCTTCGATCTCAGTGGTTAAAGACA 870
|||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 832 TCTTCACGATTACCTTAGAACAAATGCGCAAGATATCTTCAATCTCAGTGGTTAAAGACA 891
Query 871 CAGTAGATGAAGATATGGGTGAGGAATATTGTTGTGCCAAGCTTCACCTGGTAGATCTTG 930
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 892 CCGTAGATGAAGATATGGGTGAGGAATATTGTTGTGCCAAGCTTCACTTGGTAGATCTTG 951
Query 931 CTGGATCTGAAAGAGCTAAACGAACAGGTTCAGGCGGTGTTCGATTAAAAGAAGGAATTC 990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 CTGGATCTGAAAGAGCTAAACGAACAGGTTCAGGCGGTGTTCGATTAAAAGAAGGAATTC 1011
Query 991 ACATCAACAGGGGGCTTCTTGCACTTGGTAATGTCATCAGTGCGCTTGGGGATGAGAAAA 1050
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 ACATCAATAGGGGACTTCTTGCACTTGGTAATGTTATCAGTGCGCTTGGGGATGAGAAAA 1071
Query 1051 AGCGAAAAGAAGGTGCTCATGTTCCCTACCGTGATAGTAAACTTACTCGGTTATTGCAGG 1110
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 GGCGAAAAGAAGGTGCACATGTTCCATACCGTGATAGTAAACTTACTCGGTTATTGCAGG 1131
Query 1111 ATTCTCTTGGTGGGAATAGTAAAACAGTCATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCTGACATCA 1170
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 ATTCTCTTGGTGGAAATAGTAAAACAGTCATGATAGCTTGCATCAGTCCTGCTGACATCA 1191
Query 1171 ATGCTGAGGAAACTCTTAACACGCTCAAATATGCAAATCGTGCCCGGAATATCCAGAACA 1230
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1192 ATGCTGAGGAAACTCTTAACACGCTCAAGTATGCAAATCGTGCTCGGAATATCCAGAACA 1251
Query 1231 AACCTGTTGCCAATAAAGACTTAATATGTTCTGAGATGCAAAAGATGCGTCAACAGCTAC 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1252 AACCTGTTGCCAATAAAGACTTAATATGTTCTGAGATGCAAAAGATGCGTCAAGAGCTAC 1311
Query 1291 AATATCTACAAGCTGCACTTTGTGCTCGTGGGGAAACC-C--CAGAGGAAGTGCAGGTTA 1347
|||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||| |
Sbjct 1312 AATATCTACAAGCTACACTTTGTGCTCGTGGGGCAACCTCATCAGAGGAAGTGCAGGTAA 1371
Query 1348 TGCGAGAGAAAATCATGAAGCTAGAGTCTGCCAATGAAGAGCTTTCTCGAGAACTTCACA 1407
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 TGCGAGAGAAAATCATGAAACTAGAGTCTGCCAATGAAGAGCTTTCTCGAGAACTTCACA 1431
Query 1408 TTTATCGCAGCAAGAGAGCT-ACTCTTGATTCTTGCAATATTGATGCACAGGAAGATGGT 1466
| |||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 TCTATCGCAGCAAGAGAG-TGACTCTTGATTATTGCAATATTGATGCACAGGAAGATGGT 1490
Query 1467 GTAAATTTTCCAAAAGATGATGGCCTTAAAAGGGGCTTCGAAAGCATGGATTCAGATTAT 1526
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 GTAATTTTTTCAAAAGATGATGGCCTTAAAAGGGGTTTCGAAAGCATGGATTCAGATTAT 1550
Query 1527 GAAATGAGTGAAGCAACATCAGGTGGAATTTCTGAAGATATTGCCGCAGCAGAAGAGTGG 1586
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1551 GAAATGAGTGAAGCAACATCAGGTGGAATTTCTGAAGATATTGGTGCAGCAGAAGAGTGG 1610
Query 1587 GAACATGCACTTAGGCAGAATAGCATGGGCAAGGAATTAAATGAACTAAGTAAACGTCTG 1646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 GAACATGCACTTAGGCAGAATAGCATGGGCAAGGAACTAAATGAACTAAGTAAACGTCTT 1670
Query 1647 GAGGAGAAAGAGTCCGAGATGAAAGTATGTGGGATTGGAACTGAAACTATCAGACAACAC 1706
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 GAGGAGAAAGAGTCCGAGATGAGAGTATGTGGGATTGGAACTGAAACTATCAGACAACAT 1730
Query 1707 TTCGAGAAGAAAATGATGGAACTTGAGAAAGAGAAAAGAACTGTACAGGTTGAGAGAGAT 1766
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1731 TTCGAAAAAAAAATGATGGAACTTGAGAAAGAGAAAAGAACTGTACAGGATGAGAGAGAT 1790
Query 1767 CTATTGTTGGCTGAAGTTGAGGAACTTGCAGCTAGTTCTGATAGACAAGCACAAGTTGCA 1826
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 ATGTTGTTGGCTGAAGTTGAGGAACTTGCAGCTAGCTCTGATAGACAAGCACAAGTTGCA 1850
Query 1827 AGAGATAACCATGCACACAAATTAAAAGCACTTGAGACACAGATTTTAAATCTTAAGAAG 1886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 AGAGATAACCATGCACACAAATTAAAAGCACTTGAGACACAGATTTTAAATCTTAAGAAG 1910
Query 1887 AAACAAGAAAATCAAGTTGAGATCTTaaaacaaaagcaaaaaaGTGAAGATGCAGCAAAG 1946
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 AAACAAGAAAATCAAGTTGAGGTCTTAAAACAAAAGCAAAAAAGTGAAGATGCAGCAAAG 1970
Query 1947 CGTTTGAAAGCTGAAATACAATGCATCAAGTCTCAAAAGGTTCAACTACAACAGAAGATG 2006
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 CGTTTGAAAACTGAAATACAATGCATCAAGGCTCAAAAGGTTCAACTACAACAGAAGATG 2030
Query 2007 AAACAAGAAGCTGAACAATTCCGGCAATGGAAAGTTTCTCAAGAGAAGGAGTTGTTGCAG 2066
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 AAACAAGAAGCTGAACAATTCCGGCAGTGGAAAGCTTCTCAAGAGAAGGAGTTGTTGCAG 2090
Query 2067 CTTAAGAAAGAAGGAAGAAAAACTGAGCATGAAAGACTCAAACTCGAAGCTCTCAATCGA 2126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 CTTAAGAAAGAAGGAAGAAAAACTGAGCATGAAAGACTCAAACTCGAAGCTCTCAATCGA 2150
Query 2127 CGTCAGAAAATGGTTCTTCAGAGAAAAACAGAGGAAGCAGCAATGGCTACCAAAAGACTT 2186
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 CGTCAGAAAATGGTTCTTCAGAGAAAAACAGAAGAAGCAGCAATGGCTACCAAAAGACTT 2210
Query 2187 AAAGAGCTGCTAGAAGCCCGCAAGTCTTCACTATCA-GTTTT-TCCAGTGACTACCAATG 2244
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | | || ||||| | ||||||
Sbjct 2211 AAAGAGCTGCTAGAAGCCCGCAAGTCTTCACC-TCATGATATATC-AGTGATTGCCAATG 2268
Query 2245 GTCAACCACCAACTAGACAGATGAACGAAAAAACTCTTCGGAAATGGCTTGATAACGAGC 2304
| |||||||||| | |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2269 GCCAACCACCAAGTCGACAGACGAATGAAAAATCTCTTCGGAAATGGCTGGATAACGAGC 2328
Query 2305 TAGAGGTTATGGCAAAAGTACATCAAGTTCGTTTTCAATATGAAAAGCAAATTCAAGTCC 2364
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2329 TAGAGGTTATGGCAAAAGTACATCAAGTTCGTTTTCAATATGAAAAGCAAATTCAAGTAC 2388
Query 2365 GAGCTGCATTGGCTGAAGAGTTAACATCGTTGAAACAAGAGATGGAGTTTCCTTCAAGTC 2424
|||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2389 GAGCTGCACTGGCTGTAGAGTTAACATCGTTGAGACAAGAGATGGAGTTTCCTTCAAATT 2448
Query 2425 CCCATCAAGAGAAAAATGGACAGTTCAGATTTTTATCACCAAACACAAGATTGGAGAGAA 2484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 CCCATCAAGAGAAAAATGGACAGTTCAGATTTTTATCACCAAACACAAGATTGGAGAGAA 2508
Query 2485 TAGCTTCTCTTGAGAGTATGTTAGATGTTTCCTCAAATGCTCTCACAGCTATGGCCTCTC 2544
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2509 TAGCTTCTCTTGAGAGTATGTTGGATGTTTCCTCAAATGCTCTCACAGCCATGGGCTCTC 2568
Query 2545 AGCTCTCAGAAGCAGAGGAAAGAGAGCATAGCGTACATGCTAAGACTCGGTGGAACCACG 2604
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2569 AGCTCTCAGAAGCAGAGGAAAGAGAGCATAGCCTACATGCTAAGCCTCGGTGGAACCACA 2628
Query 2605 TTCAGTCCATGACTGATGCCAAGTATTTGCTTCAATATGTGTTTGATTCCACTGCTGAAG 2664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TTCAGTCCATGACTGATGCCAAGTATTTGCTTCAATATGTGTTTGATTCCACTGCTGAAG 2688
Query 2665 CAAGGTGCAAAATCTGGGAGAAAGACAAAGACATCAAAGAGAAGAAGGAACAACTCAATG 2724
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2689 CAAGGTCCAAAATCTGGGAGAAAGACAGAGACATCAAAGAGAAGAAGGAACAGCTCAATG 2748
Query 2725 ACCTCCTCTGCTTATTACAACTAACCGAAGTCCAGAACCGAGAAATCGTTAAAGAGaaaa 2784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2749 ACCTCCTCTGCTTATTACAACTAACCGAAGTCCAGAACCGAGAAATCCTTAAAGAGAAAA 2808
Query 2785 aaaCAAGGGAGCAAACAGTTTCCATTGCGCTGGCTTCATCATCATCATCATACTCGGGAA 2844
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 AGACAAGGGAGCAAACAGTGTCCATTGCGCTGGCTTCAACATCATCATCATACTCGGGAA 2868
Query 2845 GTTCAAGAAGCTCATCAAAGCACTATGGAGATAATAATGCTAGTGAC--CC-ATCATCTC 2901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||
Sbjct 2869 GTTCAAGAAGCTCATCAAAGCACTATGGAGATAATAACGCTAGTGACGACCCATCATCTC 2928
Query 2902 CATCTTCTACTTATCATCGAGCAACAAAGCATCTCAAATACGCTGGACCAGGTATAGTCA 2961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||
Sbjct 2929 CATCTTCTACTTATCATCGAGCAACAAAGCATCTCAAATACACTGGGCCGGGTATAGTCA 2988
Query 2962 ATATCTCGGTGAGAGAATCAGAAGCTTTATTAGAAGAGACGAGGAAGATGAAAGCAATGA 3021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2989 ATATCTCGGTGAGAGAATCAGAAGCTTTATTAGAAGAGACGAGGAAGATGAAAGCAATGA 3048
Query 3022 AGAAAATGGGACAGAGTGGGAAGCTATGGAAGTGGAAGAGAAGTCACCATCAATGGCTGC 3081
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3049 AGAAAATGGGACAGAGTGGCAAGCTATGGAAGTGGAAAAGAAGTCACCATCAATGGCTGC 3108
Query 3082 TTCAGTTTAAATGGAAATGGCAGAAACCATGGAAACTCTCTGAGTGGATAAAGCAGAATG 3141
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3109 TTCAGTTTAAATGGAAATGGCAGAAACCATGGAAACTCTCTGAGTGGATAAAGCAGAACG 3168
Query 3142 ATGAGACCACTATGCACTTCATGTCTAAGAGTCATCatgatgatgatgatgatCACTCGT 3201
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3169 ATGAGACCACTATGCACGTCATGTCTAAGAGTCATCATGATGATGAGGATGATCACTCGT 3228
Query 3202 GGAACCGACACTCAATGTTTCAAGGTGCTTAAAGCTGTATGTATATACAAGAGCCttttt 3261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3229 GGAACCGACACTCAATGTTTCAAGGTGCTTAAAGCTGTATGTATATACAAGAGCCTTTTT 3288
Query 3262 ttt 3264
|||
Sbjct 3289 TTT 3291
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 162390394491
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5