BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg485968
Length=3404
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT3G55410.1 | Symbols: | 2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 comp... 5722 0.0
> AT3G55410.1 | Symbols: | 2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component
| chr3:20541435-20546034 FORWARD LENGTH=3494
Length=3494
Score = 5722 bits (3098), Expect = 0.0
Identities = 3308/3410 (97%), Gaps = 12/3410 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGTGGAGAAAGACGATTGTTGAATGCGTTATTGTAATTGTTAAGTATTGAAGTTAAAGCA 60
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 55 AGTGTAGAACGACGATTGTTGAATGCGTTATTGTAATTGTTAAGAATTGAAGTTAAAGTG 114
Query 61 TTGTTTTTGAATCTGGTGAAATGGTGTGGTTTCGAGCTGGTTCGAGTGTTACAAAGCTAG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 115 TTGTTTTTGAATCTGGTGAAATGGTGTGGTTTCGTGCTGGTTCCAGTGTTACAAAGCTAG 174
Query 121 CTGTTAGAAGGATTTTGAATCAGGGTGGTTCGTATGCGACGAGGACACGGTCTCTTCCGT 180
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 175 CTGTTAGAAGGATTTTGAATCAGGGTGCTTCGTATGCGACGAGGACACGGTCTATTCCGT 234
Query 181 CTCAAACTCGTTCCTTTCACTCGACTATTTACAGACCAAAGGCTCAGAGTGCTCCTGTTC 240
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 235 CTCAAACTCGTTCCTTTCACTCGACTATATGCAGACCAAAGGCTCAGAGTGCTCCAGTTC 294
Query 241 CTAGAGCTGTACCTCTTTCTAAGCTAACTGATAGTTTCTTAGATGGGACGAGCAGTGTTT 300
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 295 CTAGAGCTGTTCCTCTTTCTAAGCTAACTGATAGTTTCTTAGATGGGACGAGCAGTGTCT 354
Query 301 ATCTTGAGGAGTTACAAAGGGCTTGGGAAGCTGATCCTAACAGTGTAGATGAGTCTTGGG 360
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 ACCTTGAGGAGTTACAAAGGGCTTGGGAAGCTGATCCTAACAGTGTAGATGAGTCTTGGG 414
Query 361 ATAATTTCTTTAGGAACTTTGTCGGTCAGGCTGCCACGTCTCCTGGCATTTCTGGGCAGA 420
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 415 ATAATTTCTTTAGGAACTTTGTTGGTCAGGCTGCCACGTCTCCTGGCATCTCTGGGCAGA 474
Query 421 CAATTCAGGAGAGTATGAGGCTGTTGCTACTTGTCAGGGCTTATCAGGTGAATGGTCACA 480
|||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 CAATTCAGGAGAGTATGAGGCTGTTGTTACTTGTTAGGGCTTATCAGGTGAATGGTCACA 534
Query 481 TGAAAGCAAAGTTGGATCCGTTAGGTTTGGAACAGCGAGAGATCCCTGAGGATCTTGACT 540
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 TGAAAGCGAAGTTGGATCCGTTAGGTTTGGAACAGCGAGAGATCCCTGAGGATCTTGACT 594
Query 541 TGGCTCTTTATGGATTCACTGAGGCTGATCTTGACAGAGAGTTCTTCTTGGGAGTGTGGC 600
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 595 TGGCTCTTTATGGATTCACTGAGGCTGACCTTGACAGAGAGTTCTTCTTGGGGGTGTGGC 654
Query 601 AGATGTCAGGATTCATGTCTGAGAACCGACCAGTGCAGACCCTTCGTTCCATATTGACAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AGATGTCAGGATTCATGTCTGAGAACCGACCAGTGCAGACCCTTCGTTCCATATTGACAA 714
Query 661 GGCTTGAACAGGCATACTGTGGGAATATTGGGTTTGAGTATATGCACATTGCAGATCGGG 720
|||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 715 GGCTCGAACAGGCATACTGTGGGAATATCGGATTTGAGTATATGCACATTGCAGATCGAG 774
Query 721 ATAAATGTAATTGGTTGAGAGAAAAGATTGAAACACCAACTCCTTGGCAGTACAACAGGG 780
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 775 ATAAATGTAACTGGTTGAGAGAAAAGATTGAGACACCAACTCCTTGGCGGTACAACAGGG 834
Query 781 AGCGCCGTGAGGTGATTCTCGATCGGCTTGCATGGAGTACTCAGTTTGAGAATTTCTTAG 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 835 AGCGCCGTGAGGTGATTCTCGATCGGCTTGCATGGAGTACTCAGTTCGAGAATTTCTTAG 894
Query 841 CTACCAAGTGGACAACAGCTAAGAGATTTGGACTTGAGGGAGGAGAATCATTAATTCCTG 900
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CTACCAAGTGGACAACAGCCAAAAGATTTGGACTTGAGGGAGGAGAATCATTAATTCCTG 954
Query 901 GTATGAAGGAGATGTTTGACAGGGCCGCAGACCTTGGAGTAGAGAGTATTGTTATTGGAA 960
| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 GAATGAAGGAGATGTTTGACAGAGCAGCAGATCTTGGAGTAGAGAGTATTGTTATTGGAA 1014
Query 961 TGTCTCACAGAGGAAGATTGAATGTTCTGGGTAATGTTGTTCGGAAGCCACTCCGTCAGA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 TGTCTCACAGAGGAAGATTGAATGTTCTGGGTAATGTTGTTCGGAAGCCACTCCGTCAGA 1074
Query 1021 TATTTAGTGAGTTCAGTGGTGGTATTAGGCCTGTAGATGAAGTTGGCTACACTGGAACTG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 TATTTAGTGAGTTCAGTGGTGGTATTAGGCCTGTAGATGAAGTTGGCTACACTGGAACTG 1134
Query 1081 GTGATGTCAAATATCACTTGGGAACCTCTTATGATCGACCTACAAGAGGTGGGAAGAAAA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GTGATGTCAAATATCACTTGGGAACCTCTTATGATCGACCTACAAGAGGTGGGAAGAAAA 1194
Query 1141 TCCATCTCTCTTTGGTTGCTAATCCAAGTCACTTGGAAGCTGCAGATTCTGTTGTTGTTG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 TCCATCTCTCTTTGGTTGCTAATCCAAGTCACTTGGAAGCTGCAGATTCTGTTGTTGTTG 1254
Query 1201 GCAAAACCAGAGCAAAACAGTACTACTCCAATGATTTAGACAGGACCAAAAATTTAGGTA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GCAAAACCAGAGCAAAACAGTACTACTCCAATGATTTAGACAGGACCAAAAATTTAGGTA 1314
Query 1261 TTTTGATTCATGGAGATGGTAGTTTTGCTGGACAAGGGGTAGTTTACGAAACTCTGCATC 1320
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||
Sbjct 1315 TTTTGATTCACGGAGATGGTAGTTTTGCTGGACAAGGGGTAGTCTATGAAACTCTCCATC 1374
Query 1321 TTAGTGCTCTTCCAAACTACACCACCGGGGGAACCATACATATTGTGGTGAACAACCAAG 1380
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TTAGTGCTCTTCCAAACTACACCACCGGAGGAACCATACATATTGTGGTGAACAACCAAG 1434
Query 1381 TGGCTTTTACTACAGACCCAAGGGCTGGGAGATCTTCCCAGTATTGTACGGATGTTGCTA 1440
||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1435 TGGCTTTCACGACAGATCCAAGGGCGGGGAGATCTTCCCAGTATTGTACTGATGTTGCAA 1494
Query 1441 AGGCTTTGAGTGCTCCCATCTTTCATGTTAATGGGGATGATGTTGAGGCTGTTGTTCATG 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 AGGCTTTGAGTGCTCCCATCTTTCATGTTAATGGGGATGATGTTGAGGCTGTTGTTCATG 1554
Query 1501 CCTGCGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACTTTTCATTCTGATGTTGTCGTTGATTTGG 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 CCTGCGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGTCAGACTTTTCATTCTGATGTTGTCGTTGATTTGG 1614
Query 1561 TTTGCTACCGTAGGTTCGGGCATAATGAGATAGATGAACCATCCTTCACTCAGCCAAAAA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1615 TTTGCTACCGTAGGTTCGGGCATAATGAGATAGATGAACCATCTTTCACTCAGCCAAAAA 1674
Query 1621 TGTACAAGGTTATCAAAAATCATCCTTCAACCCTTCAGATCTACCACAAAAAGCTCTTGG 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TGTACAAGGTTATCAAAAATCATCCTTCAACCCTTCAGATCTACCACAAAAAGCTCTTGG 1734
Query 1681 AATGCGGTGAAGTATCACAACAGGATATCGACCGGATACAGGAAAAGGTTAACACCATCC 1740
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 AATGCGGTGAAGTATCACAACAGGATATTGACCGGATACAGGAAAAGGTTAACACCATCC 1794
Query 1741 TCAATGAAGAATTTGTCGCTAGTAAAGACTATCTCCCTAAGAAACGAGATTGGCTTTCAA 1800
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 TCAATGAAGAATTTGTCGCTAGTAAGGACTATCTCCCTAAGAAACGAGATTGGCTTTCAA 1854
Query 1801 CCAATTGGGCTGGATTTAAGTCTCCTGAACAGATCTCACGTGTTAGAAACACTGGCGTCA 1860
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 CCAATTGGGCTGGATTTAAGTCTCCTGAGCAGATCTCACGTGTTAGAAACACTGGCGTCA 1914
Query 1861 AACCAGAGATACTTAAGACTGTTGGCAAGGCAATTTCATCGCTTCCAGAAAACTTCAAGC 1920
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AACCAGAGATACTGAAGACTGTTGGCAAGGCAATTTCATCTCTTCCAGAAAACTTCAAGC 1974
Query 1921 CACACAGGGCAGTGAAGAAAGTTTATGAACAACGTGCCCAAATGATTGAATCAGGAGAAG 1980
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1975 CACACAGGGCAGTGAAGAAAGTTTATGAACAACGTGCCCAAATGATTGAATCAGGAGAGG 2034
Query 1981 GAGTTGACTGGGCTCTTGCAGAAGCTCTTGCTTTTGCTACCTTAGTTGTGGAAGGCAATC 2040
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GAGTTGACTGGGCCCTTGCAGAAGCTCTTGCTTTTGCTACCTTAGTTGTGGAAGGCAATC 2094
Query 2041 ATGTCCGGTTGAGTGGTCAAGATGTCGAACGAGGAACATTTAGTCATCGTCATTCTGTCC 2100
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 ATGTCCGATTGAGTGGTCAGGATGTCGAACGAGGAACATTTAGTCATCGTCATTCTGTCC 2154
Query 2101 TTCATGACCAGGAAACTGGAGAAGAGTATTGTCCTCTAGATCATCTCATCATGAATCAGG 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TTCATGACCAGGAAACTGGAGAAGAGTATTGTCCTCTAGATCATCTCATCATGAATCAGG 2214
Query 2161 ATCCTGAGATGTTTACTGTTAGCAACAGTTCTCTTTCAGAATTTGGTGTCCTTGGGTTCG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2215 ATCCTGAGATGTTTACTGTTAGCAACAGTTCTCTTTCAGAATTTGGTGTCCTTGGGTTCG 2274
Query 2221 AATTGGGTTACTCCATGGAAAGCCCAAACTCGTTGGTATTATGGGAAGCTCAGTTTGGAG 2280
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2275 AATTGGGTTACTCCATGGAAAGCCCGAACTCGTTGGTACTATGGGAAGCTCAGTTTGGAG 2334
Query 2281 ACTTCGCCAATGGAGCTCAGGTGATATTTGATCAGTTCATCAGCAGTGGAGAAGCCAAAT 2340
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 ACTTCGCCAATGGAGCTCAGGTGATATTTGATCAGTTCATCAGCAGTGGAGAAGCCAAAT 2394
Query 2341 GGCTGCGTCAAACCGGGCTTGTTATGCTACTTCCCCATGGTTATGATGGTCAGGGCCCTG 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2395 GGCTGCGTCAAACCGGGCTTGTTATGCTACTTCCCCATGGTTATGATGGTCAGGGACCTG 2454
Query 2401 AACATTCAAGTGCGAGGTTGGAACGTTACCTTCAGATGAGTGATGATAATCCCTATGTCA 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2455 AACATTCAAGTGCGAGGTTGGAACGTTACCTTCAGATGAGTGATGATAATCCCTATGTCA 2514
Query 2461 TACCAGACATGGAACCAACGATGCGAAAGCAAATTCAAGAATGTAATTGGCAGATTGTCA 2520
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 TACCAGACATGGAACCAACAATGCGAAAGCAAATTCAAGAATGTAATTGGCAGATTGTCA 2574
Query 2521 ATGCCACAACTCCTGCCAACTATTTCCATGTTCTGCGGCGACAGATACACAGAGACTTCC 2580
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 ATGCCACAACTCCCGCCAACTATTTCCATGTTCTGCGGCGACAGATACACAGAGACTTCC 2634
Query 2581 GTAAGCCTCTGATTGTAATGGCACCAAAGAACTTGCTTCGTCACAAGGATTGCAAATCAA 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2635 GTAAGCCTCTGATTGTAATGGCACCAAAGAACTTGCTCCGTCACAAGGACTGCAAATCAA 2694
Query 2641 ATCTCTCAGAGTTTGATGATGTCCAAGGCCACCCAGGTTTTGACAAGCAAGGAACTAGAT 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2695 ATCTCTCAGAGTTTGATGATGTCCAAGGCCACCCAGGTTTTGACAAGCAAGGAACTAGAT 2754
Query 2701 TTAAGCGATTAATCAAGGATCAGAATGATCACTCTGATCTTGAAGAAGGCATCAGAAGAT 2760
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2755 TTAAGCGATTAATCAAGGATCAGAATGATCACTCTGATCTTGAAGAAGGCATCAGAAGAT 2814
Query 2761 TGGTACTTTGCTCCGGAAAGGTCTATTATGAGCTTGATGATGAGCGGAAGAAGGTTGGCG 2820
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2815 TGGTACTTTGCTCCGGAAAGGTCTATTATGAGCTTGATGATGAACGGAAGAAGGTTGGCG 2874
Query 2821 CAACCGATGTTGCTATCTGTAGAGTGGAACAGCTTTGTCCTTTCCCATATGATCTCATTC 2880
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 CAACAGATGTTGCTATCTGTAGAGTTGAACAGCTTTGTCCTTTCCCATATGATCTCATTC 2934
Query 2881 AGCGTGAGCTCAAGAGATATCCAAATGCGGAGATCGTTTGGTGCCAAGAAGAGGCTATGA 2940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2935 AGCGTGAGCTCAAGAGATATCCAAATGCGGAGATCGTTTGGTGCCAAGAAGAGGCGATGA 2994
Query 2941 ACATGGGAGCATTCAGCTACATATCGCCGCGGCTATGGACAGCAATGAGAAGCTTAAACA 3000
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2995 ACATGGGAGCATTCAGCTACATATCTCCACGGCTATGGACAGCAATGAGAAGCGTAAACA 3054
Query 3001 GGGGAGATATGGAAGACATTAAGTACGTTGGCCGTGGTCCTTCTGCTGCAACTGCCACCG 3060
| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3055 GAGGAGATATGGAAGACATTAAGTATGTTGGTCGTGGTCCTTCTGCTGCAACTGCCAC-G 3113
Query 3061 GGTT-CTACACTTTCCATGTCAAAGAGCAAGCTGAGCTTGTCCAGAAAGCCATAGGAAAG 3119
|||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3114 GGTTTCTATACTTTCCATGTCAAAGAGCAAGCCGGGCTTGTCCAGAAAGCCATCGGAAAG 3173
Query 3120 GAGCCCATCAATTAAAA-CTCTTCCTTTTTAAATGAATTCTCAGACCGAAAAGGaaaaaa 3178
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||| | ||||
Sbjct 3174 GAACCCATCAATTAAAAACTCTTCCTTTTTAAATGACTTCTCAGACTGATAAG-AGAAAA 3232
Query 3179 aGGAGAAAACTTTGAAATAAGAACTTTGGGTGATGCAAAAGTGCTAAACAACACTGACAA 3238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3233 AGGAGAAAACTTTGAAATAAGAACTTTGGGTGATGCAAAAGTGCTAAACAACACTGTCAA 3292
Query 3239 AATCCTCTGTTTCTTTGTTATAtttttttGGTCCCATTGATTTTGAGCCTGCCTAGTGTT 3298
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3293 AATCCGCTGTTTCTTTG--ATATTTTTTTGGTCCCATTGATTTTGAGCCTGGCTCGTGTT 3350
Query 3299 GC-AGGTCAAAACAT-aaaaaaaaaTCTCATATTGATACACAGttttgttattgctcttc 3356
|| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3351 GCCAG-TCAAAACATTAAAAAAAAATCTTATATTGATATACAGTTTTGTTATTGCTCTTC 3409
Query 3357 tttttt-cttctttga-tacatcttttgcgttgtcattgtctttttcCTT 3404
|||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3410 TTTTTTTCTTCTTTGAAT-CATCTTTTGCGTTGTCATTGTCTTTTCCCTT 3458
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 169413766511
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5