BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg487706 Length=2178 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G08650.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:2806... 3596 0.0 > AT5G08650.1 | Symbols: | Small GTP-binding protein | chr5:2806323-2813264 REVERSE LENGTH=2300 Length=2300 Score = 3596 bits (1947), Expect = 0.0 Identities = 2117/2196 (96%), Gaps = 24/2196 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 CTCTCAAAACAGT----AGAGGTGTAGAGA-CTTACACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 55 ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CTCTCAAAACAGTAGAGAGAGGTGTAGAGAGCTTAGACAGTGCCATGGCCATGGCTTCTG 60 Query 56 CTATGGACTTA---TCTCCTCCAACGTTCTTCTTATCCGGAACTTCTACATCTTCTTCTT 112 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 61 CTATGGACTTATCTTCTCCTCCAACGTTTTTCTTATCCGGAACTTCTACA------TCTT 114 Query 113 CCCCTTCTGTCCGTCGCCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTTATC 172 |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 115 CCCCATCTCTCCGTCGTCTCTCCTCCATTTCCGTCTCTGGATTCCGCCGTCACTCTAATC 174 Query 173 GTAAGTTACAGATACTTTGCCAGGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGTGGTCTCTCTG 232 | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 175 GGAAGTTACAGATACTTTGCCAAGCCACAGCTGGAACTGAGCCTCAGAGCGGTCTCTCTG 234 Query 233 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCGATTT 292 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 235 TCTCTGGCTCCAAATTAGCCGCCCGTTCTGGTCAAGACCGTCTTTTGAAGGTTCCAATTT 294 Query 293 CAAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 352 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 295 CGAACATCAGGAATTTTAGTATTATAGCTCATATTGATCATGGGAAATCTACGTTAGCGG 354 Query 353 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 412 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 ATAAGTTGCTTCAGGTGACTGGTACTGTTCAGAACAGAGATATGAAGGAGCAGTTTCTTG 414 Query 413 ATAACATGGATTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 472 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 415 ATAACATGGACTTAGAGAGAGAACGAGGCATCACTATCAAGCTTCAGGCAGCTCGAATGC 474 Query 473 GTTATGTTTATGAAGATACACCATATTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 532 |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 475 GTTATGTTTATGAAGATACACCGTTTTGCCTCAACTTGATAGATACTCCAGGTCATGTTG 534 Query 533 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTCG 592 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 535 ATTTCTCTTACGAGGTTTCCCGATCTCTTGCTGCTTGCGAGGGTGCTCTTCTTGTTGTGG 594 Query 593 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 652 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 595 ATGCATCCCAGGGTGTGGAAGCACAAACATTGGCTAATGTGTATTTGGCCTTGGAAAACA 654 Query 653 ACCTCGAAATTATTCCTGTTTTGAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGTCAGAGAAAG 712 |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 655 ACCTCGAAATTATTCCCGTTTTAAATAAGATTGACCTTCCAGGCGCTGAGCCAGAGAAAG 714 Query 713 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGCTCAG 772 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 715 TTCTCAGGGAGATTGAGGAGGTTATTGGGTTAGATTGTAGCAAAGCGATATTCTGTTCGG 774 Query 773 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCGGCAC 832 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 775 CAAAGGAGGGAATTGGTATTACCGAGATTTTGGATGCAATTGTTCAAAGGATACCTGCAC 834 Query 833 CTCTCGATACTGCAGGAAATCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 892 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 835 CTCTCGATACTGCAGGAAAGCCCTTAAGAGCTTTAATTTTTGACAGTTATTATGATCCAT 894 Query 893 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGTGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 952 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 895 ATCGTGGTGTCATTGTATACTTTCGAGTTATCGATGGGAAAGTGAAGAAAGGCGACAGAA 954 Query 953 tttttttCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTCGCGGATGAAGTTGGAGTTCTATCTCCAA 1012 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 955 TTTTTTTCATGGCAAGCGGAAAGGATTATTTTGCGGATGAAGTCGGAGTTCTATCTCCAA 1014 Query 1013 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1072 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 ATCAAATTCAAGTGGATGAATTATATGCGGGTGAGGTAGGATATATTGCGGCTTCTGTAA 1074 Query 1073 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1132 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 GATCTGTTGCAGATGCCAGGGTAGGAGATACAATAACACATTATAGCAGAAAGGCAGAAA 1134 Query 1133 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTTTGTGGCCTTTTTCCAGTTG 1192 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1135 GCTCTTTACCTGGTTACGAGGAAGCTACCCCTATGGTGTTCTGTGGTCTTTTTCCAGTTG 1194 Query 1193 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1252 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 ACGCTGACCAGTTTCCCGATCTTCGCGATGCATTGGAAAAACTGCAACTCAATGATGCTG 1254 Query 1253 CACTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCAAGTGCCATGGGTTTTGGCTTTAGATGCGGTTTTT 1312 || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1255 CATTGAAGTTTGAGCCTGAAACTTCGAGTGCCATGGGATTTGGCTTTAGATGCGGGTTTT 1314 Query 1313 TGGGTCTTCTACACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1372 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1315 TGGGTCTTCTCCACATGGAAATTGTGCAGGAAAGGCTAGAGAGGGAGTACAACTTAAATC 1374 Query 1373 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1432 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1375 TTATTACCACAGCTCCAAGTGTTGTTTATAGGGTGAACTCTGTAAATGGTGATACTACTT 1434 Query 1433 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1492 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1435 TGTGCTCAAATCCATCACGCCTTCCAGATCCTGGGCAAAGGAAATCGGTCGAGGAGCCAT 1494 Query 1493 ATGTTAAGATTGAGCTGCTTACACCAAAAGACTATATCGGTGCGCTTATGGAGCTCGCCC 1552 | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 1495 ACGTTAAGATTGAACTGCTCACACCAAAAGACTATATTGGTGCGCTTATGGAGCTCGCTC 1554 Query 1553 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATTGCTGAGAACAGAGCTTCGATCC 1612 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 1555 AAGAGAGGAGAGGGGAGTTCAAAGAAATGAAATATATAGCTGAGAACAGAGCTTCAATCC 1614 Query 1613 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGAGATTTCTTTGATCAATTGAAGTCGAGAA 1672 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1615 TCTATGAGTTACCTCTTGCAGAGATGGTGGGTGATTTCTTTGACCAATTGAAGTCGAGAA 1674 Query 1673 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCAGTTATTGGGTACAGGGAAAGCGATCTGATAA 1732 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1675 CCAAGGGATATGCTAGCATGGAATACTCCGTTATTGGGTACAGGGAAAGTGATCTGATAA 1734 Query 1733 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGAG 1792 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1735 AACTCGATATTCTGATTAATGCTGAAATGGTGGAACCTTTGTCAACCATCGTACACAGGG 1794 Query 1793 ATAAGGCATATTCTGTTGGGAGAGCTTTGACTCAAAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1852 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1795 ATAAGGCATATTCCGTTGGGAGAGCTTTGACTCAGAAACTCAAAGAGCTTATTCCACGAC 1854 Query 1853 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1912 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1855 AAATGTTTAAAGTGCCCATCCAGGCTTGTATAGGATCCAAGGTGATTGCTAGTGAAGCAC 1914 Query 1913 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1972 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 TCTCAGCAATCAGAAAAGATGTTTTGGCAAAATGTTATGGTGGAGATATTTCTCGGAAGA 1974 Query 1973 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2032 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 AGAAGCTTCTTAAGAAACAGGCGGCAGGTAAGAAGAGAATGAAAGCCATAGGTAGAGTTG 2034 Query 2033 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCGGTCCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2092 ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2035 ATGTCCCTCAAGAAGCTTTCATGGCCGTTCTCAAACTTGAACGAGAAGTATTGTGACATC 2094 Query 2093 TTGTGGGTTTCTCCACTT--T---T-AAG-T-CACT-CAA-ATATTTCATTTGATCACTT 2142 ||||||||||||||||| | | ||| | |||| || |||||| |||| |||| || Sbjct 2095 TTGTGGGTTTCTCCACTGAGTCACTCAAGATTCACTACATCATATTTTATTTTATCATTT 2154 Query 2143 TGTAATGTTATGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2178 |||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2155 TGTAATATTCTGCAAACTAATTTCACATAATGCAAT 2190 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 108031572840 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5