BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg487943
Length=3365
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G11110.1 | Symbols: SPS1, ATSPS2F, KNS2, SPS2F | sucrose pho... 5262 0.0
> AT5G11110.1 | Symbols: SPS1, ATSPS2F, KNS2, SPS2F | sucrose phosphate
synthase 2F | chr5:3536226-3541133 FORWARD LENGTH=3576
Length=3576
Score = 5262 bits (2849), Expect = 0.0
Identities = 3225/3402 (95%), Gaps = 44/3402 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCGCCAAATCACCTCTTTCCCTCTCCTTCTTCTTCG--TCTCTCGTTCGTTTTCTAGAAA 58
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 TCGCCAAATCACCTCTTTCCCTCTCCTTCTTCTTCGTCTCTCTCGTTCGTTTTCTAGAAA 62
Query 59 -CTGACATCTCTCTTCCTTCTCCAAATTTCGTAAC-C-CACCATCATCAATATTT-TATA 114
||| |||| ||||||| |||||| | || ||| | || ||||||| | ||| ||||
Sbjct 63 CCTGTCATC-CTCTTCCATCTCCAGA--TCACAACACTAACTATCATCACT-TTTGTATA 118
Query 115 TCCGA-T-C-----C-CGAGTTTTTGCAGAGAGATTGCTTTCTGGTTTCTCCGGATCGTT 166
||||| | | | | |||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||||
Sbjct 119 TCCGATTCCTGATTCACCAGTTTTTGTAGAGAGATTGGTTTCTGCTTTCTCCAGATCGTT 178
Query 167 GAGTT-TGG-GAGCGAACAATAATGGTGGGAAACGACTGGGTTAATAGTTACCTGGAGGC 224
||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 179 GAGTTCGGGAGAGCGAACACCAATGGTGGGAAACGACTGGGTGAATAGTTACCTGGAGGC 238
Query 225 GATTCTCGCTGCCGAACCTGGAATCGGCAATTCTAAATCGCCTGGAAACGGCAATTCCAA 284
||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||| |||||||
Sbjct 239 GATTCTCGCAGCCGAACCTGGAATCGCCAATTCCAAACCGCCTGGAACCGGCGATTCCAA 298
Query 285 ATCGTCTCTTCTGCTGAGAGAGCGTGGCCATTTCAGTCCTACTCGTTATTTCGTCGAAGA 344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 299 ATCGTCTCTTCTGCTGAGAGAGCGTGGCCATTTCAGTCCCACTCGTTATTTCGTTGAAGA 358
Query 345 GGTTATCACAGGCTTCGATGAGACTGATCTTCACCGTTCCTGGGTTCAGGCTGCTGCGAC 404
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 359 GGTTATCACAGGCTTTGATGAGACTGATCTTCACCGTTCCTGGGTTCAGGCTGCTGCAAC 418
Query 405 GAGAAGTCCGCAAGAGCGGAACACGAGGTTGGAGAATTTGTGTTGGAGGATCTGGAATTT 464
|| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 419 CAGGAGTCCGCAAGAGCGTAACACAAGGTTGGAGAATTTGTGCTGGAGGATCTGGAATTT 478
Query 465 GGCTCGTCAGAAGAAGCAGGTTGAAGGGAAGAATGCTAAGCGTGAAGCTAAAAGGCAGCG 524
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 479 GGCTCGCCAGAAGAAGCAGGTTGAAGGGAAGAATGCTAAGCGTGAAGCTAAAAGGGAGCG 538
Query 525 TGAACGTGAAAAAGCAAGGAGGGAAGTAACTGCTGAGATGTCAGAAGATTTCTCTGAAGG 584
||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 539 TGAGCGTGAGAAAGCAAGGAGGGAAGTAACTGCTGAAATGTCTGAAGATTTCTCTGAAGG 598
Query 585 AGAGAAGGCAGATTTGCCTGGTGAAATCCCAACTCCTAGTGATAACAACACCAAAGGAAG 644
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 AGAGAAGGCAGATTTGCCTGGTGAAATCCCAACTCCTAGTGATAACAACACCAAAGGAAG 658
Query 645 GATGTCTCGGATTAGTTCTGTTGACGTGTTTGAGAATTGGTTTGCTCAACACAAAGAGAA 704
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AATGTCTCGGATTAGTTCTGTTGATGTCTTTGAGAATTGGTTTGCTCAACACAAAGAGAA 718
Query 705 AAAGCTTTACATTGTGTTAATAAGTCTTCATGGTTTGATACGTGGTGAAAACATGGAGCT 764
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AAAGCTTTACATCGTGTTAATAAGTCTTCATGGTTTGATACGTGGTGAAAACATGGAGCT 778
Query 765 TGGTCGGGATTCTGATACTGGTGGCCAGGTGAAGTATGTTGTGGAACTTGCAAGGGCATT 824
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 TGGTCGCGATTCTGATACTGGTGGCCAGGTGAAGTATGTTGTGGAACTTGCAAGGGCATT 838
Query 825 AGGCTCAATGCCAGGAGTCTATCGTGTCGATTTGTTGACCAGACAGGT-ATCCGCGCCAG 883
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 839 AGGCTCAATGCCAGGAGTCTATCGTGTTGATTTGTTGACCAGACAGGTCA-CCGCGCCAG 897
Query 884 ATGTGGATTCCAGCTACTCTGAGCCGTCTGAGATGTTACATCCTTTAGACACAGATACAG 943
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||
Sbjct 898 ATGTGGATTCCAGCTACTCTGAACCGTCTGAGATGTTAAATCCTATAGACACAGATATAG 957
Query 944 AGCAGGAGCATGGAGAGAGTAGTGGCGCTTATATAATCCGTATTCCTTTTGGTCCGAAAG 1003
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 958 AGCAGGAGAATGGAGAGAGTAGTGGCGCTTATATAATCCGTATTCCTTTTGGCCCGAAAG 1017
Query 1004 ATAAATATGTACCAAAAGAGCTCCTCTGGCCTCATATCCCTGAATTTGTTGATAGGGCAC 1063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ATAAATATGTACCAAAAGAGCTCCTCTGGCCTCATATCCCTGAATTTGTTGATAGGGCAC 1077
Query 1064 TTAGCCATATTATGCAGATTTCAAAGGTTCTTGGTGAGCAAATTGGTGGTGGACAACAAG 1123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TTAGCCATATTATGCAGATTTCAAAGGTTCTTGGTGAGCAAATTGGTGGTGGACAACAAG 1137
Query 1124 TGTGGCCAGTTTCTATTCACGGGCACTATGCAGATGCTGGTGATTCCGCTGCTCTTTTAT 1183
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1138 TATGGCCAGTTTCTATTCACGGGCATTATGCAGATGCTGGTGATTCCACTGCTCTTTTAT 1197
Query 1184 CTGGAGCCCTGAATGTACCAATGGTTTTTACTGGGCATTCTCTTGGTCGTGATAAGCTTG 1243
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CTGGGGCTCTGAATGTACCAATGGTTTTTACTGGGCATTCTCTTGGTCGTGATAAGCTTG 1257
Query 1244 AGCAACTCCTGAAACAAGGGCGGCCAAAAGAAGAAATAAATTCCAACTACAAGATAATG- 1302
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1258 AGCAACTCCTGAAACAAGGACGGCCAAAAGAAGAAATCAATTCCAACTACAAGATA-TGG 1316
Query 1303 AGACGGATAGAGGCAGAGGAGCTATGTCTTGATGCTTCTGAGATTATCATAACTAGTACA 1362
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1317 AGACGGATAGAGGCAGAGGAGTTATGTCTTGATGCTTCTGAGATTGTCATAACTAGTACA 1376
Query 1363 AGGCAAGAGATAGAAGAGCAATGGCGCCTTTATGATGGTTTTGATCCGGTTTTGGAGCGT 1422
||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 AGGCAAGAGGTAGACGAGCAATGGCGCCTTTATGATGGTTTTGATCCGGTTTTGGAGCGA 1436
Query 1423 AAACTCAGAGCAAGAATGAAAAGGGGTGTGAGCTGTCTAGGCAGATTTATGCCTCGCATG 1482
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 AAACTCAGAGCAAGAATGAAAAGGGGTGTGAGTTGTCTAGGCAGATTTATGCCTCGCATG 1496
Query 1483 GTTGTTATTCCTCCAGGAATGGAATTTCATCACATTGTACCACATGATGTGGATGCAGAT 1542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 GTTGTTATTCCTCCAGGAATGGAATTTCATCACATTGTACCACATGATGTGGATGCAGAT 1556
Query 1543 GGAGATGATGAAAATCCACAATCTGCTGATCCACCAATTTGGTCTGAGATTATGCGCTTC 1602
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GGAGATGATGAAAATCCACAAACTGCTGATCCACCAATTTGGTCTGAGATTATGCGCTTC 1616
Query 1603 TTCTCTAACCCGCGCAAGCCTATGATTCTTGCTCTTGCTCGGCCAGACCCTAAAAAGAAC 1662
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 TTCTCTAACCCGCGCAAGCCTATGATTCTCGCTCTTGCTCGGCCAGACCCTAAAAAGAAC 1676
Query 1663 TTGGTTACTCTAGTCAAAGCCTTTGGAGAATGCCGTCCATTACGTGAGCTTGCGAATCTT 1722
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1677 TTGGTTACTCTAGTCAAAGCCTTTGGAGAATGCCGTCCATTACGGGAGCTTGCGAACCTT 1736
Query 1723 ACATTGATAATGGGAAATCGAAATGATATCGATGAGTTGTCCTCCACGAACTCCTCTGTG 1782
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1737 ACATTGATAATGGGAAATCGAAATGATATTGATGAGTTGTCCTCCACGAATTCCTCTGTG 1796
Query 1783 CTGCTCTCAATTTTGAAGCTAATCGACAAGTACGACTTATATGGTCAAGTGGCAATGCCT 1842
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1797 CTGCTCTCAATTCTGAAGCTAATAGACAAGTACGACTTATACGGTCAAGTGGCAATGCCT 1856
Query 1843 AAGCATCACCAACAATCTGATGTACCAGAAATTTATCGTTTAGCAGCCAAAACAAAGGGA 1902
||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1857 AAGCATCACCAACAATCTGATGTGCCTGAAATTTACCGTTTGGCAGCCAAAACAAAGGGA 1916
Query 1903 GTATTTATAAATCCAGCTTTCATCGAACCATTTGGACTGACTTTAATCGAGGCAGGAGCT 1962
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1917 GTATTTATAAATCCAGCGTTCATCGAACCATTTGGACTGACTCTAATCGAGGCAGGAGCT 1976
Query 1963 CATGGGCTCCCCACTGTCGCAACAATAAATGGAGGACCTGTCGATATTCATCGGGTTCTT 2022
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1977 CATGGGCTCCCCACTGTTGCAACAATTAATGGAGGACCTGTCGATATACATCGGGTTCTT 2036
Query 2023 GACAATGGTCTTCTAATTGACCCTCATGATCAGCAAGCTATAGCTGATGCTCTCCTGAAA 2082
||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2037 GACAATGGTCTTCTAGTTGATCCTCATGATCAGCAAGCTATAGCTGATGCGCTCCTGAAA 2096
Query 2083 CTAGTTTCTGACAAACAGCTATGGGGAAGATGCAGACAAAACGGCCTAAAAAACATTCAC 2142
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 2097 CTAGTTTCTGACAGACAGCTATGGGGAAGATGCAGACAAAATGGCCTAAATAACATTCAC 2156
Query 2143 CTGTTTTCATGGCCAGAGCATTGCAAAACATATTTGGCTCGGATAGCTTCGTGCAAGCAA 2202
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 CTGTTTTCATGGCCAGAGCACTGCAAAACATATTTGGCTCGGATAGCTTCGTGCAAGCAA 2216
Query 2203 AGACATCCTAAATGGCAGATAGTTGAGTTTGAGAACTCAGACCCCGATTCACCCAGCGAC 2262
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2217 AGACATCCTAAATGGCAGAGAGTTGAGTTTGAGAACTCAGACTCCGATTCACCCAGCGAC 2276
Query 2263 TCTCTTAGAGATATACATGACATCTCCTTGAACCTAAAACTTTCCTTAGATGGCGAAAGG 2322
||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2277 TCTCTTAGAGATATAAATGACATCTCCTTGAATCTAAAACTTTCCTTAGATGGCGAAAAG 2336
Query 2323 GGTGGAAGTAACAATGGTGTAGATACTAACTTAGATGCTGAAGACAGCGCTGCTGAACGT 2382
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2337 AGTGGAAGTAACAATGGTGTAGATACTAACTTAGATGCTGAAGACAGAGCTGCTGAACGT 2396
Query 2383 AAAGCTGAGGTAGAGAAAGCTGTTTCAACCTTGGCACAAAAGAGCAAACCAGCAGAGAAA 2442
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2397 AAAGCTGAGGTAGAGAAAGCTGTTTCAACCTTGGCACAAAAGAGCAAACCAACAGAGAAA 2456
Query 2443 TTTGATTCCAAGATGCCGACTTTGAAAAGACGGAAACATATATTTGTCATTTCTGTGGAC 2502
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2457 TTTGATTCCAAGATGCCTACTTTGAAAAGACGGAAAAATATATTTGTCATTTCTGTGGAC 2516
Query 2503 TGCGGCGCAACCTCAGATCTTCTCGCAGTGGTGAAAACAGTTATCGATGCTGCAGGAAGA 2562
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2517 TGTAGCGCAACCTCAGATCTTCTTGCAGTGGTGAAAACAGTTATTGATGCTGCAGGAAGA 2576
Query 2563 GGCGGTTCAACAGGATTCATACTCTCAACTTCAATGACTATATCTGAGACTCACACAGCA 2622
||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 GGCAGTTCAACAGGATTCATTCTCTCAACCTCAATGACAATATCTGAGACTCACACAGCA 2636
Query 2623 TTGCTTTCAGGAGGGTTGAAACCACAAGACTTTGATGCTGTTATTTGCAGCAGTGGAAGT 2682
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 CTGCTTTCAGGAGGGTTGAAACCACAAGATTTTGATGCTGTTATTTGCAGCAGTGGAAGT 2696
Query 2683 GAACTCTACTTCACGTC-TGCTGGTTCTGAGGATAAGACCGCACTTCCTTATACACTCGA 2741
||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 GAACTCTACTTCACGTCCT-CTGGTTCAGAGGATAAGACCGCACTTCCTTATACACTCGA 2755
Query 2742 TGCAGATTACCATTCCCATATAGAATTCCGCTGGGGTGGAGAGAGCTTGAGGAAGACTTT 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756 TGCAGATTACCATTCCCATATAGAATTCCGCTGGGGTGGAGAGAGCTTGAGGAAGACTTT 2815
Query 2802 GATCCGCTGGATTAGTTCTGTTCAAGAGAAGAAAAAGGCGAAACAAGGAGAGATTTTAGT 2861
|||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2816 GATCCGTTGGATTAGTTCTGTTGAAGAGAAGAAAAAGACGAAAAAAGGAGAGATTTTAGT 2875
Query 2862 TGAAGACGAGTCTTCTTCTACCAGCTATTGCTTATCCTTCAAAGTGAAAGATCCCACTTT 2921
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2876 TGAAGACGAGTCTTCTTCTACCAACTATTGCCTATCCTTCAAAGTGAAAGATCCCGCTTT 2935
Query 2922 GATTCCTCCAATGAAAGAGCTGAGGAAATTGATGAGAATTCAAGCATTACGTTGCAATGT 2981
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2936 GATGCCTCCAATGAAAGAGCTGAGGAAATTGATGAGAAATCAAGCATTACGTTGCAATGC 2995
Query 2982 AGTTTACTGCCAAAATGGAGCTAGGCTTAATGTAATTCCTGTTCTTGCCTCACGATCTCA 3041
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2996 AGTTTACTGCCAAAATGGAGCTAGGCTTAATGTAATCCCTGTTCTTGCATCACGATCTCA 3055
Query 3042 GGCCCTTAGGTATTTGCTAGTGCGATGGAGCATTGACTTATCGAACATGGTGGTGTTCGT 3101
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3056 GGCCCTTAGGTATTTGCTAGTGCGATGGGGCATTGACTTATCGAACATGGTGGTGTTCGT 3115
Query 3102 GGGAGATTCAGGTGACACGGATTACGAAGGCTTGCTTGGAGGAATTCACAAAACAGTGAT 3161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3116 GGGAGATTCAGGTGACACGGATTACGAAGGCTTGCTTGGAGGAATTCACAAAACAGTGAT 3175
Query 3162 ACTTAGAGGCTTAGCCAGTGACTTGCGCGAGTTACCCGGCAACAGAAGCTACCCAATGGA 3221
||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176 ACTTAAAGGCTTAGCCAGTGACTTGCGTGAGCAACCCGGCAACAGAAGCTACCCAATGGA 3235
Query 3222 GGATGTGACTCCACTTAACAGTCCCAATATCACCGAAGCTACAGAATGTGGTCGTGACGC 3281
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3236 GGATGTGACTCCACTGAACAGTCCCAACATCACCGAGGCTAAAGAATGTGGTCGTGACGC 3295
Query 3282 CATTAAGGCCGCTTTAGAAAAGCTTGGGATCA--------A-GCCTTGAGG-CTG----t 3327
|||||||| |||| |||| ||||||||||||| | ||||||||| ||| |
Sbjct 3296 CATTAAGGTCGCTCTAGAGAAGCTTGGGATCAGTCTCCTCAAGCCTTGAGGACTGAGGCT 3355
Query 3328 -ttttttt---CTCAATAAAAGAAGTTTTTGTTGGACCAATA 3365
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3356 GTTTTTTTTTTCTCAATAAAAGAAGTTTTTGTTGGACCAATA 3397
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 167457255734
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5