BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg487950 Length=1709 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G11170.1 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro... 2470 0.0 AT5G11200.2 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro... 1413 0.0 > AT5G11170.1 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein | chr5:3553117-3556977 FORWARD LENGTH=1715 Length=1715 Score = 2470 bits (1337), Expect = 0.0 Identities = 1539/1635 (94%), Gaps = 20/1635 (1%) Strand=Plus/Plus Query 13 TTCAATCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCATAT 72 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 17 TTCAGTCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCTTAT 76 Query 73 CTCAGCTTGTAGAATTTGCCAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG 132 |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 77 CTCAGCTTGTTGAATTTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG 136 Query 133 GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC 192 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 137 GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC 196 Query 193 GGCGAAGCCGTGAAAAAAGGTTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTG 252 || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 197 GGTGAAGCCGTGAAAAAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTT 256 Query 253 TTGAAACCAGAGCTTCTCAGAGCAATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG 312 || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 257 TTAAAACCGGAGCTTCTCAGAGCTATTGTTGACTCTGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG 316 Query 313 CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAGTCT 372 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 317 CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTCATCTGCCAAGCAAAGTCT 376 Query 373 GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTTCAACAGATTGAACCGTCTCCT 432 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| Sbjct 377 GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATTGAACCATCTCCT 436 Query 433 GGCCAGGTTTCAGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGTAAT 492 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 437 GGCCAGGTTTCTGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAAT 496 Query 493 GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA 552 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 497 GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA 556 Query 553 GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT 612 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 557 GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT 616 Query 613 ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTGGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG 672 ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 617 ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG 676 Query 673 CATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG 732 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 677 CATTTTATTCTTGATGAATGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG 736 Query 733 CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACTCTC 792 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 737 CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACGCTC 796 Query 793 AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTT 852 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 797 AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAAAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTC 856 Query 853 GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCACTACATCAAACTGAGCGAG 912 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 857 GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGGCTTGTCCAGCACTATATCAAACTGAGCGAG 916 Query 913 ATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCCTTGGACTTCAATCAAGTTGTC 972 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 917 ATGGAGAAAAACCGGAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTGGACTTCAATCAAGTTGTC 976 Query 973 ATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT 1032 || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 977 ATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCTGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT 1036 Query 1033 TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGCATGTCCCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA 1092 |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1037 TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGAATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA 1096 Query 1093 AGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTCGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGCATT 1152 |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1097 AGTTTCAAGGAAGGGCACAAAAGGATCCTTGTGGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGGATT 1156 Query 1153 GACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACATAT 1212 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1157 GACATTGAGCGTGTCAACATTGTCATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACCTAT 1216 Query 1213 CTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT 1272 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1217 CTTCACAGGGTTGGCAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT 1276 Query 1273 GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAATCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTCGATATA 1332 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1277 GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAACCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATA 1336 Query 1333 AAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCCACTTACATGCCGTCTTAAACAAGTAGCATC 1392 ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||| | Sbjct 1337 AAGGAACTTCCGGAGCAGATTGATACTTCAACCTACATGCCTTCTTAAACAAGTAGCA-C 1395 Query 1393 ATCTCTCAGGAAAGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCAAAGGGGTCATGGA 1452 || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| Sbjct 1396 GTCCCTCAGGAAAGAAGCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCGAAGGG-TGATGGG 1454 Query 1453 GGTCCACAACTATCTCTCACTCTGTTTGTTGCTTCTATTTTAGTCTTTCTATGAGGACAA 1512 ||| |||||||||||||| ||| ||||||| || | | || ||||||||| |||| Sbjct 1455 GGTTCACAACTATCTCTCGCTCCGTTTGTT--TT--AGT---GT-TTTCTATGACGACAT 1506 Query 1513 GTTTTCCCAGATATTTAGACCGT-T-TCGTAACTCTTTTAAGAATGAGATT-GAGCCACT 1569 |||| ||| || |||||| ||| | | ||| |||||| ||| |||||| ||| |||| Sbjct 1507 TTTTTTCCATATGTTTAGAACGTCTGTTGTA-CTCTTTAAAG---GAGATTCGAGTCACT 1562 Query 1570 CTCCAATTCGCAAAGTTAAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTACTAGTGATGATGGTTATGTTT 1629 |||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| || ||| || | |||||| Sbjct 1563 CTCCAAATCGCACAGTTAAAAGCTGTCCAGTTTTTTGTACAAGAGATTAT--T-ATGTTT 1619 Query 1630 AAAATATTAAGATTT 1644 |||||| | ||||| Sbjct 1620 GAAATATCAGGATTT 1634 > AT5G11200.2 | Symbols: | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein | chr5:3567175-3571015 FORWARD LENGTH=1887 Length=1887 Score = 1413 bits (765), Expect = 0.0 Identities = 811/834 (97%), Gaps = 0/834 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 TATTTAATTTTGTTCAATCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAAC 60 ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2 TATTTAATTTTCTTCAGTCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACTAAC 61 Query 61 TCTGCTCCATATCTCAGCTTGTAGAATTTGCCAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAA 120 |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 62 TCTGCTCCTTATCTCAGCTTGTTGAATTTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAA 121 Query 121 GCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 122 GCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGA 181 Query 181 AACAAAGTTAACGGCGAAGCCGTGAAAAAAGGTTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTC 240 |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 182 AACAAAGTTAACGGCGAAGCTGTGAAAAAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTC 241 Query 241 AGAGACTTCCTGTTGAAACCAGAGCTTCTCAGAGCAATTGTTGACTCAGGATTTGAACAT 300 ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 242 AGAGACTTCCTTTTGAAACCGGAGCTTCTCAGAGCTATTGTTGACTCAGGATTTGAACAT 301 Query 301 CCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGC 360 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 302 CCATCTGAAGTGCAACACGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGTATGGATGTTATCTGC 361 Query 361 CAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTTCAACAGATT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 362 CAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATT 421 Query 421 GAACCGTCTCCTGGCCAGGTTTCAGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTAC 480 ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 422 GAACCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTAC 481 Query 481 CAGATCTGTAATGAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTG 540 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 482 CAGATCTGCAATGAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAAGTTTCGGTG 541 Query 541 TTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCAC 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 542 TTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCAC 601 Query 601 ATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTGGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTG 660 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 602 ATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGAGTGCTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTG 661 Query 661 AAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATG 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 662 AAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATG 721 Query 721 CGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTC 780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 722 CGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTC 781 Query 781 TCAGCAACTCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGAT 834 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 782 TCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAGTTTATGCAAGAT 835 Score = 1356 bits (734), Expect = 0.0 Identities = 834/881 (95%), Gaps = 12/881 (1%) Strand=Plus/Plus Query 835 CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC 894 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1013 CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC 1072 Query 895 TACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCCTTG 954 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1073 TACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAATCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTG 1132 Query 955 GACTTCAATCAAGTTGTCATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAG 1014 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1133 GACTTCAATCAAGTTGTCATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCGGAGCTGAACAAG 1192 Query 1015 TTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGCATGTCCCAAGAAGAG 1074 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1193 TTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGCATACACTCTGGCATGTCTCAAGAAGAG 1252 Query 1075 AGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTCGCGACTGAC 1134 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1253 AGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTGGCGACTGAC 1312 Query 1135 TTGGTAGGAAGAGGCATTGACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA 1194 |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1313 TTGGTAGGAAGAGGGATTGACATAGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA 1372 Query 1195 GATTCTGCTGATACATATCTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGT 1254 |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1373 GATTCTGCGGATACCTATCTTCATAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGT 1432 Query 1255 CTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAATCAGGTACAAGAG 1314 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1433 CTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTCCTTAATCAGGTTCAAGAG 1492 Query 1315 AGGTTTGAGGTCGATATAAAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCCACTTACATGCCG 1374 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1493 AGGTTTGAGGTCGATATAAAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCGACTTACATGCCG 1552 Query 1375 TCTTAAACAAGTAGCATCATCTCTCAGGAAAGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGT 1434 |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1553 TCTTAAACAAGTAGCATCATCTCTGAGGAACGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTTTAGGT 1612 Query 1435 GTTCAAAGGGGTCATGGAGGTCCACAACTATCTCTCACTCTGTTTGTTGCTTC--TATTT 1492 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| Sbjct 1613 GTTCAAAGGGGTCATGGAGGTCCACAACTATCTCTCACACCGTTTGTTGCTTCGCTATTT 1672 Query 1493 TAGTCTTT-CTATGAGGACAAGTTTTCCCAGATATTTAGACCGTTTCGTAACTCTTTTAA 1551 ||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| || Sbjct 1673 TAGACTTTTCTATGAGGACAAGTTTTTCCATATATTTAGACCGTTTTGTAACTCTTGAAA 1732 Query 1552 GAATGAGATTGAGCCACTCTCCAATTCGCA-A-AGTTAAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTAC 1609 ||||||||||||| ||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1733 -AATGAGATTGAGCTACTCTCCAAATCGCGCACAGTTGAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTAC 1791 Query 1610 TAGTGATGATGGTTATGTTTAAAATATTAAGATTTCATGATTTAGTCTTTGGCTTGATCA 1669 |||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| Sbjct 1792 TAGTGATG--G-TTATCTTTAAAATATTAAGATTTCAGGATTTATTCTTTGGCTTGATCA 1848 Query 1670 TTGTTTAAATGTTCCTTACTGAATTGATCTA-TATTGATGC 1709 ||| |||||||||||| | |||||||||||| | ||||||| Sbjct 1849 TTGATTAAATGTTCCT-AGTGAATTGATCTAGT-TTGATGC 1887 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 84487517235 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5