BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
           33,602 sequences; 51,074,197 total letters



Query= Ahg487950

Length=1709
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  AT5G11170.1 | Symbols:  | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro...  2470    0.0  
  AT5G11200.2 | Symbols:  | DEAD/DEAH box RNA helicase family pro...  1413    0.0  


> AT5G11170.1 | Symbols:  | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein 
 | chr5:3553117-3556977 FORWARD LENGTH=1715
Length=1715

 Score = 2470 bits (1337),  Expect = 0.0
 Identities = 1539/1635 (94%), Gaps = 20/1635 (1%)
 Strand=Plus/Plus

Query  13    TTCAATCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCATAT  72
             |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  17    TTCAGTCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAACTCTGCTCCTTAT  76

Query  73    CTCAGCTTGTAGAATTTGCCAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG  132
             |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  77    CTCAGCTTGTTGAATTTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAAGCCTACGAGGAG  136

Query  133   GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC  192
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  137   GAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGAAACAAAGTTAAC  196

Query  193   GGCGAAGCCGTGAAAAAAGGTTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTG  252
             || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  197   GGTGAAGCCGTGAAAAAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTCAGAGACTTCCTT  256

Query  253   TTGAAACCAGAGCTTCTCAGAGCAATTGTTGACTCAGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG  312
             || ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  257   TTAAAACCGGAGCTTCTCAGAGCTATTGTTGACTCTGGATTTGAACATCCATCTGAAGTG  316

Query  313   CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAGTCT  372
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  317   CAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTCATCTGCCAAGCAAAGTCT  376

Query  373   GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTTCAACAGATTGAACCGTCTCCT  432
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct  377   GGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATTGAACCATCTCCT  436

Query  433   GGCCAGGTTTCAGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGTAAT  492
             ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  437   GGCCAGGTTTCTGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTACCAGATCTGCAAT  496

Query  493   GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA  552
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  497   GAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTGTTCTATGGTGGA  556

Query  553   GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT  612
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  557   GTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACATTGTTGTTGGT  616

Query  613   ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTGGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG  672
             ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  617   ACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTGAAGAATGTGAGG  676

Query  673   CATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG  732
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  677   CATTTTATTCTTGATGAATGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATGCGAAGGGATGTG  736

Query  733   CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACTCTC  792
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  737   CAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTCTCAGCAACGCTC  796

Query  793   AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTT  852
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  797   AGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAAAAATTTATGCAAGATCCAATGGAAATATATGTC  856

Query  853   GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCACTACATCAAACTGAGCGAG  912
             ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  857   GATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGGCTTGTCCAGCACTATATCAAACTGAGCGAG  916

Query  913   ATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCCTTGGACTTCAATCAAGTTGTC  972
             |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  917   ATGGAGAAAAACCGGAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTGGACTTCAATCAAGTTGTC  976

Query  973   ATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT  1032
             || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  977   ATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCTGAGCTGAACAAGTTACTGGTGGAATGCAAT  1036

Query  1033  TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGCATGTCCCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA  1092
             |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1037  TTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGAATGTCTCAAGAAGAGAGGTTGACTCGATACAAA  1096

Query  1093  AGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTCGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGCATT  1152
             |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  1097  AGTTTCAAGGAAGGGCACAAAAGGATCCTTGTGGCGACTGACTTGGTAGGAAGAGGGATT  1156

Query  1153  GACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACATAT  1212
             ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  1157  GACATTGAGCGTGTCAACATTGTCATCAACTATGACATGCCAGATTCTGCTGATACCTAT  1216

Query  1213  CTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT  1272
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1217  CTTCACAGGGTTGGCAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGTCTTGCAATCACATTTGTT  1276

Query  1273  GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAATCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTCGATATA  1332
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  1277  GCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAACCAGGTACAAGAGAGGTTTGAGGTTGATATA  1336

Query  1333  AAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCCACTTACATGCCGTCTTAAACAAGTAGCATC  1392
             ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct  1337  AAGGAACTTCCGGAGCAGATTGATACTTCAACCTACATGCCTTCTTAAACAAGTAGCA-C  1395

Query  1393  ATCTCTCAGGAAAGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCAAAGGGGTCATGGA  1452
              || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||| 
Sbjct  1396  GTCCCTCAGGAAAGAAGCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGTGTTCGAAGGG-TGATGGG  1454

Query  1453  GGTCCACAACTATCTCTCACTCTGTTTGTTGCTTCTATTTTAGTCTTTCTATGAGGACAA  1512
             ||| |||||||||||||| ||| |||||||  ||  | |   || ||||||||| |||| 
Sbjct  1455  GGTTCACAACTATCTCTCGCTCCGTTTGTT--TT--AGT---GT-TTTCTATGACGACAT  1506

Query  1513  GTTTTCCCAGATATTTAGACCGT-T-TCGTAACTCTTTTAAGAATGAGATT-GAGCCACT  1569
              |||| ||| || |||||| ||| | | ||| |||||| |||   |||||| ||| ||||
Sbjct  1507  TTTTTTCCATATGTTTAGAACGTCTGTTGTA-CTCTTTAAAG---GAGATTCGAGTCACT  1562

Query  1570  CTCCAATTCGCAAAGTTAAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTACTAGTGATGATGGTTATGTTT  1629
             |||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| || ||| ||  | ||||||
Sbjct  1563  CTCCAAATCGCACAGTTAAAAGCTGTCCAGTTTTTTGTACAAGAGATTAT--T-ATGTTT  1619

Query  1630  AAAATATTAAGATTT  1644
              |||||| | |||||
Sbjct  1620  GAAATATCAGGATTT  1634


> AT5G11200.2 | Symbols:  | DEAD/DEAH box RNA helicase family protein 
 | chr5:3567175-3571015 FORWARD LENGTH=1887
Length=1887

 Score = 1413 bits (765),  Expect = 0.0
 Identities = 811/834 (97%), Gaps = 0/834 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1    TATTTAATTTTGTTCAATCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACCAAC  60
            ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  2    TATTTAATTTTCTTCAGTCAGAGATTTCGAAACCCTAGTCGATTTCGAGATCCAACTAAC  61

Query  61   TCTGCTCCATATCTCAGCTTGTAGAATTTGCCAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAA  120
            |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  62   TCTGCTCCTTATCTCAGCTTGTTGAATTTGCGAAGTATGGGAGACGCTAGAGACAACGAA  121

Query  121  GCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGA  180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  122  GCCTACGAGGAGGAGCTCTTGGACTATGAAGAAGAAGACGAGAAGGTCCCAGATTCTGGA  181

Query  181  AACAAAGTTAACGGCGAAGCCGTGAAAAAAGGTTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTC  240
            |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  182  AACAAAGTTAACGGCGAAGCTGTGAAAAAAGGGTACGTGGGAATACACAGTTCTGGATTC  241

Query  241  AGAGACTTCCTGTTGAAACCAGAGCTTCTCAGAGCAATTGTTGACTCAGGATTTGAACAT  300
            ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  242  AGAGACTTCCTTTTGAAACCGGAGCTTCTCAGAGCTATTGTTGACTCAGGATTTGAACAT  301

Query  301  CCATCTGAAGTGCAACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGC  360
            ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  302  CCATCTGAAGTGCAACACGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGTATGGATGTTATCTGC  361

Query  361  CAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTTCAACAGATT  420
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  362  CAAGCAAAGTCTGGTATGGGGAAGACTGCTGTGTTTGTCCTGTCTACTCTACAACAGATT  421

Query  421  GAACCGTCTCCTGGCCAGGTTTCAGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTAC  480
            ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  422  GAACCATCTCCTGGCCAGGTTTCTGCACTTGTCTTGTGCCATACAAGAGAGCTAGCTTAC  481

Query  481  CAGATCTGTAATGAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAGGTTTCGGTG  540
            |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  482  CAGATCTGCAATGAGTTTGTGCGATTCAGTACCTATCTGCCTGATACAAAAGTTTCGGTG  541

Query  541  TTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCAC  600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  542  TTCTATGGTGGAGTCAACATTAAAATTCACAAAGACTTGCTGAAGAATGAATGTCCTCAC  601

Query  601  ATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGGGTGCTTGCACTGGCCAGGGACAAAGATCTCTCTTTG  660
            ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct  602  ATTGTTGTTGGTACCCCTGGTCGAGTGCTTGCACTTGCCAGGGAGAAAGATCTCTCTTTG  661

Query  661  AAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATG  720
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  662  AAGAATGTGAGGCATTTTATTCTTGATGAGTGTGATAAAATGCTCGAGTCACTTGACATG  721

Query  721  CGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTC  780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  722  CGAAGGGATGTGCAGGAGATTTTCAAGATGACTCCTCATGACAAACAAGTAATGATGTTC  781

Query  781  TCAGCAACTCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGAT  834
            |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  782  TCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAGTTTATGCAAGAT  835


 Score = 1356 bits (734),  Expect = 0.0
 Identities = 834/881 (95%), Gaps = 12/881 (1%)
 Strand=Plus/Plus

Query  835   CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC  894
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1013  CCAATGGAAATATATGTTGATGATGAAGCCAAGTTGACTCTTCATGGACTTGTCCAGCAC  1072

Query  895   TACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCCTTG  954
             ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  1073  TACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAATCGCAAGTTGAATGACCTTCTTGATGCGTTG  1132

Query  955   GACTTCAATCAAGTTGTCATATTTGTGAAGAGCGTGAGCAGAGCTGCGGAGCTGAACAAG  1014
             |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  1133  GACTTCAATCAAGTTGTCATTTTTGTGAAGAGCGTGAGCAGGGCTGCGGAGCTGAACAAG  1192

Query  1015  TTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGCATCCACTCTGGCATGTCCCAAGAAGAG  1074
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct  1193  TTACTGGTGGAATGCAATTTCCCCTCAATATGCATACACTCTGGCATGTCTCAAGAAGAG  1252

Query  1075  AGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTCGCGACTGAC  1134
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  1253  AGGTTGACTCGATACAAAAGTTTCAAGGAAGGGCACAAGAGGATCCTTGTGGCGACTGAC  1312

Query  1135  TTGGTAGGAAGAGGCATTGACATTGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA  1194
             |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1313  TTGGTAGGAAGAGGGATTGACATAGAGCGTGTCAACATTGTTATCAACTATGACATGCCA  1372

Query  1195  GATTCTGCTGATACATATCTTCACAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGT  1254
             |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1373  GATTCTGCGGATACCTATCTTCATAGGGTTGGGAGAGCTGGTAGATTTGGAACCAAGGGT  1432

Query  1255  CTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTTCTTAATCAGGTACAAGAG  1314
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct  1433  CTTGCAATCACATTTGTTGCATCTGCTTCAGATTCAGAGGTCCTTAATCAGGTTCAAGAG  1492

Query  1315  AGGTTTGAGGTCGATATAAAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCCACTTACATGCCG  1374
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  1493  AGGTTTGAGGTCGATATAAAGGAGCTTCCTGAGCAGATTGATACATCGACTTACATGCCG  1552

Query  1375  TCTTAAACAAGTAGCATCATCTCTCAGGAAAGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTGTAGGT  1434
             |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  1553  TCTTAAACAAGTAGCATCATCTCTGAGGAACGAACCTCTTCAGATTTCAACCTTTTAGGT  1612

Query  1435  GTTCAAAGGGGTCATGGAGGTCCACAACTATCTCTCACTCTGTTTGTTGCTTC--TATTT  1492
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||
Sbjct  1613  GTTCAAAGGGGTCATGGAGGTCCACAACTATCTCTCACACCGTTTGTTGCTTCGCTATTT  1672

Query  1493  TAGTCTTT-CTATGAGGACAAGTTTTCCCAGATATTTAGACCGTTTCGTAACTCTTTTAA  1551
             ||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||  ||
Sbjct  1673  TAGACTTTTCTATGAGGACAAGTTTTTCCATATATTTAGACCGTTTTGTAACTCTTGAAA  1732

Query  1552  GAATGAGATTGAGCCACTCTCCAATTCGCA-A-AGTTAAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTAC  1609
              ||||||||||||| ||||||||| ||||  | |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  1733  -AATGAGATTGAGCTACTCTCCAAATCGCGCACAGTTGAGAGCTCTCCTGTTTTTTGTAC  1791

Query  1610  TAGTGATGATGGTTATGTTTAAAATATTAAGATTTCATGATTTAGTCTTTGGCTTGATCA  1669
             ||||||||  | |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct  1792  TAGTGATG--G-TTATCTTTAAAATATTAAGATTTCAGGATTTATTCTTTGGCTTGATCA  1848

Query  1670  TTGTTTAAATGTTCCTTACTGAATTGATCTA-TATTGATGC  1709
             ||| |||||||||||| | |||||||||||| | |||||||
Sbjct  1849  TTGATTAAATGTTCCT-AGTGAATTGATCTAGT-TTGATGC  1887



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 84487517235


  Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
    Posted date:  Sep 25, 2014  6:13 PM
  Number of letters in database: 51,074,197
  Number of sequences in database:  33,602



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5