BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg488062 Length=1773 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G12200.1 | Symbols: PYD2 | pyrimidine 2 | chr5:3941528-39448... 2763 0.0 > AT5G12200.1 | Symbols: PYD2 | pyrimidine 2 | chr5:3941528-3944811 REVERSE LENGTH=1852 Length=1852 Score = 2763 bits (1496), Expect = 0.0 Identities = 1688/1779 (95%), Gaps = 20/1779 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 AATTGATCGGCCAATAA-ACAGAGAGAATGGAAACAATGATAGGAAGCTGCTGAATCAAG 59 ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1 AATTGATCGGCCAATAACAAAAAGAGAATGGAAACAATGATAGGAA---GCTGAATCAAG 57 Query 60 CAAGACTCTCACGAGAAGCTTCTTCATCAATGGCGCTGGATGCAATCTTCTTCATCGTCT 119 ||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 58 CAAGA--CTCGCGAGAAGCTGAATCATCAATGGCTCTGGATGCATTCTTCTTCATCGTCT 115 Query 120 CTCTATTCCTTCTGTTTCCGTCACCTTCCGTC-TCAGATTCCACTACTCAGTTTTGTAGT 178 ||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 116 CTCTATTTCTTCTGTTTCCGTCACCATCCG-CGTCAGAATCCACTACTCAGTTTTGTAGT 174 Query 179 GCAGGGGGAGAGTATGGTGTGGGATCTTGTGGGGTTTCATCGACGAGGATTTTGATCAAA 238 |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 175 GCAGGGAGAGAGAATGGTGTGGGATCTTGTGGGGTTTCATCGACGAGGATTTTGATTAAA 234 Query 239 GGAGGTACAGTTGTGAACGCACACCATCAAGAACTTGCTGATGTTTATGTGGAAGATGGA 298 |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 235 GGAGGTACTGTTGTCAATGCACACCATCAAGAACTTGCTGATGTTTATGTGGAAAATGGT 294 Query 299 ATTATTGTCGCTGTGCAGCCAAACATTAAGGTTGGGGATGAAGTCACTGTACTCGATGCT 358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 295 ATTATTGTCGCTGTGCAGCCAAACATTAAGGTTGGGGATGAAGTCACTGTCCTCGATGCT 354 Query 359 ACTGGAAAGTTTGTTATGCCAGGAGGAATTGACCCCCACACGCACCTCGCCATGGAGTTT 418 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 355 ACTGGAAAGTTTGTCATGCCAGGAGGAATTGACCCCCACACGCACCTCGCCATGGAATTT 414 Query 419 ATGGGTACCGAGACTATTGATGATTTCTTCAGTGGCCAGGCAGCAGCATTAGCTGGTGGA 478 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 415 ATGGGTACCGAGACTATTGATGATTTCTTCAGTGGTCAGGCAGCGGCATTAGCTGGTGGA 474 Query 479 ACAACTATGCATATAGACTTTGTTATACCTGTCAATGGGAATCTTGTGGCTGGTTTTGAA 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 475 ACAACTATGCATATAGACTTTGTTATACCTGTCAATGGGAATCTGGTGGCTGGTTTTGAA 534 Query 539 GCCTATGAAAACAAATCCAGAGAATCTTGTATGGATTATGGTTTTCATATGGCAATCACA 598 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 535 GCCTATGAAAACAAATCTAGAGAATCTTGTATGGATTACGGTTTTCATATGGCAATCACA 594 Query 599 AAGTGGGATGAAGGTGTTTCCAGGGACATGGAGATATTGGTCAAGGAAAAGGGTATCAAC 658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 595 AAGTGGGATGAAGGTGTTTCCAGGGACATGGAGATGTTGGTCAAGGAAAAGGGTATCAAC 654 Query 659 TCTTTCAAGTTTTTCCTAGCATATAAAGGATCTCTTATGGTCACTGATGACCTCCTCCTG 718 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 655 TCTTTCAAGTTTTTCCTAGCGTATAAAGGATCTCTTATGGTAACTGATGACCTACTCCTA 714 Query 719 GAAGGCCTCAAACGATGCAAATCCCTCGGTGCCTTGGCGATGGTTCATGCTGAAAATGGA 778 ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 715 GAAGGACTTAAAAGATGCAAATCCCTCGGTGCCTTGGCCATGGTTCATGCTGAAAATGGA 774 Query 779 GATGCTGTGTTCGAAGGACAGAAAAGAATGATTGAACTGGGCATTACAGGTCCAGAGGGT 838 ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 GATGCAGTATTCGAAGGACAGAAAAGAATGATTGAACTGGGCATTACAGGTCCAGAGGGT 834 Query 839 CATGCTCTTTCAAGGCCTCCTGTGCTCGAGGGAGAAGCCACTGCTCGAGCAATTCGTTTG 898 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 835 CATGCTCTTTCAAGGCCTCCTGTGCTCGAGGGAGAGGCCACTGCTAGAGCAATTCGTTTG 894 Query 899 GCTCGTTTTGTTAACACGCCTCTCTATGTTGTTCATGTGATGAGTGTTGATGCAATGGAC 958 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 895 GCTCGTTTTATTAACACGCCTCTCTATGTTGTTCATGTGATGAGTGTTGATGCAATGGAC 954 Query 959 GAGATTGCTAAAGCTCGAAAATCAGGACAGAAGGTTATTGGAGAGCCTGTTGTGTCTGGA 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 955 GAGATTGCTAAAGCTCGAAAATCAGGACAGAAGGTTATTGGAGAGCCTGTTGTGTCTGGA 1014 Query 1019 TTAATCCTTGATGACCATTGGCTTTGGGATCCTGACTTCACAATTGCGTCCAAGTATGTC 1078 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1015 TTAATCCTTGATGATCATTGGCTTTGGGATCCTGACTTCACAATTGCGTCCAAGTATGTC 1074 Query 1079 ATGAGTCCACCAATCAGACCAGTAGGACATGGGAAAGCTCTACAAGATGCCCTTTCCACA 1138 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 ATGAGTCCACCTATCAGACCAGTAGGACATGGGAAAGCCCTACAAGATGCCCTTTCCACA 1134 Query 1139 GGAATCCTTCAGCTTGTAGGAACTGATCACTGCACTTTCAATTCTACACAAAAAGCTCTA 1198 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1135 GGAATCCTTCAGCTTGTAGGAACTGATCACTGCACTTTCAATTCTACACAAAAAGCTCTA 1194 Query 1199 GGACTTGATGATTTCCGCAAAATACCTAATGGTGTTAATGGCCTTGAAGAACGGATGCAC 1258 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1195 GGACTTGATGATTTCCGCAGAATACCTAATGGTGTTAATGGCCTTGAGGAACGGATGCAC 1254 Query 1259 CTGATATGGGACACGATGGTGGGGTCTGGCCAAATCTCAGCTACTGATTATGTTCGAATA 1318 ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 TTGATATGGGACACGATGGTGGAGTCTGGCCAACTCTCAGCTACTGATTATGTTCGAATA 1314 Query 1319 ACCAGCACGGAATGTGCTAGAATTTTCAACATATATCCACGGAAAGGAGCTATCCTTGCT 1378 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1315 ACCAGCACTGAGTGTGCTAGAATTTTCAACATATATCCACGGAAAGGAGCTATCCTTGCT 1374 Query 1379 GGCTCGGATGCAGACATTATTATATTGAATCCAAACTCAAGCTACGAGATTAGCTCAAAG 1438 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1375 GGCTCGGATGCAGATATTATCATATTGAATCCAAACTCAAGCTACGAGATTAGCTCAAAG 1434 Query 1439 TCTCATCATTCAAGATCCGACACAAACGTCTACGAGGGCAGAAGAGGAAAGGGAAAAGTT 1498 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1435 TCTCATCATTCAAGATCAGACACAAACGTCTACGAGGGCAGAAGAGGAAAGGGAAAAGTT 1494 Query 1499 GATGTGACAATAGCAGGAGGACGAATAGTGTGGGAAAATGAGGAGCTTAAAGTTGTTCCA 1558 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 1495 GAAGTGACAATAGCAGGAGGACGAATTGTGTGGGAAAACGAGGAACTTAAAGTTGTTCCA 1554 Query 1559 GGAAGTGGCAAGTATATAGAGATGCCTCCTTTCAGTTACCTTTTCGATGGGATTGAGAAA 1618 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1555 AGAAGTGGCAAGTATATAGAGATGCCTCCTTTCAGTTACCTTTTCGATGGTATTGAGAAA 1614 Query 1619 TCAGATGCTAATTATCTATCTTCTCTTCGAGCTCCTGTTAAGCGTGTCAGAACTGAAGCT 1678 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1615 TCAGATGCTAATTATCTATCTTCTCTTCGAGCTCCAGTTAAGCGTGTCAGAACTGAAGCT 1674 Query 1679 ACATAAAAGTGCAGGTATCTGCATATAGAATATTTTG-TACTTT--GTCCAATTGTACAT 1735 || |||| |||||||||||| || | | |||| || | || | | ||||||||||| Sbjct 1675 ACGTAAA-GTGCAGGTATCT--ATCT-GCATATCGTGATTCTGTAAGAACAATTGTACAT 1730 Query 1736 AACATTCTGTATTAAAAAG-ATTGAAAGAGCGATTGTGA 1773 || || |||||||||| | ||||||||||||||| ||| Sbjct 1731 AA--TT-TGTATTAAAA-GTATTGAAAGAGCGATTATGA 1765 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 87700352115 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5