BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg488817
Length=2331
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G19330.1 | Symbols: ARIA | ARM repeat protein interacting wi... 3792 0.0
> AT5G19330.1 | Symbols: ARIA | ARM repeat protein interacting
with ABF2 | chr5:6507794-6512758 REVERSE LENGTH=2491
Length=2491
Score = 3792 bits (2053), Expect = 0.0
Identities = 2259/2355 (96%), Gaps = 27/2355 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTCTGCTTCTTCTCTGATCTCTCCTCTTCTTCGGATCGTCTTTTACTTTGTGAACGATG 60
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTCTTCTTCTTCTCTGATCTCTCCTCTTCTTCGGATCGTCTTTTACTTTGTGAACGATG 60
Query 61 GAGCAACAACCGGAGAGGCGAGAAGGCCGGAGTTTCCCGGAGCGTAAAGGACAGAAGCGA 120
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GACCAACAACCGGAGAGGCGAGAAGGCCGGAGTTTTCCGGAGCGTAAAGGACAGAAGCGG 120
Query 121 AAGCTAGAGGAAGGAGTAGCCGCCGTAGAAGATCGACAGATCTCTGCCGTCACCACCGAC 180
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 121 AAGCTAGAGGAAGGAGCCGCCGCCGTAGAAGATCGAGAGATCTCTGCCGTCAGCACCGAC 180
Query 181 GGAGGCCAAGCGCTTCTCAGCGAGGTTGCTGCTCAAGTTTCGGTTCTAAACTCTGCCTTC 240
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 181 GGAGGCCAAGCGCTTCTTAGCGAGGTTGCTGCTCAAGTCTCGGTACTAAACTCTGCCTTC 240
Query 241 TCTTGGCAAGAATCGGATCGCGCTGCTTCTAAGCGCGCAACTCAAGTCCTGGCTGAGCTA 300
||||||||||| || |||||||||||| | ||||| || |||||||| ||||||||||||
Sbjct 241 TCTTGGCAAGAGTCCGATCGCGCTGCTGCCAAGCGAGCCACTCAAGTTCTGGCTGAGCTA 300
Query 301 GCTAAAAACGAGGATTTAGTTAACGTGATTGTCGACGGAGGTGCTGTTCCAGCTCTCATG 360
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 301 GCCAAAAACGAGGATTTAGTGAACGTGATTGTCGACGGAGGTGCTGTTCCAGCTCTTATG 360
Query 361 ACGCATCTACAGGCGCCGCCGTACAACGACGGGGACTTGGCTGAGAAGCCGTACGAACAC 420
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ACGCATCTACAGGCGCCACCATACAACGACGGGGACTTGGCTGAGAAGCCGTACGAACAC 420
Query 421 GAGGTTGAGAAGGGAAGCGCTTTTGCGCTTGGTCTTCTAGCAATTAAGCCAGAGTATCAG 480
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 421 GAAGTTGAGAAGGGAAGCGCTTTTGCGCTTGGTCTTCTTGCTATTAAGCCAGAGTATCAG 480
Query 481 AAACTGATAGTAGACAAAGGTGCCTTACCTCATCTAGTGAATCTGTTGAAGAGAAACAAA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 481 AAACTGATAGTAGACAAAGGTGCCTTACCTCATTTAGTGAATTTGTTGAAGAGAAACAAA 540
Query 541 GATGGTTCTAGCTCTCGAGCTGTGAATAGTGTTATCAGAAGAGCGGCTGATGCCATCACC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATGGTTCTAGCTCTCGAGCTGTGAATAGTGTTATCAGAAGAGCGGCTGATGCCATCACC 600
Query 601 AATCTTGCTCATGAGAACAGCAGTATCAAGACCCGTGTTAGGGTAGAAGGTGGCATTCCA 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 601 AATCTTGCTCATGAGAACAGCAGTATCAAGACCCGTGTTAGGGTAGAAGGCGGTATTCCA 660
Query 661 CCTCTCGTGGAGTTGCTTGAATTTTCTGATTCAAAGGTTCAGAGAGCAGCAGCAGGGGCA 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CCTCTCGTGGAGTTGCTTGAATTTTCTGATTCAAAGGTCCAGAGAGCAGCAGCAGGGGCA 720
Query 721 CTGAGAACCCTTGCATTTAAAAATGATGATAACAAGAACCAGATAGTTGAATGCAATGCT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTGAGAACCCTTGCATTTAAAAATGATGATAACAAGAATCAGATAGTTGAATGCAATGCT 780
Query 781 CTTCCCACTCTCATTCTAATGCTAGGATCAGAAGATGCTGCTATACATTATGAAGCGGTT 840
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CTTCCCACACTTATTCTAATGCTAGGATCAGAGGATGCTGCTATACATTATGAAGCGGTT 840
Query 841 GGAGTTATTGGCAATCTAGTACACTCGTCTCCACACATTAAAAAAGAGGTTCTTGCTGCC 900
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 841 GGAGTTATAGGCAATCTAGTACACTCGTCTCCACACATTAAAAAAGAGGTTCTTACTGCC 900
Query 901 GGGGCGTTGCAACCTGTCATTGGTCTTCTTAGCTCCTGTTGCCCTGAGAGCCAAAGAGAG 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 901 GGGGCGTTGCAACCTGTCATTGGTCTTCTTAGCTCCTGTTGCCCTGAGAGTCAAAGAGAG 960
Query 961 GCGGCTTTATTACTTGGGCAGTTTGCCTCAACTGATTCTGATTGTAAGGTGCACATTGTG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GCGGCTTTATTACTTGGGCAGTTTGCCTCAACTGATTCTGATTGTAAGGTGCACATTGTG 1020
Query 1021 CAAAGGGGTGCTGTCCGTCCTTTGATTGAGATGCTTCAGTCACCGGATGTCCAGTTGAAG 1080
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CAAAGGGGTGCTGTCCGTCCTTTAATTGAGATGCTTCAGTCCCCGGATGTCCAGTTGAAG 1080
Query 1081 GAAATGTCGGCCTTTGCACTGGGTAGATTGGCGCAGGATGCCCACAATCAAGCTGGTATT 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GAAATGTCGGCCTTTGCACTGGGTAGATTGGCACAGGATGCCCACAATCAAGCTGGTATT 1140
Query 1141 GCCCATAGTGGTGGCTTAGGACCTTTATTGAAGCTTCTCGATTCAAGAAATGGATCATTG 1200
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GCCCATAGTGGTGGTTTAGGACCTTTATTGAAGCTTCTCGATTCAAGAAATGGATCATTG 1200
Query 1201 CAACACAATGCTGCATTTGCTCTTTATGGCCTTGCCGATAATGAGGATAATGTGTCGGAT 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1201 CAACACAATGCTGCATTTGCTCTTTATGGCCTTGCCGATAATGAGGATAATGTGTCAGAT 1260
Query 1261 TTTATCAGGGTGGGAGGTATCCAAAAGCTACAAGATGGAGAGTTTATTGTTCAAGCAACT 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 TTTATCAGGGTGGGAGGTATCCAAAAGCTACAGGATGGAGAGTTTATTGTTCAAGCAACT 1320
Query 1321 AAAGATTGTGTCTCCAAAACACTGAAGAGATTGGAGGAGAAAATTCATGGAAGAGTTCTG 1380
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AAAGATTGTGTTTCCAAAACACTAAAGAGATTGGAGGAGAAGATTCATGGAAGAGTTCTG 1380
Query 1381 AGACATCTGTTGTACCTAATGCGCATTTCAGAGAAGTCTATCCAAAGACGAGTTGCTCTT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 AGACATCTGTTGTACCTAATGCGCATTTCAGAGAAGTCTATCCAAAGACGAGTTGCTCTT 1440
Query 1441 GCTCTTGCTCATCTCTGTTCACCCGAGGATCAGA-GAACCATATTCATAGATGACAATGG 1499
|| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1441 GCCCTTGCTCATCTCTGTTCACCCGAGGATCA-ACGAACCATATTCATAGATGACAACGG 1499
Query 1500 GTTGGAGTTGCTACTCGGTCTTCTTGGTTCTTTAAACACTAAGCAGCAACTTGATGGTGC 1559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1500 GTTGGAGTTGCTACTCGGTCTTCTTGGTTCTTTAAACACTAAGCAGCAACTTGACGGTGC 1559
Query 1560 GGCAGCGTTGTACAAATTAGCAAGTAAATCTATGGCACTTTCTCCAGTTGATGCTGCTCC 1619
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AGCAGCGTTGTACAAATTAGCAAATAAATCTATGGCACTTTCTCCAGTTGATGCTGCTCC 1619
Query 1620 TCCTTCCCCAACACAAAGGGTTTATCTTGGAGAGCAATATGTAAATAATGCTACGCTGTC 1679
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCCTTCTCCAACACAAAGGGTTTATCTCGGAGAGCAATATGTAAATAATGCTACGCTGTC 1679
Query 1680 TGATGTAACCTTTCTAGTCGAAGGAAGGACATTCTATGCACACAGAATTTGTCTGCTGGC 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGATGTAACCTTTCTAGTCGAAGGAAGGACATTCTATGCACACAGAATTTGTCTGCTGGC 1739
Query 1740 ATCCTCAGATGCATTTCGTGCAATGTTTGATGGTGGTTACAGAGAAAAAGACGCTAGAGA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ATCCTCAGATGCATTTCGTGCAATGTTTGATGGTGGTTACAGAGAAAAAGACGCTAGAGA 1799
Query 1800 TATTGAGATTCCGAATATCAAATGGGAGGTGTTTGAGTTAATGATGAGGTTTATATACAC 1859
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TATTGAGATTCCAAATATCAAATGGGAGGTGTTTGAGTTAATGATGAGGTTTATATACAC 1859
Query 1860 TGGATCTGTCGACATAACAAATGAGATATCAAAAGATCTTCTAAGAGCAGCGGATCAGTA 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 TGGATCTGTCGACATAACAAATGAGATATCAAAAGATCTTCTAAGAGCAGCGGATCAGTA 1919
Query 1920 TCTCTTGGAGGGCCTGAAACGACTCTGTGAATACACAATTGCTCAGGATATAACATTGGA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1920 TCTCTTGGAGGGCCTGAAACGACTCTGTGAATACACAATTGCTCAGGATATTACGTTGGA 1979
Query 1980 AAGCATAGGAGACATGTACGAGCTCTCAGAAGCATTCCATGCAATGTCGCTGAGGCAAGC 2039
||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1980 AAGTATAGGAGACATGTACGAGCTATCAGAAGCATTCCATGCGATGTCGCTGAGGCAAGC 2039
Query 2040 TTGTATCTTGTTCATCCTGGAGCATTTCGATAAACTGAGTTCAATGCCTTGGCAGAAGGA 2099
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2040 TTGTATCATGTTCATCCTGGAGCATTTCGATAAACTGAGTTCAATGCCTTGGCAGAACGA 2099
Query 2100 GCTGGTGCAGAGAACAATACCAGAGATAAGAGAGTACTTTTGTAGAGCTCTAACAAAGTC 2159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2100 GCTGGTGCAGAGAACAATACCAGAGATAAGAGAGTACTTTTGTAGAGCCCTAACAAAGTC 2159
Query 2160 TACTACAAACCTGCAAAGCTTGAGGCTGTAGAATGTGGAAGAAGAAGACTGCACTTAACT 2219
||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TACTACAAACCTGCAAAGCTTGAGGTTGTAGAATGCGGAAGAAGAAGACTGCACTTAACT 2219
Query 2220 AGAGGTAAGTAGACAAGGAA--A----GAGAGA--------------TCAAGAGCCGCCA 2259
|||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||
Sbjct 2220 AGAGGTAAGTAGACAAGGAATTATATAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGATCAAGAGCCGCCA 2279
Query 2260 TTAGAGGTCTTTATGGTCATGT-CTTGAGTTGT-TATAGTTATTTGCTGTGCTTTT-GGT 2316
|||||||||||||| ||| ||| || | ||||| | |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2280 TTAGAGGTCTTTATCGTCCTGTACTGG-GTTGTCT-TAGTTATTTGCTGTGCTTTTTGGT 2337
Query 2317 TCGTTTTGGTCATTT 2331
|||||||||||||||
Sbjct 2338 TCGTTTTGGTCATTT 2352
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115712256225
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5