BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg489005
Length=2144
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G20950.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family protein | c... 3310 0.0
> AT5G20950.1 | Symbols: | Glycosyl hydrolase family protein |
chr5:7107376-7111349 REVERSE LENGTH=2284
Length=2284
Score = 3310 bits (1792), Expect = 0.0
Identities = 2017/2124 (95%), Gaps = 22/2124 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAGAGAGTAGCAC---GTAG-A--AGCAGCAGCACACTTCTCAAAAtctctctctctct 54
|||||||||||||| | || | |||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 16 AGAGAGAGTAGCACGAAGAAGCAGCAGCAGCAGCACACTTCTCAAGA----TCTCTCTCT 71
Query 55 ctctTTGTCATCACCACTCTCTCGTCTACTAGA--G-AG-GA-GA-GATTCTACAGTTTC 108
||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || | |||||||||||||
Sbjct 72 GTCTTTGTCATCACCACTCTATCGTCTACTAGAGGGAAGAGATCATCATTCTACAGTTTC 131
Query 109 AAGAAGATACCATTCCCAAGACTTGGAACTGTGGAAGAAG-AAAAATGGGGACTCTGAGT 167
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 132 AAGAAGATACCATTTCCAAGACTTGAAACTGTGGAAGAAGCAAAAATGGGGACTTTGAGT 191
Query 168 AAGGTGCTATGTCTTGTGCTGCTGTGTTGTGTCGTGGCTGCTGCTGAGGGTACTTTGAAG 227
|||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 AAGGTGCTATGTCTCATGCTGCTTTGCTGTATCGTGGCTGCTGCTGAGGGTACTTTGAAG 251
Query 228 TACAAGGACCCAAAGCAGCCTTTGGGTGCAAGAATCAGGGATTTGATGAACCGCATGACT 287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 252 TACAAGGACCCAAAGCAGCCTTTGGGTGCAAGAATCAGAGATTTGATGAACCGTATGACT 311
Query 288 CTACAAGAGAAGATTGGTCAGATGGTTCAGATCGAACGCAGCGTCGCTACTCCTGAAGTC 347
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 312 CTACAAGAGAAGATTGGTCAGATGGTTCAGATCGAACGCAGCGTCGCTACACCTGAAGTC 371
Query 348 ATGAAGAAATACTTCATCGGGAGTGTGTTGAGTGGTGGAGGAAGTGTGCCCTCGGAAAAA 407
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 372 ATGAAGAAATACTTCATTGGGAGTGTTTTGAGTGGTGGAGGAAGTGTGCCCTCGGAAAAA 431
Query 408 GCTACTCCTGAAACTTGGGTGAACATGGTCAATGAGATTCAAAAGGCGTCTCTTTCCACC 467
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 432 GCTACTCCTGAAACTTGGGTGAACATGGTCAATGAGATTCAAAAGGCGTCTCTTTCGACC 491
Query 468 CGCCTTGGGATCCCTATGATCTACGGGATTGATGCTGTTCACGGTCACAACAATGTGTAT 527
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 492 CGCCTTGGGATCCCTATGATCTACGGGATTGATGCTGTTCACGGTCACAACAATGTGTAT 551
Query 528 GGTGCCACCATTTTCCCGCACAATGTAGGCCTTGGAGTCACCAGGGATCCTAACCTTCTT 587
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 552 GGCGCCACCATTTTCCCGCACAATGTAGGCCTTGGAGTCACCAGGGATCCTAACCTTGTT 611
Query 588 AAGAGGATTGGGGCAGCAACCGCGCTTGAAGTCAGAGCGACTGGAATCCCATATGCCTTT 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 612 AAGAGGATTGGGGCAGCAACCGCGCTTGAAGTCAGAGCGACTGGAATCCCATATGCCTTT 671
Query 648 GCTCCTTGTATTGCAGTTTGTAGGGATCCAAGATGGGGAAGATGCTACGAGAGCTACAGT 707
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 672 GCCCCGTGTATTGCAGTTTGTAGGGATCCAAGATGGGGAAGATGCTACGAGAGCTACAGC 731
Query 708 GAAGATTATAGAATTGTC-AAGCAGATGACTGAAATTATACCCGGTTTGCAAGGTGACCT 766
|| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 732 GAGGATTATAGAATTGTCCAA-CAGATGACTGAGATTATACCCGGTTTGCAAGGCGACCT 790
Query 767 TCCTACCAAGCGAAAGGGTGTTCCCTTTGTTGGTGGAAAGACAAAAGTTGCAGCTTGTGC 826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 791 TCCTACCAAGCGAAAGGGTGTTCCCTTTGTTGGTGGAAAGACAAAAGTTGCAGCTTGTGC 850
Query 827 TAAGCATTTTGTTGGAGATGGAGGTACAGTGAGAGGTATTGATGAGAACAACACGGTGAT 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 851 AAAGCATTTTGTTGGAGATGGAGGTACAGTGAGAGGAATTGATGAGAACAACACAGTGAT 910
Query 887 TGACTCGAAGGGGCTGTTTGGAATTCACATGCCTGGATATTACAATGCTGTAAACAAGGG 946
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 911 TGACTCGAAGGGCCTGTTCGGAATTCACATGCCTGGATATTACAATGCTGTAAACAAGGG 970
Query 947 TGTTGCAACAATAATGGTGTCTTACTCTGCCTGGAATGGTTTGAGAATGCATGCTAACAA 1006
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 971 TGTTGCAACAATAATGGTGTCTTACTCTGCCTGGAACGGTTTGAGAATGCATGCTAACAA 1030
Query 1007 GGAACTTGTCACGGGCTTCCTCAAGAACAAGTTGAAGTTCAGGGGTTTTGTCATCTCTGA 1066
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031 GGAACTTGTCACGGGTTTCCTCAAGAACAAGTTGAAGTTCAGGGGTTTTGTCATCTCTGA 1090
Query 1067 TTGGCAGGGGATTGATAGGATCACAACTCCTCCGCATCTTAACTATTCATACTCTGTATA 1126
|||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1091 TTGGCAGGGGATTGATAGGATCACGACTCCTCCTCATCTTAACTATTCATACTCTGTTTA 1150
Query 1127 CGCGGGAATCAGTGCTGGAATTGACATGATTATGGTTCCGTACAACTACACCGAGTTCAT 1186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1151 CGCGGGAATCAGTGCTGGAATTGACATGATTATGGTTCCGTACAACTACACTGAGTTCAT 1210
Query 1187 AGACGAAATCAACAGTCAGATACAGAAAAAGCTTATTCCGATAAGCAGGATTGATGACGC 1246
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1211 AGACGAAATCAGCAGTCAGATACAGAAAAAGCTTATTCCGATTAGCAGGATCGATGACGC 1270
Query 1247 CGTGAAGAGAATCTTAAGGGTCAAATTCACAATGGGACTCTTTGAGGAACCACTGGCTGA 1306
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 CCTGAAGAGAATCTTAAGGGTCAAATTCACAATGGGACTCTTTGAGGAACCACTGGCTGA 1330
Query 1307 TCTCAGCTTTGCCAATCAGCTTGGTAGTAAGGAACACAGGGAACTTGCTCGTGAAGCCGT 1366
||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1331 TCTCAGCTTTGCCAACCAGCTTGGTAGCAAGGAACATAGGGAACTAGCTCGTGAAGCCGT 1390
Query 1367 GAGGAAGTCTCTAGTGCTGCTCAAGAATGGTAAGACAGGTGCTAAACCTCTGCTTCCTCT 1426
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 GAGGAAGTCTCTGGTGCTGCTCAAGAATGGTAAGACAGGTGCTAAACCTCTGCTTCCTCT 1450
Query 1427 TCCTAAGAAAACAGGGAAGATCCTTGTCGCGGGAACACACGCTGATAACTTGGGATATCA 1486
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1451 GCCTAAGAAATCAGGGAAGATCCTTGTCGCGGGAGCACATGCTGATAACTTGGGATATCA 1510
Query 1487 ATGTGGTGGCTGGACCATCACCTGGCAAGGCCTTAACGGCAACGACCACACCGTTGGTAC 1546
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1511 ATGTGGTGGCTGGACCATCACCTGGCAAGGCCTTAATGGCAACGACCATACCGTTGGTAC 1570
Query 1547 AACAATCCTCGCAGCTGTGAAAAATACAGTGGCTCCGACCACACAAGTCGTCTACAACCA 1606
||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1571 AACAATCCTAGCGGCTGTGAAGAATACAGTGGCTCCTACCACACAAGTCGTCTACAGCCA 1630
Query 1607 AAACCCCGATGCAAACTTTGTGAAGTCGGGTAAATTTGACTATGCCATTGTGGTTGTTGG 1666
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1631 AAACCCCGATGCGAACTTTGTGAAGTCGGGTAAATTTGACTATGCCATTGTGGTAGTCGG 1690
Query 1667 CGAGCCGCCTTATGCTGAAATGTTTGGGGACACCACGAACCTGACCATAAGTGCTCCTGG 1726
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1691 GGAGCCACCTTATGCTGAAATGTTTGGGGACACCACGAACCTGACCATAAGTGATCCTGG 1750
Query 1727 TCCAAGCACAATAGGAAACGTGTGCGGATCAGTGAAGTGTGTGGTGGTCGTGGTATCTGG 1786
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1751 TCCGAGCATAATAGGAAACGTGTGCGGATCAGTGAAATGTGTGGTGGTTGTGGTCTCTGG 1810
Query 1787 CCGTCCCGTGGTGATTCAGCCTTATGTTTCGACCATTGACGCCCTCGTCGCGGCTTGGCT 1846
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1811 CCGTCCCGTGGTGATTCAGCCTTATGTTTCGACCATTGACGCTCTCGTGGCGGCTTGGCT 1870
Query 1847 TCCGGGAACAGAAGGTCAAGGAGTGGCTGATGCTCTGTTTGGTGATTACGGGTTCACCGG 1906
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1871 TCCGGGAACAGAAGGTCAAGGAGTGGCTGATGCTCTGTTTGGTGATTACGGGTTCACAGG 1930
Query 1907 AAAGTTGGCTCGGACATGGTTTAAGTCGGTGAAGCAGCTACCGATGAACGTTGGCGATCT 1966
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1931 AAAGTTGGCCCGGACGTGGTTTAAGTCGGTGAAGCAGCTACCGATGAATGTTGGAGATCG 1990
Query 1967 GCATTACGACCCGTTGTACCCATTCGGTTTCGGGTTGACCACAAAACCATACAAAATGTA 2026
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1991 GCATTACGACCCATTGTACCCATTCGGTTTCGGGTTGACCACAAAACCATACAAAATGTA 2050
Query 2027 GACTCACTTTTAATTATTCGGCAAGGGAGAGGA-AGATATTAAGGGACCCAACGAAATAA 2085
||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2051 GACTCCCTTTTAGTTATTCGGCAAGG-AGAGGACA-ATATTAAGGGACAAAACGAAATAA 2108
Query 2086 TTTAGATGCACAATTTTGTGGGTT 2109
|| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2109 CTTCGATGCACAATTTTGTGGGTT 2132
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106324754310
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5