BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg489951 Length=3449 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G11130.1 | Symbols: RDR2, SMD1 | RNA-dependent RNA polymeras... 5452 0.0 > AT4G11130.1 | Symbols: RDR2, SMD1 | RNA-dependent RNA polymerase 2 | chr4:6780522-6784440 FORWARD LENGTH=3452 Length=3452 Score = 5452 bits (2952), Expect = 0.0 Identities = 3289/3454 (95%), Gaps = 14/3454 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGTGTCAGAGACGACGACGAACCGATCAACACTCAAAATCTCCAACGTTCCTCAAACC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGTGTCAGAGACGACGACGAACCGATCAACGGTTAAAATCTCAAACGTTCCTCAAACC 60 Query 61 ATAGTCGCTGACGAACTCCTCCGGTTCCTAGAGCTCAACCTCGGCGAAGACACCGTATTC 120 |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| || |||||| Sbjct 61 ATAGTCGCCGACGAACTCCTCCGGTTCTTAGAACTCCACCTCGGCGAAGATACTGTATTC 120 Query 121 GCCCTCGAAATCCTAACAACTCGGGACAATTGGAAGCCAAGAGACTTCGCTCGAGTACAA 180 || |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GCACTCGAAATCCCAACAACTCGTGACAATTGGAAGCCAAGAGACTTCGCTCGAGTACAA 180 Query 181 TTCACTACCCTCGAAGTCAAATCTCGTGCCCAGCTTCTCTCTTCTCAAAGCAAGCTCCTT 240 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 TTCACTACCCTCGAAGTCAAATCTCGAGCCCAGCTTCTCTCTTCTCAAAGCAAGCTCCTT 240 Query 241 TTCAAAACCCATAACCTAAGACTCTCTGAAGCTTACGACGATATCATCCCTCGTCCTGTA 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TTCAAAACCCATAACCTAAGACTCTCTGAAGCTTATGATGATATCATCCCTCGTCCTGTA 300 Query 301 GATCCAAGGAGAAGACTAGACGACATCGTTTTGACTGTTGGGTTTCCTGAGTCTGACGAG 360 |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 301 GATCCAAGGAAAAGGCTAGACGACATCGTTTTGACTGTTGGGTTTCCTGAGTCTGATGAA 360 Query 361 AAGAGGTTTTGTGCCCTAGAAAAATGGGATGGTGTGAGGTGTTGGATTTTGGA-AGAGAA 419 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 361 AAAAGGTTTTGTGCCCTAGAAAAATGGGATGGTGTGAGGTGTTGGATTTT-GACTGAGAA 419 Query 420 GAGAAGACTTGAGTTTTGGGTTTGGGACAA-TGGTGAATGTTATAAGATTGAAGTTAGGT 478 ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 420 GAGAAGAGTTGAGTTTTGGGTTTGGGA-AAGTGGTGATTGTTATAAGATTGAAGTTAGGT 478 Query 479 TTGAGGATATTGTTGAAACTCTTTGTTGTTGTGTTAATGGTGATGCTTCTGAGATTAATG 538 ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| Sbjct 479 TTGAGGATATTATTGAAACTCTTAGTTGTTGTGTTAATGGTGACGCTTCTGAGATTGATG 538 Query 539 CATTTCTTCTCAAGCTGAAATATGGACCGAAGGTATTTAAAAGAGTATCAGGACCTCATA 598 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| | Sbjct 539 CATTTCTTCTCAAGCTGAAATATGGACCGAAGGTATTTAAAAGAGTAACA-G--TTCACA 595 Query 599 TAGCCACAAAGTTTAAGTCTGATCGGTACCGATTCTGCAAGGAGGATTTTGATTTCATGT 658 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 596 TAGCCACAAAGTTTAAGTCTGATCGGTACAGATTCTGCAAGGAGGATTTTGATTTCATGT 655 Query 659 GGATTCGGACAACTGATTTCTCTGATTTGAAATCAATTGGTATATCAACTTGCTTTTGTT 718 |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 656 GGATTCGGACAACTGATTTCTCTGGTTCGAAATCAATTGGTACATCAACTTGCTTTTGTT 715 Query 719 TGGAAGTCCACAACGGCTCAACGATGTTGGACGTTTTCTCGGGCTTACCTTACTACAGAG 778 ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 716 TGGAAGTCCACAATGGCTCAACGATGTTAGACATTTTCTCGGGCTTACCTTACTACCGAG 775 Query 779 AAGAAACTTTGAGTCTAACTTTTGTGGATGGGAAGAACTTTGCCTCTGTATCTCAAATTG 838 |||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||| Sbjct 776 AAGACACTTTGAGTCTAACTTATGTGGATGGGAAGACCTTTGCTTCTGCAGCTCAAATTG 835 Query 839 TTCCCCTCTTGAATGCCGCCATTCTGGGGTTAGAGTTTCCATATGAGATCCTTTTCCAAC 898 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 836 TTCCCCTCTTGAATGCCGCCATTTTGGGGTTAGAGTTTCCATATGAGATCCTTTTCCAAC 895 Query 899 TCAATGCGCTTGTTCACGCACAGAAAATCAGTCTTTTTGCTGCGTCAAATATGGAACTGA 958 |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 896 TCAATGCGCTTGTTCATGCGCAGAAAATCAGTCTTTTTGCTGCGTCAGATATGGAACTGA 955 Query 959 TCAACATTTTTCGTGGTTTGAGCTTGGAAACCACTTTGGTGATCCTCAAGAAACTTCACC 1018 |||| || |||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 956 TCAAAATCCTTCGTGGTATGAGTTTGGAAACCGCATTGGTGATCCTCAAGAAACTTCACC 1015 Query 1019 AGCAAAGCTCTATATGTTATGATCCTCTCTTCTTTGTCAAGACTCAGATGCAATCTGTGG 1078 ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1016 AGCAAAGTTCTATATGTTATGATCCTGTCTTCTTTGTCAAGACTCAGATGCAATCTGTGG 1075 Query 1079 TTAAGAAGATGAAGCATTCCCCTGCATCAGCTTATAAAAGATTAACCGAGCAGAACATCA 1138 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1076 TTAAGAAGATGAAGCATTCCCCTGCATCAGCTTATAAAAGATTGACCGAGCAGAACATCA 1135 Query 1139 TGAGTTGTCAGAGAGCCTACGTTACACCCTCAAAGATTTATCTGTTGGGTCCAGAGCTTG 1198 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1136 TGAGTTGTCAGAGAGCTTACGTTACACCCTCAAAGATCTATCTGTTGGGTCCAGAGCTTG 1195 Query 1199 AGACTGCCAATTATGTTGTGAAGAACTTTGCAGAGCATGTCTCAGATTTCATGAGAGTTA 1258 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1196 AGACTGCAAATTATGTTGTGAAGAACTTTGCAGAGCATGTCTCGGATTTCATGAGAGTTA 1255 Query 1259 CTTTTGTTGAAGAAGATTGGAGCAAGCTTCCTGCAAATGCTCTTTCTGTGAACTCCAAGG 1318 ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1256 CTTTTGTGGAAGAAGATTGGAGCAAGCTTCCCGCAAATGCTCTCTCTGTGAACTCCAAGG 1315 Query 1319 AAGGCTATTTTGTGAAGCCCTTTAGAACCAACATTTATAACAGGGTGTTGTCAATCCTTG 1378 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 AAGGCTATTTTGTGAAGCCCTCTAGAACCAACATTTATAACAGGGTGTTGTCAATCCTTG 1375 Query 1379 GAGAAGGGATCACCGTTGGGCATAAGAGGTTTGAGTTCTTGGCTTTTTCAGCCAGCCAAC 1438 |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1376 GAGAAGGGATTACCGTTGGGCCTAAGAGGTTTGAGTTCTTGGCTTTTTCAGCGAGCCAAC 1435 Query 1439 TGCGAGGAAATTCGGTCTGGATGTTTGCTTCTAACGAGAAAATAAAAGCTGAAGATATAA 1498 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 1436 TGCGAGGAAATTCGGTCTGGATGTTTGCTTCTAACGAGAAAGTAAAAGCGGAAGATATAA 1495 Query 1499 GAGAATGGATGGGTTGTTTCCGTAAAATCCGAAGCATTTCTAAATGTGCTGCTAGGATGG 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1496 GAGAATGGATGGGTTGTTTCCGTAAAATCCGAAGCATTTCCAAATGTGCTGCTAGGATGG 1555 Query 1559 GTCAGTTGTTCAGTGCTTCGCGGCAGACACTTAATGTCCGTGCACAAGATGTGGAGCAGA 1618 ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 GTCAGTTGTTCAGTGCTTCGCGGCAAACACTTATTGTCCGTGCACAAGATGTGGAGCAGA 1615 Query 1619 TTCCCGACATCGAAGTGACTACTGATGGTGCTGATTACTGCTTCTCGGATGGCATCGGGA 1678 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1616 TTCCCGACATCGAAGTGACAACTGATGGTGCTGATTACTGCTTCTCGGATGGCATTGGGA 1675 Query 1679 AAATTTCACTGGCATTTGCTAAGCAAGTTGCACAGAAGTGTGGATTGAGTCATGTCCCTT 1738 |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 AAATTTCACTTGCATTTGCCAAGCAAGTTGCACAGAAGTGTGGATTGAGTCATGTCCCTT 1735 Query 1739 CTGCATTTCAAATTCGATATGGTGGCTACAAAGGTGTGATTGCCGTTGACCGCAGTTCCT 1798 |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1736 CTGCCTTTCAAATTCGATACGGTGGCTACAAAGGTGTGATTGCTGTTGACCGCAGTTCCT 1795 Query 1799 TCAGAAAGATGTCTCTGCGTGATAGTATGCTTAAATTTGACTCGAACAACAGGATGCTTA 1858 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1796 TCCGAAAGTTGTCTCTGCGTGATAGTATGCTTAAATTTGACTCGAACAACAGGATGCTGA 1855 Query 1859 ACGTTACCAGGTGGACAGAGTCGATGCCTTGCTTCTTAAACCGGGAGATCATTTGCCTTT 1918 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1856 ACGTTACCAGGTGGACAGAGTCGATGCCTTGCTTCTTAAACCGGGAGATCATTTGCCTTT 1915 Query 1919 TGTCGACGCTTGGAATAGAAGATGCAGTGTTTGAGGCGATGCAATCGGTGCATTTATCTA 1978 ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1916 TGTCGACCCTTGGAATAGAAGATGCAATGTTTGAGGCGATGCAAGCGGTGCATTTATCTA 1975 Query 1979 TGCTGGGGAATATGCTTGAAGACCGCGATGCAGCACTAAATGTTCTGCAAAAATTGAGCG 2038 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 1976 TGCTTGGGAATATGCTTGAAGACCGCGATGCAGCACTTAATGTTCTGCAGAAATTGAGCG 2035 Query 2039 GAGAAAATTCCAAGAATCTGCTAGTTAAGATGCTGCTTCAAGGATATGCACCAAGTTCGG 2098 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 2036 GAGAAAATTCCAAGAATTTGCTAGTTAAGATGCTGCTTCAAGGATATGCACCGAGTTCAG 2095 Query 2099 AACCTTACCTCTCAATGATGCTTCGTGTGCACCACGAGAGCCAGCTTTCTGAACTAAAGA 2158 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2096 AACCTTACCTCTCAATGATGCTTCGTGTGCACCACGAGAGCCAGCTTTCTGAACTAAAGA 2155 Query 2159 GCAGGTGCAGGATACTTGTACCGAAAGGACGAATCTTGATCGGTTGCATGGATGAAATGG 2218 |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2156 GCAGATGCAGGATACTTGTACCGAAAGGACGGATCTTGATCGGTTGCATGGATGAAATGG 2215 Query 2219 GTATCCTGGAATATGGCCAAGTGTTTGTTCGTGTAACCCTGACTAAAGCGGAACTTAAAT 2278 |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2216 GTATCCTGGAGTATGGCCAAGTGTATGTTCGTGTAACCCTGACTAAAGCGGAACTGAAAT 2275 Query 2279 CTCGCGAACAGAGCTACTTCCACAAGATTGATGAGGAAACATCTGTGGTGATTGGGAAAG 2338 ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2276 CTCGCGATCAGAGCTACTTTCGCAAGATTGATGAGGAAACATCTGTGGTTATTGGGAAAG 2335 Query 2339 TGGTCGTCACGAAAAACCCATGTCTTCACCCTGGAGATATCAGAGTTCTTGACGCAATAT 2398 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| Sbjct 2336 TGGTCGTGACGAAAAACCCATGTCTTCACCCTGGAGATATTAGAGTTCTTGATGCTATAT 2395 Query 2399 ATGAGGTCAATTTCGAAGAAAAGGGATTTCTTGACTGCATCATCTTTCCTCAGAAGGGAG 2458 |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2396 ATGAGGTCCATTTCGAAGAAAAGGGATATCTCGACTGCATCATCTTTCCTCAGAAGGGAG 2455 Query 2459 AAAGGCCACATCCAAATGAATGTTCTGGTGGTGATCTCGACGGAGACCAGTTTTTTGTTA 2518 |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2456 AAAGACCACATCCAAATGAATGTTCTGGTGGCGATCTCGACGGAGACCAGTTTTTTGTTA 2515 Query 2519 GTTGGGATGAGAAGCTTATACCAAGCCAAATGGACCCTCCAATGGACTACGCTGGAAGCA 2578 | |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2516 GCTGGGATGAGAAGATTATACCTAGCGAAATGGACCCTCCAATGGACTATGCTGGAAGCA 2575 Query 2579 GACCTCGTATAATGGACCATGACGTCACCTTAGAGGAAATCCACAAATTTTTTGTGGATT 2638 | |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2576 GGCCTCGTCTAATGGATCATGACGTCACGTTAGAGGAAATCCACAAATTTTTTGTGGATT 2635 Query 2639 ATATGATAAGCGACACGCTTGGGGTGATCTCAACTGCACATTTGGTTCACGCAGACCGTG 2698 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2636 ATATGATAAGCGACACGCTTGGGGTGATCTCAACTGCACATTTGGTTCACGCAGACCGTG 2695 Query 2699 ATCCAGAAAAAGCCCGGAGTCAGAAGTGTCTAGAGTTAGCAAATCTTCACTCTAGGGCTG 2758 | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2696 ACCCTGAAAAAGCCCGGAGCCAGAAGTGTCTAGAGTTAGCAAATCTTCACTCTAGGGCTG 2755 Query 2759 TTGATTTTGCGAAAACTGGAGCTCCAGCTGAGATGCCTTATGCCTTAAAGCCCAGAGAGT 2818 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2756 TTGATTTTGCAAAAACTGGAGCTCCAGCTGAGATGCCTTATGCCTTAAAGCCCAGAGAGT 2815 Query 2819 TCCCTGATTTCCTGGAACGGTTTGAGAAACCAACATACATCTCTGAGTCTGTGTTTGGAA 2878 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2816 TCCCTGATTTTCTGGAACGGTTTGAGAAACCAACATACATCTCTGAGTCTGTGTTTGGGA 2875 Query 2879 AACTCTACCGTGCTGTGAAAAGCTCGT-TAGCACAGAGAAAGCCAGAAGCTGAGAGCGAT 2937 |||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2876 AACTATACCGTGCTGTGAAGAGCTC-TCTAGCACAGAGAAAGCCAGAAGCTGAGAGCGA- 2933 Query 2938 GG-CACGCTAACTTATGATGCGACACTTGAAGAAACTGGCTTTGAGAGCTTTATAGAGAC 2996 || |||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2934 GGACACGGTAGCTTATGATGTGACACTTGAAGAAGCTGGCTTTGAGAGCTTTATAGAGAC 2993 Query 2997 AGCGAAAGCCCATAGAGACATGTATGCTGAGAAATTGACCTCATTAATGATATACTACGG 3056 |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| || Sbjct 2994 AGCGAAAGCCCATAGAGACATGTATGGTGAGAAACTGACCTCGTTGATGATATACTATGG 3053 Query 3057 AGCTGTC-AACGAAGAGGAGATTCTCACAGGCATTTTGAAAACCAAGGAGATGTATCTGG 3115 ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3054 AGCTG-CTAACGAAGAGGAGATTCTCACAGGCATTTTGAAAACCAAGGAGATGTATCTGG 3112 Query 3116 CGAGAGATAACCGGAGGTATGGTGATATGAAGGATAGAATTACGCTGTCCGTGAAAGATT 3175 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 3113 CGAGAGATAACCGGAGGTATGGTGATATGAAGGATAGAATTACGCTTTCCGTGAAAGATT 3172 Query 3176 TGCATAAAGAGGCCATGGGATGGTTCGAGAAAAGCTGCGAGGACGAACAACAGAAGAAGA 3235 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3173 TGCATAAAGAGGCCATGGGATGGTTCGAGAAAAGCTGCGAGGACGAACAACAGAAGAAGA 3232 Query 3236 AGCTAGCATCGGCGTGGTACTATGTAACATACAACCCGAGCCATCGCGATGAGAAGTTGA 3295 |||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| Sbjct 3233 AGCTAGCATCGGCGTGGTACTATGTAACATACAATCCAAACCATCGCGATGAGAAGTTGA 3292 Query 3296 CATTCTTGAGTTTCCCATGGATCGTAGGTGACGTTTTACTTGATATAAAAGCTGAAAATG 3355 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 3293 CATTCTTGAGTTTCCCATGGATCGTAGGTGACGTTTTGCTTGATATAAAGGCTGAAAATG 3352 Query 3356 CACAGAGACAGAGCATTGAAGAGCCAACAAGTGGACTTGTATCCATTTGAATTACCCTAT 3415 |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 3353 CACAGAGACAGAGCGTTGAAGAGAAAACAAGTGGACTTGTATCCATTTGA-TTGCCCTAT 3411 Query 3416 CTAACACTTGGTGTAGTATAATTGCTAGCTAAAG 3449 ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 3412 ATAACACTTGGTGTAGTAGAATTGCTAGTTAAAG 3445 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 171671278946 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5