BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg491060
Length=5781
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G35800.1 | Symbols: NRPB1, RPB1, RNA_POL_II_LSRNA_POL_II_LS,... 9507 0.0
> AT4G35800.1 | Symbols: NRPB1, RPB1, RNA_POL_II_LSRNA_POL_II_LS,
RNA_POL_II_LS | RNA polymerase II large subunit | chr4:16960657-16968128
REVERSE LENGTH=6126
Length=6126
Score = 9507 bits (5148), Expect = 0.0
Identities = 5589/5800 (96%), Gaps = 38/5800 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATACGAGGTTTCCGTTCTCACCGGCCGAGGTCTCTAAAGTCCGGGTGGTCCAGTTT 60
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 ATGGATACGAGGTTTCCGTTCTCTCCGGCCGAGGTCTCTAAAGTCCGGGTGGTCCAGTTT 296
Query 61 GGCATACTCAGCCCCGATGAGATCAGGCAAATGTCTGTTATACATGTTGAGCATAGTGAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 GGCATACTCAGCCCCGATGAGATCAGGCAAATGTCTGTTATACATGTTGAGCATAGTGAG 356
Query 121 ACGACCGAGAAGGGTAAACCTAAGGTTGGAGGGTTGAGTGATATCCGGCTTGGTACCATT 180
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| |||
Sbjct 357 ACGACCGAGAAGGGTAAACCTAAGGTGGGAGGATTGAGTGATACCCGTCTTGGTACGATT 416
Query 181 GATCGGAAGGTGAAGTGTGAGACATGTATGGCTAATATGGCTGAGTGTCCGGGACATTTT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 GATCGGAAGGTGAAGTGTGAGACATGTATGGCTAATATGGCTGAGTGTCCGGGACATTTT 476
Query 241 GGCCATCTTGAGCTCGCTAAGCCAATGTATCATGTCGGTTTTATGAAGACGGTGTTAAGC 300
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 477 GGCTATCTTGAGCTCGCTAAGCCAATGTATCATGTCGGTTTTATGAAGACAGTGTTAAGT 536
Query 301 ATCATGAGATGTGTCTGCTTCAATTGCTCCAAGATTTTAGCTGATGAGGTATGTAGGAAC 360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | |
Sbjct 537 ATCATGAGATGTGTCTGTTTCAATTGCTCCAAGATTTTAGCTGATGAGG-A-GGA-GCA- 592
Query 361 TTA-TCT-CGTCAGGCTATGAAGATAAAGAACCCCAAGAATAGGCTTAAGAAGATTCTGG 418
| | | | | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 TAAGTTTAAG-CAGGCTATGAAGATCAAGAATCCTAAGAATAGGCTTAAGAAGATTCTGG 651
Query 419 ATGCCTGTAAAAACAAGACCAAATGTGAAGGTGGTGATGATATTGATGATGTCCAGAA-C 477
||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |
Sbjct 652 ATGCCTGCAAAAACAAGACCAAATGTGATGGTGGTGATGACATTGACGATGTCCA-AAGC 710
Query 478 CA-AGACACTGACGAACCAGTAAAAAAGAGCCGAGGTGGATGTGGTGCACAACAACCAAA 536
|| || ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 CACAG-CACGGATGAACCAGTAAAAAAGAGCCGAGGTGGATGTGGTGCACAACAACCAAA 769
Query 537 GCTGACTATTGAGGGTATGAAGATGATTGCAGAATACAAAATTCCAAGGAAGAAAAACGA 596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 770 ACTGACTATTGAGGGTATGAAGATGATTGCAGAATACAAAATTCAAAGGAAGAAAAATGA 829
Query 597 TGAGCCAGACCAGCTTCCGGAGCCTGCAGAAAGGAAACAGACACTTGGTGCTGATAGGGT 656
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 TGAGCCAGATCAGCTTCCCGAGCCTGCAGAAAGGAAACAGACACTTGGTGCTGATAGGGT 889
Query 657 TTTGAGTGTTTTGAAGAGGATTAGTGATGAGGATTGTCAACTCCTAGGGTTCAACCCTAA 716
||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 890 TTTGAGTGTTTTGAAAAGGATTAGTGACGCGGATTGTCAACTCCTAGGTTTCAACCCTAA 949
Query 717 GTTTGCTCGTCCTGACTGGATGATTCTTGAAGTCCTTCCTATTCCTCCACCCCCTGTCAG 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 GTTTGCTCGTCCTGACTGGATGATTCTTGAAGTCCTTCCTATTCCTCCACCCCCTGTCAG 1009
Query 777 ACCATCTGTAATGATGGATGCCACTTCCAGAAGTGAGGATGACTTGACCCATCAGCTAGC 836
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 ACCATCTGTAATGATGGACGCCACTTCCAGGAGTGAGGATGACTTGACCCATCAGCTAGC 1069
Query 837 CATGATTATTCGACACAATGAAAACTTGAAAAGGCAGGaaaaaaaTGGAGCGCCAGCTCA 896
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 TATGATTATTCGACACAATGAAAACTTGAAAAGGCAGGAAAAAAATGGAGCGCCAGCTCA 1129
Query 897 TATTATATCAGAGTTTACACAACTCTTGCAGTTTCATATAGCTACATATTTTGATAACGA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1130 TATTATATCAGAGTTTACACAACTCTTGCAGTTTCATATAGCTACGTATTTTGATAACGA 1189
Query 957 GTTGCCTGGACAGCCAAGGGCTACTCAGAAATCAGGGAGGCCTATTAAATCAATATGTAG 1016
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 GTTGCCTGGACAGCCAAGGGCTACTCAGAAATCAGGGAGGCCTATTAAATCAATATGTAG 1249
Query 1017 TAGGCTGAAGGCCAAGGAAGGCAGAATCAGGGGTAACTTGATGGGAAAACGAGTTGATTT 1076
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1250 TAGGCTGAAGGCAAAGGAAGGCAGAATCAGGGGTAACTTGATGGGAAAACGTGTTGATTT 1309
Query 1077 CTCGGCACGTACTGTTATTACACCAGATCCAACAATAAATATTGATGAACTTGGTGTTCC 1136
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 CTCGGCACGTACTGTTATTACTCCAGATCCAACAATAAATATTGATGAACTTGGTGTTCC 1369
Query 1137 GTGGAGTATTGCCCTGAATCTCACATACCCAGAAACAGTTACTCCCTATAACATTGAAAG 1196
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 GTGGAGTATTGCTCTGAATCTCACATACCCAGAAACAGTTACTCCCTATAACATTGAAAG 1429
Query 1197 ATTAAAAGAGCTCGTTGATTATGGACCACATCCTCCACCTGGCAAGACTGGAGCGAAATA 1256
|||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1430 ATTAAAGGAGCTTGTTGATTATGGACCACATCCTCCACCTGGGAAGACTGGAGCGAAATA 1489
Query 1257 TATCATAAGGGACGATGGCCAAAGACTAGATCTTCGGTACCTTAAGAAGAGCAGTGATCA 1316
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1490 TATCATAAGAGATGATGGCCAAAGACTAGATCTTCGGTATCTTAAGAAGAGCAGTGATCA 1549
Query 1317 ACATTTGGAACTTGGATACAAAGTGGAGCGGCATTTACAGGATGGTGATTTTGTTCTGTT 1376
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1550 ACATTTGGAACTTGGATACAAGGTGGAGCGGCATTTACAGGATGGTGATTTTGTTCTGTT 1609
Query 1377 TAATCGTCAACCAAGTCTGCACAAAATGTCTATCATGGGTCACAGGATTAGGATTATGCC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 TAATCGTCAACCAAGTCTGCACAAAATGTCTATCATGGGTCACAGGATTAGGATTATGCC 1669
Query 1437 ATATTCCACTTTCCGTCTGAATTTGTCTGTCACGTCTCCGTACAATGCTGATTTTGATGG 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 ATATTCCACTTTCCGTCTGAATTTGTCTGTCACGTCTCCGTACAATGCTGATTTTGATGG 1729
Query 1497 GGATGAGATGAACATGCATGTACCACAGTCATTCGAGACCAGAGCCGAGGTGTTAGAGCT 1556
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 GGATGAGATGAACATGCATGTACCACAATCATTCGAGACCAGAGCCGAGGTGTTAGAGCT 1789
Query 1557 GATGATGGTTCCTAAATGTATTGTCTCCCCCCAGGCGAATCGGCCTGTGATGGGAATTGT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1790 GATGATGGTTCCTAAATGTATTGTCTCCCCCCAGGCGAATCGTCCTGTGATGGGAATTGT 1849
Query 1617 GCAGGATACCCTCCTAGGGTGCCGTAAAATCACAAAGAGAGATACCTTCATAGAGAAGGA 1676
||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1850 GCAGGATACCCTCTTGGGGTGCCGTAAAATTACAAAGAGAGATACTTTCATAGAGAAGGA 1909
Query 1677 TGTATTCATGAATACACTAATGTGGTGGGAAGACTTCGACGGGAAAGTTCCGGCTCCTGC 1736
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1910 TGTATTCATGAACACACTGATGTGGTGGGAAGACTTCGATGGGAAAGTTCCGGCTCCTGC 1969
Query 1737 AATTTTGAAGCCTCGTCCTCTTTGGACTGGCAAACAAGTTTTTAATCTTATCATACCAAA 1796
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1970 AATCTTGAAGCCTCGTCCTCTTTGGACTGGCAAACAAGTTTTTAATCTTATCATACCAAA 2029
Query 1797 ACAGATAAATCTGTTGAGGTATTCTGCTTGGCACGCAGATACAGAGACTGGATTCATAAC 1856
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2030 ACAGATAAATCTGTTGAGGTACTCTGCTTGGCACGCAGATACAGAGACTGGATTTATAAC 2089
Query 1857 TCCGGGGGATACTCAAGTGCGAATTGAAAGAGGGGAACTTCTTGCCGGAACTCTTTGCAA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 TCCGGGGGATACTCAAGTGCGAATTGAAAGAGGGGAACTTCTTGCCGGAACTCTTTGCAA 2149
Query 1917 AAAGACCCTTGGTACATCTAATGGAAGTCTCGTGCATGTCATTTGGGAAGAGGTTGGTCC 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2150 AAAGACCCTTGGTACATCTAATGGAAGTCTCGTGCATGTCATTTGGGAAGAGGTTGGTCC 2209
Query 1977 TGATGCAGCAAGGAAATTCCTCGGCCATACTCAATGGCTTGTCAATTACTGGCTTCTGCA 2036
||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 TGATGCAGCTAGAAAATTCCTCGGTCATACTCAATGGCTTGTCAATTACTGGCTTCTGCA 2269
Query 2037 GAATGGTTTTACCATCGGAATTGGTGACACAATTGCCGATTCATCAACAATGGAGAAAAT 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 GAATGGTTTTACCATCGGAATTGGTGACACAATTGCCGATTCATCAACAATGGAGAAAAT 2329
Query 2097 TAATGAAACTATTTCCAATGCAAAAACTGCTGTGAAAGATCTTATCCGGCAGTTCCA-GG 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2330 TAATGAAACTATTTCCAATGCAAAAACTGCTGTGAAAGATCTTATCCGGCAGTTCCAGGG 2389
Query 2156 AAAAGAAGTTGGACCCTGAGCCTGGCCGAACTATGACTGAGACATTTGAGAACAGGGTTA 2215
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2390 AAAGGAA-TTGGACCCTGAGCCTGGCCGAACTATGAGAGATACATTTGAGAACAGGGTTA 2448
Query 2216 ACCAGGTTTTGAATAAAGCTCGTGATGATGCTGGAAGTAGTGCTCAAAAGAGTTTAGCAG 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 ACCAGGTTTTGAATAAAGCTCGTGATGATGCTGGAAGTAGTGCTCAAAAGAGTTTAGCAG 2508
Query 2276 AAACCAATAACCTTAAGGCCATGGTGACAGCAGGATCCAAAGGAAGTTTCATCAATATTT 2335
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 AAACCAATAACCTTAAGGCCATGGTGACAGCAGGATCCAAAGGAAGTTTCATCAATATTT 2568
Query 2336 CTCAAATGACAGCGTGTGTCGGTCAGCAAAATGTTGAAGGGAAGCGAATTCCCTTTGGAT 2395
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2569 CTCAAATGACAGCGTGTGTCGGTCAGCAAAATGTTGAAGGGAAGCGAATTCCATTTGGAT 2628
Query 2396 TTGATGGGCGGACATTGCCACATTTCACCAAAGATGATTATGGTCCTGAAAGTCGTGGTT 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TTGATGGGCGGACATTGCCACATTTCACCAAAGATGATTATGGTCCTGAAAGTCGTGGTT 2688
Query 2456 TTGTTGAGAATTCGTACCTGCGTGGGTTGACTCCTCAAGAGTTCTTTTTCCATGCCATGG 2515
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2689 TTGTTGAGAATTCGTACCTGCGTGGCTTGACTCCTCAAGAGTTCTTTTTCCATGCTATGG 2748
Query 2516 GAGGAAGAGAAGGTCTTATTGATACTGCTGTGAAGACATCAGAAACTGGATACATTCAGA 2575
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 GAGGACGAGAAGGTCTTATTGATACTGCTGTGAAGACATCAGAAACTGGATACATTCAGA 2808
Query 2576 GGCGATTGGTAAAGGCTATGGAGGATATTATGGTTAAGTATGATGGGACAGTCAGAAACT 2635
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 GGCGATTGGTAAAGGCTATGGAGGATATTATGGTTAAGTATGATGGGACAGTCAGAAACT 2868
Query 2636 CTTTGGGTGATGTTATTCAGTTTCTCTATGGAGAAGATGGTATGGATGCTGTATGGATAG 2695
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2869 CTTTGGGTGATGTTATTCAATTTCTCTATGGAGAAGATGGTATGGATGCTGTATGGATAG 2928
Query 2696 AATCACAGAAGCTGGATTCCTTGAAAATGAAGAAATCAGAGTTTGATAGGACTTTTAAGT 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2929 AATCACAGAAGCTGGATTCCTTGAAAATGAAGAAATCAGAGTTTGATAGGACTTTTAAGT 2988
Query 2756 ATGAGATTGACGACGAAAACTGGAATCCTACATACCTAAGTGATGAACATCTCGAGGACT 2815
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2989 ATGAGATTGACGACGAAAACTGGAATCCTACTTACCTAAGTGATGAACATCTTGAAGACT 3048
Query 2816 TGAAGGGGATTCGGGAGTTGCGTGATGTATTTGATGCAGAGTATTCGAAACTTGAGACTG 2875
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 3049 TGAAGGGGATTCGGGAGTTGCGTGATGTATTCGATGCGGAATATTCGAAACTTGAGACTG 3108
Query 2876 ACAGATTCCAACTCGGGACAGAAATTGCAACAAATGGTGATAGCACTTGGCCATTGCCTG 2935
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 ACAGATTCCAACTCGGGACAGAAATTGCAACAAATGGTGATAGCACTTGGCCATTGCCTG 3168
Query 2936 TTAACATCAAGAGGCATATCTGGAATGCGCAGAAGACTTTCAAAATTGACTTGCGCAAAA 2995
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3169 TTAACATCAAGAGGCATATCTGGAATGCGCAGAAGACTTTCAAAATTGACTTGCGCAAAA 3228
Query 2996 TTTCGGATATGCACCCTGTTGAAATTGTTGATGCTGTTGATAAACTACAGGAGAGGCTGC 3055
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3229 TTTCAGATATGCACCCTGTTGAAATTGTTGATGCTGTTGATAAACTACAGGAGAGGCTGT 3288
Query 3056 TGGTTGTTCCTGGTGATGATGCGTTGAGTGTGGAAGCACAGAAAAACGCAACATTGTTCT 3115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3289 TGGTTGTTCCTGGTGATGATGCGTTGAGTGTGGAAGCACAGAAAAACGCAACATTGTTCT 3348
Query 3116 TTAACATTTTGCTTCGCAGCACTCTTGCTAGTAAAAGAGTTTTGGAAGAATACAAGCTTA 3175
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 3349 TTAACATTTTGCTTCGCAGCACTCTTGCTAGTAAAAGAGTGTTGGAAGAATACAAGCTCA 3408
Query 3176 GCCGCGAGGCTTTTGAGTGGGTCATTGGTGAGATCGAATCGAGGTTTTTACAATCTTTAG 3235
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 3409 GCCGCGAGGCTTTTGAGTGGGTCATTGGTGAGATTGAATCAAGGTTTTTACAATCGCTAG 3468
Query 3236 TGGCCCCTGGGGAAATGATCGGTTGTGTTGCTGCTCAATCAATTGGAGAACCTGCTACGC 3295
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3469 TGGCCCCAGGGGAAATGATCGGTTGTGTTGCTGCTCAATCAATTGGAGAACCTGCTACGC 3528
Query 3296 AGATGACTCTGAACACCTTCCATTATGCTGGTGTTAGTGCAAAGAACGTTACACTTGGAG 3355
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3529 AGATGACTCTGAATACCTTCCATTATGCTGGTGTCAGTGCAAAGAACGTTACGCTCGGAG 3588
Query 3356 TTCCCAGGTTGCGTGAAATTATTAATGTAGCTAAGAGGATCAAAACACCATCCCTATCAG 3415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3589 TTCCCAGGTTGCGTGAAATTATTAATGTAGCTAAGAGGATCAAAACACCATCCCTATCAG 3648
Query 3416 TCTATCTCACTCCGGAAGCTAGCAAATCAAAAGAGGGGGCCAAGACTGTTCAGTGTGCTT 3475
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3649 TCTATCTCACTCCGGAAGCTAGCAAATCAAAAGAGGGGGCTAAGACTGTTCAGTGTGCTT 3708
Query 3476 TGGAGTATACTACTCTGAGGAGTGTCACTCAAGCTACGGAAGTCTGGTATGACCCAGATC 3535
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3709 TGGAGTATACTACTCTCAGGAGTGTTACTCAAGCTACGGAAGTCTGGTATGACCCAGATC 3768
Query 3536 CAATGAGTACTATAATTGAAGAGGACTTTGAATTTGTGAGGTCCTACTATGAGATGCCAG 3595
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3769 CAATGAGTACAATAATTGAAGAGGACTTTGAATTTGTGAGGTCCTACTATGAAATGCCAG 3828
Query 3596 ATGAAGATGTTTCTCCAGATAAAATATCTCCTTGGCTACTTCGTATAGAGTTGAATCGTG 3655
||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3829 ATGAAGATGTTTCCCCAGATAAGATATCTCCGTGGCTACTTCGTATAGAGTTGAATCGCG 3888
Query 3656 AGATGATGGTTGATAAGAAATTGAGTATGGCGGATATTGCGGAGAAGATCAACCTTGAGT 3715
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3889 AGATGATGGTTGATAAGAAATTGAGTATGGCGGATATTGCGGAGAAGATCAACCTTGAGT 3948
Query 3716 TCGATGATGACCTAACTTGCATATTCAATGATGATAATGCTCAAAAACTGATCCTTCGAA 3775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3949 TCGATGATGACCTAACTTGCATATTCAATGATGATAATGCTCAAAAACTGATCCTTCGAA 4008
Query 3776 TTCGCATTATGAACGATGAGGGCCCAAAGGGAGAGTTGCAAGATGAGTCGGCTGAGGATG 3835
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 4009 TTCGCATTATGAACGATGAGGGCCCAAAGGGAGAGTTGCAAGATGAATCGGCTGAAGATG 4068
Query 3836 ATGTTTTCCTTAAAAAGATTGAGAGCAACATGCTGACAGAAATGGCGCTCAGAGGTATTC 3895
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4069 ATGTTTTCCTCAAAAAGATTGAGAGCAACATGCTGACAGAAATGGCACTCAGAGGTATTC 4128
Query 3896 CAGACATCAACAAGGTTTTTATTAAACAGGTTAGGAAA-AGCAGGTTTGATGAGGAGGGA 3954
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 4129 CAGACATCAACAAGGTTTTTATAAAACAGGTTAG-AAAGAGCAGGTTTGATGAGGAGGGA 4187
Query 3955 GGTTTCAAGACATCTGAGGAGTGGATGTTGGATACAGAAGGTGTTAATCTCTTAGCTGTT 4014
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 4188 GGCTTCAAGACATCTGAGGAGTGGATGTTGGATACAGAAGGTGTGAACCTCTTAGCTGTC 4247
Query 4015 ATGTGCCACGAAGATGTGGATCCAAAGAGAACAACAAGCAATCACTTGATTGAAATTATT 4074
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4248 ATGTGTCACGAAGATGTGGATCCAAAGAGGACAACAAGCAATCACTTGATTGAAATTATT 4307
Query 4075 GAAGTTCTCGGAATTGAGGCAGTTCGTCGTGCTTTG-TTGGATGAACTCCGTGTTGTGAT 4133
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4308 GAAGTTCTCGGAATTGAGGCAGTTCGTCGTGCTTTGCTTG-ATGAACTCCGTGTTGTGAT 4366
Query 4134 ATCCTTTGATGGTTCTTATGTGAATTACCGTCATCTTGCCATCTTGTGTGATACTATGAC 4193
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4367 ATCCTTTGATGGTTCTTATGTGAATTACCGTCATCTTGCCATCTTGTGTGATACTATGAC 4426
Query 4194 CTATCGCGGTCATCTGATGGCTATCACTCGACATGGTATCAATAGAAATGACACTGGGCC 4253
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4427 CTATCGCGGTCATCTGATGGCTATCACTCGACACGGTATCAATAGAAATGACACTGGGCC 4486
Query 4254 TCTGATGAGATGCTCTTTTGAAGAAACAGTTGATATTCTGCTAGATGCTGCGGCTTATGC 4313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4487 TCTGATGAGATGCTCTTTTGAAGAAACAGTTGATATTCTGCTAGATGCTGCGGCTTATGC 4546
Query 4314 TGAGACAGACTGCTTACGGGGTGTTACTGAGAATATAATGTTGGGTCAACTTGCACCAAT 4373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4547 TGAGACAGACTGCTTACGGGGTGTTACTGAGAATATAATGTTGGGTCAACTTGCACCAAT 4606
Query 4374 TGGGACAGGAGATTGTGAATTGTATCTGAATGATGAGATGCTGAAGAATGCAATTGAACT 4433
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4607 TGGGACAGGAGATTGTGAGTTGTATCTGAATGATGAGATGCTGAAGAATGCAATTGAACT 4666
Query 4434 TCAGCTCCCTAGCTATATGGATGGTCTGGAATTTGGAATGACTCCTGCTCGTTCACCAGT 4493
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4667 TCAGCTCCCTAGCTATATGGATGGTCTTGAATTTGGAATGACTCCTGCTCGTTCACCAGT 4726
Query 4494 GTCAGGCACTCCTTACCATGAAGGCATGATGTCTCCGAACTACCTGTTAAGTCCAAATAT 4553
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4727 GTCAGGCACTCCTTACCATGAAGGCATGATGTCTCCAAACTACCTGTTAAGTCCAAATAT 4786
Query 4554 GCGTTTGTCGCCAATGTCAGATGCACAGTTTTCTCCATATGTTGGTGGAATGGCCTTTTC 4613
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4787 GCGTTTATCCCCAATGTCAGATGCACAGTTTTCTCCATATGTTGGTGGAATGGCCTTTTC 4846
Query 4614 GCCTTCTTCTTCTCCAGGCTATAGCCCATCATCCCCTGGATACAGTCCTACTTCTCCCGG 4673
|||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4847 GCCTTCTTCTTCTCCAGGATATAGTCCATCATCGCCTGGATACAGTCCTACTTCTCCCGG 4906
Query 4674 TTACAGTCCCACTTCACCTGGATATAGCCCGACTTCTCCCGGTTATAGTCCAACTTCGCC 4733
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4907 TTACAGTCCAACTTCGCCTGGATATAGCCCGACTTCTCCCGGTTACAGTCCAACTTCGCC 4966
Query 4734 TACCTACAGTCCCAGTTCTCCTGGCTATAGCCCAACAAGCCCTGCTTATTCTCCTACAAG 4793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4967 TACCTACAGTCCCAGTTCTCCTGGCTATAGCCCAACAAGCCCTGCTTATTCTCCTACAAG 5026
Query 4794 TCCTTCCTATTCTCCTACGTCTCCGAGCTATAGCCCTACGTCTCCAAGCTATAGCCCTAC 4853
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 5027 TCCTTCCTATTCTCCTACCTCTCCGAGCTACAGCCCAACGTCTCCAAGCTATAGCCCAAC 5086
Query 4854 GTCGCCAAGCTACAGCCCTACATCTCCAAGCTACAGTCCTACGTCCCCAAGTTACAGCCC 4913
|||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5087 GTCGCCAAGCTACAGCCCGACATCTCCGAGCTACAGTCCTACTTCCCCAAGTTACAGCCC 5146
Query 4914 GACTTCGCCTGCTTACAGCCCGACTTCACCTGCATATAGCCCGACTTCACCAGCATACAG 4973
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 5147 GACTTCGCCTGCTTACAGCCCGACTTCACCTGCTTACAGCCCAACTTCACCAGCATACAG 5206
Query 4974 CCCAACCTCTCCTTCTTACAGCCCAACTTCACCATCTTACAGCCCAACATCGCCTTCTTA 5033
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5207 CCCAACCTCTCCTTCTTACAGCCCAACTTCACCTTCTTACAGCCCAACATCGCCTTCTTA 5266
Query 5034 CAGCCCTACTTCACCATCATACAGTCCCA-CATCACCGTCTTACAGTCCTACTTCACCCG 5092
|||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5267 CAGCCCTACTTCACCATCTTACAG-CCCAACATCTCCGTCTTACAGCCCTACTTCACCCG 5325
Query 5093 CATATAGCCCCACATCTCCTGGCTACAGCCCTACTTCACCAAGTTACAGTCCAACATCAC 5152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5326 CATATAGCCCCACATCTCCTGGCTACAGCCCTACTTCACCAAGTTACAGTCCAACATCAC 5385
Query 5153 CAAGCTATGGTCCTACGTCTCCAAGCTACAACCCTCAGTCTGCCAAATATAGCCCATCTA 5212
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 5386 CAAGCTACGGTCCTACGTCTCCAAGCTACAACCCTCAGTCTGCTAAATATAGCCCATCTA 5445
Query 5213 TAGCTTACTCTCCTAGTAATGCGAGACTATCACCAGCTAGCCCCTACAGTCCTACGTCTC 5272
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5446 TAGCTTACTCTCCTAGCAATGCAAGACTATCACCAGCTAGCCCCTACAGTCCTACATCTC 5505
Query 5273 CGAACTACAGCCCGACATCACCATCATACTCACCCACATCTCCATCTTATTCACCTTCAA 5332
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5506 CCAACTACAGCCCGACATCTCCATCATACTCACCCACATCTCCATCTTATTCACCTTCAA 5565
Query 5333 GTCCAACATACAGTCCCAGCAGCCCGTACAGCTCAGGAGCAAGCCCTGACTACAGCCCAA 5392
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5566 GTCCAACATACAGTCCCAGCAGCCCATACAGCTCAGGAGCAAGCCCAGACTACAGCCCAA 5625
Query 5393 GCGCAGGCTACTCGCCGACACTTCCCGGTTATTCACCGTCATCTACGGGTCAGTATACTC 5452
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 5626 GCGCAGGCTACTCGCCAACACTTCCCGGTTATTCACCGTCATCAACGGGTCAGTATACCC 5685
Query 5453 CACATGAGGGCGAGAAAAATGCCAAGACTGGAAAA---GATGTCAGTAAGGATGGTAAAA 5509
||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 5686 CACATGAGGGCGATAAAAAGGACAAGACTGGAAAAAAAGATGCCAGTAAGGATGATAAAG 5745
Query 5510 GCAACCCTTGAAAGAGAGAGAGGAATATCTGTGTAACCC--GC---AGGGCATAATTCAA 5564
|||||||||||||||||| ||| ||| | | | || || | ||| ||| ||| ||
Sbjct 5746 GCAACCCTTGAAAGAGAGTGAG-AAT-T--G-GCAATCCATGTTTTAGGTCATGATTTAA 5800
Query 5565 GAGTCAGTGAAAGCTGAGAAA-GGAAGGGACCGTTTCAAAGTGATCTTCTGTGGATAACT 5623
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5801 GAGACAGTGAAAGCTGAGAAAAGGAAGGGACCGTTTCAAAGTGATCTTCTGTGGATAACT 5860
Query 5624 TTGTGA-CAGAGGCTTTCTTAGTAGATCCTTTTTT-GTGAGTTGTGTATTATTCTAAACT 5681
|||||| || ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 5861 TTGTGAACA-AGGTTTTCTTAATAGATCCTTTTTTCGTGAGTTGTATATTATTCCAAACT 5919
Query 5682 GATCCATAAAGCCATCCAATCCTCATCCCCCaaaaagaaaatagtataagcaaagaaaaa 5741
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 5920 GATCCATAAATCCATCCAATCCTCATCCCCCAAAAAGAAAATAGTATAAACATAGAAAAA 5979
Query 5742 caaaaaCATCTCATAAACTTTGGGCTTTTCGTATGGTTTA 5781
| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 5980 CGAAAACATATCAGA--CTTTGGGCTTTTCGTATGGTTTA 6017
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 288417110773
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5